Карты молекулярного взаимодействия , также известные как MIM , представляют собой графические обозначения для изображения клеточных и молекулярных взаимодействий. Он был создан Куртом В. Коном в 1999 году. [1] Соглашение о MIM позволяет однозначно представлять сети, содержащие мультибелковые комплексы , модификации белков и ферменты, которые являются субстратами других ферментов. Это графическое представление позволяет просматривать все многочисленные взаимодействия, в которых данная молекуламогут быть вовлечены, и он может отображать конкурирующие взаимодействия, которые обычны в биорегуляторных сетях. Для облегчения связи с базами данных каждый молекулярный вид представлен на диаграмме только один раз. Обозначения MIM составляют основу консорциума графических обозначений системной биологии (SBGN) , а его дальнейшее развитие координируется с консорциумом системной биологии , представляющим собой международную попытку стандартизировать диаграммы, изображающие биохимические и клеточные процессы, изучаемые в системной биологии . Обновление обозначений было опубликовано в 2006 г. [2]
Режимы интерпретации [ править ]
- Явно: состояния существуют только из взаимодействий, показанных явно.
- Эвристика: объекты обрабатываются как пулы состояний, в которых состояния, не указанные явно, могут быть возможны.
- Комбинаторный: похож на эвристический, но предполагается, что все состояния происходят. Комбинаторная интерпретация нотации MIM была описана в публикации 2006 года. [3]
Связанные метаданные [ править ]
Диаграммы MIM обычно сопровождаются набором цитат и комментариев, связанных с научными публикациями, описывающими взаимодействия в рамках диаграммы. Кроме того, диаграммы сопровождаются списком, связывающим элементы на диаграмме с часто используемыми идентификаторами, такими как названия генов, как описано Комитетом по номенклатуре генов HUGO .
Внешние ссылки [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Кон KW. Карта молекулярного взаимодействия систем контроля клеточного цикла и репарации ДНК млекопитающих. Клетка Mol Biol (1999)
- ^ Кон KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика системной биологии. Mol Biol Cell (2006) doi : 10.1091 / mbc.E05-09-0824
- ^ Кон К.В., Аладжем М.И., Ким С., Вайнштейн Дж., Поммьер Ю. Изображая комбинаторную сложность с обозначением карты взаимодействия молекул. Mol Syst Biol. 2006; 2: 51. (2006) DOI : 10.1038 / msb4100088
