Systems Biology графической нотация (SBGN) является стандартным графическим представление предназначено для содействия эффективному хранения, обмена и повторного использования информации о сигнальных путях, метаболических сетях и генных регуляторных сетях среди сообществ биохимиков, биологов и теоретиков. Система создавалась в течение нескольких лет сообществом биохимиков , моделистов и компьютерных ученых . [1]
SBGN состоит из трех ортогональных языков для представления различных представлений биологических систем: описания процессов , взаимосвязи сущностей и потоки действий . Каждый язык определяет исчерпывающий набор символов с точной семантикой, а также подробные синтаксические правила построения и интерпретации карт. Используя эти три обозначения, биолог может однозначно представить сети взаимодействий (например, биохимические взаимодействия). Эти обозначения используют идею и символы, аналогичные тем, которые используются инженерами-электриками и другими инженерами и известны как блок-схема.. Простота синтаксиса и семантики SBGN делает карты SBGN подходящими для использования на уровне средней школы. [ необходима цитата ]
Некоторая программная поддержка SBGN уже доступна, в основном для языка описания процессов. [2] Визуализациями SBGN можно обмениваться с основанным на XML файловым форматом SBGN-ML. [3]
SBGN Язык описания процесса
Язык описания процесса SBGN (PD) показывает временные ходы биохимических взаимодействий в сети. Его можно использовать для отображения всех молекулярных взаимодействий , происходящих в сети биохимических образований, при этом одно и то же лицо появляется несколько раз на одной диаграмме. [4]
SBGN Язык взаимоотношений сущностей
Язык отношений сущностей (ER) SBGN позволяет видеть все отношения, в которых участвует данная сущность, независимо от временных аспектов. Отношения можно рассматривать как правила, описывающие влияние узлов сущностей на другие отношения. [5]
SBGN Activity Flow язык
Язык SBGN Activity Flow (AF) отображает поток информации между биохимическими объектами в сети. Он опускает информацию о переходах между состояниями объектов и особенно удобен для представления эффектов возмущений, генетических или экологических по природе. [6]
История
Работа по определению набора символов для описания взаимодействий и взаимосвязей молекул была начата Куртом Коном из Национального института рака с его картами молекулярных взаимодействий (MIM). [7] Разработка SBGN была инициирована Хироаки Китано при финансовой поддержке Японской организации по развитию новой энергетики и промышленных технологий . Встреча , которая инициировала разработку биологических систем графической нотации состоялась 11-12 февраля 2006 г. в Национальном институте передовой промышленной науки и технологии (AIST), в Токио, Япония.
Первая спецификация языка описания процессов SBGN, называвшаяся тогда диаграммами процессов, была выпущена 23 августа 2008 г. (уровень 1, версия 1). [8] Исправления к документу были выпущены 1 сентября 2009 г. (Уровень 1 Версия 1.1), [9] 3 октября 2010 г. (Уровень 1 Версия 1.2) [10] и 14 февраля 2011 г. (Уровень 1 Версия 1.3). [4]
Первая спецификация языка отношений сущностей SBGN была выпущена 1 сентября 2009 г. (Уровень 1, версия 1). [11] Исправления к документу были выпущены 6 октября 2010 г. (Уровень 1 Версия 1.1) [12] и 14 апреля 2011 г. (Уровень 1 Версия 1.2). [5]
Первая спецификация языка SBGN Activity Flow была выпущена 1 сентября 2009 г. [6]
Внешние ссылки
Рекомендации
- ^ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Schreiber F, Sorokin A и др. (2009). "Графическая нотация системной биологии" . Nat Biotechnol . 27 (8): 735–41. DOI : 10.1038 / nbt.1558 . PMID 19668183 .
- ^ «Сообщество № SBGN_Software» . sbgn.org. Архивировано из оригинала на 2012-05-04 . Проверено 30 ноября 2009 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ "Графическая нотация системной биологии" . Графическая нотация системной биологии . Проверено 11 августа 2020 .
- ^ a b Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H & Villéger A. Графическая нотация системной биологии: язык описания процессов, уровень 1. Nature Precedings (2011) doi : 10.1038 / npre.2011.3721.4
- ^ a b Ле Новер Н., Демир Э, Ми Х, Муди С и Виллегер А. Системная биология Графическая нотация: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Природа, предшествующая (2010) doi : 10.1038 / npre.2011.5902.1
- ^ a b Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Сорокин А. Графическая нотация системной биологии: язык потока активности Уровень 1. Природа Precedings (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3724.1
- ^ Кон KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика системной биологии. Mol Biol Cell (2006) doi : 10.1091 / mbc.E05-09-0824
- ^ Le Novère N, Moodie S, Сорокин A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Графическая нотация системной биологии: Схема процесса, уровень 1. Nature Precedings (2008) doi: 10101 /npre.2008.2320.1
- ^ Moodie S, Le Novère N, Сорокин А., Ми Х, Шрайбер Ф. Системная биология Графическая нотация: язык описания процесса, уровень 1. Nature Precedings (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3721.1
- ^ Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H, Schreiber F. Графическая нотация системной биологии: язык описания процесса, уровень 1. Nature Precedings (2010) doi: 10101 / npre.2010.3721.2
- ^ Le Novère N, Moodie S, Сорокин А., Шрайбер Ф, Ми Х. Графическая нотация системной биологии: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Nature Precedings (2009) doi : 10.1038 / npre.2009.3719.1
- ^ Le Novère N, Moodie S, Demir E, Schreiber F, Mi H. Графическая нотация системной биологии: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Природа, предшествующая (2010) doi : 10.1038 / npre.2010.3719.2