База данных взаимодействия NCI-Nature Pathway
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных взаимодействия путей. |
| Контакт | |
| Лаборатория | Национальный институт рака NIH Nature Publishing Group |
| Первичное цитирование | Шефер и др. (2009) [1] |
| Дата выхода | 2005 г. |
| Доступ | |
| Стандарты | БиоПАКС |
| Формат данных | XML |
| Веб-сайт | http://www.ndexbio.org |
База данных взаимодействия путей (PID) — это бесплатная биомедицинская база данных о клеточных сигнальных путях человека. [1] База данных содержит информацию о молекулярных взаимодействиях и реакциях, происходящих в клетках, с особым акцентом на процессы, которые могут иметь отношение к исследованиям и лечению рака. База данных была создана в результате сотрудничества между Национальным институтом рака США , NIH и издательской группой Nature в 2005 году и запущена в ноябре 2006 года. В сентябре 2012 года активное курирование было прекращено, и данные PID теперь доступны в сетевом обмене данными, NDEx .
Содержимое базы данных
По состоянию на ноябрь 2007 года база данных содержала 59 путей (включая 3309 молекулярных взаимодействий), курируемых редакцией NCI-Nature. Каждый месяц добавляются новые маршруты. База данных также содержит 254 пути (включая 3003 взаимодействия), импортированных из июньского издания 2004 года базы данных путей BioCarta .
Данные, отобранные NCI-Nature, собираются из опубликованной исследовательской литературы и проверяются экспертами-учеными перед публикацией. Каждому молекулярному взаимодействию присваиваются коды доказательств, что позволяет пользователям оценивать надежность взаимодействий или искать взаимодействия, выявленные с помощью определенных экспериментальных методов.
Вывод и загрузка данных
Содержимое базы данных можно просматривать по автономным заранее определенным путям. База данных также может динамически генерировать сети взаимодействия для визуализации результатов поиска в базе данных. Пути и динамически генерируемые сети отображаются в виде изображений GIF и SVG и могут быть загружены в формате XML (включая стандартный формат обмена путями, BioPAX ). Вся база данных также доступна для скачивания.
Смотрите также
использованная литература
- ^ б Шефер , Карл Ф; Энтони Кира; Крупа Шива; Бухофф Джеффри; День Мэтью; Ханней Тимо; Бутоу Кеннет Х. (январь 2009 г.). «PID: база данных взаимодействия путей» . Нуклеиновые Кислоты Рез . Англия. 37 (проблема с базой данных): D674-9. doi : 10.1093/нар/gkn653 . ПВК 2686461 . PMID 18832364 .
Другие ссылки
- Введение в базу данных NCI-Nature Pathway Interaction
- Идентификация ключевых процессов, лежащих в основе фенотипов рака, с использованием анализа биологических путей
внешняя ссылка
- Биологические базы данных
- Системная биология
