BioPAX (Biological Pathway Exchange) - это стандартный язык на основе RDF / OWL для представления биологических путей.на молекулярном и клеточном уровне. Его основное использование - облегчение обмена данными о путях. Данные о пути следования отражают наше понимание биологических процессов, но их быстрый рост требует разработки баз данных и вычислительных инструментов для облегчения интерпретации. Однако текущая фрагментация информации о путях передачи во многих базах данных с несовместимыми форматами создает препятствия для ее эффективного использования. BioPAX решает эту проблему, значительно упрощая сбор, индексирование, интерпретацию и обмен данными о путях. BioPAX может представлять метаболические и сигнальные пути, молекулярные и генетические взаимодействия и сети регуляции генов. BioPAX был создан сообществом. Через BioPAX доступны миллионы взаимодействий, организованных в тысячи путей между многими организмами из растущего числа источников. Таким образом, большие объемы данных о путях доступны в вычислительной форме для поддержки визуализации, анализа и биологических открытий.
Он поддерживается различными онлайн-базами данных (например, Reactome ) и инструментами. Последней выпущенной версией является BioPAX Level 3. Также предпринимаются попытки создать версию BioPAX как часть OBO .
Управление и развитие
Следующая версия BioPAX, уровень 4, разрабатывается сообществом исследователей. Разработка координируется советом редакторов и поддерживается различными рабочими группами BioPAX.
Системная биология Pathway Exchange (SBPAX) - это расширение для Уровня 3 и предложение для Уровня 4 по добавлению количественных данных и терминов системной биологии (например, Онтология системной биологии ). Экспорт SBPAX был реализован базами данных путей Signaling Gateway Molecule Pages [1] и базой данных SABIO-Reaction Kinetics . Импорт SBPAX реализован платформой сотового моделирования Virtual Cell .
Другие предложения для уровня 4 включают улучшенную поддержку семантической сети , проверки и визуализации.
Базы данных с экспортом BioPAX
Онлайн-базы данных, предлагающие экспорт BioPAX, включают:
- Страницы молекул сигнального шлюза (SGMP)
- Reactome
- BioCyc
- INOH
- Биомодели
- База данных по взаимодействию с природой / NCI Pathway
- Карта раковых клеток
- Pathway Commons
- Netpath - тщательно подобранный ресурс путей передачи сигналов у людей.
- ConsensusPathDB - база данных, объединяющая сети функционального взаимодействия человека.
- ПАНТЕРА ( Список путей )
- WikiPathways
- ФармГКБ / ФармГКБ *
Программное обеспечение
Программное обеспечение, поддерживающее BioPAX, включает:
- Paxtools , Java API для обработки файлов BioPAX
- Системная биология Linker (Sybil) , приложение для визуализации BioPAX и преобразования BioPAX в SBML , как часть Virtual Cell .
- ChiBE (Chisio BioPAX Editor), [2] приложение для визуализации и редактирования BioPAX.
- Валидатор BioPAX - синтаксические и семантические правила и лучшие практики ( вики проекта )
- Cytoscape включает в себя считыватель BioPAX и другие расширения, такие как плагин PathwayCommons и приложение CyPath2.
- BiNoM , плагин cytoscape для сетевого анализа с функциями импорта и экспорта файлов BioPAX уровня 3.
- BioPAX-pattern , Java API для определения и поиска графических шаблонов в файлах BioPAX.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Динасарапу AR; Сондерс Б; Озерлат I; Азам К; Субраманиам S (2010). «Страницы молекулы шлюза сигнализации - перспектива модели данных» . Биоинформатика . 27 (12): 1736–1738. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr190 . PMC 3106186 . PMID 21505029 .
- ^ Бабур, Ozgun, Ugur Dogrusoz, Эмек Demir, и Крис Sander. «ChiBE: интерактивная визуализация и манипулирование моделями путей BioPAX». Биоинформатика 26, вып. 3 (2010): 429-431.
Внешние ссылки
- Домашняя страница BioPAX
- Вики Сообщества по BioPAX