BioPAX (Biological Pathway Exchange) — это стандартный язык на основе RDF / OWL для представления биологических путей.на молекулярном и клеточном уровне. Его основное использование заключается в облегчении обмена данными о путях. Данные о путях охватывают наше понимание биологических процессов, но их быстрый рост требует разработки баз данных и вычислительных инструментов для облегчения интерпретации. Однако текущая фрагментация информации о путях во многих базах данных с несовместимыми форматами создает препятствия для ее эффективного использования. BioPAX решает эту проблему, значительно упрощая сбор, индексацию, интерпретацию и обмен данными о путях. BioPAX может представлять метаболические и сигнальные пути, молекулярные и генетические взаимодействия и сети регуляции генов. BioPAX был создан в рамках процесса сообщества. Через BioPAX доступны миллионы взаимодействий, организованных в тысячи путей во многих организмах из растущего числа источников. Таким образом,
Он поддерживается различными онлайн-базами данных (например , Reactome ) и инструментами. Последней выпущенной версией является BioPAX Level 3. Также предпринимаются попытки создать версию BioPAX как часть OBO .
Следующая версия BioPAX, уровень 4, разрабатывается сообществом исследователей. Разработка координируется советом редакторов и поддерживается различными рабочими группами BioPAX.
Обмен путями системной биологии (SBPAX) является расширением для уровня 3 и предложением для уровня 4 по добавлению количественных данных и терминов системной биологии (таких как онтология системной биологии ). Экспорт SBPAX реализован базами данных путей Signaling Gateway Molecule Pages [1] и базой данных SABIO-Reaction Kinetics . Импорт SBPAX реализован с помощью среды моделирования сотовой связи Virtual Cell .
Другие предложения для уровня 4 включают улучшенную поддержку Semantic Web , проверку и визуализацию.