Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
WikiPathways: открытый ресурс для биологических путей.
Содержание
ОписаниеВики-ресурс для сбора, поддержания и распространения биологических путей.
Контакт
Первичное цитированиеPMID  18651794
Доступ
Формат данныхGPML
BioPAX
Веб-сайтhttp://www.wikipathways.org
Скачать URLПути
URL-адрес веб-службыОТДЫХ
Конечная точка Sparqlhttp://sparql.wikipathways.org/sparql
Разнообразный
ЛицензияЛицензия Creative Commons 0
Частота выпуска данныхежемесячно

WikiPathways [1] [2] - это ресурс сообщества, предназначенный для добавления и поддержки контента, посвященного биологическим путям . Любой зарегистрированный пользователь WikiPathways может внести свой вклад, и любой может стать зарегистрированным пользователем. [3] Вклады контролируются группой администраторов, но большая часть экспертной оценки , редакционного контроля и обслуживания является обязанностью сообщества пользователей. WikiPathways создан с использованием программного обеспечения MediaWiki , настраиваемого графического инструмента редактирования путей ( PathVisio [4] ) и интегрированных баз данных BridgeDb [5], охватывающих основные гены , белки и метаболиты. системы.

Содержание пути [ править ]

Каждая статья на WikiPathways посвящена определенному пути. Многие типы молекулярных путей покрыты, в том числе метаболического , [6] сигнализация , регуляторный и т.д. , и при поддержке [7] вид включает в себя человек , мышь , данио~d , плодовую мушку , C. Элеганс , дрожжи , рис и Arabidopsis , [8] а также бактерии и растенияразновидность. Используя функцию поиска, можно найти конкретный путь по имени, по содержащимся в нем генам и белкам или по тексту, отображаемому в его описании. Коллекцию путей также можно просматривать с комбинациями названий видов и категорий, основанных на онтологии.

В дополнение к схеме пути каждая страница пути также включает описание, библиографию, историю версий пути и список компонентных генов и белков со ссылками на общедоступные ресурсы. Для отдельных узлов пути пользователи могут получить доступ к списку других путей с этим узлом. За изменениями пути можно следить, отображая предыдущие версии или просматривая различия между конкретными версиями. Используя историю пути, можно также вернуться к предыдущей версии пути. Пути также могут быть помечены онтологическими терминами из трех основных онтологий Биопортала (Путь, Заболевание и Тип клетки).

Материалы пути на WikiPathways доступны для бесплатного скачивания в нескольких форматах данных и изображений. WikiPathways - это полностью открытый доступ и открытый исходный код . Весь контент доступен по лицензии Creative Commons 0 . Весь исходный код для WikiPathways и редактора PathVisio доступен под лицензией Apache License версии 2.0 .

Доступ и интеграция [ править ]

Помимо различных первичных форматов данных (например, GPML, BioPAX , Reactome , [9] KEGG и RDF [10] ), WikiPathways поддерживает множество способов интеграции и взаимодействия с содержимым пути. К ним относятся прямые ссылки, карты изображений , RSS-каналы и глубокие веб-сервисы . [11]

Контент WikiPathways используется для аннотирования и перекрестных ссылок на статьи Википедии, касающиеся различных генов, белков, метаболитов и метаболических путей. Вот несколько примеров:

  • Цикл лимонной кислоты § Интерактивная карта пути
  • Статьи, которые ссылаются на шаблон цикла лимонной кислоты
  • Категория: Шаблоны WikiPathways

См. Также [ править ]

  • Reactome
  • КЕГГ
  • GenMAPP
  • PathVisio
  • Genenetwork
  • Cytoscape
  • BioPAX

Ссылки [ править ]

На момент редактирования в этой статье используется контент из «WikiPathWays: About» , который лицензирован таким образом, чтобы разрешить повторное использование в соответствии с непортированной лицензией Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 , но не в рамках GFDL . Все соответствующие условия должны быть соблюдены.

  1. ^ Пико, АР; Kelder, T .; Ван Ирсель, член парламента; Hanspers, K .; Конклин, BR; Эвело, К. (2008). "WikiPathways: Редактирование пути для людей" . PLOS Биология . 6 (7): e184. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0060184 . PMC 2475545 . PMID 18651794 .  
  2. ^ Кутмон, М .; Riutta, A .; Nunes, N .; Haspers, K .; Willighagen, EL; Bohler, A .; Mélius, J .; Waagmeester, A .; Sinha, SR; Miller, R .; Коорт, SL; Чирилло, М .; Смец, Б .; Эвело, Коннектикут; Пико, А. (2015). «WikiPathways: захват всего разнообразия знаний о путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (D1): D488 – D494. DOI : 10.1093 / NAR / gkv1024 . PMC 4702772 . PMID 26481357 .  
  3. ^ Мартенс, Марвин; Аммар, Аммар; Рютта, Андерс; Ваагмистер, Андра; Слентер, Дениз Н; Хансперс, Кристина; А. Миллер, Райан; Диглс, Даниэла; Лопес, Элиссон Н.; Эрхарт, Фридерике; Дюпюи, Лорен Дж; Winckers, Laurent A; Коорт, Сьюзен Л; Willighagen, Egon L; Эвело, Крис Т; Пико, Александр Р; Кутмон, Мартина (8 января 2021 г.). «WikiPathways: соединяющие сообщества» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (D1): D613 – D621. DOI : 10.1093 / NAR / gkaa1024 . PMID 33211851 . 
  4. ^ Ван Iersel, МП; Kelder, T .; Пико, Арканзас; Hanspers, K .; Coort, S .; Конклин, BR; Эвело, К. (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio» . BMC Bioinformatics . 9 : 399. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-399 . PMC 2569944 . PMID 18817533 .  
  5. ^ Ван Iersel, МП; Пико, Арканзас; Kelder, T .; Gao, J .; Хо, я .; Hanspers, K .; Конклин, BR; Эвело, Коннектикут (2010). «Фреймворк BridgeDb: стандартизированный доступ к службам картирования идентификаторов генов, белков и метаболитов» . BMC Bioinformatics . 11 : 5. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-5 . PMC 2824678 . PMID 20047655 .  
  6. ^ Слентер, Дениз Н .; Кутмон, Мартина; Хансперс, Кристина; Рютта, Андерс; Виндзор, Джейкоб; Нуньес, Нуно; Мелиус, Ионафан; Чирилло, Элиза; Coort, Susan L .; Диглс, Даниэла; Эрхарт, Фридерике; Гисберц, Питер; Калафати, Марианти; Мартенс, Марвин; Миллер, Райан; Нисида, Кодзо; Рисвейк, Линда; Ваагмистер, Андра; Eijssen, Lars MT; Эвело, Крис Т .; Пико, Александр Р .; Виллигхаген, Эгон Л. (10 ноября 2017 г.). «WikiPathways: многогранная база данных, связывающая метаболомику с другими исследованиями омики» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D661 – D667. DOI : 10,1093 / NAR / GKX1064 . PMC 5753270 . PMID 29136241 .  
  7. ^ "Обзор путей - WikiPathways" .
  8. ^ Ханумапа, Маматха; Прис, Джастин; Эльзер, Джастин; Немет, Дениз; Боно, Джина; Ву, Кенни; Джайсвал, Панкадж (2013). «WikiPathways для растений: портал для сообществ и тематическое исследование сетей по развитию семян риса и арабидопсиса» . Рис . 6 (1): 14. DOI : 10,1186 / 1939-8433-6-14 . PMC 4883732 . PMID 24280312 .  
  9. ^ Болер, Анвеша; У Гуаньминь; Кутмон, Мартина; Прадхана, Леонтий Адхика; Coort, Susan L .; Хансперс, Кристина; Хау, Робин; Пико, Александр Р .; Эвело, Крис Т. (20 мая 2016 г.). «Reactome с точки зрения WikiPathways» . PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004941. Bibcode : 2016PLSCB..12E4941B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004941 . PMC 4874630 . PMID 27203685 .  
  10. ^ Waagmeester, Андра; Кутмон, Мартина; Рютта, Андерс; Миллер, Райан; Willighagen, Egon L .; Эвело, Крис Т .; Пико, Александр Р. (23 июня 2016 г.). «Использование семантической сети для быстрой интеграции WikiPathways с другими биологическими онлайн-ресурсами данных» . PLOS Вычислительная биология . 12 (6): e1004989. Bibcode : 2016PLSCB..12E4989W . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004989 . PMC 4918977 . PMID 27336457 .  
  11. ^ Келдер, Т .; Пико, Арканзас; Hanspers, K .; Ван Ирсель, член парламента; Evelo, C .; Конклин, BR; Hide, W. (2009). Hide, Уинстон (ред.). «Разработка биологических путей с использованием веб-сервисов WikiPathways» . PLOS ONE . 4 (7): e6447. Bibcode : 2009PLoSO ... 4.6447K . DOI : 10.1371 / journal.pone.0006447 . PMC 2714472 . PMID 19649250 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный веб-сайт