PathVisio - это бесплатное программное обеспечение для анализа и рисования путей с открытым исходным кодом. Он позволяет рисовать, редактировать и анализировать биологические пути . Возможна визуализация экспериментальных данных о путях для поиска соответствующих путей, которые чрезмерно представлены в вашем наборе данных. [1] [2] [3]
Первый выпуск | 2008 г. |
---|---|
Стабильный выпуск | 3.3.0 / 28 января 2018 г. |
Репозиторий | |
Написано в | Ява |
Операционная система | Любые (на основе Java ) |
Тип | Редактирование, анализ, визуализация траекторий |
Лицензия | Apache 2.0 |
Веб-сайт | www |
PathVisio предоставляет базовый набор функций для рисования, анализа и визуализации путей. [4] [5] Дополнительные функции доступны в виде плагинов.
История
PathVisio был создан в основном в Маастрихтском университете и институтах Гладстона . [6] Программное обеспечение разработано на Java, а также используется как часть инфраструктуры WikiPathways в качестве апплета. [7] Начиная с версии 3.0 (выпущенной в 2012 году) плагины совместимы с OSGi, и был разработан каталог плагинов , описывающий их. В 2015 году вышла версия 3.2. Это была первая подписанная версия с сертификатом, выданным центром сертификации. Многие из проблем, возникших в java 1.7 и 1.8 с новыми правилами безопасности, были решены. С 2013 года разрабатывается версия javascript (PVJS) для замены апплета. С 2015 года он также позволяет вносить небольшие изменения, а в будущем станет полноценным редактором.
Функции
- Рисование и аннотации пути [8]
- Анализ пути [9]
- Интеграция с WikiPathways для удобного редактирования / публикации
- Интеграция с Cytoscape [10]
- Интеграция с другими языками программирования через PathVisioRPC [11]
Рекомендации
- ^ "Что такое PathVisio?" . Проверено 19 сентября 2013 года .
- ^ ван Ирсель, Мартин П.; Келдер, Томас; Пико, Александр Р; Хансперс, Кристина; Коорт, Сьюзен; Конклин, Брюс Р.; Эвело, Крис (2008). «Представление и изучение биологических путей с помощью PathVisio» . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944 . PMID 18817533 .
- ^ Кутмон, Мартина; van Iersel, Martijn P .; Болер, Анвеша; Келдер, Томас; Нуньес, Нуно; Пико, Александр Р .; Эвело, Крис Т .; Мерфи, Роберт Ф. (23 февраля 2015 г.). «PathVisio 3: расширяемый набор инструментов анализа пути» . PLOS вычислительная биология . 11 (2): e1004085. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004085 . PMC 4338111 .
- ^ Джайсвал, Панкадж; Усадель, Бьорн (2016). «Глава 4: Базы данных о путях растений». Биоинформатика растений . Springer. С. 71–87. ISBN 978-1-4939-3166-8.
- ^ Хаберманн, Бьянка; Вильявесес, Хосе; Коти, Прасанна (июнь 2015 г.). «Инструменты для визуализации и анализа молекулярных сетей, путей и данных -омики» . Достижения и приложения в биоинформатики и химии : 11. DOI : 10,2147 / AABC.S63534 . PMC 4461095 .
- ^ «О компании / Основная команда разработчиков» . Проверено 10 февраля 2014 .
- ^ Пико, Арканзас; Келдер Т; ван Ирсель МП; Hanspers K; Конклин Б.Р .; и другие. (22 июля 2008 г.). "WikiPathways: Редактирование пути для людей" . PLoS Биология . 6 (7): e184. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0060184 . PMC 2475545 . PMID 18651794 . Проверено 19 сентября 2013 года .
- ^ «Урок 1: Рисование и аннотирование путей в PathVisio» .
- ^ «Урок 2: Анализ экспериментальных данных в PathVisio (импорт данных, визуализация и статистика)» .
- ^ Кутмон, Мартина; Лотия, Самад; Эвело, Крис Т; Пико, Александр R (2014). «Приложение WikiPathways для Cytoscape: Делаем биологические пути доступными для сетевого анализа и визуализации» . F1000 Исследования . DOI : 10,12688 / f1000research.4254.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 4168754 .
- ^ Болер, Анвеша; Eijssen, Lars MT; ван Ирсель, Мартин П.; Лиманс, Христос; Willighagen, Egon L; Кутмон, Мартина; Джайлар, Магали; Эвело, Крис Т (2015). «Автоматически визуализируйте и анализируйте данные о путях с помощью PathVisioRPC из любой среды программирования» . BMC Bioinformatics . 16 . DOI : 10,1186 / s12859-015-0708-8 . PMC 4546821 . PMID 26298294 .
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- PathVisio в Твиттере