Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Язык разметки системной биологии (SBML)
Расширение имени файла
.xml, .sbml
Тип интернет-СМИ
приложение / sbml + xml
Первый выпуск2 марта 2001 г . ; 20 лет спустя ( 2001-03-02 )
Последний релиз
SBML уровня 3, версия 2, ядро, выпуск 2
(26 апреля 2019 г . ; 2 года назад ) ( 2019-04-26 )
Тип форматаЯзык разметки
Расширен сXML
Открытый формат ?да
Веб-сайтsbml .org

Язык разметки системной биологии ( SBML ) - это формат представления, основанный на XML , для передачи и хранения вычислительных моделей биологических процессов. [1] Это бесплатный и открытый стандарт с широкой поддержкой программного обеспечения и сообществом пользователей и разработчиков. SBML может представлять множество различных классов биологических явлений , включая метаболические сети , сигнальные пути клеток , регуляторные сети , инфекционные заболевания и многие другие. [2] [3] [4]Он был предложен в качестве стандарта для представления вычислительных моделей в системной биологии сегодня. [4]

История [ править ]

В конце 1999 - начале 2000 года при финансовой поддержке Японской научно-технической корпорации (JST) Хироаки Китано и Джон К. Дойл собрали небольшую группу исследователей для работы над улучшением инфраструктуры программного обеспечения для вычислительного моделирования в системной биологии . Хамид Болури был руководителем группы разработчиков, в которую входили Эндрю Финни, Герберт Сауро и Майкл Хука. [5] Болури определил потребность в структуре, обеспечивающей взаимодействие и совместное использование различных программных систем моделирования для биологии, существовавших в конце 1990-х годов, и он организовал неофициальный семинар в декабре 1999 года в Калифорнийском технологическом институте.чтобы обсудить этот вопрос. На этом семинаре присутствовали группы, ответственные за разработку DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim и The Virtual Cell. Отдельно, ранее в 1999 году, некоторые члены этих групп также обсуждали создание переносимого формата файлов для моделей метаболических сетей в группе BioThermoKinetics (BTK). [6] [7] Те же группы, которые посетили первый семинар Калифорнийского технологического института, снова встретились 28–29 апреля 2000 г. на первом из недавно созданных собраний под названием « Семинар по программным платформам для системной биологии» . [8] Во время второго семинара стало ясно, что общий формат представления моделибыл необходим для обеспечения обмена моделями между программными инструментами в рамках любой функционирующей среды взаимодействия, и участники семинара решили, что формат должен быть закодирован в XML .

Команда Caltech ERATO разработала предложение для этого формата на основе XML и разослала проект определения участникам 2-го семинара по программным платформам для системной биологии в августе 2000 г. Этот проект подвергся обширному обсуждению в списках рассылки и во время 2-го семинара по программному обеспечению. Платформы для системной биологии [9], проведенный в Токио , Япония, в ноябре 2000 г. в качестве вспомогательного семинара конференции ICSB 2000. После дальнейших доработок, обсуждений и внедрения программного обеспечения команда Caltech выпустила спецификацию для SBML Level 1, Version 1 в марте 2001 года.

Уровень 2 SBML был задуман на 5-м семинаре по программным платформам для системной биологии, проходившем в июле 2002 года в Университете Хартфордшира , Великобритания. [10] К этому времени было задействовано гораздо больше людей, чем исходная группа соавторов SBML, и дальнейшее развитие SBML стало большим усилием сообщества, со многими новыми инструментами, которые были улучшены для поддержки SBML. Участники семинара в 2002 году коллективно решили пересмотреть форму SBML на уровне 2. Первый проект спецификации уровня 2 версии 1 был выпущен в августе 2002 года, а окончательный набор функций был завершен в мае 2003 года на 7-м семинаре по программному обеспечению. Платформы для системной биологии в Ft. Лодердейл , Флорида.

Следующая итерация SBML заняла два года отчасти потому, что разработчикам программного обеспечения потребовалось время, чтобы усвоить и понять более крупный и сложный SBML Level 2. Неизбежное обнаружение ограничений и ошибок привело к разработке SBML Level 2 Version 2, выпущенной в сентябре 2006 года. К этому времени команда редакторов SBML (которые согласовывают предложения по изменениям и пишут согласованный окончательный документ со спецификациями) изменилась и теперь состоит из Эндрю Финни, Майкла Хука и Николя Ле Новера.

SBML Level 2 Version 3 был опубликован в 2007 году после многочисленных вкладов и обсуждений с сообществом SBML. В 2007 году также были избраны еще два редактора SBML в рамках внедрения современной организации редактора SBML в контексте процесса разработки SBML.

SBML Level 2 Version 4 был опубликован в 2008 году после того, как по многочисленным просьбам потребовались определенные изменения в Level 2. (Например, электронное голосование, проведенное сообществом SBML в конце 2007 г., показало, что большинство предпочло не требовать строгой согласованности единиц, прежде чем модель SBML будет считаться действительной.) Версия 4 была завершена после встречи Форума SBML, состоявшейся в Гётеборге , Швеция, в качестве сателлитный семинар ICSB 2008 осенью 2008 года. [11]

Ядро SBML Level 3 Version 1 было опубликовано в окончательной форме в 2010 году после продолжительного обсуждения и пересмотра редакторами SBML и сообществом SBML. Он содержит множество значительных изменений в синтаксисе и конструкциях по сравнению с версией 4 уровня 2, но также представляет собой новую модульную основу для дальнейшего расширения функций и возможностей SBML в будущем.

SBML Level 2 Version 5 был опубликован в 2015 году. Эта редакция включала ряд текстовых (но не структурных) изменений в ответ на отзывы пользователей, тем самым обращаясь к списку ошибок, собранных за многие годы для спецификации SBML Level 2 Version 4. Кроме того, в версии 5 появилась возможность использовать вложенные аннотации в формате аннотаций SBML (формат аннотаций, основанный на подмножестве RDF ).

Язык [ править ]

Иногда ошибочно полагают, что SBML ограничивается только моделями биохимических сетей, потому что оригинальные публикации и раннее программное обеспечение были сосредоточены на этой области. В действительности, хотя центральные особенности SBML действительно ориентированы на представление процессов, подобных химическим реакциям, которые действуют на сущности, этот же формализм аналогичным образом служит для многих других типов процессов; кроме того, SBML имеет языковые функции, поддерживающие прямое выражение математических формул и прерывистые события отдельно от процессов реакции, что позволяет SBML представлять гораздо больше, чем просто биохимические реакции. Доказательства того, что SBML можно использовать не только для описания биохимии, можно увидеть в множестве моделей, доступных в базе данных BioModels .

Цели [ править ]

SBML преследует три основные цели:

  • позволяют использовать несколько программных инструментов без необходимости переписывать модели, чтобы они соответствовали идиосинкразическому формату файлов каждого инструмента;
  • возможность совместного использования и публикации моделей в форме, которую другие исследователи могут использовать даже при работе с различными программными средами;
  • обеспечить выживание моделей по истечении срока службы программного обеспечения, используемого для их создания.

SBML не является попыткой определить универсальный язык для количественных моделей. Назначение SBML - служить лингва-франка - форматом обмена, используемым различными современными программными инструментами для передачи основных аспектов вычислительной модели. [12]

Основные возможности [ править ]

SBML может кодировать модели, состоящие из объектов (называемых в SBML видами ), на которые действуют процессы (называемые реакциями ). Важным принципом является то, что модели разбиваются на явно помеченные составные элементы, набор которых напоминает подробное представление уравнений химических реакций (если в модели используются реакции) вместе с необязательными явными уравнениями (опять же, если модель их использует); представление SBML намеренно не превращает модель непосредственно в набор дифференциальных уравнений или другую конкретную интерпретацию модели. Эта явная декомпозиция, не зависящая от структуры моделирования, упрощает программному инструменту интерпретацию модели и преобразование формы SBML в любую внутреннюю форму, которую фактически использует инструмент.

Программный пакет может читать описание модели SBML и переводить его в собственный внутренний формат для анализа модели. Например, пакет может предоставить возможность моделировать модель путем построения дифференциальных уравнений, а затем выполнять численное интегрирование по времени для уравнений для исследования динамического поведения модели. Или, в качестве альтернативы, пакет может построить дискретное стохастическое представление модели и использовать метод моделирования Монте-Карло, такой как алгоритм Гиллеспи .

SBML позволяет представлять модели произвольной сложности. Каждый тип компонента в модели описывается с помощью определенного типа структуры данных, которая организует соответствующую информацию. Структуры данных определяют, как результирующая модель кодируется в XML.

Помимо перечисленных выше элементов, еще одной важной особенностью SBML является то, что к каждому объекту могут быть прикреплены машиночитаемые аннотации. Эти аннотации могут использоваться для выражения отношений между сущностями в данной модели и сущностями во внешних ресурсах, таких как базы данных. Хорошим примером ценности этого является база данных BioModels, где каждая модель аннотирована и связана с соответствующими ресурсами данных, такими как публикации, базы данных соединений и путей, контролируемые словари и т. Д. С аннотациями модель становится больше, чем просто воспроизведением математической конструкции - она ​​становится семантически обогащенной структурой для передачи знаний. [13] [14]

Уровни и версии [ править ]

SBML определен в Уровнях : восходящие совместимые спецификации, которые добавляют функции и выразительную силу. Программные инструменты, которые не нуждаются или не могут поддерживать сложность более высоких уровней, могут продолжать использовать более низкие уровни; Инструменты, которые могут читать более высокие уровни, гарантированно также могут интерпретировать модели, определенные на более низких уровнях. Таким образом, новые Уровни не заменяют предыдущие. Тем не менее, каждый уровень может иметь несколько версий в нем, и новые версии уровня делают SUPERSEDE старых версий того же уровня.

В настоящее время определены три уровня SBML. Текущие версии на этих уровнях следующие:

  • Ядро версии 1 уровня 3, окончательная спецификация которого была выпущена 6 октября 2010 г.
  • Уровень 2 Версия 5 Выпуск 1
  • Уровень 1 Версия 2

Инфраструктура программного обеспечения с открытым исходным кодом, такая как libSBML и JSBML, позволяет разработчикам поддерживать все уровни SBML своего программного обеспечения с минимальными усилиями.

Команда SBML поддерживает общедоступный трекер проблем, где читатели могут сообщать об ошибках или других проблемах в документах спецификации SBML. Сообщенные проблемы в конечном итоге помещаются в список официальных ошибок, связанных с каждым выпуском спецификации. Списки исправлений задокументированы на странице спецификаций SBML.org.

Пакеты уровня 3 [ править ]

Разработка SBML Level 3 идет по модульному принципу. Основная спецификация представляет собой полный формат , который может быть использован отдельно. Дополнительные пакеты уровня 3 могут быть наложены на это ядро, чтобы обеспечить дополнительные, необязательные функции.

Состав иерархической модели [ править ]

Пакет Hierarchical Model Composition, известный как comp , был выпущен в ноябре 2012 года. Этот пакет предоставляет возможность включать модели в качестве подмоделей внутри другой модели. Цель состоит в том, чтобы поддержать способность разработчиков моделей и программных инструментов делать такие вещи, как (1) разложение больших моделей на более мелкие, как способ управления сложностью; (2) включить несколько экземпляров данной модели в одну или несколько включающих моделей, чтобы избежать буквального дублирования повторяющихся элементов; и (3) создавать библиотеки многократно используемых, проверенных моделей, как это делается в разработке программного обеспечения и других областях инженерии. Спецификация стала кульминацией многолетних обсуждений широкого круга людей.

Ограничения баланса потока [ править ]

Пакет ограничений баланса потока ( названный « fbc ») был впервые выпущен в феврале 2013 года. Изменения импорта были введены как часть версии 2 [15], выпущенной в сентябре 2015 года. Пакет « fbc » обеспечивает поддержку моделирования на основе ограничений. , [16] часто используется для анализа и изучения биологических сетей как в малых, так и в крупных масштабах. [17] Этот пакет SBML использует стандартные компоненты из базовой спецификации SBML уровня 3, включая виды и реакции, и расширяет их дополнительными атрибутами и структурами, чтобы позволить разработчикам моделей определять такие вещи, как границы потока и функции оптимизации.

Качественные модели [ править ]

Качественные модели или пакет " qual " для SBML уровня 3 был выпущен в мае 2013 года. Этот пакет поддерживает представление моделей, в которых отсутствует глубокое знание биохимических реакций и их кинетики, и необходимо использовать качественный подход. Примеры явлений, которые были смоделированы таким образом, включают сети регуляции генов [18] и пути передачи сигналов [19], основывая структуру модели на определении графов регуляции или влияния. Определение и использование некоторых компонентов этого класса моделей отличается от способа определения и использования видов и реакций в основныхМодели SBML. Например, качественные модели обычно связывают дискретные уровни деятельности с пулами сущностей; следовательно, процессы с их участием не могут быть описаны как реакции как таковые, а скорее как переходы между состояниями. Эти системы можно рассматривать как реактивные системы, динамика которых представлена ​​с помощью графов переходов состояний (или других структур Крипке [20] ), в которых узлы являются достижимыми состояниями, а края - переходами состояний.

Макет [ править ]

Пакет макета SBML возник как набор соглашений об аннотациях, используемых на уровне 2 SBML. Он был представлен на форуме SBML в Сент-Луисе в 2004 году. [21] Ральф Гаугес написал спецификацию [22] и предоставил реализацию, которая широко использовалась. . Это первоначальное определение было переформулировано как пакет SBML уровня 3, а спецификация была официально выпущена в августе 2013 года.

Пакет макета уровня 3 SBML предоставляет спецификацию того, как представить сеть реакций в графической форме. Таким образом, он лучше приспособлен к задаче, чем использование произвольного рисунка или графика. Пакет SBML уровня 3 имеет дело только с информацией, необходимой для определения положения и других аспектов макета графика; дополнительные детали, необходимые для завершения графа, а именно то, как визуальные аспекты предназначены для рендеринга, являются поставкой отдельного пакета SBML уровня 3, называемого « Рендеринг» (получившего название « рендеринг »). По состоянию на ноябрь 2015 года доступен черновой вариант спецификации для пакета « рендеринг », но он еще не был официально завершен. [23]

Пакеты в разработке [ править ]

Разработка пакетов SBML уровня 3 проводится таким образом, что спецификации проверяются и предпринимаются попытки реализации в процессе разработки. Если спецификация стабильна и есть две реализации, которые ее поддерживают, пакет считается принятым. Все описанные выше пакеты достигли стадии приемки. В таблице ниже дается краткое описание пакетов, которые в настоящее время находятся в стадии разработки.

Имя пакетаЭтикеткаОписание
МассивымассивыПоддержка выражения массивов компонентов
РаспределенияраздаватьПоддержка моделей кодирования, которые выбирают значения из статистических распределений или определяют статистику, связанную с числовыми значениями.
ДинамикадинПоддержка создания и уничтожения сущностей во время симуляции
ГруппыгруппыСредство для группировки элементов
Многоступенчатые и многокомпонентные видымультиСтруктуры объектов для представления пулов сущностей с несколькими состояниями, состоящих из нескольких компонентов, и правила реакции, включающие их
РендерингоказыватьПоддержка определения графических символов и глифов, используемых в диаграмме модели; дополнение к пакету макетов
Обязательные элементыreqПоддержка точной индикации элементов SBML, которые были изменены из-за наличия другого пакета.
Пространственные процессыпространственныйПоддержка описания процессов, которые включают пространственный компонент, и описания задействованных геометрий

Структура [ править ]

Определение модели на уровнях 2 и 3 SBML состоит из списков одного или нескольких из следующих компонентов:

  • Определение функции : именованная математическая функция, которая может использоваться в остальной части модели.
  • Определение единицы : именованное определение новой единицы измерения или переопределение существующей единицы измерения SBML по умолчанию. Именованные единицы могут использоваться в выражении количеств в модели.
  • Тип отсека (только в SBML уровня 2): Тип места, где могут находиться реагирующие объекты, такие как химические вещества.
  • Тип вида (только в SBML Level 2): ​​Тип объекта, который может участвовать в реакциях. Примеры типов видов включают ионы, такие как Ca 2+ , молекулы, такие как глюкоза или АТФ, сайты связывания на белке и многое другое.
  • Отсек : хорошо перемешанный контейнер определенного типа и конечного размера, в котором могут находиться виды. Модель может содержать несколько отделений одного типа. Каждый вид в модели должен располагаться в отсеке.
  • Виды : совокупность сущностей одного и того же вида, расположенных в определенном отсеке .
  • Параметр : величина с символическим названием. В SBML термин параметр используется в общем смысле для обозначения именованных величин независимо от того, являются ли они константами или переменными в модели.
  • Начальное назначение : математическое выражение, используемое для определения начальных условий модели. Этот тип структуры может использоваться только для определения того, как значение переменной может быть вычислено из других значений и переменных в начале моделирования времени.
  • Правило : математическое выражение, используемое в сочетании с дифференциальными уравнениями, построенными на основе набора реакций в модели. Его можно использовать для определения того, как значение переменной может быть вычислено из других переменных, или для определения скорости изменения переменной. Набор правил в модели может использоваться с уравнениями скорости реакции для определения поведения модели во времени. Набор правил ограничивает модель на все время моделирования.
  • Ограничение : математическое выражение, определяющее ограничение на значения переменных модели. Ограничение применяется во все моменты смоделированного времени. Набор ограничений в модели не должен использоваться для определения поведения модели во времени.
  • Реакция : утверждение, описывающее некоторый процесс трансформации, переноса или связывания, который может изменить количество одного или нескольких видов. Например, реакция может описывать, как определенные объекты (реагенты) превращаются в некоторые другие объекты (продукты). С реакциями связаны выражения кинетической скорости, описывающие, как быстро они происходят.
  • Событие : утверждение, описывающее мгновенное прерывистое изменение набора переменных любого типа (концентрация видов, размер компартмента или значение параметра), когда выполняется условие срабатывания.

Сообщество [ править ]

По состоянию на февраль 2020 года около 300 программных систем рекламируют поддержку SBML. Текущий список доступен в форме Руководства по программному обеспечению SBML , размещенного на SBML.org.

SBML был и продолжает развиваться сообществом людей, создающих программные платформы для системной биологии, посредством активных списков рассылки по электронной почте и проводимых раз в два года семинаров. Встречи часто проводятся вместе с другими конференциями по биологии, особенно с Международной конференцией по системной биологии (ICSB). Работа сообщества координируется избранной редакционной коллегией, состоящей из пяти человек. Каждый редактор избирается на трехлетний срок без права продления.

Такие инструменты, как онлайн-валидатор модели, а также библиотеки с открытым исходным кодом для включения SBML в программное обеспечение, запрограммированное на C , C ++ , Java , Python , Mathematica , MATLAB и других языках, частично разрабатываются командой SBML, а частично - более широким сообществом SBML. . [24]

SBML - это официальный тип MIME IETF , указанный в RFC 3823. [25]

См. Также [ править ]

  • База данных биомоделей
  • BioPAX
  • CellML
  • MIASE
  • МИРИАМ
  • Онтология системной биологии
  • Графическая нотация системной биологии

Ссылки [ править ]

  1. ^ Энциклопедия системной биологии Dubitzky, W., Wolkenhauer, O., Yokota, H., Cho, K.-H. (Редакторы) SBML, pp2057-2062 Springer 2013 ISBN  978-1-4419-9863-7
  2. ^ Hucka, M .; Finney, A .; Sauro, HM; Bolouri, H .; Дойл, JC; Китано, Х .; Аркин, А.П .; Bornstein, BJ; Брей, Д; Корниш-Боуден, А .; Куэльяр, AA; Дронов, С .; Gilles, ED; Гинкель, М; Гор, В .; Горянин, II; Хедли, WJ; Hodgman, TC; Hofmeyr, J. -H .; Хантер, П.Дж.; Юти, Н.С. Kasberger, JL; Кремлинг, А .; Kummer, U .; Le Novère, N .; Loew, LM; Lucio, D .; Mendes, P .; Minch, E .; Mjolsness, ED; Nakayama, Y .; Нельсон, MR; Nielsen, PF; Сакурада, Т .; Schaff, JC; Шапиро, BE; Симидзу, Т.С.; Спенс, HD; Stelling, J .; Takahashi, K .; Tomita, M .; Wagner, J .; Ван, Дж. (2003). «Язык разметки системной биологии (SBML): среда для представления и обмена моделями биохимических сетей» . Биоинформатика. 19 (4): 524–531. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btg015 . PMID  12611808 .
  3. ^ Finney, A .; Хука, М. (2003). «Язык разметки системной биологии: Уровень 2 и выше». Труды биохимического общества . 31 (6): 1472–3. DOI : 10.1042 / BST0311472 . PMID 14641091 . 
  4. ^ a b Hucka, M .; Finney, A .; Bornstein, BJ; Китинг, С.М. Шапиро, BE; Matthews, J .; Ковиц, Б.Л .; Schilstra, MJ; Funahashi, A .; Дойл, JC; Китано, Х. (2004). «Развитие лингва-франка и соответствующей инфраструктуры программного обеспечения для вычислительной системной биологии: проект языка разметки системной биологии (SBML)» (PDF) . Системная биология . 1 (1): 41–53. DOI : 10.1049 / С.Б.: 20045008 . PMID 17052114 .  
  5. ^ Hucka, Майкл. «История СБМЛ» . Проверено 3 января 2010 года .
  6. ^ bionet.metabolic-reg. «ОБЪЯВЛЕНИЕ: Портативный двоичный метаболический стандарт» . Проверено 13 декабря 2010 года .
  7. ^ Келл, DB ; Мендес, П. (2008). «Разметка - это модель: рассуждения о моделях системной биологии в эпоху семантической паутины». Журнал теоретической биологии . 252 (3): 538–543. DOI : 10.1016 / j.jtbi.2007.10.023 . PMID 18054049 . 
  8. ^ Команда SBML. «Первый семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 3 декабря 2010 года .
  9. ^ Команда SBML. «2-й семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 13 декабря 2010 года .
  10. ^ Команда SBML. «Пятый семинар по программным платформам для системной биологии» . Проверено 3 января 2010 года .
  11. ^ Команда SBML. «13-й форум SBML» . Проверено 3 января 2010 года .
  12. ^ Финни, А., Hucka, М., Борнстейн, BJ, Keating, С.М., Шапиро, BE, Мэттьюз, J., Kovitz, BL, Schilstra, МДж, Фунахаси, А., Дойл, JC, Китано, Х. ( 2006 г.). «Программная инфраструктура для эффективного взаимодействия и повторного использования вычислительных моделей». Системное моделирование в клеточной биологии: от концепций до гаек и болтов . MIT Press. С. 369–378.CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  13. ^ Краузе, Фалько; Улендорф, Яннис; Любиц, Тимо; Шульц, Марвин; Клипп, Эдда; Либермейстер, Вольфрам (2009). «Аннотации и объединение моделей SBML с semanticSBML» . Биоинформатика . 26 (3): 421–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp642 . PMID 19933161 . 
  14. ↑ Альм, Ребекка; Вальтемат, Дагмар; Вольфьен, Маркус; Волькенхауэр, Олаф; Хенкель, Рон (2015). «Извлечение признаков на основе аннотаций из наборов моделей SBML» . Журнал биомедицинской семантики . 6 : 20. DOI : 10,1186 / s13326-015-0014-4 . PMC 4405863 . PMID 25904997 .  
  15. ^ Бретт Г. Оливье и Франк Т. Бергманн. «Пакет SBML уровня 3: ограничения баланса потока ('fbc')» . Проверено 24 ноября 2015 года .
  16. ^ Орт, Джеффри Д; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О. (2010). "Что такое анализ баланса потоков?" . Природа Биотехнологии . 28 (3): 245–8. DOI : 10.1038 / nbt.1614 . PMC 3108565 . PMID 20212490 .  
  17. ^ Оберхардт, Мэтью А; Палссон, Бернхард О; Папин, Джейсон А (2009). «Применение метаболических реконструкций в масштабе генома» . Молекулярная системная биология . 5 : 320. DOI : 10.1038 / msb.2009.77 . PMC 2795471 . PMID 19888215 .  
  18. ^ Батт, Грегори; Роперс, Дельфина; де Йонг, Хидде; Гейзельманн, Йоханнес; Матееску, Раду; Пейдж, Мишель; Шнайдер, Доминик (2005). «Валидация качественных моделей генетических регуляторных сетей путем проверки модели: анализ пищевой стрессовой реакции у Escherichia coli» . Биоинформатика . 21 : i19–28. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti1048 . PMID 15961457 . 
  19. ^ Helikar, Томас; Конвалина, Иоанн; Хидель, Джек; Роджерс, Джим А (2008). «Эмерджентное принятие решений в сетях передачи биологических сигналов» . Труды Национальной академии наук . 105 (6): 1913–1918. Bibcode : 2008PNAS..105.1913H . DOI : 10.1073 / pnas.0705088105 . PMC 2538858 . PMID 18250321 .  
  20. ^ Кларк, ЕМ, Грумберг, О., Пелед, Д. (1999). Модальная проверка . MIT Press.CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  21. ^ Команда SBML. «8-й Форум SBML» . Проверено 3 января 2010 года .
  22. ^ Датчики, Ральф; Рост, Урсула; Сахле, Свен; Вегнер, Катя (2006). «Расширение макета схемы модели для SBML» . Биоинформатика . 22 (15): 1879–85. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl195 . PMID 16709586 . 
  23. ^ Ralph Gauges; Свен Сахле; Катя Венглер; Франк Т. Бергманн и Сара М. Китинг. «Пакет SBML уровня 3: рендеринг ('рендеринг')» . Проверено 24 ноября 2015 года .
  24. ^ Родригес, Николас; Петти, Жан-Батист; Далле Пецце, Пьеро; Ли, Лу; Генри, Арно (2016). «Конвертер формата системной биологии» . BMC Bioinformatics . 17 (1): 1–7. DOI : 10,1186 / s12859-016-1000-2 . PMC 4820913 . PMID 27044654 .  
  25. ^ Kovitz, Benjamin (июнь 2004). «Тип носителя MIME для языка разметки системной биологии (SBML)» . Запрос комментариев от IETF 38 23 . Проверено 3 января 2010 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • Домашняя страница SBML
  • Презентации и постеры по SBML от Nature Precedings
  • Коммутационное моделирование в сети биологии