NetPath [1] - это вручную созданный ресурс путей передачи сигналов от человека . Это совместное усилие между Pandey лаборатории в Университете Джонса Хопкинса и Института биоинформатики (IOB), Бангалор, Индия , [2] и также работал над другими сторонами.
Содержание | |
---|---|
Описание | курируемые пути передачи сигнала. |
Контакт | |
Лаборатория | Институт биоинформатики |
Первичное цитирование | Кандасами и др. (2010) [1] |
Дата выпуска | 2010 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | http://www.netpath.org |
NetPath содержит 45 сигнальных путей, в том числе 10 путей, играющих важную роль в регуляции иммунной системы, и 10 путей, имеющих отношение к регуляции рака .
Обзор
45 путей содержат информацию, относящуюся к белок-белковым взаимодействиям , реакциям фермент-белковый субстрат, которые вызывают посттрансляционные модификации (PTM), а также каталог генов, которые дифференцированно регулируются при активации определенных лиганд- опосредованных рецепторных путей. Молекулы, которые локализуются в различных клеточных органеллах из-за их PTMs или специфических белок-белковых взаимодействий, которые происходят ниже по ходу пути, опосредованного лиганд-рецептором, доступны при событиях транслокации. Недавно NetPath также курировал молекулы, участвующие в регуляции транскрипции генов в контексте иммунных сигнальных путей. Реакции в NetPath курируются учеными с докторской степенью на основе экспериментальных данных, доступных в опубликованных исследовательских статьях. NetPath также содержит текстовое описание своих реакций с информацией о PTM, зависимости PTM от различных сигнальных реакций, субклеточной локализации, доменов или мотивов взаимодействия белков, а также типа клеток или линии клеток, в которых реакции доказаны. Информация в NetPath связана с соответствующими исследовательскими статьями и часто обновляется. Каждый путь подвергается различным уровням внутренней проверки качества и экспертной оценки со стороны экспертов и властей.
Разработка
NetPath был разработан с использованием PathBuilder, программного приложения с открытым исходным кодом для аннотирования и разработки ресурсов путей. [3] PathBuilder позволяет аннотировать молекулярные события, включая взаимодействия белок-белок, отношения фермент-субстрат и события транслокации белка, с помощью ручных или автоматических методов. Возможности PathBuilder включают автоматическую проверку форматов данных, встроенные модули для визуализации путей, автоматический импорт данных из других ресурсов путей, экспорт данных в нескольких стандартных форматах обмена данными и интерфейс прикладного программирования для извлечения наборов данных путей.
Доступность данных
Все 45 путей можно бесплатно загрузить в форматах BioPAX , PSI-MI и SBML . BioPAX - это новый стандарт обмена данными о путях. Пути доступны в соответствии с адаптивной лицензией Creative Commons License 2.5, которая предусматривает, что пути могут быть использованы, если авторам будет предоставлена соответствующая информация.
Иммунные сигнальные пути
Netpath поддерживает следующие иммунные сигнальные пути:
Сигнальные пути рака
Пути передачи сигналов рака были разработаны в сотрудничестве с Центром вычислительной биологии в Мемориальном онкологическом центре Слоуна-Кеттеринга и с лабораторией Бадера в Университете Торонто для «Карты раковых клеток». Netpath поддерживает следующие сигнальные пути рака:
Текущая статистика
Кураторские пути | 45 |
Вовлеченные молекулы | 1,053 |
Физические взаимодействия | 2448 |
Гены, регулируемые транскрипцией | 7 401 |
Транспорт | 284 |
Ферментный катализ | 1,597 |
Цитаты PubMed | 2228 |
Программа участия сообщества
Программа участия сообщества направлена на обучение студентов различных университетов Индии лечению побочных реакций. Это совместная программа под руководством Института биоинформатики, Бангалор, Индия, при активном участии лаборатории доктора Ахилеша Панди в Университете Джона Хопкинса (США) и лаборатории Гэри Бадера в Университете Торонто , Канада. В настоящее время участвуют студенты из 3 основных индийских университетов, а именно из Университета Пондичерри , Университета Пуны и Университета Майсура .
Рекомендации
- ^ а б Кандасами, Кумаран; Мохан, Суджата; Раджу, Раджеш; Кеэртикумар, Шивакумар; Кумар, Гхантасала С Самир; Венугопал, Абхилаш К; Теликичерла, Дипти; Наварро, Даниэль Дж; Мативанан, Суреш (2010). «NetPath: общедоступный ресурс контролируемых путей передачи сигналов» . Геномная биология . 11 (1): R3. DOI : 10.1186 / ГБ-2010-11-1-r3 . PMC 2847715 . PMID 20067622 .
- ^ Лаборатория доктора Akhilesh Пандей в
- ^ Kandasamy, K .; Keerthikumar, S .; Raju, R .; Кешава Прасад, ТС; Рамачандра, YL; Mohan, S .; Панди, А. (2009). «PathBuilder - программное обеспечение с открытым исходным кодом для аннотирования и разработки путевых ресурсов» . Биоинформатика . 25 (21): 2860–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp453 . PMC 2781757 . PMID 19628504 .
Внешние ссылки
- NetPath
- PandeyLab
- Институт биоинформатики
- Карта раковых клеток
- BioPAX
- PSI-MI
- SBML