Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Глоссарий по регулированию транскрипции
• регуляция транскрипции - контроль скорости транскрипции гена, например, помогая или препятствуя связыванию РНК-полимеразы с ДНК.
• транскрипция - процесс создания РНК из матрицы ДНК с помощью РНК-полимеразы.
• фактор транскрипции - вещество, такое как белок, которое вызывает определенную биохимическую реакцию или телесный процесс.
• промотор - участок ДНК, инициирующий транскрипцию определенного гена.
• Сигма-фактор - специальные бактериальные кофакторы, которые образуют комплекс с РНК-полимеразой и кодируют специфичность последовательности.
• коактиватор - белок, который работает с факторами транскрипции для увеличения скорости транскрипции генов.
• корепрессор - белок, который работает с факторами транскрипции и снижает скорость транскрипции генов.
редактировать

В области молекулярной биологии и генетики , регуляция транскрипции является средством , с помощью которого клетка регулирует преобразование ДНК в РНК ( транскрипции ), таким образом , организуя активность гена . Один ген можно регулировать различными способами, от изменения количества копий РНК, которые транскрибируются, до временного контроля того, когда ген транскрибируется. Этот контроль позволяет клетке или организму реагировать на различные внутри- и внеклеточные сигналы и, таким образом, вызывать ответ. Некоторые примеры этого включают производство мРНК, которая кодирует ферменты, чтобы адаптироваться к изменениям в источнике пищи, продуцируя генпродукты, участвующие в специфической активности клеточного цикла и продуцирующие генные продукты, ответственные за клеточную дифференциацию у многоклеточных эукариот, как это было изучено в эволюционной биологии развития .

Регуляция транскрипции - жизненно важный процесс для всех живых организмов. Он управляется факторами транскрипции и другими белками, работающими совместно, чтобы точно настроить количество продуцируемой РНК с помощью различных механизмов. Бактерии и эукариотыимеют очень разные стратегии осуществления контроля над транскрипцией, но некоторые важные особенности остаются сохраненными между ними. Наиболее важным является идея комбинаторного контроля, заключающаяся в том, что любой данный ген, вероятно, контролируется определенной комбинацией факторов, контролирующих транскрипцию. В гипотетическом примере факторы A и B могут регулировать отдельный набор генов из комбинации факторов A и C. Эта комбинаторная природа распространяется на комплексы из более чем двух белков и допускает очень небольшую подгруппу (менее 10%). ) генома для управления программой транскрипции всей клетки.

В бактериях [ править ]

Оперон мальтозы является примером положительного контроля транскрипции. [1] Когда мальтоза отсутствует в E. coli, не будет происходить транскрипция генов мальтозы, и мальтоза не будет связываться с белком-активатором мальтозы. Это предотвращает связывание белка-активатора с сайтом связывания активатора на гене, что, в свою очередь, предотвращает связывание РНК-полимеразы с промотором мальтозы. Транскрипция не производится. [1]

Большая часть раннего понимания транскрипции пришла из бактерий [2], хотя степень и сложность регуляции транскрипции больше у эукариот. Бактериальная транскрипция регулируется тремя основными элементами последовательности:

  • Промоторы - это элементы ДНК, которые могут связывать РНК-полимеразу и другие белки для успешного инициирования транскрипции непосредственно перед геном.
  • Операторы распознают белки-репрессоры, которые связываются с участком ДНК и ингибируют транскрипцию гена.
  • Элементы положительного контроля, которые связываются с ДНК и вызывают более высокие уровни транскрипции. [3]

Хотя эти средства регуляции транскрипции также существуют у эукариот, ландшафт транскрипции значительно сложнее как из-за количества задействованных белков, так и из-за присутствия интронов и упаковки ДНК в гистоны .

Транскрипция основного бактериального гена зависит от силы его промотора и присутствия активаторов или репрессоров. В отсутствие других регуляторных элементов сродство промоторной последовательности к РНК-полимеразам варьируется, что приводит к продукции различных количеств транскрипта. Вариабельная аффинность РНК-полимеразы к различным промоторным последовательностям связана с областями консенсусной последовательности перед сайтом начала транскрипции. Чем больше нуклеотидов промотора согласуется с консенсусной последовательностью, тем сильнее сродство промотора к РНК-полимеразе. [4]

Когда мальтоза присутствует в E. coli, она связывается с белком-активатором мальтозы (№1), который способствует связыванию белка-активатора мальтозы с сайтом связывания активатора (№2). Это позволяет РНК-полимеразе связываться с mal промотором (№ 3). Затем транскрипция генов malE, malF и malG продолжается (№4) по мере того, как белок-активатор мальтозы и РНК-полимераза перемещаются вниз по ДНК. [1] malE кодирует мальтозу-связывающий периплазматический белок и помогает транспорту мальтозы через клеточную мембрану. [5] malF кодирует белок пермеазы транспортной системы мальтозы и помогает перемещать мальтозу через клеточную мембрану. [6] malG кодирует белок транспортной системы, а также помогает перемещать мальтозу через клеточную мембрану. [7]

В отсутствие других регуляторных элементов состояние бактериального транскрипта по умолчанию должно находиться в состоянии «включено», что приводит к продукции некоторого количества транскрипта. Это означает, что регуляция транскрипции в виде белковых репрессоров и элементов положительного контроля может увеличивать или уменьшать транскрипцию. Репрессоры часто физически занимают место промотора, закрывая связывание РНК-полимеразы. В качестве альтернативы репрессор и полимераза могут связываться с ДНК одновременно с физическим взаимодействием между репрессором, предотвращающим открытие ДНК для доступа к минус-цепи для транскрипции. Эта стратегия контроля отличается от эукариотической транскрипции, базальное состояние которой должно быть отключено и где кофакторы, необходимые для инициации транскрипции, сильно зависят от генов. [8]

Сигма-факторы - это специализированные бактериальные белки, которые связываются с РНК-полимеразами и управляют инициацией транскрипции. Сигма-факторы действуют как медиаторы транскрипции, специфичной для последовательности, так что один сигма-фактор может использоваться для транскрипции всех генов домашнего хозяйства или набора генов, которые клетка желает экспрессировать в ответ на некоторые внешние стимулы, такие как стресс. [9]

Помимо процессов, регулирующих транскрипцию на стадии инициации, синтез мРНК также контролируется скоростью элонгации транскрипции. [10] Паузы РНК-полимеразы происходят часто и регулируются факторами транскрипции, такими как NusG и NusA, транскрипционно-трансляционным сопряжением и вторичной структурой мРНК. [11] [12]

У эукариот [ править ]

Дополнительная сложность создания эукариотической клетки ведет к усложнению регуляции транскрипции. У эукариот есть три РНК-полимеразы, известные как Pol I , Pol II и Pol III . Каждая полимераза имеет определенные цели и активности и регулируется независимыми механизмами. Существует ряд дополнительных механизмов, с помощью которых можно контролировать активность полимеразы. Эти механизмы в целом можно разделить на три основные области:

  • Контроль доступа полимеразы к гену. Это, пожалуй, самый широкий из трех механизмов контроля. Сюда входят функции ферментов ремоделирования гистонов , факторов транскрипции, энхансеров и репрессоров, а также многих других комплексов.
  • Продуктивное удлинение транскрипта РНК. Как только полимераза связывается с промотором, ей требуется другой набор факторов, чтобы позволить ей выйти из комплекса промотора и начать успешную транскрипцию РНК.
  • Прекращение действия полимеразы. Было обнаружено, что ряд факторов контролирует, как и когда происходит терминация, которая будет определять судьбу транскрипта РНК.

Все три системы работают сообща, интегрируя сигналы от клетки и соответствующим образом изменяя программу транскрипции.

В то время как в прокариотических системах базальное состояние транскрипции можно рассматривать как неограничивающее (то есть «включено» в отсутствие модифицирующих факторов), эукариоты имеют ограничительное базальное состояние, которое требует привлечения других факторов для генерации транскриптов РНК. Это различие в значительной степени связано с уплотнением генома эукариот путем наматывания ДНК на гистоны с образованием структур более высокого порядка. Это уплотнение делает промотор гена недоступным без помощи других факторов ядра, и, таким образом, структура хроматина является общим местом регуляции. Подобно сигма-факторам у прокариот, общие факторы транскрипции (GTF) представляют собой набор факторов у эукариот, которые необходимы для всех событий транскрипции.Эти факторы ответственны за стабилизацию связывающих взаимодействий и открытие спирали ДНК, чтобы позволить РНК-полимеразе получить доступ к матрице, но, как правило, не обладают специфичностью к различным промоторным сайтам.[13] Большая часть регуляции генов происходит через факторы транскрипции, которые либо рекрутируют, либо ингибируют связывание общего аппарата транскрипции и / или полимеразы. Это может быть достигнуто посредством тесного взаимодействия с коровыми элементами промотора или с помощью элементов-энхансеров, находящихся на большом расстоянии.

Как только полимераза успешно связывается с матрицей ДНК, ей часто требуется помощь других белков, чтобы покинуть стабильный промоторный комплекс и начать удлинение зарождающейся цепи РНК. Этот процесс называется ускользанием от промотора и представляет собой еще один шаг, на котором регуляторные элементы могут действовать, ускоряя или замедляя процесс транскрипции. Точно так же факторы белка и нуклеиновой кислоты могут связываться с комплексом элонгации и модулировать скорость, с которой полимераза перемещается по матрице ДНК.

На уровне состояния хроматина [ править ]

У эукариот геномная ДНК сильно уплотнена, чтобы можно было поместить ее в ядро. Это достигается путем наматывания ДНК на октамеры белка, называемые гистонами , что влияет на физическую доступность частей генома в любой момент времени. Значительные части заглушаются за счет модификаций гистонов и, таким образом, недоступны для полимераз или их кофакторов. Наивысший уровень регуляции транскрипции происходит за счет перестройки гистонов, чтобы обнажить или изолировать гены, потому что эти процессы обладают способностью делать недоступными целые области хромосомы, например, то, что происходит при импринтинге.

Перестройке гистонов способствуют посттрансляционные модификации хвостов основных гистонов. Широкий спектр модификаций может быть сделан с помощью таких ферментов, как гистонацетилтрансферазы (HAT) , гистоновые метилтрансферазы (HMT) и гистоновые деацетилазы (HDAC) , среди других. Эти ферменты могут добавлять или удалять ковалентные модификации, такие как метильные группы, ацетильные группы, фосфаты и убиквитин. Модификации гистонов служат для рекрутирования других белков, которые могут либо увеличивать уплотнение хроматина и секвестр промоторных элементов, либо увеличивать расстояние между гистонами и обеспечивать ассоциацию факторов транскрипции или полимеразы на открытой ДНК. [14]Напр., Триметилирование H3K27 с помощью поликомбического комплекса PRC2 вызывает уплотнение хромосом и молчание генов. [15] Эти модификации гистонов могут быть созданы клеткой или унаследованы эпигенетическим способом от родителя.

На уровне метилирования цитозина [ править ]

Метилирование ДНК - это добавление метильной группы к ДНК, происходящее в цитозине . На изображении показано основание с одним кольцом цитозина и метильная группа, добавленные к 5-му атому углерода. У млекопитающих метилирование ДНК происходит почти исключительно в цитозине, за которым следует гуанин .

5-Метилцитозин представляет собой метилированную форму цитозина основания ДНК (C), которая регулирует транскрипцию генов у млекопитающих. [16] Метилированные цитозины в основном встречаются в динуклеотидных последовательностях, где за цитозином следует гуанин, сайт CpG . Общее количество сайтов CpG в геноме человека составляет примерно 28 миллионов. [17] и обычно около 70% всех сайтов CpG имеют метилированный цитозин. [18] Метилирование CpG в промоторной области гена подавляет транскрипцию [19] в то время как метилирование CpG в теле гена увеличивает экспрессию. [20] Ферменты ТЕТ играют центральную роль в деметилировании метилированных цитозинов. Деметилирование CpG в промоторе гена за счет активности фермента TET увеличивает транскрипцию гена. [21]

Через факторы транскрипции и энхансеры [ править ]

Факторы транскрипции [ править ]

Факторы транскрипции - это белки, которые связываются со специфическими последовательностями ДНК, чтобы регулировать экспрессию данного гена. В геноме человека около 1400 факторов транскрипции, и они составляют около 6% всех генов, кодирующих человеческий белок. [22] Сила факторов транскрипции заключается в их способности активировать и / или подавлять широкий репертуар нижестоящих генов-мишеней. Тот факт, что эти факторы транскрипции работают комбинаторно, означает, что только небольшая часть генома организма кодирует факторы транскрипции. Факторы транскрипции действуют через множество механизмов. По одному механизму метилирование CpG влияет на связывание большинства факторов транскрипции с ДНК - в некоторых случаях отрицательно, а в других положительно. [23] Кроме того, часто они находятся в конце пути передачи сигнала, который функционирует, чтобы изменить что-то в факторе, например, его субклеточную локализацию или его активность. Посттрансляционные модификации факторов транскрипции, расположенных в цитозоле, могут вызывать их перемещение в ядро, где они могут взаимодействовать со своими соответствующими энхансерами. Другие факторы транскрипции уже находятся в ядре и модифицированы для обеспечения взаимодействия с факторами транскрипции партнеров. Некоторые посттрансляционные модификации, которые, как известно, регулируют функциональное состояние факторов транскрипции, включают фосфорилирование , ацетилирование , сумоилирование и убиквитилирование.. Факторы транскрипции можно разделить на две основные категории: активаторы и репрессоры.. В то время как активаторы могут прямо или косвенно взаимодействовать с основным аппаратом транскрипции посредством связывания энхансера, репрессоры преимущественно рекрутируют корепрессорные комплексы, что приводит к репрессии транскрипции за счет конденсации хроматина в энхансерных областях. Также может случиться так, что репрессор может функционировать посредством аллостерической конкуренции против детерминированного активатора, подавляя экспрессию гена: перекрывающиеся ДНК-связывающие мотивы как для активаторов, так и для репрессоров вызывают физическую конкуренцию за место связывания. Если репрессор имеет более высокое сродство к своему мотиву, чем активатор, транскрипция будет эффективно блокироваться в присутствии репрессора. Жесткий регуляторный контроль достигается за счет очень динамичной природы факторов транскрипции. Опять же, существует множество различных механизмов для контроля активности фактора транскрипции.Эти механизмы включают контроль над локализацией белка или контроль над тем, может ли белок связывать ДНК.[24] Примером этого является белок HSF1 , который остается связанным с Hsp70 в цитозоле и перемещается в ядро ​​только при клеточном стрессе, таком как тепловой шок. Таким образом, гены, находящиеся под контролем этого фактора транскрипции, останутся нетранскрибируемыми, если клетка не подвергнется стрессу. [25]

Усилители [ править ]

Энхансеры или цис-регуляторные модули / элементы (CRM / CRE) представляют собой некодирующие последовательности ДНК, содержащие несколько сайтов связывания активатора и репрессора. Энхансеры имеют длину от 200 п.о. до 1 т.п.н. и могут располагаться проксимально, на 5 'выше промотора, или внутри первого интрона регулируемого гена, или дистально, в интронах соседних генов или межгенных областях вдали от локуса. Посредством образования петель ДНК активные энхансеры связываются с промотором в зависимости от специфичности промотора основного ДНК-связывающего мотива. [26]Дихотомия промотор-энхансер обеспечивает основу для функционального взаимодействия между факторами транскрипции и основным механизмом транскрипции, чтобы запустить выход РНК Pol II из промотора. В то время как можно было подумать, что соотношение энхансер-промотор составляет 1: 1, исследования генома человека предсказывают, что активный промотор взаимодействует с 4-5 энхансерами. Точно так же энхансеры могут регулировать более одного гена без ограничения сцепления и, как говорят, «пропускают» соседние гены, чтобы регулировать более отдаленные. Хотя и нечасто, регуляция транскрипции может включать элементы, расположенные в хромосоме, отличной от той, где находится промотор. Проксимальные энхансеры или промоторы соседних генов могут служить платформами для рекрутирования более дистальных элементов. [27]

Нормативный ландшафт [ править ]

Инициирование, терминация и регуляция транскрипции опосредуются «петлей ДНК», которая объединяет промоторы, энхансеры, факторы транскрипции и факторы процессинга РНК, чтобы точно регулировать экспрессию генов. [28] Захват конформации хромосомы (3C) и недавние методы Hi-C предоставили доказательства того, что активные области хроматина «уплотнены» в ядерных доменах или телах, где усилена регуляция транскрипции. [29] Конфигурация генома важна для близости энхансера и промотора. Решения о судьбе клеток опосредуются высокодинамичными геномными реорганизациями на интерфазе, чтобы модульно включать или выключать целые генные регуляторные сети посредством коротких и дальних реаранжировок хроматина. [30]Связанные исследования демонстрируют, что геномы многоклеточных животных разделены на структурные и функциональные единицы вокруг мегабазы, давно называемой топологическими ассоциативными доменами (TAD), содержащей десятки генов, регулируемых сотнями энхансеров, распределенных в больших геномных областях, содержащих только некодирующие последовательности. Функция TAD заключается в перегруппировке энхансеров и промоторов, взаимодействующих вместе в одном большом функциональном домене, вместо того, чтобы распространять их в разных TAD. [31]Однако исследования развития мышей указывают на то, что два соседних TAD могут регулировать один и тот же кластер генов. Наиболее актуальное исследование эволюции конечностей показывает, что TAD на 5 'кластере генов HoxD в геномах четвероногих управляет его экспрессией в зародышах зачатков дистальных конечностей, давая рост руке, тогда как рука, расположенная на 3' стороне, делает это в проксимальный зачаток конечности, дающий начало руке. [32]Тем не менее, неизвестно, являются ли TAD адаптивной стратегией для усиления регуляторных взаимодействий или эффектом ограничений на эти же взаимодействия. Границы TAD часто состоят из генов домашнего хозяйства, тРНК, других высокоэкспрессируемых последовательностей и коротких вкрапленных элементов (SINE). Хотя эти гены могут использовать преимущество своего пограничного положения для повсеместной экспрессии, они не связаны напрямую с образованием краев TAD. Специфические молекулы, идентифицированные на границах TAD, называются инсуляторами или архитектурными белками, потому что они не только блокируют утечку экспрессии энхансера, но также обеспечивают точную компартментализацию цис-регуляторных входов в целевой промотор. Эти изоляторыпредставляют собой ДНК-связывающие белки, такие как CTCF и TFIIIC, которые помогают привлекать структурных партнеров, таких как когезины и конденсины. Локализация и связывание архитектурных белков с соответствующими сайтами связывания регулируется посттрансляционными модификациями. [33]ДНК-связывающие мотивы, распознаваемые архитектурными белками, либо занимают много места и находятся на расстоянии около мегабаз друг от друга, либо имеют низкую занятость и внутри TAD. Сайты с высокой занятостью обычно консервативны и статичны, в то время как сайты внутри TAD динамичны в соответствии с состоянием клетки, поэтому сами TAD разделены на субдомены, которые можно назвать субдоменами размером от нескольких kb до длины TAD (19). Когда сайты архитектурного связывания находятся на расстоянии менее 100 т.п.н. друг от друга, белки-медиаторы представляют собой архитектурные белки, которые взаимодействуют с когезином. Для subTAD размером более 100 т.п.н. и границ TAD CTCF является типичным изолятором, взаимодействующим с когезией. [34]

О прединициативном комплексе и побеге промотора [ править ]

У эукариот рибосомная рРНК и тРНК, участвующие в трансляции, контролируются РНК-полимеразой I (Pol I) и РНК-полимеразой III (Pol III). РНК-полимераза II (Pol II) отвечает за производство информационной РНК (мРНК) внутри клетки. В частности, для Pol II, большая часть регуляторных контрольных точек в процессе транскрипции происходит при сборке и ускользании из комплекса пре-инициации . Ген-специфическая комбинация факторов транскрипции будет рекрутировать TFIID и / или TFIIA на основной промотор с последующей ассоциацией TFIIB., создавая стабильный комплекс, на котором могут собираться остальные общие факторы транскрипции (GTF) . [35] Этот комплекс относительно стабилен и может пройти несколько раундов инициации транскрипции. [36] После связывания TFIIB и TFIID, Pol II остальные GTF могут собираться. Эта сборка отмечена посттрансляционной модификацией (обычно фосфорилированием) C-концевого домена (CTD) Pol II посредством ряда киназ. [37] CTD представляет собой большой неструктурированный домен, отходящий от субъединицы RbpI Pol II, и состоит из множества повторов гептадной последовательности YSPTSPS. TFIIHгеликаза, которая остается связанной с Pol II на протяжении всей транскрипции, также содержит субъединицу с киназной активностью, которая фосфорилирует серины 5 в гептадной последовательности. Точно так же как CDK8 (субъединица массивного мультипротеинового комплекса-медиатора), так и CDK9 (субъединица фактора элонгации p-TEFb ) обладают киназной активностью по отношению к другим остаткам на CTD. [38] Эти события фосфорилирования способствуют процессу транскрипции и служат сайтами рекрутирования для механизма процессинга мРНК. Все три из этих киназ отвечают на восходящие сигналы, и неспособность фосфорилировать CTD может привести к остановке полимеразы на промоторе.

В раке [ править ]

Основная статья: Регуляция транскрипции при раке

У позвоночных большинство промоторов генов содержат островок CpG с многочисленными сайтами CpG . [39] Когда многие промоторные CpG-сайты гена метилированы, ген заглушается. [40] Колоректальный рак обычно имеет от 3 до 6 мутаций водителя и от 33 до 66 мутаций автостопщика или пассажира. [41] Однако подавление транскрипции может иметь большее значение, чем мутации, в развитии рака. Например, при колоректальном раке от 600 до 800 генов транскрипционно подавляются метилированием CpG-островков (см. Регуляцию транскрипции при раке).). Репрессия транскрипции при раке также может происходить за счет других эпигенетических механизмов, таких как измененная экспрессия микроРНК . [42] При раке груди репрессия транскрипции BRCA1 может происходить чаще за счет сверхэкспрессии микроРНК-182, чем за счет гиперметилирования промотора BRCA1 (см. Низкая экспрессия BRCA1 при раке груди и яичников ).

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Мэдиган, Майкл Т. Брок Биология микроорганизмов, 15e . Пирсон. п. 178. ISBN 9780134602295.
  2. ^ JACOB F, J Моно (июнь 1961). «Генетические регуляторные механизмы в синтезе белков». J. Mol. Биол . 3 (3): 318–56. DOI : 10.1016 / s0022-2836 (61) 80072-7 . PMID 13718526 . 
  3. ^ Englesberg E, Irr J, Power J, Ли N (октябрь 1965 г.). «Положительный контроль синтеза ферментов геном C в системе L-арабинозы» . J. Bacteriol . 90 (4): 946–57. DOI : 10.1128 / JB.90.4.946-957.1965 . PMC 315760 . PMID 5321403 .  
  4. ^ Басби S, Ebright RH (декабрь 1994). «Структура промотора, распознавание промотора и активация транскрипции в прокариотах». Cell . 79 (5): 743–6. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (94) 90063-9 . PMID 8001112 . S2CID 34940548 .  
  5. ^ «malE - предшественник мальтозо-связывающего периплазматического белка - Escherichia coli (штамм K12) - ген и белок malE» . www.uniprot.org . Проверено 20 ноября 2017 года .
  6. ^ "malF - белок пермеазы Мальтозы MalF - Escherichia coli (штамм K12) - ген и белок malF" . www.uniprot.org . Проверено 20 ноября 2017 года .
  7. ^ «malG - белок пермеазы мальтозной транспортной системы - MalG - Escherichia coli (штамм K12) - ген и белок malG» . www.uniprot.org . Проверено 20 ноября 2017 года .
  8. ^ Payankaulam S, Li LM, Arnosti DN (сентябрь 2010). «Транскрипционная репрессия: сохраненные и развитые особенности» . Curr. Биол . 20 (17): R764–71. DOI : 10.1016 / j.cub.2010.06.037 . PMC 3033598 . PMID 20833321 .  
  9. Перейти ↑ Gruber TM, Gross CA (2003). «Множественные сигма-субъединицы и разделение бактериального транскрипционного пространства». Анну. Rev. Microbiol . 57 : 441–66. DOI : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090913 . PMID 14527287 . 
  10. ^ Канг, J .; Мишанина, ТВ; Ландик Р. и Дарст С.А. (2019). «Механизмы транскрипционной паузы у бактерий» . Журнал молекулярной биологии . 431 (20): 4007–4029. DOI : 10.1016 / j.jmb.2019.07.017 . PMC 6874753 . PMID 31310765 .  
  11. ^ Zhang, J. & Landick, Р. (2016). «Улица с двусторонним движением: регуляторное взаимодействие между РНК-полимеразой и зарождающейся структурой РНК» . Журнал молекулярной биологии . 41 (4): 293–310. DOI : 10.1016 / j.tibs.2015.12.009 . PMC 4911296 . PMID 26822487 .  
  12. ↑ Арцимович, I. (2018). «Восстановление моста между транскрипцией и переводом» . Молекулярная микробиология . 108 (5): 467–472. DOI : 10.1111 / mmi.13964 . PMC 5980768 . PMID 29608805 .  
  13. ^ Struhl K (июль 1999). «Принципиально разная логика регуляции генов у эукариот и прокариот». Cell . 98 (1): 1–4. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80599-1 . PMID 10412974 . S2CID 12411218 .  
  14. ^ Кало E, Wysocka J (март 2013). «Модификация хроматина энхансера: что, как и почему?» . Мол. Cell . 49 (5): 825–37. DOI : 10.1016 / j.molcel.2013.01.038 . PMC 3857148 . PMID 23473601 .  
  15. ^ Де Napoles М, Mermoud JE, Wakao R, Tang Ю.А., ЭндоН M, R, Appanah Нестеровой TB, Silva J, Otte А.П., Vidal М, Н, косэки Брокдорф N (ноябрь 2004 г.). «Белки группы Polycomb Ring1A / B связывают убиквитилирование гистона H2A с наследственным молчанием гена и инактивацией X». Dev. Cell . 7 (5): 663–76. DOI : 10.1016 / j.devcel.2004.10.005 . PMID 15525528 . 
  16. ^ Турек-Плева J, Jagodzinski PP (2005). «Роль метилтрансфераз ДНК млекопитающих в регуляции экспрессии генов». Клетка. Мол. Биол. Lett . 10 (4): 631–47. PMID 16341272 . 
  17. ^ Левквиста C, Додд IB, Sneppen K, Haerter JO (июнь 2016). «Метилирование ДНК в эпигеномах человека зависит от локальной топологии сайтов CpG» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (11): 5123–32. DOI : 10.1093 / NAR / gkw124 . PMC 4914085 . PMID 26932361 .  
  18. ^ Джаббари K, Бернарди G (май 2004). «Метилирование цитозина и частоты CpG, TpG (CpA) и TpA». Джин . 333 : 143–9. DOI : 10.1016 / j.gene.2004.02.043 . PMID 15177689 . 
  19. ↑ Weber M, Hellmann I, Stadler MB, Ramos L, Pääbo S, Rebhan M, Schübeler D (апрель 2007 г.). «Распределение, потенциал молчания и эволюционное влияние метилирования промоторной ДНК в геноме человека». Nat. Genet . 39 (4): 457–66. DOI : 10.1038 / ng1990 . PMID 17334365 . S2CID 22446734 .  
  20. ↑ Ян Х, Хан Х, Де Карвальо Д. Д., Лэй Ф. Д., Джонс ПА, Лян Г. (октябрь 2014 г.). «Метилирование тела генов может изменять экспрессию генов и является терапевтической мишенью при раке» . Раковая клетка . 26 (4): 577–90. DOI : 10.1016 / j.ccr.2014.07.028 . PMC 4224113 . PMID 25263941 .  
  21. ^ Maeder ML, Angstman JF, Richardson ME, Linder SJ, Cascio VM, Tsai SQ, Ho QH, Sander JD, Reyon D, Bernstein BE, Costello JF, Wilkinson MF, Joung JK (декабрь 2013 г.). «Направленное деметилирование ДНК и активация эндогенных генов с использованием программируемых слитых белков TALE-TET1» . Nat. Biotechnol . 31 (12): 1137–42. DOI : 10.1038 / nbt.2726 . PMC 3858462 . PMID 24108092 .  
  22. ^ Vaquerizas JM, Куммерфельд С.К., Teichmann С.А., Ласкомб Н.М. (апрель 2009). «Перепись факторов транскрипции человека: функция, выражение и эволюция». Nat. Преподобный Жене . 10 (4): 252–63. DOI : 10.1038 / nrg2538 . PMID 19274049 . S2CID 3207586 .  
  23. ^ Инь У, Моргунова Е, Jolma А, Каасинны Е, Сах В, Khund-Саид S, Дас ПК, Kivioja Т, Дэйв К, Zhong Ж, Нитта КР, Taipale М, Попов, Ginno П.А., Domcke S, Ян J , Шубелер Д., Винсон С., Тайпале Дж. (Май 2017 г.). «Влияние метилирования цитозина на специфичность связывания ДНК факторов транскрипции человека». Наука . 356 (6337): eaaj2239. DOI : 10.1126 / science.aaj2239 . PMID 28473536 . S2CID 206653898 .  
  24. ^ Витезид ST, Goodbourn S (апрель 1993). «Передача сигнала и ядерное нацеливание: регуляция активности фактора транскрипции путем субклеточной локализации». J. Cell Sci . 104 (Pt 4): 949–55. PMID 8314906 . 
  25. ^ Vihervaara A, Sistonen L (январь 2014). «Краткий обзор HSF1» . J. Cell Sci . 127 (Pt 2): 261–6. DOI : 10,1242 / jcs.132605 . PMID 24421309 . 
  26. Перейти ↑ Levine M (сентябрь 2010 г.). «Усилители транскрипции в развитии и эволюции животных» . Curr. Биол . 20 (17): R754–63. DOI : 10.1016 / j.cub.2010.06.070 . PMC 4280268 . PMID 20833320 .  
  27. ^ Ван Arensbergen Дж, ван Steensel Б, Bussemaker HJ (ноябрь 2014). «В поисках детерминант специфичности взаимодействия энхансер-промотор» . Trends Cell Biol . 24 (11): 695–702. DOI : 10.1016 / j.tcb.2014.07.004 . PMC 4252644 . PMID 25160912 .  
  28. ↑ Mercer TR, Mattick JS (июль 2013 г.). «Понимание регуляторной и транскрипционной сложности генома через структуру» . Genome Res . 23 (7): 1081–8. DOI : 10.1101 / gr.156612.113 . PMC 3698501 . PMID 23817049 .  
  29. Перейти ↑ Dekker J, Marti-Renom MA, Mirny LA (июнь 2013). «Изучение трехмерной организации геномов: интерпретация данных взаимодействия хроматина» . Nat. Преподобный Жене . 14 (6): 390–403. DOI : 10.1038 / nrg3454 . PMC 3874835 . PMID 23657480 .  
  30. ^ Гомес Диас E, Corces В.Г. (ноябрь 2014). «Архитектурные белки: регуляторы трехмерной организации генома в судьбе клетки» . Trends Cell Biol . 24 (11): 703–11. DOI : 10.1016 / j.tcb.2014.08.003 . PMC 4254322 . PMID 25218583 .  
  31. Перейти ↑ Smallwood A, Ren B (июнь 2013 г.). «Организация генома и дальняя регуляция экспрессии генов энхансерами» . Curr. Opin. Cell Biol . 25 (3): 387–94. DOI : 10.1016 / j.ceb.2013.02.005 . PMC 4180870 . PMID 23465541 .  
  32. ^ Woltering JM, Noordermeer D, Leleu M, Duboule D (январь 2014). «Сохранение и дивергенция регуляторных стратегий в Hox Loci и происхождение пальцев четвероногих» . PLOS Biol . 12 (1): e1001773. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001773 . PMC 3897358 . PMID 24465181 .  
  33. ^ Ван Н, Maurano МТ, Цюй Н, Варлей К.Е., Герц Дж, Паули Ж, Ли К, Канфилд Т, Уивер М, Сандстром R, Турман RE, Каул Р, Майерс Р. М., Stamatoyannopoulos JA (сентябрь 2012). «Широко распространенная пластичность в использовании CTCF связана с метилированием ДНК» . Genome Res . 22 (9): 1680–8. DOI : 10.1101 / gr.136101.111 . PMC 3431485 . PMID 22955980 .  
  34. ^ Филлипс-Креминс Дж. Э., Саурия М. Е., Саньял А., Герасимова Т. И., Ладжуа Б. Р., Белл Дж. С. и др. (Июнь 2013). «Архитектурные подклассы белков формируют трехмерную организацию геномов во время фиксации клонов» . Cell . 153 (6): 1281–95. DOI : 10.1016 / j.cell.2013.04.053 . PMC 3712340 . PMID 23706625 .  
  35. Перейти ↑ Thomas MC, Chiang CM (2006). «Общий аппарат транскрипции и общие кофакторы». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол . 41 (3): 105–78. CiteSeerX 10.1.1.376.5724 . DOI : 10.1080 / 10409230600648736 . PMID 16858867 . S2CID 13073440 .   
  36. ^ Voet, Дональд Voet, Джудит Г. (2011). Биохимия (4-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Джон Уайли и сыновья. ISBN 978-0470917459.
  37. ^ Наполитано G, Lania L, Majello B (май 2014). «Модификации CTD РНК-полимеразы II: сколько сказок в одном хвосте». J. Cell. Physiol . 229 (5): 538–44. DOI : 10.1002 / jcp.24483 . PMID 24122273 . 
  38. Перейти ↑ Chapman RD, Conrad M, Eick D (сентябрь 2005 г.). «Роль неконсенсусных повторов С-концевого домена (CTD) РНК-полимеразы II млекопитающих в стабильности CTD и пролиферации клеток» . Мол. Клетка. Биол . 25 (17): 7665–74. DOI : 10.1128 / MCB.25.17.7665-7674.2005 . PMC 1190292 . PMID 16107713 .  
  39. ^ Saxonov S, P Berg, Brutlag DL (2006). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека позволяет выделить два различных класса промоторов» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (5): 1412–7. DOI : 10.1073 / pnas.0510310103 . PMC 1345710 . PMID 16432200 .  
  40. Перейти ↑ Bird A (2002). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память» . Genes Dev . 16 (1): 6–21. DOI : 10,1101 / gad.947102 . PMID 11782440 . 
  41. ^ Фогельштейна В, Пападопулос N, Velculescu VE, Чжоу S, Диас Л.А., Кинзлер КВт (2013). «Пейзажи генома рака» . Наука . 339 (6127): 1546–58. DOI : 10.1126 / science.1235122 . PMC 3749880 . PMID 23539594 .  
  42. ^ Tessitore А, Cicciarelli О Дель Веккио Ж, Гаджано А, Verzella Д, Fischietti М, Vecchiotti Д, Capece Д, Zazzeroni Ж, Alesse Е (2014). «МикроРНК в сети повреждения / восстановления ДНК и рака» . Int J Genom . 2014 : 1–10. DOI : 10.1155 / 2014/820248 . PMC 3926391 . PMID 24616890 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных факторов транскрипции растений и платформа для анализа данных и регуляции транскрипции растений
  • MIT: Активация нового понимания регуляции генов