Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
1 : РНК-полимераза, 2 : Репрессор, 3 : Промотор, 4 : Оператор, 5 : Лактоза, 6 : lacZ, 7 : lacY, 8 : lacA.

Вверху : транскрипция гена отключена. Нет лактозы, ингибирующей репрессор , поэтому репрессор связывается с оператором , что препятствуетсвязыванию РНК-полимеразы с промотором и созданию мРНК, кодирующей ген лактазы.

Нижний: Ген включен. Лактоза ингибирует репрессор, позволяя РНК-полимеразе связываться с промотором и экспрессировать гены, которые синтезируют лактазу. В конце концов, лактаза переваривает всю лактозу до тех пор, пока она не перестанет связываться с репрессором. Затем репрессор свяжется с оператором, остановив производство лактазы.

В генетике , A - промотор представляет собой последовательность ДНК , в которой белки связываются , что инициирует транскрипцию единой РНК из ДНК ниже по потоку от него. Эта РНК может кодировать белок или может иметь функцию сама по себе, например тРНК , мРНК или рРНК . Промоторы расположены рядом с сайтами начала транскрипции генов, выше ДНК (по направлению к 5'-области смысловой цепи ). Промоторы могут иметь длину около 100–1000 пар оснований , последовательность которых сильно зависит от гена и продукта транскрипции, типа или класса РНК-полимеразы.завербован на место и вид организма. [1]

Обзор [ править ]

Чтобы транскрипция произошла, фермент, синтезирующий РНК, известный как РНК-полимераза , должен прикрепиться к ДНК рядом с геном. Промоторы содержат специфические последовательности ДНК, такие как элементы ответа, которые обеспечивают безопасный начальный сайт связывания для РНК-полимеразы и белков, называемых факторами транскрипции, которые рекрутируют РНК-полимеразу. Эти факторы транскрипции имеют специфические активаторные или репрессорные последовательности соответствующих нуклеотидов, которые прикрепляются к определенным промоторам и регулируют экспрессию генов.

В бактериях
Промотор распознается РНК-полимеразой и связанным с ним сигма-фактором , которые, в свою очередь, часто попадают в промоторную ДНК за счет связывания белка-активатора с его собственным сайтом связывания ДНК поблизости.
У эукариот
Процесс более сложен, и для связывания РНК-полимеразы II с промотором необходимо по крайней мере семь различных факторов .

Промоторы представляют собой критические элементы, которые могут работать совместно с другими регуляторными областями ( энхансерами , глушителями , граничными элементами / инсуляторами ), чтобы управлять уровнем транскрипции данного гена. Промотор индуцируется в ответ на изменения в количестве или конформации регуляторных белков в клетке, которые позволяют активирующим факторам транскрипции рекрутировать РНК-полимеразу. [2] [3]

Определение относительного местоположения [ править ]

Поскольку промоторы обычно непосредственно примыкают к рассматриваемому гену, положения в промоторе обозначаются относительно сайта начала транскрипции , где начинается транскрипция ДНК для конкретного гена (т. Е. Положения выше являются отрицательными числами, считая от -1, например -100 - это позиция на 100 пар оснований выше по течению).

Относительное расположение в ядре клетки [ править ]

В ядре клетки, по-видимому, промоторы распределены преимущественно на краю хромосомных территорий, вероятно, для совместной экспрессии генов на разных хромосомах. [4] Кроме того, у людей промоторы проявляют определенные структурные особенности, характерные для каждой хромосомы. [4]

Элементы [ править ]

Эукариотический [ править ]

  • Core промотор - минимальная часть промотора, необходимая для правильной инициации транскрипции [5]
    • Включает сайт начала транскрипции (TSS) и элементы непосредственно выше по течению
    • Сайт связывания для РНК-полимеразы
      • РНК-полимераза I : транскрибирует гены, кодирующие рибосомные РНК 18S, 5.8S и 28S.
      • РНК-полимераза II : транскрибирует гены, кодирующие информационную РНК и некоторые малые ядерные РНК и микроРНК.
      • РНК-полимераза III : транскрибирует гены, кодирующие транспортную РНК , 5s рибосомные РНК и другие малые РНК.
    • Сайты связывания общих факторов транскрипции, например ТАТА-бокс , B-распознающий элемент .
    • Могут присутствовать многие другие элементы / мотивы. Не существует такого понятия, как набор «универсальных элементов», которые можно найти в каждом основном промоутере. [6]
  • Проксимальный промотор - проксимальная последовательность выше гена, которая имеет тенденцию содержать первичные регуляторные элементы.
    • Приблизительно 250 пар оснований перед стартовым сайтом
    • Специфические сайты связывания факторов транскрипции
  • Дистальный промотор - дистальная последовательность выше гена, которая может содержать дополнительные регуляторные элементы, часто с более слабым влиянием, чем проксимальный промотор.
    • Все, что находится выше по течению (но не энхансер или другой регуляторный регион, влияние которого не зависит от положения / ориентации)
    • Специфические сайты связывания факторов транскрипции

Бактериальный [ править ]

В бактерии , промотор содержит два коротких элементов последовательности приблизительно 10 ( прибнов-бокс ) и 35 нуклеотидов выше по течению от сайта инициации транскрипции .

  • Последовательность -10 (элемент -10) имеет консенсусную последовательность TATAAT.
  • Последовательность -35 (элемент -35) имеет консенсусную последовательность TTGACA.
  • Вышеупомянутые консенсусные последовательности, хотя в среднем консервативны, не обнаруживаются интактными в большинстве промоторов. В среднем только от 3 до 4 из 6 пар оснований в каждой консенсусной последовательности обнаруживаются в любом данном промоторе. На сегодняшний день идентифицировано несколько естественных промоторов, которые обладают интактными консенсусными последовательностями как на -10, так и на -35; было обнаружено, что искусственные промоторы с полным сохранением элементов -10 и -35 транскрибируются с более низкими частотами, чем промоторы с несколькими несовпадениями с консенсусом.
  • Оптимальный интервал между последовательностями -35 и -10 составляет 17 п.н.
  • Некоторые промоторы содержат один или несколько субсайтов вышестоящего промоторного элемента (UP-элемента) [7] ( консенсусная последовательность 5'-AAAAAARNR-3 'при центрировании в области -42; консенсусная последовательность 5'-AWWWWWTTTTT-3' при центрировании в -52 регион; W = A или T; R = A или G; N = любое основание). [8]

Указанные выше промоторные последовательности распознаются только холоферментом РНК-полимеразы, содержащим сигма-70 . Холоферменты РНК-полимеразы, содержащие другие сигма-факторы, распознают различные коровые промоторные последовательности.

 <- вверх по течению вниз по течению ->5'-XXXXXXXPPPPPPXXXXXXPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3 ' -35-10 Ген, подлежащий транскрипции

Вероятность появления каждого нуклеотида [ править ]

 для -10 последовательности ТАТААТ77% 76% 60% 61% 56% 82%
 для последовательности -35 TTGACA69% 79% 61% 56% 54% 54%

Эукариотический [ править ]

Эукариотические промоторы разнообразны, и их трудно охарактеризовать, однако недавние исследования показывают, что они делятся на более чем 10 классов. [9]

Десять классов эукариотических промоторов и их репрезентативные образцы ДНК . Типичные классы эукариотических промоторов показаны в следующих разделах: (A) класс на основе AT, (B) класс на основе CG, (C) класс ATCG-compact, (D) класс ATCG-сбалансированный, (E) ATCG-средний класс, (F) класс без ATCG, (G) класс без AT, (H) класс CG-шипа, (I) класс без CG и (J) класс AT-шипа. [9]

Генные промоторы обычно расположены выше гена и могут иметь регуляторные элементы на расстоянии нескольких килобаз от сайта начала транскрипции (энхансеры). У эукариот транскрипционный комплекс может вызывать изгиб ДНК, что позволяет размещать регуляторные последовательности далеко от фактического места транскрипции. Промоторы, зависимые от РНК-полимеразы II эукариот, могут содержать элемент ТАТА ( консенсусная последовательность ТАТААА), который распознается общим ТАТА-связывающим белком фактора транскрипции (ТВР); и элемент распознавания B (BRE), который распознается общим фактором транскрипции TFIIB . [5] [10] [11] Элемент TATA и BRE обычно расположены близко к сайту начала транскрипции (обычно в пределах от 30 до 40 пар оснований).

Регуляторные последовательности промотора эукариот обычно связывают белки, называемые факторами транскрипции, которые участвуют в образовании транскрипционного комплекса. Примером является E-бокс (последовательность CACGTG), который связывает факторы транскрипции в семействе основной спираль-петля-спираль (bHLH) (например, BMAL1-Clock , cMyc ). [12] Некоторые промоторы, на которые нацелены несколько факторов транскрипции, могут достигать гиперактивного состояния, что приводит к повышенной транскрипционной активности. [13]

Двунаправленный (млекопитающие) [ править ]

Двунаправленные промоторы представляют собой короткие (<1 т.п.н.) межгенные области ДНК между 5'-концами генов в двунаправленной генной паре. [14] «Двунаправленная пара генов» относится к двум соседним генам, кодируемым на противоположных цепях, с их 5'-концами, ориентированными друг к другу. [15] Эти два гена часто функционально связаны, и модификация их общей промоторной области позволяет им совместно регулироваться и, таким образом, совместно экспрессироваться. [16] Двунаправленные промоторы - обычная черта геномов млекопитающих . [17] Около 11% генов человека спарены двунаправленно. [14]

Двунаправленно спаренные гены в базе данных Gene Ontology разделяют по крайней мере одну назначенную базой данных функциональную категорию со своими партнерами в 47% случаев. [18] Анализ микроматрицы показал, что спаренные в двух направлениях гены коэкспрессируются в большей степени, чем случайные гены или соседние однонаправленные гены. [14] Хотя коэкспрессия не обязательно указывает на совместную регуляцию, было показано , что метилирование двунаправленных промоторных областей подавляет оба гена, а деметилирование усиливает оба гена. [19] Однако из этого правила есть исключения. В некоторых случаях (около 11%) экспрессируется только один ген двунаправленной пары. [14]В этих случаях промотор участвует в подавлении неэкспрессируемого гена. Механизмом этого может быть конкуренция за те же полимеразы или модификация хроматина . Дивергентная транскрипция может сдвигать нуклеосомы для усиления транскрипции одного гена или удалять связанные факторы транскрипции для подавления транскрипции одного гена. [20]

Некоторые функциональные классы генов с большей вероятностью будут спарены в двух направлениях, чем другие. Гены, участвующие в репарации ДНК, в пять раз чаще регулируются двунаправленными промоторами, чем однонаправленными. Белки-шапероны в три раза более вероятны, а митохондриальные гены более чем в два раза. Многие основные гены домашнего хозяйства и клеточного метаболизма регулируются двунаправленными промоторами. [14] Избыточное количество двунаправленно спаренных генов репарации ДНК связывает эти промоторы с раком . Сорок пять процентов соматических онкогенов человекапохоже, регулируются двунаправленными промоторами - значительно больше, чем гены, не вызывающие рак. Гиперметилирование промоторов между парами генов WNT9A / CD558500, CTDSPL / BC040563 и KCNK15 / BF195580 было связано с опухолями. [19]

Определенные характеристики последовательностей наблюдались в двунаправленных промоторах, включая отсутствие TATA-боксов , обилие CpG-островков и симметрию вокруг средней точки доминантных Cs и As с одной стороны и Gs и Ts с другой. Недавно было показано, что мотив с консенсусной последовательностью TCTCGCGAGA, также называемый элементом CGCG, управляет управляемой PolII двунаправленной транскрипцией на островках CpG. [21] Боксы CCAAT распространены, поскольку они есть во многих промоторах, в которых отсутствуют боксы TATA. Кроме того, мотивы NRF-1, GABPA , YY1, и ACTACAnnTCCC представлены в двунаправленных промоторах со значительно более высокой скоростью, чем в однонаправленных промоторах. Отсутствие блоков ТАТА в двунаправленных промоторах предполагает, что блоки ТАТА играют роль в определении направленности промоторов, но контрпримеры двунаправленных промоторов действительно обладают блоками ТАТА, а однонаправленные промоторы без них указывают на то, что они не могут быть единственным фактором. [22]

Хотя термин «двунаправленный промотор» относится конкретно к промоторным областям генов, кодирующих мРНК , люциферазные анализы показали, что более половины генов человека не имеют сильного направленного смещения. Исследования показывают, что некодирующие РНК часто связаны с промоторными областями генов, кодирующих мРНК. Было высказано предположение, что рекрутирование и инициация РНК-полимеразы II обычно начинается двунаправленно, но дивергентная транскрипция останавливается на контрольной точке позже во время элонгации. Возможные механизмы, лежащие в основе этой регуляции, включают последовательности в промоторной области, модификацию хроматина и пространственную ориентацию ДНК. [20]

Субгеномный [ править ]

Субгеномный промотор - это промотор, добавляемый к вирусу для конкретного гетерологичного гена, что приводит к образованию мРНК только для этого гена. Многие вирусы с положительной РНК продуцируют эти субгеномные мРНК (sgRNA) в качестве одного из распространенных методов заражения, используемых этими вирусами, и обычно транскрибируют поздние вирусные гены. Субгеномные промоторы варьируются от 24 нуклеотидов ( вирус Синдбис ) до более 100 нуклеотидов ( вирус некротической желтой жилки свеклы ) и обычно находятся перед началом транскрипции. [23]

Обнаружение [ править ]

Было разработано множество алгоритмов для облегчения обнаружения промоторов в геномной последовательности, и прогнозирование промоторов является общим элементом многих методов прогнозирования генов . Промоторная область расположена перед консенсусными последовательностями -35 и -10. Чем ближе промоторная область к консенсусным последовательностям, тем чаще будет происходить транскрипция этого гена. Не существует установленного образца для промоторных областей, как для консенсусных последовательностей.

Эволюционное изменение [ править ]

Суперпозиция между распределениями промоторов из Homo sapiens , Drosophila melanogaster , Oryza sativa и Arabidopsis thaliana . Области красного цвета представляют собой консервативные промоторные последовательности. [24]

Изменения в промоторных последовательностях имеют решающее значение для эволюции, на что указывает относительно стабильное количество генов во многих клонах. Например, большинство позвоночных имеют примерно одинаковое количество кодирующих белок генов (около 20 000), последовательность которых часто высококонсервативна, поэтому большая часть эволюционных изменений должна происходить из-за изменений в экспрессии генов. [4] [9]

De novo происхождение промоутеров [ править ]

Учитывая короткие последовательности большинства промоторных элементов, промоторы могут быстро развиваться из случайных последовательностей. Например, в E. coli ~ 60% случайных последовательностей могут развивать уровни экспрессии, сравнимые с lac-промотором дикого типа только с одной мутацией, и эти ~ 10% случайных последовательностей могут служить активными промоторами даже без эволюции. [25]

Диабет [ править ]

Другие недавние исследования показывают, что промоторы генов могут быть основной причиной диабета . [26] Промоторы генов, ассоциированных с диабетом, по данным общегеномных ассоциативных исследований (GWAS), показывают специфические образцы ДНК для каждого фенотипа. [26] Это наблюдение указывает на то, что промоторы этих генов используют определенные факторы транскрипции для каждого фенотипа диабета . [26]

Привязка [ править ]

См. Также: Активность промоутера

Инициирование транскрипции - это многоступенчатый последовательный процесс, который включает несколько механизмов: расположение промотора, начальное обратимое связывание РНК-полимеразы, конформационные изменения в РНК-полимеразе, конформационные изменения в ДНК, связывание нуклеозидтрифосфата (NTP) с функциональным промотором РНК-полимеразы. сложное, непродуктивное и продуктивное инициирование синтеза РНК. [27]

Процесс связывания промотора имеет решающее значение для понимания процесса экспрессии генов.

Местоположение [ править ]

Хотя холофермент РНК-полимеразы проявляет высокое сродство к неспецифическим сайтам ДНК, эта характеристика не позволяет нам уточнить процесс локализации промотора. [28] Этот процесс локализации промотора был приписан структуре холофермента ДНК и сигма 4 комплексам ДНК. [29]

Заболевания, связанные с аномальной функцией [ править ]

Большинство заболеваний неоднородны по причине, что означает, что одна «болезнь» часто представляет собой множество различных заболеваний на молекулярном уровне, хотя проявляемые симптомы и реакция на лечение могут быть идентичными. То, как болезни различного молекулярного происхождения реагируют на лечение, частично рассматривается в дисциплине фармакогеномики .

Здесь не перечислены многие виды рака, включающие аберрантную регуляцию транскрипции из-за создания химерных генов в результате патологической транслокации хромосом . Важно отметить, что вмешательство в количество или структуру белков, связанных с промотором, является одним из ключей к лечению заболевания, не влияя на экспрессию неродственных генов, разделяющих элементы с целевым геном. [30] Некоторые гены, изменение которых нежелательно, способны влиять на способность клетки стать злокачественной. [31]

Острова CpG в промоутерах [ править ]

Основная статья: Регуляция транскрипции при раке

У человека около 70% промоторов, расположенных рядом с сайтом начала транскрипции гена (проксимальные промоторы), содержат островок CpG . [32] [33] CpG островков , как правило , от 200 до 2000 пар оснований, имеют C: G пар оснований содержание> 50%, и имеют участки ДНК , где цитозин нуклеотид сопровождается гуанина нуклеотида , и это часто происходит в линейная последовательность из баз вдоль его → 3' направления 5' .

Дистальные промоторы также часто содержат CpG-островки, такие как промотор гена репарации ДНК ERCC1 , где промотор, содержащий CpG-островки, расположен примерно на 5400 нуклеотидов выше кодирующей области гена ERCC1 . [34] CpG-островки также часто встречаются в промоторах функциональных некодирующих РНК, таких как микроРНК .

Метилирование CpG-островков стабильно заставляет гены молчать [ править ]

У человека метилирование ДНК происходит в 5'-положении пиримидинового кольца цитозиновых остатков в CpG-сайтах с образованием 5-метилцитозинов . Присутствие множества метилированных сайтов CpG на островках CpG промоторов вызывает стабильное молчание генов. [35] Молчание гена может быть инициировано другими механизмами, но это часто сопровождается метилированием сайтов CpG в промоторном островке CpG, чтобы вызвать стабильное молчание гена. [35]

Гипер / гипометилирование CpG при раке [ править ]

Как правило, при прогрессировании рака сотни генов заглушаются или активируются . Хотя подавление некоторых генов при раке происходит в результате мутации, большая часть подавления канцерогенных генов является результатом измененного метилирования ДНК (см. Метилирование ДНК при раке ). Метилирование ДНК вызывает сайленсинг при раке обычно происходит на нескольких сайтах CpG в островах CpG , которые присутствуют в промоторах белковых кодирующих генов.

Измененные экспрессии микроРНК также заглушают или активируют многие гены в прогрессировании рака (см. МикроРНК при раке ). Измененная экспрессия микроРНК происходит через гипер / гипо-метилирование из сайтов CpG в CpG островков в промоторов , контролирующих транскрипцию микроРНК .

Молчание генов репарации ДНК посредством метилирования CpG-островков в их промоторах, по-видимому, особенно важно при прогрессировании рака (см. Метилирование генов репарации ДНК при раке ).

Канонические последовательности и дикий тип [ править ]

Использование термина « каноническая последовательность» для обозначения промотора часто проблематично и может привести к неправильному пониманию последовательностей промотора. Канонический в некотором смысле подразумевает совершенное.

В случае сайта связывания фактора транскрипции может существовать единственная последовательность, которая связывает белок наиболее прочно в определенных клеточных условиях. Это можно назвать каноническим.

Однако естественный отбор может способствовать менее энергичному связыванию как способу регуляции транскрипционного выхода. В этом случае мы можем назвать наиболее распространенную последовательность в популяции последовательностью дикого типа. Это может быть даже не самая выгодная последовательность в преобладающих условиях.

Недавние данные также указывают на то, что некоторые гены (включая протоонкоген c-myc ) имеют мотивы G-квадруплекса в качестве потенциальных регуляторных сигналов.

Заболевания, которые могут быть связаны с вариациями [ править ]

Некоторые случаи многих генетических заболеваний связаны с вариациями промоторов или факторов транскрипции.

Примеры включают:

  • Астма [36] [37]
  • Бета-талассемия [38]
  • Синдром Рубинштейна-Тайби [39]

Учредительное против регулируемого [ править ]

Некоторые промоторы называются конститутивными, поскольку они активны в клетке при любых обстоятельствах, в то время как другие регулируются , становясь активными в клетке только в ответ на определенные стимулы.

Использование термина [ править ]

Говоря о промоутере, некоторые авторы фактически имеют в виду промоутер + оператор ; т.е. промотор lac индуцируется IPTG, что означает, что помимо промотора lac также присутствует оператор lac. Если бы оператор lac не присутствовал, IPTG не оказывал бы индуцируемого эффекта. [40] Другой пример - система Tac-Promoter (Ptac). Обратите внимание, как tac написан как промоутер tac, в то время как на самом деле tac на самом деле одновременно промоутер и оператор. [41]

См. Также [ править ]

  • Активатор (генетика)
  • Энхансер (генетика)
  • Глоссарий терминов по экспрессии генов
  • Оперон
  • Регулирование экспрессии генов
  • Репрессор
  • Фактор транскрипции
  • Покушение на промоутера

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Анализ биологических сетей: транскрипционные сети - анализ последовательности промотора» (PDF) . Тель-Авивский университет . Проверено 30 декабря 2012 года .
  2. ^ Ремоделирование хроматина: от транскрипции к раку // Cancer Genet. 2014 сентябрь; 207 (9): 352-7.
  3. ^ Организация промотора генов интерферона-А по-разному влияет на экспрессию вируса и реакцию на TBK1 и IKKepsilon. J Biol Chem. 2006 24 февраля; 281 (8): 4856-66.
  4. ^ a b c Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (апрель 2013 г.). «Промоторы генов показывают хромосомную специфичность и выявляют хромосомные территории у людей» . BMC Genomics . 14 (278): 278. DOI : 10.1186 / 1471-2164-14-278 . PMC 3668249 . PMID 23617842 .  
  5. ^ a b Смейл ST, Кадонага JT (2003). «Основной промотор РНК-полимеразы II». Ежегодный обзор биохимии . 72 : 449–79. DOI : 10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161520 . PMID 12651739 . 
  6. ^ Juven-Гершон T, Kadonaga JT (март 2010). «Регулирование экспрессии генов через основной промотор и базальный транскрипционный аппарат» . Биология развития . 339 (2): 225–9. DOI : 10.1016 / j.ydbio.2009.08.009 . PMC 2830304 . PMID 19682982 .  
  7. ^ Росс Вт, Gosink К.К., Саломон Дж, Игараши К, Цзоу С, Ishihama А, Северинов К, Gourse RL (ноябрь 1993 года). «Третий элемент узнавания в бактериальных промоторах: связывание ДНК альфа-субъединицей РНК-полимеразы». Наука . 262 (5138): 1407–13. Bibcode : 1993Sci ... 262.1407R . DOI : 10.1126 / science.8248780 . PMID 8248780 . 
  8. ^ Estrem ST, Росс Вт, Гаал Т, Чен ZW, Ню Вт, Ebright RH, Gourse RL (август 1999 г.). «Архитектура бактериального промотора: субсайтовая структура элементов UP и взаимодействия с карбокси-концевым доменом альфа-субъединицы РНК-полимеразы» . Гены и развитие . 13 (16): 2134–47. DOI : 10.1101 / gad.13.16.2134 . PMC 316962 . PMID 10465790 .  
  9. ^ a b c Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (сентябрь 2012 г.). «В геномах эукариот может быть до 10 общих классов промоторов генов» (PDF) . BMC Genomics . 13 (1): 512. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-512 . PMC 3549790 . PMID 23020586 .   
  10. ^ Гершензон Н.И., Ioshikhes IP (апрель 2005). «Синергия основных промоторных элементов человеческого Pol II, выявленная с помощью статистического анализа последовательностей» . Биоинформатика . 21 (8): 1295–300. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bti172 . PMID 15572469 . 
  11. ^ Лагранжа Т, Kapanidis А.Н., Тан Н, Reinberg D, Ebright RH (январь 1998). «Новый кор-промоторный элемент в зависимой от РНК-полимеразы II транскрипции: специфическое для последовательности связывание ДНК с помощью фактора транскрипции IIB» . Гены и развитие . 12 (1): 34–44. DOI : 10.1101 / gad.12.1.34 . PMC 316406 . PMID 9420329 .  
  12. ^ Levine M, Tjian R (июль 2003). «Регуляция транскрипции и разнообразие животных». Природа . 424 (6945): 147–51. Bibcode : 2003Natur.424..147L . DOI : 10,1038 / природа01763 . PMID 12853946 . S2CID 4373712 .  
  13. ^ Liefke R, Windhof-Jaidhauser И.М., Gaedcke Дж, Салинас-Ристера О, У Р, Ghadimi М, Данго S (июнь 2015). «Окислительная деметилаза ALKBH3 маркирует гиперактивные промоторы генов в раковых клетках человека» . Геномная медицина . 7 (1): 66. DOI : 10,1186 / s13073-015-0180-0 . PMC 4517488 . PMID 26221185 .  
  14. ^ а б в г д Тринклейн Н.Д., Олдред С.Ф., Хартман С.Дж., Шредер Д.И., Отиллар Р.П., Майерс Р.М. (январь 2004 г.). «Обилие двунаправленных промоторов в геноме человека» . Геномные исследования . 14 (1): 62–6. DOI : 10.1101 / gr.1982804 . PMC 314279 . PMID 14707170 .  
  15. ^ Ян MQ, Koehly LM, Elnitski LL (апрель 2007). «Исчерпывающая аннотация двунаправленных промоторов определяет совместную регуляцию генов рака груди и яичников» . PLOS Вычислительная биология . 3 (4): e72. Bibcode : 2007PLSCB ... 3 ... 72Y . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0030072 . PMC 1853124 . PMID 17447839 .  
  16. ^ Адачи N, Либер MR (июнь 2002). «Двунаправленная генная организация: общая архитектурная особенность человеческого генома». Cell . 109 (7): 807–9. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (02) 00758-4 . PMID 12110178 . S2CID 8556921 .  
  17. ^ Койанаги KO, Хагивара M, Ито T, Gojobori T, Иманиши T (июль 2005). «Сравнительная геномика двунаправленных пар генов и ее значение для эволюции системы регуляции транскрипции». Джин . 353 (2): 169–76. DOI : 10.1016 / j.gene.2005.04.027 . PMID 15944140 . 
  18. Перейти ↑ Liu B, Chen J, Shen B (май 2011 г.). «Полногеномный анализ предпочтения связывания фактора транскрипции двунаправленных промоторов человека и функциональной аннотации связанных пар генов» . BMC Systems Biology . 5 Дополнение 1: S2. DOI : 10.1186 / 1752-0509-5-S1-S2 . PMC 3121118 . PMID 21689477 .  
  19. ^ а б Шу Дж, Джелинек Дж, Чанг Х, Шэнь Л., Цинь Т., Чанг В., Оки Ю., Исса Дж. П. (май 2006 г.). «Молчание двунаправленных промоторов метилированием ДНК при онкогенезе» . Исследования рака . 66 (10): 5077–84. DOI : 10.1158 / 0008-5472.CAN-05-2629 . PMID 16707430 . 
  20. ^ a b Вэй В., Пелехано В., Ярвелин А.И., Штейнмец Л.М. (июль 2011 г.). «Функциональные последствия двунаправленных промоторов» . Тенденции в генетике . 27 (7): 267–76. DOI : 10.1016 / j.tig.2011.04.002 . PMC 3123404 . PMID 21601935 .  
  21. ^ Махпур А, Скраггс Б.С., Смираглия Д., Оучи Т., Гельман И.Х. (2018-10-17). «Чувствительный к метилу элемент индуцирует двунаправленную транскрипцию в промоторах, не содержащих TATA, связанных с островками CpG» . PLOS ONE . 13 (10): e0205608. DOI : 10.1371 / journal.pone.0205608 . PMC 6192621 . PMID 30332484 .  
  22. ^ Lin JM, Коллинз PJ, Trinklein Н.Д., Fu Y, Xi H, Myers RM, Вэн Z (июнь 2007). «Связывание фактора транскрипции и модифицированные гистоны в двунаправленных промоторах человека» . Геномные исследования . 17 (6): 818–27. DOI : 10.1101 / gr.5623407 . PMC 1891341 . PMID 17568000 .  
  23. ^ Коев G, Миллер WA (июль 2000). «Вирус с положительной цепью РНК с тремя очень разными субгеномными промоторами РНК» . Журнал вирусологии . 74 (13): 5988–96. DOI : 10.1128 / jvi.74.13.5988-5996.2000 . PMC 112095 . PMID 10846080 .  
  24. ^ Gagniuc P, Ионеску-Tirgoviste C (сентябрь 2012). «В геномах эукариот может быть до 10 общих классов промоторов генов» . BMC Genomics . 13 (1): 512. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-512 . PMC 3549790 . PMID 23020586 .  
  25. ↑ Yona AH, Alm EJ, Gore J (апрель 2018 г.). «Случайные последовательности быстро превращаются в промоторы de novo» . Nature Communications . 9 (1): 1530. Bibcode : 2018NatCo ... 9.1530Y . DOI : 10.1038 / s41467-018-04026-ш . PMC 5906472 . PMID 29670097 .  
  26. ^ a b c Ионеску-Тырговиште C, Гагнюк PA, Guja C (2015). «Структурные свойства промоторов генов выделяют более двух фенотипов диабета» . PLOS ONE . 10 (9): e0137950. Bibcode : 2015PLoSO..1037950I . DOI : 10.1371 / journal.pone.0137950 . PMC 4574929 . PMID 26379145 .  
  27. ^ deHaseth PL, Zupancic ML, Record MT (июнь 1998 г.). «Взаимодействия РНК-полимеразы-промотора: приходы и уходы РНК-полимеразы» . Журнал бактериологии . 180 (12): 3019–25. DOI : 10.1128 / jb.180.12.3019-3025.1998 . PMC 107799 . PMID 9620948 .  
  28. ↑ Singer P, Wu CW (октябрь 1987 г.). «Поиск промотора с помощью РНК-полимеразы Escherichia coli на кольцевой ДНК-матрице» . Журнал биологической химии . 262 (29): 14178–89. PMID 3308887 . 
  29. ^ Борух S, Нудлер E (апрель 2003). «Холофермент РНК-полимеразы: структура, функция и биологические последствия». Текущее мнение в микробиологии . 6 (2): 93–100. DOI : 10.1016 / s1369-5274 (03) 00036-5 . PMID 12732296 . 
  30. ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, S Джентри, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (июнь 2009). «Рецепторы половых стероидов в дифференцировке скелета и эпителиальной неоплазии: возможно ли тканеспецифическое вмешательство?». BioEssays . 31 (6): 629–41. DOI : 10.1002 / bies.200800138 . PMID 19382224 . S2CID 205469320 .  
  31. ^ Vlahopoulos SA, Logotheti S, Mikas D, Giarika A, Gorgoulis V, Zoumpourlis V (апрель 2008). «Роль АТФ-2 в онкогенезе». BioEssays . 30 (4): 314–27. DOI : 10.1002 / bies.20734 . PMID 18348191 . S2CID 678541 .  
  32. ^ Saxonov S, P Berg, Brutlag DL (январь 2006). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека позволяет выделить два различных класса промоторов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (5): 1412–7. Bibcode : 2006PNAS..103.1412S . DOI : 10.1073 / pnas.0510310103 . PMC 1345710 . PMID 16432200 .  
  33. ^ Deaton AM, Bird A (май 2011). «Острова CpG и регуляция транскрипции» . Гены и развитие . 25 (10): 1010–22. DOI : 10,1101 / gad.2037511 . PMC 3093116 . PMID 21576262 .  
  34. ↑ Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP (апрель 2010 г.). «Роль гиперметилирования промотора ERCC1 в лекарственной устойчивости к цисплатину в глиомах человека» . Международный журнал рака . 126 (8): 1944–1954. DOI : 10.1002 / ijc.24772 . PMID 19626585 . 
  35. ^ a b Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память» . Гены и развитие . 16 (1): 6–21. DOI : 10,1101 / gad.947102 . PMID 11782440 . 
  36. ^ Хоббс К, Негри Дж, Klinnert М, Розенвассер LJ, Бориш л (декабрь 1998). «Интерлейкин-10 и полиморфизм промотора трансформирующего фактора роста бета при аллергии и астме». Американский журнал респираторной медицины и реанимации . 158 (6): 1958–62. DOI : 10,1164 / ajrccm.158.6.9804011 . PMID 9847292 . 
  37. ↑ Burchard EG, Silverman EK, Rosenwasser LJ, Borish L, Yandava C, Pillari A, Weiss ST, Hasday J, Lilly CM, Ford JG, Drazen JM (сентябрь 1999 г.). «Связь между вариантом последовательности в промоторе гена IL-4 и FEV (1) при астме». Американский журнал респираторной медицины и реанимации . 160 (3): 919–22. DOI : 10,1164 / ajrccm.160.3.9812024 . PMID 10471619 . 
  38. ^ Kulozik А.Е., Bellan-Koch A, S, Бейл Köhne E, Kleihauer E (май 1991). «Промежуточная талассемия: умеренное снижение транскрипционной активности гена бета-глобина за счет новой мутации проксимального элемента промотора CACCC» . Кровь . 77 (9): 2054–8. DOI : 10.1182 / blood.V77.9.2054.2054 . PMID 2018842 . 
  39. ^ Петридж Ф., Джайлз Р.Х., Дауерс Х.Г., Сарис Дж.Дж., Хеннекам Р.С., Масуно М., Томмеруп Н., ван Оммен Г.Дж., Гудман Р.Х., Питерс Д.Дж. (июль 1995 г.). «Синдром Рубинштейна-Тайби, вызванный мутациями транскрипционного коактиватора CBP». Природа . 376 (6538): 348–51. Bibcode : 1995Natur.376..348P . DOI : 10.1038 / 376348a0 . PMID 7630403 . S2CID 4254507 .  
  40. ^ Lac оперон
  41. ^ "Векторы экспрессии" . sci.sdsu.edu .

Внешние ссылки [ править ]

  • ORegAnno - открытая база данных нормативных аннотаций
  • Выявление сайтов связывания с белками на молекуле ДНК обучающее видео YouTube
  • Проект Pleiades Promoter Project - исследовательский проект, целью которого является создание 160 полностью охарактеризованных промоторов ДНК человека размером менее 4 т.п.н. (MiniPromoters) для управления экспрессией генов в определенных областях мозга, представляющих терапевтический интерес.
  • ENCODE нити Explorer РНК и паттерны модификации хроматина вокруг промоторов. Природа (журнал)