| Разработчики) | Bioinformatics Solutions Inc |
|---|---|
| Стабильный выпуск | ПИКС 8.5 / 12 октября 2017 г. |
| Операционная система | Окна |
| Тип | Идентификация белков по масс-спектрам, секвенирование De Novo, поиск в базе данных и количественная оценка |
| Лицензия | Проприетарное коммерческое программное обеспечение |
| Веб-сайт | http://www.bioinfor.com/ |
PEAKS - это протеомическая программа для тандемной масс-спектрометрии, предназначенная для секвенирования пептидов , идентификации белков и количественного определения.
Описание [ править ]
PEAKS обычно используется для идентификации пептидов (Protein ID) посредством секвенирования пептидов de novo с помощью поиска в базе данных поисковой системы. [1] PEAKS также интегрировал PTM и характеристику мутаций с помощью автоматического поиска на основе тегов пептидной последовательности (SPIDER) [2] и идентификации PTM. [3]
PEAKS предоставляет полную последовательность для каждого пептида, оценки достоверности при назначении отдельных аминокислот, простую отчетность для высокопроизводительного анализа, а также другую информацию.
Программное обеспечение имеет возможность сравнивать результаты нескольких поисковых систем. PEAKS inChorus автоматически перекрестно проверяет результаты тестов с другими поисковыми системами по идентификаторам белков, такими как Sequest, OMSSA, X! Tandem и Mascot. Этот подход защищает от ложноположительного назначения пептидов.
PEAKS Q - это дополнительный инструмент для количественного определения белка, поддерживающих меток ( ICAT , iTRAQ , SILAC , TMT , 018 и т. Д.) И методов без меток .
SPIDER - это инструмент поиска на основе тегов последовательности в PEAKS, который имеет дело с возможными перекрытиями между ошибками секвенирования de novo и мутациями гомологии. Он восстанавливает реальную пептидную последовательность, автоматически и эффективно комбинируя метку последовательности de novo и гомолог. [2]
Набор алгоритмов, используемых в программном обеспечении PEAKS, был адаптирован и настроен в специализированный проект PEAKS AB, который оказался первым методом автоматического секвенирования моноклональных антител. [4]
Заметки [ править ]
- ^ Zhang, J .; Xin, L .; Шань, Б .; Chen, W .; Се, М .; Yuen, D .; Zhang, W .; Zhang, Z .; Lajoie, G .; Ма, Б. (2011). "PEAKS DB: поиск в базе данных с помощью секвенирования De Novo для чувствительной и точной идентификации пептидов" . Молекулярная и клеточная протеомика . 11 (4): M111.010587. DOI : 10.1074 / mcp.M111.010587 . PMC 3322562 . PMID 22186715 .
- ^ а б Ма Б., Джонсон. De Novo секвенирование и поиск гомологии Молекулярная и клеточная протеомика. 10.1074 / mcp.O111.014902 (2011).
- ^ Хан, X .; Он, Л .; Xin, L .; Шань, Б .; Ма, Б. (2011). «PEAKS PTM: идентификация пептидов с неуказанными модификациями на основе масс-спектрометрии». Журнал протеомных исследований . 10 (7): 2930–2936. DOI : 10.1021 / pr200153k . PMID 21609001 .
- ^ Тран, Нгок Хиеу; Рахман, М. Зиаур; Он, Линь; Синь, Лэй; Шань, Баочжэнь; Ли, Мин (26 августа 2016 г.). «Полная сборка последовательностей моноклональных антител De Novo» . Научные отчеты . 6 : 31730. DOI : 10.1038 / srep31730 . ISSN 2045-2322 . PMC 4999880 . PMID 27562653 .
