Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Пептидная последовательность тег представляет собой фрагмент информации о пептиде , полученном с помощью тандемной масс - спектрометрии , который может использоваться , чтобы идентифицировать этот пептид в базе данных белков . [1] [2] [3]

Масс-спектрометрия [ править ]

Как правило, пептиды можно идентифицировать путем их фрагментации в масс-спектрометре . Например, во время диссоциации, вызванной столкновением, пептиды сталкиваются с газом внутри масс-спектрометра и распадаются на части по своим пептидным связям . Образующиеся в результате ионы фрагментов (называемые b-ионами и y-ионами ) имеют разность масс, соответствующую массам остатков соответствующих аминокислот . Таким образом, тандемный масс-спектр содержит частичную информацию об аминокислотной последовательности пептида. Подход с меткой пептидной последовательности, разработанный Матиасом Вильмом и Матиасом Манном вEMBL , [4] использует эту информацию для идентификации пептида в базе данных. Вкратце, из спектра извлекают пару масс, чтобы получить метку пептидной последовательности. Этот тег пептидной последовательности является уникальным идентификатором конкретного пептида и может использоваться для его поиска в базе данных, содержащей все возможные пептидные последовательности.

Обозначение пептидного фрагмента [ править ]

Обозначение фрагментации пептидов с использованием схемы Roepstorff и Fohlman (1984). [5]

Обозначения были разработаны для обозначения пептидных фрагментов, которые возникают из тандемного масс-спектра. [5] Ионы пептидных фрагментов обозначаются буквами a, b или c, если заряд сохраняется на N-конце, и x, y или z, если заряд сохраняется на C-конце . Нижний индекс указывает количество аминокислотных остатков во фрагменте. Штрих- символы указывают количество протонов или атомов водорода, добавленных к фрагменту для образования наблюдаемого иона. Например, y '' обозначает однозарядный ион, аналогичный протонированному пептиду, (y '' ') 2+ представляет собой двухзарядный ион, аналогичный дважды протонированному пептиду. [6]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Ардуэн J (2007). «Информация о последовательности белков с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации в масс-спектрометрии распада в источнике». Обзоры масс-спектрометрии . 26 (5): 672–82. Bibcode : 2007MSRv ... 26..672H . DOI : 10.1002 / mas.20142 . PMID  17492750 .
  2. ^ Shadforth I, Кроутэр D, Bessant C (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием МС для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Протеомика . 5 (16): 4082–95. DOI : 10.1002 / pmic.200402091 . PMID 16196103 . 
  3. ^ Mørtz Е, О'Коннор РВ, Roepstorff Р, Келлегер Н.Л., Вуд ТД, McLafferty FW, Манн М (1996). «Идентификация тегов последовательности интактных белков путем сопоставления танден-масс-спектральных данных с базами данных последовательностей» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 93 (16): 8264–7. Bibcode : 1996PNAS ... 93.8264M . DOI : 10.1073 / pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID 8710858 .  
  4. ^ Mann М, Вильма М (1994). «Устойчивое к ошибкам определение пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов пептидных последовательностей». Анальный. Chem . 66 (24): 4390–9. DOI : 10.1021 / ac00096a002 . PMID 7847635 . 
  5. ^ a b Roepstorff P, Fohlman J (1984). «Предложение по общей номенклатуре последовательностей ионов в масс-спектрах пептидов». Биомед. Масс-спектрометрия . 11 (11): 601. DOI : 10.1002 / bms.1200111109 . PMID 6525415 . 
  6. ↑ Тан XJ, Тибо П., Бойд РК (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации многократно протонированных пептидов и последствия для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с низкоэнергетической диссоциацией, вызванной столкновениями». Анальный. Chem. 65 (20): 2824–34. DOI : 10.1021 / ac00068a020 . PMID 7504416 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Программа поиска пептидов
  • SPIDER: Инструмент поиска на основе тегов последовательности
  • Учебное пособие по тегам пептидной последовательности