Pectobacteriaceae являются семья из грам-отрицательных бактерий , которые в основном состоят из растительных патогенов. Это семейство является членом отряда Enterobacterales класса Gammaproteobacteria типа Proteobacteria . [1] Типовой вид этого семейства - Pectobacterium . [2]
Пектобактерии | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | Пектобактерии Адеолу и др., 2016 |
Роды | |
Acerihabitans |
Название Pectobacteriaceae происходит от латинского термина Pectobacterium , обозначающего типовой род семейства, и суффикса «-aceae», окончания, используемого для обозначения семейства. Вместе Pectobacteriaceae относится к семейству, номенклатурным типом которого является род Pectobacterium . [1]
Биохимические характеристики и молекулярные сигнатуры [1]
Члены этого семейства производят кислоту из N-ацетилглюкозамина и отрицательны для аргининдигидролазы, ортининдекарбоксилазы и лизиндекарбоксилазы. Эти бактерии являются каталазо-положительными, оксидазо-отрицательными и не продуцируют сероводород.
Четыре консервативных сигнатурных инделя (CSI) были идентифицированы для этого семейства в белках активатора транскрипции RhaS, жгутиковых моторных белках MotB, двухкомпонентном сенсорном белке гистидинкиназы и гипотетическом белке.
Историческая систематика и современная таксономия
Pectobacteriaceae , по состоянию на 2021 год, содержит восемь официально опубликованных родов. [2] Члены этого семейства изначально были членами семейства Enterobacteriaceae , большой филогенетически неродственной группы видов с различными биохимическими характеристиками и различными экологическими нишами. Первоначальное отнесение видов к семейству Enterobacteriaceae было в значительной степени основано на анализе последовательности генома 16S рРНК, который, как известно, имеет низкую дискриминационную способность, а результаты изменений зависят от используемого алгоритма и информации об организме. Несмотря на это, анализы по-прежнему демонстрируют полифилетическое ветвление, что указывает на присутствие различных подгрупп внутри семейства. [3]
В 2016 году Адеолу и др. предложили разделение Enterobacteriaceae на 7 новых семейств на основе сравнительного геномного анализа и схемы ветвления различных филогенетических деревьев, построенных на основе консервативных последовательностей генома, последовательностей 16S рРНК и анализа мультилокусных последовательностей. Молекулярные маркеры, в частности консервативные индели сигнатур , специфичные для этого семейства, также были идентифицированы как свидетельство, подтверждающее разделение, независимое от филогенетических деревьев. [1]
Рекомендации
- ^ а б в г Адеолу, М .; и другие. (2016). Филогения и систематика энтеробактерий на основе генома: предложение по Enterobacterales ord. Nov. Разделено на семейства Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. Nov., Pectobacteriaceae fam. Nov., Yersiniaceae fam. Nov., Hafniaceae fam. Nov., Morganellaceae. fam. nov. и Budviciaceae fam. nov ". Int. J. Syst. Evol. Microbiol .
- ^ а б «Семейство: Pectobacteriaceae» . lpsn.dsmz.de . Проверено 5 июня 2021 .
- ^ Францино, М. Пилар; Сантос, Скотт Р .; Охман, Ховард (2006), «Филогенетические отношения бактерий с особым упором на эндосимбионты и кишечные виды» , The Prokaryotes , New York, NY: Springer New York, стр. 41-59, ISBN 978-0-387-25496-8, получено 2021-06-02