Pseudonocardiaceae представляют собой семейство бактерий в порядке Actinomycetales и единственным членом подотряда Pseudonocardineae .
Pseudonocardiaceae | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Тип: | « Актинобактерии » |
Класс: | |
Заказ: | Псевдонокардиальные болезни Лабеда и Гудфеллоу, 2015 [1] |
Семья: | Pseudonocardiaceae Embley et al . 1989 [2] |
Роды | |
См. Текст. | |
Синонимы | |
|
Геномика
Виды семейства Pseudonocardiaceae образуют отдельную кладу на филогенетических деревьях, основанную на сцепленных последовательностях белков. Кроме того, Nakamurella multipartite , в настоящее время часть отряда Frankiales , также образовала кладу с видами Pseudonocardiaceae в 100% бутстрэп- репликаций филогенетических деревьев. Была идентифицирована консервативная сигнатура indel , которая обнаруживается у N. multipartite и всех видов Pseudonocardiaceae, кроме одного. Эта вставка из одной аминокислоты в киназу UMP служит как для обеспечения молекулярного маркера почти для всех Pseudonocardiaceae, так и для предположения, что N. multipartite тесно связан с этой группой. Некоторые данные также предполагают, что отряды Pseudonocardiales и Corynebacteriales тесно связаны. Было идентифицировано несколько консервативных инделей сигнатур, которые обнаруживаются как у Pseudonocardiales, так и у Corynebacteriales, включая вставку из трех аминокислот в консервативную область мутазы UDP-галактопиранозы . Эта вставка также присутствует у N. multipartite и Geodermatophilus obscurus , другого представителя Frankiales. Кроме того, идентифицировано пять консервативных сигнатурных белков, которые встречаются только в отрядах Pseudonocardiales и Corynebacterialess. Гомологи белков обычно обнаруживаются у N. multipartite и G. obscurus , что дает дополнительные доказательства того, что эти два вида тесно связаны с отрядами Pseudonocardiales и Corynebacteriales. [3]
Роды
Pseudonocardiaceae включает следующие роды: [4]
- Actinoalloteichus Tamura et al . 2000 г.
- Actinocrispum Хатано и соавт . 2016 г.
- Actinokineospora Hasegawa 1988 г.
- Actinomycetospora Jiang et al . 2008 г.
- Actinophytocola Indananda et al . 2010 г.
- Actinorectispora Quadri et al . 2016 г.
- Actinosynnema Hasegawa et al . 1978 г. (утвержденные списки 1980 г.)
- Аллокуцнерия Лабеда и Кроппенштедт 2008 г.
- Amycolatopsis Lechevalier et al . 1986 г.
- Bounagaea Meklat et al . 2015 г.
- Crossiella Labeda 2001
- Gandjariella Ningsih et al . 2019 г.
- Goodfellowiella Labeda et al . 2008 г.
- Haloechinothrix Tang et al . 2010 г.
- Herbihabitans Zhang et al . 2016 г.
- Kibdelosporangium Shearer et al . 1986 г.
- Kutzneria Stackebrandt et al . 1994 г.
- Лабедея Ли 2012
- Ленцея Ясин и др . 1995 г.
- Лонгимицелий Xia et al . 2013
- Праусерелла Ким и Гудфеллоу 1999
- Pseudonocardia Henssen 1957 (утвержденные списки 1980 г.)
- Saccharomonospora Nonomura и Ohara 1971 (утвержденные списки 1980 г.)
- Saccharopolyspora Lacey and Goodfellow 1975 (утвержденные списки 1980 г.)
- Saccharothrix Labeda et al . 1984
- Salinifilum Moshtaghi Nikou et al . 2017 г.
- Sciscionella Tian et al . 2009 г.
- Streptoalloteichus ( бывший Tomita et al . 1978) Tomita et al . 1987 г.
- Tamaricihabitans Qin et al . 2015 г.
- Thermocrispum Korn-Wendisch et al . 1995 г.
- Thermotunica Wu et al . 2014 г.
- Умезавея Лабеда и Кроппенштедт 2007 г.
Филогения
В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). [4] Филогения основана на полногеномном анализе. [5] [а]
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Заметки
- ^ Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Herbihabitans , Labedaea , Longimycelium , Salinifilum , Tamaricihabitans и Thermotunica не включены в это филогенетическое древо.
- ^ Nouioui et al . 2018 [5] предложило Actinopolysporaceae быть помещено в Pseudonocardiales , но эта передача не была подтверждена, однако,соответствии с бактериологическим кодексом .
Рекомендации
- ^ Labeda DP, Гудфеллоу M. (2012). «Заказ XIII. Pseudonocardiales ord. Nov.». В Goodfellow M, Kämpfer P, H.-J. Б., Трухильо М.Э, Сузуки К., Людвиг В., Уитман В.Б. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . т. 5 (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер. п. 1301.
|volume=
имеет дополнительный текст ( справка )CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка ) CS1 maint: несколько имен: список редакторов ( ссылка ) - ^ Эмбли М.Т., Смида Дж., Стакебрандт Э. (1988). «Филогения mycolate менее стенки хемотипа IV актиномицетов и описание Pseudonocardiaceae Fam. Ноябрь». Syst. Прил. Microbiol . 11 : 16–19.CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ Gao, B .; Гупта, RS (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные сигнатуры для основных кладов филума актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. DOI : 10.1128 / MMBR.05011-11 . PMC 3294427 . PMID 22390973 .
- ^ а б Euzéby JP, Parte AC. « Псевдонокардиальные » . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 9 июня 2021 года .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
- ^ а б Нуиуи И., Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж. П., Войке Т., Кирпидес, Северная Каролина, Пукалл Р., Кленк Х. П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). "Основанная на геноме таксономическая классификация филума актинобактерий " . Фронт. Microbiol . 9 : 2007 DOI : 10,3389 / fmicb.2018.02007 . PMC 6113628 . PMID 30186281 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )