Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Актинобактерии
Actinomyces israelii.jpg
Сканирующего электронного микроскопа из Actinomyces israelii .
Научная классификация е
Домен:Бактерии
(без рейтинга):Террабактерии
Тип:Актинобактерии
Гудфеллоу, 2012 г.
Классы
Синонимы
  • Actinobacteraeota Oren et al. 2015 г.
  • Актинобактерии Stackebrandt, Рейни и Уорд-Рейни, 1997 г.
  • Актиномицеты Красильников 1949

Actinobacteria представляют собой тип грам-положительных бактерий . Они могут быть наземными или водными . [1] Они имеют большое экономическое значение для людей, потому что сельское хозяйство и леса зависят от их вклада в почвенные системы. В почве они помогают разложить на органические вещества мертвых организмов , так что молекулы могут быть рассмотрены заново растениями . Хотя эту роль также играют грибы , актинобактерии намного меньше и, вероятно, не занимают ту же экологическую нишу . В этой роли колониичасто растут обширные мицелии , как у грибов, и название важного отряда этого типа, Actinomycetales (актиномицеты), отражает то, что они долгое время считались грибами. Некоторые почвенные актинобактерии (например, Frankia ) живут в симбиозе с растениями, корни которых пронизывают почву, фиксируя азот для растений в обмен на доступ к некоторым сахаридам растений . Другие виды, такие как многие представители рода Mycobacterium , являются важными патогенами .

Помимо большого интереса к актинобактериям из-за их роли в почве, о них еще многое предстоит узнать. Хотя в настоящее время они рассматриваются в первую очередь как почвенные бактерии, они могут быть более многочисленными в пресных водах. [2] Актинобактерии являются одним из доминирующих видов бактерий и содержат один из самых крупных родов бактерий, Streptomyces . [3] Streptomyces и другие актинобактерии вносят основной вклад в биологическую буферность почвы. [4] Они также являются источником многих антибиотиков .

Хотя некоторые из самых крупных и сложных бактериальных клеток принадлежат к актинобактериям, группа морских Actinomarinales была описана как обладающая самыми маленькими свободноживущими прокариотическими клетками. [5]

Некоторые сибирские или антарктические актинобактерии считаются древнейшими живыми организмами на Земле, замороженными в вечной мерзлоте около полумиллиона лет назад. [6] [7] Симптомы жизни были обнаружены CO.
2выпуск из мерзлоты пробы 640 тыс. лет назад и моложе. [8]

Общие [ править ]

Большинство актинобактерий, имеющих медицинское или экономическое значение, относятся к подклассу Actinobacteridae и относятся к отряду Actinomycetales . Хотя многие из них вызывают заболевания у людей, Streptomyces известен как источник антибиотиков . [ необходима цитата ]

Из тех актинобактерий, которых нет в Actinomycetales, Gardnerella - одна из наиболее изученных. Классификация Gardnerella противоречива, и MeSH относит ее как к грамположительным, так и грамотрицательным организмам. [9]

Актинобактерии, особенно Streptomyces spp., Признаны продуцентами многих биоактивных метаболитов, полезных для человека в медицине, таких как антибактериальные [10] противогрибковые, [11] противовирусные, антитромботические, иммуномодификаторы, противоопухолевые препараты и ингибиторы ферментов; и в сельском хозяйстве, включая инсектициды, гербициды, фунгициды и вещества, способствующие росту растений и животных. [12] [13] Важные в медицине антибиотики, полученные из актинобактерий, включают аминогликозиды, антрациклины, хлорамфеникол, макролиды, тетрациклины и т. Д.

Актинобактерии имеют высокое содержание гуанина и цитозина в ДНК . [14] Содержание G + C в актинобактериях может достигать 70%, хотя некоторые из них могут иметь низкое содержание G + C. [15]

Анализ последовательности глутамин синтетазы был предложен для филогенетического анализа актинобактерий. [16]

Филогения [ править ]

Филогения основана на выпуске 123 LTP на основе 16S рРНК, разработанном проектом «All-Species Living Tree» . [17]

 
 

Rubrobacter Suzuki et al . 1989 г.

 
 
Thermoleophilidae
 

Gaiella occulta Albuquerque et al . 2012 г.

 
 
 

Thermoleophilum Zarilla и Perry 1986

 
 

Solirubrobacterales

 
 
 
 
 

Кориобактерии

 
 
 

Acidimicrobiales

 
 
Nitriliruptoridae
 

Euzebya tangerina Kurahashi et al . 2010 г.

 
 

Nitriliruptor alkaliphilus Sorokin et al . 2009 г.

 
 
Актинобактерии
 

Acidothermus cellulolyticus Mohagheghi и др . 1986 г.

 
 
 
 

Catenulisporineae

 
 
 
 

Motilibacter peucedani Ли 2012

 
 

Streptomyces Waksman and Henrici 1943 исправляют. Витт и Стакебрандт 1991 [вкл. Kitasatospora & Streptacidiphilus ]

 
 
 
 

Geodermatophilaceae

 
 
 

Frankineae

 
 
 

Накамурелловые

 
 
 

Kineococcus Yokota et al . 1993 г.

 
 
 

Kineosporiaceae

 
 
 

Angustibacter luteus Tamura et al . 2010 г.

 
 

Micrococcineae [вкл. Actinomycetaceae & Bifidobacteriaceae ]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Propionibacterineae

 
 
 

Nocardioidaceae 2

 
 
 

Thermobispora bispora (Henssen 1957) Wang et al. 1996 г.

 
 

Streptosporangineae

 
 
 
 
Арабобактерии
 
 

Pseudonocardiaceae [вкл. Актинополиспора ]

 
 

Коринебактерины

 
 
 
 

Jiangellaceae

 
 
 

Micromonosporaceae

 
 
 

Actinocatenispora Thawai et al . 2006 исправление. Со и Ли 2009

 
 
 

Phytomonospora endophytica Li et al. 2011 г.

 
 

Гликомицетовые

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Таксономия [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [18] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [19]

  • Вид " Cathayosporangium alboflavum " ♠ Runmao et al . 1995 г.
  • Виды " Candidatus Planktophila limnetica " Jezbera и др . 2009 г.
  • Вид " Tonsillophilus suis " ♠ Адзума и Бак 1980 г.
  • Класс Rubrobacteria Suzuki 2013 ( Rubrobacteridae Rainey et al . 1997 исправлено. Zhi et al . 2009 )
    • Отряд Rubrobacterales Rainey et al . 1997 исправление. Zhi et al . 2009 г.
      • Семейство Rubrobacteraceae Rainey et al. 1997 г.
  • Класс Thermoleophilia Suzuki & Whitman 2013 ( Thermoleophilidae )
    • Заказать Gaiellales Albuquerque et al . 2012 г.
      • Семейство Gaiellaceae Albuquerque et al. 2012 г.
    • Заказать Thermoleophilales Reddy & Garcia-Pichel 2009
      • Семейство Thermoleophilaceae Stackebrandt 2005 исправлено . Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
    • Заказ Solirubrobacterales Reddy & Garcia-Pichel 2009
      • Семейство Conexibacteraceae Stackebrandt 2005 исправлено . Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
      • Семейство Patulibacteraceae Takahashi et al. 2006 исправление. Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
      • Семейство Solirubrobacteraceae Stackebrandt 2005 исправлено . Zhi et al. 2009 г.
  • Класс Coriobacteriia Konig 2013 исправлен . Gupta et al. 2013 г. ( Coriobacteridae Stackebrandt et al . 1997 исправлено. Zhi et al . 2009 )
    • Заказ Coriobacteriales Stackebrandt et al . 1997 исправление. Gupta et al. 2013
      • Семейство Atopobiaceae Gupta et al. 2013
      • Семейство Coriobacteriaceae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997 исправлено. Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
    • Заказать Eggerthellales Gupta et al. 2013
      • Семейство Eggerthellaceae Gupta et al. 2013
  • Класс Acidimicrobiia Norris 2013 ( Acidimicrobidae Stackebrandt et al . 1997 исправлено. Zhi et al . 2009 )
    • Заказать Acidimicrobiales Stackebrandt et al . 1997 исправление. Zhi et al . 2009 [Acidimicrobineae Garrity, Bell & Lilburn 2003 ]
      • Семейство Acidimicrobiaceae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Zhi et al. 2009 г.
      • Семейство Iamiaceae Kurahashi et al. 2009 г.
      • Семейство " Microthrixaceae " Joseph et al. 2003 г.
  • Класс Nitriliruptoria Ludwig et al. 2013 г. ( Nitriliruptoridae Kurahashi et al . 2010 )
    • Отряд Egibacterales Zhang et al. 2016 г.
      • Семейство Egibacteraceae Zhang et al. 2016 г.
    • Отряд Egicoccales Zhang et al. 2015 г.
      • Семейство Egicoccaceae Zhang et al. 2015 г.
    • Отряд Euzebyales Kurahashi et al . 2010 г.
      • Семейство Euzebyaceae Kurahashi et al. 2010 г.
    • Отряд Nitriliruptorales Sorokin et al . 2009 г.
      • Семейство Nitriliruptoraceae Sorokin et al. 2009 г.
  • Класс Actinobacteria Stackebrandt et al. 1997 ( Actinobacteridae Stackebrandt et al . 1997 исправлено. Zhi et al . 2009 )
    • Виды? " Boyliae praeputiale " ♠ Yates et al. 2002 г.
    • Заказать? « Actinomarinales » Гаи и др. 2013 ["Actinomarinidae" Ghai et al. 2013 ]
      • Семья « Actinomarinaceae » Гаи и др. 2013
    • Отряд Acidothermales Sen et al. 2014 г.
      • Семейство Acidothermaceae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 исправлено. Zhi et al. 2009 г.
    • Заказать « Catenulisporales » Donadio и др. 2012 ( Catenulisporineae Cavaletti et al. 2006 исправлено. Zhi et al. 2009 )
      • Семейство Actinospicaceae Cavaletti et al. 2006 исправление. Zhi et al. 2009 г.
      • Семейство Catenulisporaceae Busti et al. 2006 исправление. Zhi et al. 2009 г.
    • Орден « Streptomycetales » Кампфера 2012 ( Streptomycetineae Rainey et al. 1997 исправлено. Zhi et al. 2009 )
      • Семейство Streptomycetaceae Waksman & Henrici, 1943 исправлено. Zhi et al. 2009 г.
    • Отряд Geodermatophilales Sen et al. 2014 г.
      • Семейство Geodermatophilaceae Normand 2006 исправлено . Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
    • Заказать Frankiales Sen et al. 2014 ( Frankineae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey, 1997, поправка. Zhi, Li & Stackebrandt, 2009 )
      • Семья Motilibacteraceae Lee 2013
      • Семья Cryptosporangiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
      • Семья Frankiaceae Becking 1970 исправить. Zhi et al. 2009 г.
      • Семейство Sporichthyaceae Rainey et al. 1997 исправление. Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
    • Заказать Nakamurellales Sen et al. 2014 г.
      • Семейство Nakamurellaceae Tao et al. 2004 исправление. Zhi, Li & Stackebrandt 2009 [Microsphaeraceae Rainey et al. 1997 ]
    • Орден " Kineosporiales " Kampfer 2012 ( Kineosporineae Zhi, Li & Stackebrandt 2009 )
      • Семья Kineosporiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
    • Отряд Micrococcales Prevot 1940 [Arthrobacteria; Micrococcineae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Ясин и др. 2011 ; вкл. Flavobacterium oceanosedimentum ; Бифидобактерии Stackebrandt et al . 1997 исправление. Zhi et al . 2009 ; Actinomycetales Buchanan 1917 исправить. Zhi et al . 2009 ]
      • Семья Intrasporangiaceae
      • Семья Microbacteriaceae
      • Семья Cellulomonadceae
      • Семья Promicromonosporaceae
      • Семья Sanguibacteraceae
      • Семья Rarobacteraceae
      • Семья Jonesiaceae
      • Семья Bogoriellaceae
      • Семья Beutenbergiaceae
      • Семья Ruaniaceae
      • Семья Actinomycetaceae
      • Семья Demequinaceae
      • Семья Dermabacteraceae
      • Семья Brevibacteriaceae
      • Семейство Micrococcaceae {вкл. Bifidobacteriaceae]])
    • Заказ " Propionibacteriales " Patrick & McDowell 2012 ( Propionibacterineae Rainey et al. 1997, исправление. Zhi et al. 2009 )
      • Семья Nocardioidaceae
      • Семья Propionibacteriaceae
    • Орден " Streptosporangiales " Goodfellow 2012 ( Streptosporangineae Ward-Rainey et al. 1997 исправление. Zhi, Li & Stackebrandt 2009 )
      • Семья Streptosporangiaceae
      • Семья Nocardiopsaceae
      • Семья Thermomonosporaceae
    • Орден " Jiangellales " Tang et al. 2012 г. ( Jiangellineae Tang et al.2011 )
      • Семья Jiangellaceae Tang et al. 2011 г.
    • Орден " Glycomycetales " Labeda 2012 ( Glycomycetineae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 исправление. Zhi, Li & Stackebrandt 2009 )
      • Семейство Glycomycetaceae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 исправлено. Чжи, Ли и Стакебрандт, 2009 г.
    • Орден " Micromonosporales " Genilloud 2012 ( Micromonosporineae Stackebrandt et al. 1997, исправлено. Zhi et al. 2009 ; Actinoplanales)
      • Семья Micromonosporaceae
    • Орден « Pseudonocardiales » Лабеда и Гудфеллоу 2012 ( Pseudonocardineae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Labeda et al. 2011 )
      • Семья Pseudonocardiaceae
    • Заказ " Коринебактерии " Гудфеллоу и Джонс 2012 ( Corynebacterineae Stackebrandt et al. 1997 исправлено. Zhi et al. 2009; Mycobacteria)
      • Семья Segniliparaceae
      • Семейство Nocardiaceae [Gordoniaceae; Williamsiaceae]
      • Семья Dietziaceae
      • Семья Коринебактерии
      • Семья Tsukamurellaceae
      • Семья Mycobacteriaceae

Примечания:
♠ Штаммы, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не перечисленные в Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN)

См. Также [ править ]

  • Список микробиоты бактериального вагиноза

Ссылки [ править ]

  1. ^ Servin JA, Herbold CW, Skophammer RG, озеро JA (январь 2008). «Доказательства, исключающие корень древа жизни из актинобактерий» . Мол. Биол. Evol . 25 (1): 1–4. DOI : 10.1093 / molbev / msm249 . PMID  18003601 .
  2. ^ Гай Р., Родригес-Валера Ф, МакМахон К.Д. и др. (2011). Лопес-Гарсия П. (ред.). «Метагеномика водной толщи в нетронутом верхнем течении реки Амазонки» . PLOS ONE . 6 (8): e23785. Bibcode : 2011PLoSO ... 623785G . DOI : 10.1371 / journal.pone.0023785 . PMC 3158796 . PMID 21915244 .  
  3. ^ С. Майкл Хоган .. 2010. Бактерии . Энциклопедия Земли. ред. Сидни Драгган и С.Дж. Кливленд, Национальный совет по науке и окружающей среде, Вашингтон, округ Колумбия. Архивировано 11 мая 2011 г. в Wayback Machine.
  4. ^ Ningthoujam, Debananda S .; Санасам, Сучитра; Tamreihao, K; Нимайчанд, Салам (ноябрь 2009 г.). «Антагонистическая активность местных изолятов актиномицетов против грибковых патогенов риса». Африканский журнал исследований микробиологии . 3 (11): 737–742.
  5. ^ Гхай R, Мидзуно СМ, Picazo А, Камачо А, Родригес-Валера F (2013). «Метагеномика открывает новую группу актинобактерий с низким содержанием GC и сверхмалых морских актинобактерий» . Научные отчеты . 3 : 2471. Bibcode : 2013NatSR ... 3E2471G . DOI : 10.1038 / srep02471 . PMC 3747508 . PMID 23959135 .  
  6. ^ Сассмен: Старые растения , The Guardian , 2 мая 2010
  7. ^ «Быть ​​умным - это нормально • самое древнее живое существо в мире: эти» . Архивировано из оригинала на 2018-07-13 . Проверено 13 июля 2018 .
  8. ^ Джонсон, СС; Хебсгаард, МБ; Кристенсен, TR; Мастепанов, М .; Nielsen, R .; Munch, K .; Бренд, Т .; Гилберт, MTP; Zuber, MT; Bunce, M .; Ronn, R .; Гиличинский, Д .; Froese, D .; Виллерслев, Э. (2007). «Древние бактерии демонстрируют доказательства восстановления ДНК» . Труды Национальной академии наук . 104 (36): 14401–14405. Bibcode : 2007PNAS..10414401J . DOI : 10.1073 / pnas.0706787104 . PMC 1958816 . PMID 17728401 .  
  9. ^ Gardnerella в США Национальной библиотеке медицина Медицинской предметных рубрик (MeSH)
  10. ^ Mahajan, GB (2012). «Антибактериальные средства от актиномицетов - обзор». Границы биологических наук . 4 : 240–53. DOI : 10.2741 / E373 .
  11. ^ Gupte, M .; Kulkarni, P .; Гангули, Б.Н. (2002). «Противогрибковые антибиотики». Прил. Microbiol. Biotechnol . 58 (1): 46–57. DOI : 10.1007 / s002530100822 . PMID 11831475 . S2CID 8015426 .  
  12. Перейти ↑ Bressan, W (2003). «Биологический контроль патогенных грибов семян кукурузы с помощью актиномицетов». Биоконтроль . 48 (2): 233–240. DOI : 10.1023 / а: 1022673226324 . S2CID 29320215 . 
  13. ↑ Атта, Массачусетс (2009). "Биосинтез антибиотика антимицина-А, продуцируемого Streptomyces Sp. AZ-AR-262: систематика, ферментация, очистка и биологическая активность". Austral. J. Basic и Appl. Sci . 3 : 126–135.
  14. ^ Вентура, М .; Canchaya, C .; Tauch, A .; Chandra, G .; Фитцджеральд, Г. Ф.; Chater, KF; ван Зиндерен, Д. (5 сентября 2007 г.). «Геномика актинобактерий: прослеживание эволюционной истории древнего типа» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 71 (3): 495–548. DOI : 10.1128 / MMBR.00005-07 . hdl : 11381/1721088 . PMC 2168647 . PMID 17804669 .  
  15. ^ Гаи R, McMahon KD, Rodriguez-Valera F (2012). «Нарушение парадигмы: космополитичные и многочисленные пресноводные актинобактерии имеют низкий GC». Отчеты по микробиологии окружающей среды . 4 (1): 29–35. DOI : 10.1111 / j.1758-2229.2011.00274.x . PMID 23757226 . 
  16. ^ Hayward D, ван Helden PD, Wiid IJ (2009). «Эволюция последовательности глутаминсинтетазы в микобактериях и их использование в качестве молекулярных маркеров для видообразования актинобактерий» . BMC Evol. Биол . 9 : 48. DOI : 10.1186 / 1471-2148-9-48 . PMC 2667176 . PMID 19245690 .  
  17. ^ Проект «Живое дерево всех видов» . «Выпуск 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF) . Silva Полная база данных рибосомных РНК . Проверено 20 марта 2016 .
  18. ^ JP Euzéby. «Актинобактерии» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) . Проверено 20 марта 2016 .
  19. ^ Сэйерс; и другие. «Актинобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2016 .

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Панди, Б .; Ghimire, P .; Агравал, В. П. (12–15 января 2004 г.). Исследования антибактериальной активности актиномицетов, выделенных из региона Кхумбу в Непале (PDF) . Международная конференция по Великим Гималаям: климат, здоровье, экология, управление и сохранение. Катманду. Архивировано из оригинального (PDF) 10 августа 2013 года.
  • Бальц, Р.Х. (2005). «Открытие антибиотиков из актиномицетов: последует ли за упадком и падением ренессанс?». Новости SIM . 55 : 186–196.
  • Бальц, Р.Х. (2007). «Противомикробные препараты от актиномицетов: назад в будущее» . Микроб . 2 (3): 125–131. Архивировано из оригинала на 2013-12-31.

Внешние ссылки [ править ]

  • База данных генома актиномицетов