Контакт | |
---|---|
Исследовательский центр | Национальная медицинская библиотека США (NLM) |
Дата выхода | Январь 1996 г . |
Доступ | |
Веб-сайт | pubmed |
PubMed - это бесплатная поисковая система, имеющая доступ, прежде всего, к базе данных MEDLINE, содержащей ссылки и рефераты по медико-биологическим и биомедицинским темам. Национальная библиотека США медицины (NLM) в Национальных институтах здравоохранения поддерживать базу данных как часть Entrez системы поиска информации . [1]
С 1971 по 1997 год онлайн-доступ к базе данных MEDLINE осуществлялся в основном через институциональные объекты, такие как университетские библиотеки . [2] PubMed, впервые выпущенный в январе 1996 года, положил начало эре частного, бесплатного поиска в MEDLINE на дому и в офисе. [3] Система PubMed была предложена общественности бесплатно с июня 1997 года. [2]
Помимо MEDLINE, PubMed предоставляет доступ к:
Многие записи PubMed содержат ссылки на полнотекстовые статьи, некоторые из которых находятся в свободном доступе, часто в PubMed Central [5] и локальных зеркалах, таких как Europe PubMed Central . [6]
Информация о журналах, проиндексированных в MEDLINE и доступных через PubMed, находится в каталоге NLM. [7]
По состоянию на 27 января 2020 [Обновить]года PubMed имеет более 30 миллионов ссылок и рефератов, относящихся к 1966 году, выборочно до 1865 года и очень выборочно до 1809. На ту же дату [Обновить]20 миллионов записей PubMed перечислены вместе с их рефератами, и 21,5 миллиона записей имеют ссылки на полнотекстовые версии (из них 7,5 миллионов статей доступны, полнотекстовые - бесплатно). [8] За последние 10 лет (до 31 декабря 2019 г.) ежегодно добавлялось в среднем около 1 миллиона новых записей. Примерно 12% записей в PubMed соответствуют записям, связанным с раком, которые выросли с 6% в 1950-х годах до 16% в 2016 году. [9] Другая значительная часть записей соответствует «химии» (8,69%), «терапии». »(8,39%) и« инфекция »(5%).[цитата необходима ]
В 2016 году NLM изменила систему индексирования, чтобы издатели могли напрямую исправлять опечатки и ошибки в статьях, проиндексированных PubMed. [10]
Сообщается, что PubMed включает некоторые статьи, опубликованные в хищнических журналах. Политики MEDLINE и PubMed при выборе журналов для включения в базу данных немного отличаются. Слабые места в критериях и процедурах индексации журналов в PubMed Central могут позволить публикациям хищных журналов попадать в PubMed. [11]
Новый интерфейс PubMed был запущен в октябре 2009 года и поощрял использование таких быстрых поисковых формулировок, подобных Google; их также называют поисками «телеграмм». [12] По умолчанию результаты сортируются по самым последним, но это можно изменить на «Лучшее совпадение», «Дата публикации», «Первый автор», «Последний автор», «Журнал» или «Заголовок». [13]
Дизайн и домен веб-сайта PubMed были обновлены в январе 2020 года и стали использоваться по умолчанию 15 мая 2020 года с обновленными и новыми функциями. [14] Многие исследователи, часто использующие этот сайт, критиковали его. [15]
Доступ к PubMed / MEDLINE можно получить через портативные устройства, например, используя опцию «PICO» (для конкретных клинических вопросов), созданную NLM. [16] Также доступна опция «PubMed Mobile», обеспечивающая доступ к удобной для мобильных устройств упрощенной версии PubMed. [17]
Простой поиск в PubMed можно выполнить, введя ключевые аспекты темы в окно поиска PubMed.
PubMed переводит эту исходную формулировку поиска и автоматически добавляет имена полей, соответствующие термины MeSH (Medical Subject Headings), синонимы, логические операторы и соответствующим образом `` вкладывает '' полученные термины, значительно улучшая формулировку поиска, в частности, путем регулярного комбинирования (с использованием оператора OR оператор) текстовые слова и термины MeSH.
Примеры, приведенные в учебном пособии PubMed [18], демонстрируют, как работает этот автоматический процесс:
Причины во сне Ходьба переводится как («этиология» [Подзаголовок] ИЛИ «этиология» [Все поля] ИЛИ «причины» [Все поля] ИЛИ «причинная связь» [Термины MeSH] ИЛИ «причинность» [Все поля]) И («сомнамбулизм» «[Термины MeSH] ИЛИ« сомнамбулизм »[Все поля] ИЛИ (« сон »[Все поля] И« ходьба »[Все поля]) ИЛИ« хождение во сне »[Все поля])
Так же,
soft Attack Aspirin Prevention переводится как («инфаркт миокарда» [термины MeSH] ИЛИ («миокард» [Все поля] И «инфаркт» [Все поля]) ИЛИ «инфаркт миокарда» [Все поля] ИЛИ («сердце» [Все поля] Поля] И «атака» [Все поля]) ИЛИ «сердечный приступ» [Все поля]) И («аспирин» [Термины MeSH] ИЛИ «аспирин» [Все поля]) И («профилактика и контроль» [Подзаголовок] ИЛИ («предотвращение» [Все поля] И «контроль» [Все поля]) ИЛИ «предотвращение и контроль» [Все поля] ИЛИ «предотвращение» [Все поля])
Для оптимального поиска в PubMed необходимо понимать его основной компонент, MEDLINE, и особенно контролируемый словарь MeSH (Medical Subject Headings), используемый для индексации статей MEDLINE. Они также могут потребовать сложных стратегий поиска, использования имен полей (тегов), правильного использования ограничений и других функций; Справочные библиотекари и специалисты по поиску предлагают услуги поиска. [19] [20]
Поиск в окне поиска PubMed рекомендуется только для поиска однозначных тем или новых вмешательств, для которых еще не создан заголовок MeSH, а также для поиска коммерческих марок лекарств и имен собственных. Это также полезно, когда нет подходящего заголовка или дескриптор представляет собой частичный аспект. Поиск с использованием тезауруса MeSH более точен и дает меньше нерелевантных результатов. Кроме того, это избавляет от недостатка поиска по произвольному тексту, при котором необходимо учитывать орфографию, различия в единственном / множественном числе или сокращениях. С другой стороны, статьи, недавно включенные в базу данных, которым еще не назначены дескрипторы, не будут найдены. Поэтому, чтобы гарантировать исчерпывающий поиск,необходимо использовать сочетание заголовков на контролируемом языке и терминов с произвольным текстом.[21]
Когда статья журнала индексируется, многочисленные параметры статьи извлекаются и сохраняются в виде структурированной информации. Такими параметрами являются: тип статьи (термины MeSH, например, «Клиническое испытание»), вторичные идентификаторы (термины MeSH), язык, страна журнала или история публикации (дата электронной публикации, дата публикации печатного журнала).
Параметр «Тип публикации» позволяет осуществлять поиск по типу публикации , включая отчеты о различных видах клинических исследований. [22]
С июля 2005 года процесс индексации статей в MEDLINE извлекает идентификаторы из аннотации статьи и помещает их в поле, называемое вторичным идентификатором (SI). Поле вторичного идентификатора предназначено для хранения номеров доступа к различным базам данных данных молекулярных последовательностей, экспрессии генов или химических соединений и идентификаторов клинических испытаний. Для клинических испытаний PubMed извлекает идентификаторы испытаний для двух крупнейших регистров испытаний: ClinicalTrials.gov (идентификатор NCT) и Международного стандартного регистра номеров рандомизированных контролируемых испытаний (идентификатор IRCTN). [23]
Ссылка, которая считается особенно актуальной, может быть помечена, а «статьи по теме» могут быть идентифицированы. При необходимости можно выбрать несколько исследований и создать соответствующие статьи для всех из них (в PubMed или любой другой базе данных NCBI Entrez) с помощью опции «Найти связанные данные». Связанные статьи затем перечислены в порядке «родства». Чтобы создать эти списки связанных статей, PubMed сравнивает слова из заголовка и аннотации каждой цитаты, а также присвоенные заголовки MeSH, используя мощный алгоритм взвешивания слов. [24] Функция «похожие статьи» была признана настолько точной, что авторы статьи предложили использовать ее вместо полного поиска. [25]
PubMed автоматически ссылается на термины и подзаголовки MeSH. Примеры: «неприятный запах изо рта» ссылается на (и включает в поиск) «галитоз», «сердечный приступ» на «инфаркт миокарда», «рак груди» на «новообразования груди». В соответствующих случаях эти термины MeSH автоматически «расширяются», то есть включают более конкретные термины. Такие термины, как «уход» автоматически связываются с «уходом [MeSH]» или «уходом [подзаголовок]». Эта функция называется автоматическим сопоставлением терминов и по умолчанию активируется при поиске по произвольному тексту, но не при поиске точной фразы (т. Е. Поисковый запрос заключен в двойные кавычки).[26] Эта функция делает поиск в PubMed более чувствительным и позволяет избежать ложноотрицательных (пропущенных) совпадений, компенсируя разнообразие медицинской терминологии. [26]
PubMed не применяет автоматическое сопоставление термина в следующих случаях: при написании цитируемой фразы (например, «аллотрансплантат почки»), при усечении на звездочке (например, аллотрансплантат почки *) и при просмотре с метками полей (например, Рак [ti]). [21]
Дополнительная возможность PubMed "My NCBI" (с бесплатной регистрацией) предоставляет инструменты для
и множество других опций. [27] В область «Мой NCBI» можно получить доступ с любого компьютера, имеющего доступ в Интернет. Более ранняя версия «My NCBI» называлась «PubMed Cubby». [28]
LinkOut - это средство NLM для связывания и предоставления доступа к полнотекстовым локальным журналам. [29] Около 3200 сайтов (в основном академических учреждений) участвуют в этой программе NLM (по состоянию на март 2010 г. [Обновить]), от Ольборгского университета в Дании до ZymoGenetics в Сиэтле. [30] Пользователи в этих учреждениях видят логотип своего учреждения в результатах поиска PubMed (если журнал ведется в этом учреждении) и могут получить доступ к полному тексту. Link Out объединяется с Outside Tool в связи с крупным обновлением платформы, которое состоится летом 2019 года. [31]
В 2016 году PubMed позволяет авторам статей комментировать статьи, проиндексированные PubMed. Эта функция была первоначально протестирована в пилотном режиме (с 2013 года) и стала постоянной в 2016 году. [32] В феврале 2018 года PubMed Commons была прекращена из-за того, что «использование осталось минимальным». [33] [34]
askMEDLINE, инструмент для запросов на естественном языке с произвольным текстом для MEDLINE / PubMed, разработанный NLM, также подходящий для портативных устройств. [35]
PMID (идентификатор PubMed или PubMed уникальный идентификатор) [36] представляет собой уникальное целое значение , начиная 1
, присваивается каждой записи PubMed. PMID не то же самое , как PMCID ( Р UB М Ed C ентральная ID entifier) , который является идентификатором для всех работ , опубликованных в свободном доступе к PubMed Central . [37]
Присвоение публикации PMID или PMCID ничего не говорит читателю о типе или качестве контента. PMIDs назначены письма редактору , редакционным мнения, обзорных колонны, и любая другая часть , что редактор решит включить в журнале, а также рецензируемых работ. Наличие идентификационного номера также не является доказательством того, что документы не были отозваны за мошенничество, некомпетентность или неправомерное поведение. Сообщению о любых исправлениях в оригинальных статьях может быть присвоен PMID.
Каждый номер, вводимый в окне поиска PubMed, по умолчанию обрабатывается как PMID. Следовательно, любую ссылку в PubMed можно найти с помощью PMID.
Национальная медицинская библиотека сдает информацию MEDLINE в аренду ряду частных поставщиков, таких как Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder и многим другим коммерческим, некоммерческим и академическим поставщикам. [38] По состоянию на октябрь 2008 г. [Обновить]было выдано более 500 лицензий, более 200 из них - поставщикам за пределами США. Поскольку лицензии на использование данных MEDLINE доступны бесплатно, NLM, по сути, предоставляет бесплатную площадку для тестирования широкого диапазона [39] альтернативных интерфейсов и сторонних дополнений к PubMed, одной из очень немногих крупных профессионально контролируемых баз данных, которые предлагают это вариант.
Лу [39] определяет выборку из 28 текущих и бесплатных версий PubMed на базе Интернета, не требующих установки или регистрации, которые сгруппированы в четыре категории:
Поскольку большинство этих и других альтернатив в основном полагаются на данные PubMed / MEDLINE, арендованные по лицензии NLM / PubMed, был предложен термин «производные инструменты PubMed». [39] Без необходимости хранить около 90 ГБ исходных наборов данных PubMed, любой может писать приложения PubMed, используя программный интерфейс eutils-application, как описано в статье Эрика Сэйерса «Подробные сведения об электронных утилитах: параметры, синтаксис и многое другое». , Кандидат наук. [50] Различные генераторы форматов цитирования, принимающие номера PMID в качестве входных данных, являются примерами веб-приложений, использующих программный интерфейс eutils-application. Примеры веб-страниц включают Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week , PMID2cite иПриведите это мне .
Альтернативные методы к шахте используемых данных PubMed средах программирования , таких как Matlab , Python или R . В этих случаях запросы PubMed записываются в виде строк кода и передаются в PubMed, а затем ответ обрабатывается непосредственно в среде программирования. Код можно автоматизировать для систематических запросов с различными ключевыми словами, такими как болезнь, год, органы и т. Д. Недавняя публикация (2017) показала, что доля связанных с раком записей в PubMed выросла с 6% в 1950-х годах до 16% в 2016 году. . [9]
Данные, доступные в PubMed, могут быть отражены локально с помощью неофициального инструмента, такого как MEDOC. [51]
Миллионы записей PubMed дополняют различные наборы данных открытых данных об открытом доступе , такие как Unpaywall . Инструменты анализа данных, такие как Unpaywall Journals , используются библиотеками для помощи в отмене крупных сделок : библиотеки могут избежать подписки на материалы, уже обслуживаемые с помощью мгновенного открытого доступа через открытые архивы, такие как PubMed Central. [52]
Викиданные имеют свойство:
|