Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Типичная архитектура домена RRM с четырехцепочечным антипараллельным бета-листом, уложенным на двух альфа-спиралях.
Мотив распознавания РНК. (также известный как домен RRM, RBD или RNP)
Идентификаторы
СимволRRM_1
PfamPF00076
Клан пфамRRM CL0221 RRM
ИнтерПроIPR000504
PROSITEPDOC00030
SCOP21sxl / SCOPe / SUPFAM
Доступные белковые структуры:
Pfam  структуры / ECOD  
PDBRCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumкраткое изложение структуры
PDB1cvj F: 101-170 1x5t A: 102-174 2cpz A: 403-474

1u6f A: 45-116 1fxl A: 48-119 1g2e A: 48-119 1d8z A: 41-112 1fnx H: 41-112 3sxl A: 127-198 1b7f B: 127-198 2sxl : 127-198 1x4e A: 58-117 1x5s A: 8-79 2cqc A: 120-191 2cqd A: 13-68 2cqb A: 8-79 2cq3 A: 123-192 2err A: 119-188 2cpj A: 152-153 2cqi A: 11- 80 1x5u A: 15-86 2cq0 A: 241-312 1d9a A: 127-198 1sxl : 213-279 1x5o A: 143-207 1x5p A: 264-327 1x4g A: 207-272 1x4a A: 18-86 1wf2 A: 18-82 1wf1 A: 23-87 2f9j B: 21-89 2f9d B: 21-89 1p1t A: 18-89 2u2f A: 261-332 1p27 B: 75-146 1hl6 C: 75-146 1rk8 A: 75-146 1oo0 B: 75-146 2cq4 A: 168-238 1rkj A: 396- 462 1fjc A: 396-462 1fje B: 396-462 1wi8 A: 98-168 2cqh A: 5-71 2mss A: 111-181 2mst A: 111-181 1uaw A: 22-92 1hd0 A: 99-169 1hd1 A: 99-169 2up1 A: 16-86 1u1k A: 16-86 1pgz A : 16-86 1u1p A: 16-86 1u1o A: 16-86 1up1 : 16-86 1u1r A: 16-86 1po6 A: 16-86 1u1l A: 16-86 1u1q A: 16-86 1u1n A: 16- 86 1ha1 : 16-86 1u1m A: 16-86 1l3k A: 16-86 1x4b A: 23-93 1wtb A: 184-254 1iqt A: 184-254 1x0f A: 184-254 2cqg A: 106-175 1wf0 A: 193-236 2cpf A: 724-798 2cph A: 826-899 1x4h A : 327-404 1h6k Y: 42-113 1n52 B: 42-113 1h2t Z: 42-113 1h2v Z: 42-113 1n54 B: 42-113 1h2u X: 42-113 1no8 A: 107-177 2cpx A: 311 -382 1dz5 A: 12-84 1m5k C: 12-84 1m5p F: 12-84 1m5v F: 12-84 1cx0 A: 12-84 1aud A: 12-84 1vc0 A: 12-84 1m5o C: 12-84 1vc5 A: 12-84 1vbz A: 12-84 1vbx A: 12-84 1nu4 B : 12-84 1sjf A: 12-84 1fht : 12-84 3utr D: 12-84 1u6b A: 12-84 1zzn A: 12-84 1vc6 A: 12-84 1sj4 P: 12-84 1drz A: 12- 84 1sj3 P: 12-84 1vby A: 12-84 10ia B: 12-84 1vc7 A: 12-84 1a9n D: 24-81 1x4c A: 123-187 1wg4 A: 114-178 1u2f A: 151-226 2cpe A: 363-442 1wg1 A: 71-135 1bny A: 26-87 2u1a : 210-277 2cpi A: 130-188 1jmt A: 91-142 1opi A: 400-461 1o0p A: 400-461 1qm9 A: 456-524 2adc A: 456-524 2evz A: 456-524 2adb A: 186- 253 1sjr A: 186-253 1fj7 A: 310-379 1wex A: 127-177 1zh5 A: 113-182 1yty A: 113-182 1s79 A: 113-182 1wg5 A: 113-183 1wez A: 291-359 1wel A: 432-502

2cqp A: 928-999 2cpy A: 546-616

Мотив распознавания РНК, RNP-1, представляет собой предполагаемый РНК- связывающий домен из примерно 90 аминокислот, которые, как известно, связывают одноцепочечные РНК. Он был обнаружен во многих эукариотических белках. [1] [2] [3]

Самая большая группа одноцепочечных РНК-связывающих белков - это семейство мотивов распознавания эукариотической РНК (RRM), которое содержит консенсусную последовательность из восьми аминокислот RNP-1. [4] [5]

Белки RRM обладают разнообразными предпочтениями и функциями связывания РНК и включают гетерогенные ядерные рибонуклеопротеины ( hnRNP ), белки, участвующие в регуляции альтернативного сплайсинга (SR, U2AF2 , Sxl ), белковые компоненты малых ядерных рибонуклеопротеинов (U1 и U2 snRNP ) и белки, регулирующие стабильность и трансляцию РНК ( PABP , La, Hu). [2] [3] [5] RRM в гетеродимерном факторе сплайсинга U2 snRNP, по- видимому, имеет два RRM-подобных домена со специализированными функциями для распознавания белков. [6] Мотив также присутствует в нескольких белках, связывающих одноцепочечную ДНК.

Типичный RRM состоит из четырех антипараллельных бета-цепей и двух альфа-спиралей, расположенных в складке бета-альфа-бета-бета-альфа-бета с боковыми цепями, которые складываются с основаниями РНК. В некоторых случаях при связывании РНК присутствует третья спираль. [7] RRM рассматривается в ряде публикаций. [8] [9] [10]

Белки человека, содержащие этот домен [ править ]

A2BP1 ; ACF ; БОЛЛ ; BRUNOL4 ; BRUNOL5 ; BRUNOL6 ; CCBL2 ; CGI-96 ; CIRBP ; CNOT4 ; CPEB2 ; CPEB3 ; CPEB4 ; CPSF7 ; CSTF2 ; CSTF2T ; CUGBP1 ; CUGBP2 ; D10S102 ; ДАЗ1 ; ДАЗ2 ; ДАЗ3 ; ДАЗ4 ; DAZAP1 ; DAZL ; DNAJC17 ; DND1 ; EIF3S4 ; EIF3S9 ; EIF4B ; EIF4H ; ELAVL1 ; ELAVL2 ; ELAVL3 ; ELAVL4 ; ENOX1 ; ENOX2 ; EWSR1 ; FUS ; FUSIP1 ; G3BP ; G3BP1 ; G3BP2 ; GRSF1 ; HNRNPL ; HNRPA0 ; HNRPA1 ; HNRPA2B1 ; HNRPA3 ; HNRPAB ; HNRPC ; HNRPCL1 ; HNRPD ; HNRPDL ; HNRPF ; HNRPH1 ; HNRPH2 ; HNRPH3 ; HNRPL ; HNRPLL ; HNRPM ; HNRPR ; HRNBP1 ; HSU53209 ; HTATSF1 ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; LARP7 ;MKI67IP ; MSI1 ; MSI2 ; МССП-2 ; MTHFSD ; MYEF2 ; NCBP2 ; NCL ; NOL8 ; NONO ; P14 ; PABPC1 ; PABPC1L ; PABPC3 ; PABPC4 ; PABPC5 ; PABPN1 ; POLDIP3 ; PPARGC1 ; PPARGC1A ; PPARGC1B ; PPIE ; PPIL4 ; PPRC1 ; PSPC1 ; ПТБП1 ; ПТБП2 ; PUF60 ; РАЛИ ; РАЛИЛ ; RAVER1 ; RAVER2 ; RBM10 ; RBM11 ; RBM12 ; РБМ12Б ; RBM14 ; RBM15 ; РБМ15Б ; RBM16 ; RBM17 ; RBM18 ; RBM19 ; RBM22 ; RBM23 ; RBM24 ; RBM25 ; RBM26 ; RBM27 ; RBM28 ; RBM3 ; RBM32B ; RBM33 ; RBM34 ; RBM35A ; RBM35B ; RBM38 ; RBM39 ; RBM4 ; RBM41 ; RBM42 ; RBM44 ; RBM45 ; RBM46 ; RBM47 ; RBM4B ; RBM5 ; RBM7 ; RBM8A ; RBM9 ; RBMS1 ; RBMS2 ; RBMS3 ; RBMX ; RBMX2 ; RBMXL2 ; RBMY1A1 ; RBMY1B ; RBMY1E ; RBMY1F ; RBMY2FP ; RBPMS ; RBPMS2 ; RDBP ; RNPC3 ; RNPC4 ; RNPS1 ; ROD1 ; SAFB ; SAFB2 ; SART3 ; SETD1A ; SF3B14 ; SF3B4 ; SFPQ ; SFRS1 ; SFRS10 ; SFRS11 ; SFRS12 ; SFRS15 ; SFRS2 ; SFRS2B ; SFRS3 ; SFRS4 ; SFRS5 ; SFRS6 ; SFRS7 ; SFRS9 ; SLIRP ; SLTM ; SNRP70 ; SNRPA ; SNRPB2 ; SPEN ; SR140 ; SRRP35 ; SSB ; SYNCRIP ; TAF15 ; TARDBP ; THOC4 ; TIA1 ; TIAL1 ; TNRC4 ; TNRC6C ; TRA2A ; TRSPAP1 ; TUT1 ; U1SNRNPBP ; U2AF1 ; U2AF2 ; УХМК1 ; ZCRB1 ; ZNF638 ; ЗРСР1 ; ЗРСР2 ;

Ссылки [ править ]

  1. Перейти ↑ Swanson MS, Dreyfuss G, Pinol-Roma S (1988). «Гетерогенные ядерные рибонуклеопротеидные частицы и путь образования мРНК». Trends Biochem. Sci . 13 (3): 86–91. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (88) 90046-1 . PMID  3072706 .
  2. ^ а б Кин Дж. Д., Чемберс Дж. К., Кенан Д., Мартин Б. Дж. (1988). «Домены геномной структуры и аминокислотной последовательности аутоантигена La человека» . J. Biol. Chem . 263 (34): 18043–51. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (19) 81321-2 . PMID 3192525 . 
  3. ^ а б Дэвис Р. У., Сакс А. Б., Корнберг Р. Д. (1987). «Один домен дрожжевого поли (A) -связывающего белка необходим и достаточен для связывания РНК и жизнеспособности клеток» . Мол. Клетка. Биол . 7 (9): 3268–76. DOI : 10.1128 / mcb.7.9.3268 . PMC 367964 . PMID 3313012 .  
  4. ^ Bandziulis RJ, Swanson MS, Дрейфус G (1989). «РНК-связывающие белки как регуляторы развития» . Genes Dev . 3 (4): 431–437. DOI : 10,1101 / gad.3.4.431 . PMID 2470643 . 
  5. ^ a b Кин Дж. Д., Query CC, Bentley RC (1989). «Общий мотив узнавания РНК, идентифицированный в пределах определенного связывающего домена РНК U1 белка snRNP U1 70K». Cell . 57 (1): 89–101. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (89) 90175-X . PMID 2467746 . S2CID 22127152 .  
  6. ^ Зеленый MR, Kielkopf CL, Lucke S (2004). «Мотивы гомологии U2AF: узнавание белка в мире RRM» . Genes Dev . 18 (13): 1513–1526. DOI : 10,1101 / gad.1206204 . PMC 2043112 . PMID 15231733 .  
  7. ^ Кумар S, Birney Е, Krainer АР (1993). «Анализ мотива распознавания РНК и доменов RS и RGG: консервация в факторах сплайсинга пре-мРНК многоклеточных животных» . Nucleic Acids Res . 21 (25): 5803–5816. DOI : 10.1093 / NAR / 21.25.5803 . PMC 310458 . PMID 8290338 .  
  8. ^ Кини JD, Кенан DJ, Query CC (1991). «Распознавание РНК: к определению детерминант специфичности». Trends Biochem. Sci . 16 (6): 214–20. DOI : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90088-й . PMID 1716386 . 
  9. ^ Allain FH, Домингес C, Maris C (2005). «Мотив распознавания РНК, пластиковая платформа для связывания РНК, регулирующая посттранскрипционную экспрессию генов». FEBS Дж . 272 (9): 2118–31. DOI : 10.1111 / j.1742-4658.2005.04653.x . PMID 15853797 . S2CID 46680279 .  
  10. ^ Теплова M, Юань YR, Patel DJ, Малинина L, Теплов A, Phan AT, Ilin S (2006). «Структурная основа для распознавания и секвестрации UUU (OH) 3 'temini растущих транскриптов РНК-полимеразы III La, аутоантигеном ревматического заболевания» . Мол. Cell . 21 (1): 75–85. DOI : 10.1016 / j.molcel.2005.10.027 . PMC 4689297 . PMID 16387655 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс LIG_ULM_U2AF65_1
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR000504