 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Обзор структур, содержащихся в банке данных белков. |
| Типы данных захвачены | Белковые структуры |
| Организмы | все |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Европейский институт биоинформатики (EBI) |
| Авторы | Роман Ласковский и др. (1997) |
| Основное цитирование | PMID 9433130 |
| Доступ | |
| Интернет сайт | www |
| Разное | |
| Добавляемые в закладки объекты | да |
PDBsum - это база данных, которая предоставляет обзор содержимого каждой трехмерной макромолекулярной структуры, депонированной в банке данных белков . [1] [2] [3] [4] Первоначальная версия базы данных была разработана примерно в 1995 году Романом Ласковски и его сотрудниками из Университетского колледжа Лондона . [5] По состоянию на 2014 год PDBsum поддерживается Ласковски и его сотрудниками в лаборатории Джанет Торнтон в Европейском институте биоинформатики (EBI).
Каждая структура в базе данных PDBsum включает изображение структуры (главный вид, вид снизу и вид справа), молекулярные компоненты, содержащиеся в комплексе (структура), диаграмму ферментативных реакций, если это необходимо, функциональные назначения онтологии генов , одномерную последовательность, аннотированную Pfam и Назначение доменов InterPro , описание связанных молекул и графики, показывающие взаимодействия между белком и вторичной структурой, схематические диаграммы белок-белковых взаимодействий , анализ расщелин, содержащихся в структуре, и ссылки на внешние базы данных. [6] RasMol и JmolПрограммное обеспечение для молекулярной графики используется для обеспечения трехмерного изображения молекул и их взаимодействий в PDBsum. [5]
С момента выпуска проекта « 1000 геномов» в октябре 2012 года все варианты отдельных аминокислот, идентифицированные в рамках проекта, были сопоставлены с соответствующими последовательностями белков в базе данных белков. Эти варианты также отображаются в PDBsum с перекрестной ссылкой на соответствующий идентификатор UniProt . [6] PDBsum содержит ряд белковых структур, которые могут представлять интерес при разработке лекарств на основе структур . Одна ветвь PDBsum, известная как DrugPort, специализируется на этих моделях и связана с базой данных целевых препаратов DrugBank . [6] [7]
См. Также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Ласковски RA, Hutchinson EG, Мичи Д., Уоллес AC, Джонс М.Л., Thornton JM (декабрь 1997). «PDBsum: веб-база данных сводок и анализов всех структур PDB». Направления биохимических наук . 22 (12): 488–90. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7 . PMID 9433130 .
- ^ Ласковски RA (январь 2001). «PDBsum: сводки и анализ структур PDB» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 221–2. DOI : 10.1093 / NAR / 29.1.221 . PMC 29784 . PMID 11125097 .
- ^ Ласковски Р.А., Чистяков В.В., Thornton JM (январь 2005). «PDBsum more: новые обзоры и анализы известных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с базой данных): D266-8. DOI : 10.1093 / NAR / gki001 . PMC 539955 . PMID 15608193 .
- ^ Ласковски RA (январь 2009). «PDBsum обновки» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D355-9. DOI : 10.1093 / NAR / gkn860 . PMC 2686501 . PMID 18996896 .
- ^ a b "Документация PDBsum: О PDBsum" . Европейская лаборатория молекулярной биологии - Европейский институт биоинформатики . Проверено 9 сентября 2014 года .
- ↑ a b c de Beer TA, Berka K, Thornton JM, Laskowski RA (январь 2014 г.). «Дополнения PDBsum» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск базы данных): D292-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkt940 . PMC 3965036 . PMID 24153109 .
- ↑ Knox C, Law V, Jewison T, Liu P, Ly S, Frolkis A, Pon A, Banco K, Mak C, Neveu V, Djoumbou Y, Eisner R, Guo AC, Wishart DS (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для исследования лекарств« омикс »» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D1035-41. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1126 . PMC 3013709 . PMID 21059682 .
Внешние ссылки [ править ]
- Ласковски Р.А., Торнтон Дж. М.. "Домашняя страница PDBsum" . Европейский институт биоинформатики.
