В биологии , белковая структура базы данных представляет собой базу данных, которая моделируется вокруг различных экспериментально определенных белковых структур . Целью большинства баз данных о структуре белков является организация и аннотирование структур белков, предоставляя биологическому сообществу доступ к экспериментальным данным в удобной форме. Данные, включенные в базы данных структуры белков, часто включают трехмерные координаты, а также экспериментальную информацию, такую как размеры элементарной ячейки и углы для рентгеновской кристаллографии.определенные структуры. Хотя в большинстве случаев, в данном случае белки или определения конкретной структуры белка, также содержат информацию о последовательностях, а некоторые базы данных даже предоставляют средства для выполнения запросов на основе последовательностей, основным атрибутом базы данных структур является структурная информация, тогда как базы данных последовательностей сосредоточены на информация о последовательности и не содержит структурной информации для большинства записей. Базы данных структуры белков имеют решающее значение для многих усилий в вычислительной биологии, таких как создание лекарств на основе структуры , как при разработке используемых вычислительных методов, так и при предоставлении большого экспериментального набора данных, используемого некоторыми методами для понимания функции белка. [1]
Банк данных о белках
Банк данных о белках (PDB) был основан в 1971 году как центральный архив всех экспериментально определенных данных о структуре белков. Сегодня PDB поддерживается международным консорциумом, известным под общим названием Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). Миссия wwPDB - поддерживать единый архив структурных данных макромолекул, который находится в свободном и публичном доступе для мирового сообщества. [2] [3]
Список других баз данных структуры белков
Поскольку PDB передает данные в общественное достояние , эти данные использовались в различных других базах данных структуры белков.
Примеры баз данных структуры белков включают (в алфавитном порядке);
- База данных макромолекулярных движений
- описывает движения, которые происходят в белках и других макромолекулах, в частности, используя фильмы
- Динамеомика
- хранилище данных моделирования молекулярной динамики и анализа белков, представляющих все известные семейства складчатых белков
- JenaLib
- Библиотека биологических макромолекул Йены направлена на лучшее распространение информации о трехмерных биополимерных структурах с упором на визуализацию и анализ.
- ModBase
- база данных трехмерных моделей белков, рассчитанных путем сравнительного моделирования
- ОСА
- база данных браузера для структуры / функции белков - OCA объединяет информацию из KEGG , OMIM , PDBselect , Pfam , PubMed , SCOP , SwissProt и других.
- OPM
- обеспечивает пространственное положение трехмерных структур белка по отношению к липидному бислою .
- PDB Lite
- полученный из OCA, PDB Lite был предоставлен, чтобы максимально упростить поиск и просмотр макромолекул в PDB
- PDBsum
- предоставляет обзор макромолекулярных структур в PDB, давая схематические диаграммы молекул в каждой структуре и взаимодействий между ними
- PDBTM
- Банк данных о белках трансмембранных белков - выборка PDB.
- PDBWiki
- аннотируемая сообществом база знаний о биологических молекулярных структурах [1]
- ProtCID
- База данных общих интерфейсов белков ( ProtCID ) - это база данных схожих межбелковых интерфейсов в кристаллических структурах гомологичных белков.
- Протеин
- NIH база данных белков, совокупность последовательностей из нескольких источников, включая переводы из аннотированных регионов кодирования в GenBank , RefSeq и третья сторона Аннотации , а также записей из Swissprot , PIR , ЧПИТЕ, и PDB
- Протеопедия
- совместная трехмерная энциклопедия белков и других молекул. Вики-сайт, содержащий страницу для каждой записи в PDB (> 100 000 страниц), с представлением Jmol, которое выделяет функциональные сайты и лиганды. Предлагает простой в использовании инструмент для создания сцен, поэтому вам не нужно изучать язык сценариев Jmol для создания настраиваемых молекулярных сцен. Пользовательские сцены легко прикрепляются к «зеленым ссылкам» в описательном тексте, который отображает эти сцены в Jmol.
- ProteinLounge
- белковая база данных, которая включает визуальные изображения структуры белка. Также включает белковые пути и последовательности генов, включая другие инструменты.
- SCOP
- Структурная классификация белков [2] - подробное и всестороннее описание структурных и эволюционных отношений между всеми белками, структура которых известна.
- Репозиторий SWISS-MODEL
- база данных аннотированных моделей белков, рассчитанных путем моделирования гомологии
- ТОПСАН
- Сеть аннотаций Open Protein Structure Annotation Network - вики, предназначенная для сбора, обмена и распространения информации о трехмерных структурах белков.
Рекомендации
- ^ Ласковски, RA (2011). «Базы данных структуры белков». Mol Biotechnol . 48 (2): 183–98. DOI : 10.1007 / s12033-010-9372-4 . PMID 21225378 . S2CID 45184564 .
- ^ Берман, HM (январь 2008 г.). «Банк данных о белках: историческая перспектива» (PDF) . Acta Crystallographica Раздел A . A64 (1): 88–95. DOI : 10.1107 / S0108767307035623 . PMID 18156675 .
- ^ Ласковски Р.А., Хатчинсон Э.Г., Мичи А.Д., Уоллес А.С., Джонс М.Л., Торнтон Дж.М. (декабрь 1997 г.). «PDBsum: веб-база данных сводок и анализов всех структур PDB». Trends Biochem. Sci . 22 (12): 488–90. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7 . PMID 9433130 .