Ориентации белков в мембранах ( КПМ ) базы данных обеспечивает пространственное расположение мембранных белковых структур по отношению к липидный бислой . [1] [2] [3] [4] Положения белков рассчитываются с использованием неявной сольватационной модели липидного бислоя. [5] [6] Результаты расчетов подтверждены экспериментальными исследованиями пространственного расположения трансмембранных и периферических белков в мембранах. [4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных обеспечивает пространственное расположение белков в липидном бислое. |
Типы данных захвачены | Белковые структуры из PDB |
Организмы | Все |
Контакт | |
Исследовательский центр | Фармацевтический колледж Мичиганского университета |
Первичное цитирование | PMID 16397007 |
Дата выпуска | 2005 г. |
Доступ | |
Формат данных | измененный формат PDB |
Веб-сайт | http://opm.phar.umich.edu |
Скачать URL | Файлы OPM |
Инструменты | |
Интернет | Сервер для расчета позиций белков в мембранах |
Разнообразный | |
Лицензия | CC-BY 3.0 |
Версия | 2.0 |
Политика курирования | Кураторский |
Структуры белков взяты из банка данных по белкам . OPM также обеспечивает структурную классификацию связанных с мембраной белков на семейства и суперсемейства, топологию мембран , четвертичную структуру белков в мембраносвязанном состоянии и тип целевой мембраны для каждого белка. Файлы координат с рассчитанными границами мембраны доступны для скачивания. Сайт позволяет визуализировать белковые структуры с граничными плоскостями мембран через Jmol .
База данных широко использовалась в экспериментальных и теоретических исследованиях мембранно-ассоциированных белков. [13] [14] [15] [16] [17] Однако структуры многих мембранно-ассоциированных белков не включаются в базу данных, если их пространственное расположение в мембране не может быть предсказано с помощью вычислений на основе трехмерной структуры. Это тот случай, когда все прикрепляющиеся к мембране части белков ( амфифильные альфа-спирали , незащищенные неполярные остатки или липидированные аминокислотные остатки ) отсутствуют в экспериментальных структурах. [4] База данных также не включает структуры с более низким разрешением, содержащие только атомы основной цепи, предоставленные Protein Data Bank . Расчетное пространственное расположение белковых структур с более низким разрешением в липидном бислое можно найти в других источниках, таких как PDBTM. [18]
Рекомендации
- ^ ST NetWatch: Базы данных белков, заархивированные 2 июня 2013 г. вобзоре OPM в Wayback Machine в списке NetWatch Transduction от Science
- ^ Ломизе, Михаил А .; Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Мосберг, Генри I. (2006). «OPM: Ориентация белков в базе данных мембран» (PDF) . Биоинформатика . 22 (5): 623–625. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btk023 . PMID 16397007 .
- ^ Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Ломизе, Михаил А .; Мосберг, Генри I. (2006). «Размещение белков в мембранах: вычислительный подход» (PDF) . Белковая наука . 15 (6): 1318–1333. DOI : 10.1110 / ps.062126106 . PMC 2242528 . PMID 16731967 .
- ^ а б в Ломизе, Андрей Л; Погожева Ирина Д .; Ломизе, Михаил А .; Мосберг, Генри I. (2007). «Роль гидрофобных взаимодействий в расположении периферических белков в мембранах» (PDF) . BMC Структурная биология . 7 (44): 44. DOI : 10,1186 / 1472-6807-7-44 . PMC 1934363 . PMID 17603894 .
- ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д .; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 1. Параметризация дальнодействующей электростатики и эффектов первой сольватационной оболочки» . Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 918–929. DOI : 10.1021 / ci2000192 . PMC 3089899 . PMID 21438609 .
- ^ Ломизе, Алабама; Погожева И.Д .; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 2. Энергетика внедрения малых молекул, пептидов и белков в мембраны» . Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 930–946. DOI : 10.1021 / ci200020k . PMC 3091260 . PMID 21438606 .
- ^ Malmberg, Nathan J .; Фальке, Джозеф Дж. (2005). «Использование насыщения мощности ЭПР для анализа геометрии стыковки с мембраной периферических белков: приложения к доменам C2» . Annu Rev Biophys Biomol Struct . 34 : 71–90. DOI : 10.1146 / annurev.biophys.34.040204.144534 . PMC 3637887 . PMID 15869384 .
- ^ Спенсер, Эндрю Дж .; Турессон, Элизабет; Отто, Джеймс С.; Песня, Инсок; Смит, Тим; DeWitt, David L .; Гаравито, Р. Майкл; Смит, Уильям Л. (1999). «Мембранные связывающие домены простагландин-эндопероксид H-синтаз 1 и 2. Пептидное картирование и мутационный анализ» . J Biol Chem . 274 (46): 32936–32942. DOI : 10.1074 / jbc.274.46.32936 . PMID 10551860 .
- ^ Латроп, Брайан; Гадд, Марта; Biltonen, Rodney L .; Правило, Гордон С. (2001). «Изменения аффинности Ca 2+ при активации фосфолипазы A 2 Agkistrodon piscivorus piscivorus ». Биохимия . 40 (11): 3264–3272. DOI : 10.1021 / bi001901n . PMID 11258945 .
- ^ Кутателадзе, Татьяна; Overduin, Майкл (2001). «Структурный механизм стыковки эндосом с помощью домена FYVE». Наука . 291 (5509): 1793–1796. Bibcode : 2001Sci ... 291.1793K . DOI : 10.1126 / science.291.5509.1793 . PMID 11230696 .
- ^ Татулян, Сурен А .; Цинь, Шань; Pande, Abhay H .; Он, Сяомэй (2005). «Расположение мембранных белков с помощью новых белковых инженерных и биофизических подходов» . J Mol Biol . 351 (5): 939–947. DOI : 10.1016 / j.jmb.2005.06.080 . PMID 16055150 .
- ^ Христова, Калина; Уимли, Уильям С .; Мишра, Винод К .; Анантарамия, GM; Segrest, Jere P .; Уайт, Стивен Х. (2 июля 1999 г.). «Амфипатическая α-спираль на границе раздела мембран: структурное исследование с использованием нового метода дифракции рентгеновских лучей» . J Mol Biol . 290 (1): 99–117. DOI : 10.1006 / jmbi.1999.2840 . PMID 10388560 .
- ^ Парк, Юнгки; Хелмс, Волхард (2007). «О выводе шкал склонности для предсказания экспонированных трансмембранных остатков белков спиральной мембраны» . Биоинформатика . 23 (6): 701–708. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl653 . PMID 17237049 .
- ^ Марш, Дерек; Йост, Миха; Пеггион, Кристина; Тониоло, Клаудио (2007). «Спиновые метки TOAC в основной цепи аламетицина: исследования ЭПР в липидных мембранах» . Биофиз. J. 92 (2): 473–481. Bibcode : 2007BpJ .... 92..473M . DOI : 10.1529 / biophysj.106.092775 . PMC 1751395 . PMID 17056731 .
- ^ Пунта, Марко; Форрест, Люси Р .; Бигелоу, Генри; Керницкий, Андрей; Лю, Цзиньфэн; Рост, Буркхард (2007). «Методы прогнозирования мембранного белка» . Методы . 41 (4): 460–474. DOI : 10.1016 / j.ymeth.2006.07.026 . PMC 1934899 . PMID 17367718 .
- ^ Черезов, В; Ямасита, Э; Лю, Вт; Жальнина, М; Крамер, Вашингтон; Кэффри, М. (8 декабря 2006 г.). « В мезоструктуре переносчика кобаламина, BtuB, при разрешении 1,95 Ангстрема» . J. Mol. Биол. 364 (4): 716–734. DOI : 10.1016 / j.jmb.2006.09.022 . PMC 1808586 . PMID 17028020 .
- ^ Пали, Тибор; Баштовый, Денис; Марш, Дерек (2006). «Стехиометрия липидных взаимодействий с трансмембранными белками - выведено из трехмерных структур» . Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. DOI : 10.1110 / ps.052021406 . PMC 2242517 . PMID 16641489 .
- ^ «PDBTM: банк данных о трансмембранных белках» . Архивировано из оригинала на 2013-12-25 . Проверено 20 июня 2007 .