 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | курируемая база данных неизбыточных последовательностей геномов. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Национальный центр биотехнологической информации |
| Основное цитирование | Прюитт К.Д. и др. (2005) [1] |
| Доступ | |
| Интернет сайт | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq |
Эталонной последовательности ( RefSeq ) базы данных [1] представляет собой открытый доступ , аннотированные и Куратор коллекция общедоступных нуклеотидных последовательностей (ДНК, РНК) и их белковых продуктов. Эта база данных создана Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) и, в отличие от GenBank , предоставляет только одну запись для каждой естественной биологической молекулы (то есть ДНК, РНК или белка) для основных организмов, от вирусов до бактерий и эукариот.
Для каждого модельного организма , RefSeq направлен на обеспечение отдельных и связанные записей для геномной ДНК, ген транскриптов и белков , вытекающих из этих транскриптов. RefSeq ограничен основными организмами, по которым имеется достаточно данных (более 66 000 различных «названных» организмов по состоянию на сентябрь 2011 г.) [2], в то время как GenBank включает последовательности для всех представленных организмов (приблизительно 250 000 различных названных организмов).
Категории RefSeq [ править ]
| Категория | Описание |
|---|---|
| NC | Полные геномные молекулы |
| NG | Неполный геномный регион |
| НМ | мРНК |
| NR | нкРНК |
| НП | Протеин |
| XM | предсказанная модель мРНК |
| XR | предсказанная модель нкРНК |
| XP | предсказанная модель белка (эукариотические последовательности) |
| WP | предсказанная модель белка (прокариотические последовательности) |
Для получения дополнительных сведений и дополнительных категорий см. Таблицу 1 в главе 18 книги База данных эталонных последовательностей (RefSeq) .
См. Также [ править ]
- GenBank
- Анализ последовательности
- Инструмент профилирования последовательности
- Мотив последовательности
- UniProt
- Список секвенированных эукариотических геномов
- Список секвенированных геномов архей
Ссылки [ править ]
- ^ a b Прюитт К.Д. , Татусова Т, Маглотт Д.Р. (2005). «Контрольная последовательность NCBI (RefSeq): тщательно подобранная база данных неизбыточных последовательностей геномов, транскриптов и белков» . Nucleic Acids Res . 33 (Проблема с базой данных): D501-4. DOI : 10.1093 / NAR / gki025 . PMC 539979 . PMID 15608248 .
- ^ Статистика выпуска 80 RefSeq (отчет). Национальная медицинская библиотека . 2017 . Проверено 13 января 2017 года .
Источники [ править ]
Эта статья включает материалы, являющиеся общественным достоянием, из документа Национального центра биотехнологической информации : «Справочник NCBI» .
Эта статья включает материалы, являющиеся общественным достоянием, из документа Национального центра биотехнологической информации : «Справочник NCBI» .Внешние ссылки [ править ]
- RefSeq
- GenBank, RefSeq, TPA и UniProt: что в названии?