Список секвенированных геномов архей

Этот список секвенированных геномов архей содержит все известные археи, которые имеют общедоступные полные последовательности генома , которые были собраны, аннотированы и депонированы в общедоступных базах данных. Methanococcus jannaschii был первым археоном, геном которого был секвенирован в 1996 году ^[1].

В настоящее время в этом списке 39 геномов, принадлежащих видам Crenarchaeota, 105 принадлежащих Euryarchaeota, 1 геном, принадлежащий Korarchaeota и Nanoarchaeota, 3, принадлежащих Thaumarchaeota и 1 геном, принадлежащий неклассифицированной архее, всего 150 архей.

Crenarchaeota [ править ]

Acidilobales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Acidilobus saccharovorans	345-15	1 496 000	1,547	^[2]	CP001742	2010 г.

Desulforococcales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Аэропирум перникс	K1	1,669,695	2 694	^[3]	NC_000854 (эталонная последовательность NCBI)	1999 г.
Десульфурококк камчатский	1221н	1,365,000	1,521	^[4]	CP001140	2009 г.
Hyperthermus butylicus	DSM 5456	1,667,000	1,669	^[5]	CP000493	2007 г.
Игникокк больничный	КИН4 / И, DSM 18386	1 297 000	1,496	^[6]	CP000816	2008 г.
Ignisphaera aggregans	AQ1.S1, DSM 17230	1 875 000	2,042	^[7]	CP002098	2010 г.
Pyrolobus fumarii	1А, DSM 11204	1 843 000	2 038	^[8]	CP002838	2011 г.
Стафилотермус Hellenicus	P8, DSM 12710	1 580 000	1,716	^[9]	CP002051	2011 г.
Staphylothermus marinus	F1, DSM 3639	1 570 000	1,659	^[10]	CP000575	2011 г.
Агрегаты Thermosphaera	M11TL, DSM 11486	1,316,000	1,457	^[11]	CP001939	2010 г.

Sulfolobales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Ацидиан больничный	W1	2 137 000	2,424	^[12]	CP002535	2011 г.
Металлосфера куприна	Ар-4	1 840 000	2,077	^[13]	CP002656	2011 г.
Metallosphaera sedula	DSM 5348	2 191 000	2347	^[14]	CP000682	2008 г.
Sulfolobus acidocaldarius	DSM 639	2,225,959	2,223	^[15]	CP000077	2005 г.
Sulfolobus islandicus	HVE10 / 4	2 655 000		^[16]	CP002426	2011 г.
Sulfolobus islandicus	LD8.5	2 722 000	2,996	^[17]	Хромосома CP001731 Плазмида pLD8501 CP001732	2009 г.
Sulfolobus islandicus	LS2.15	2 736 000	3068	^[17]	CP001399	2009 г.
Sulfolobus islandicus	M.14.25	2 608 000	2 900	^[17]	CP001400	2009 г.
Sulfolobus islandicus	M.16.27	2 692 000	2 956	^[17]	CP001401	2009 г.
Sulfolobus islandicus	M.16.4	2 586 000	2 869	^[17]	CP001402	2009 г.
Sulfolobus islandicus	REY15A	2 522 000		^[16]	CP002425	2011 г.
Sulfolobus islandicus	YG57.14	2 702 000	3079	^[17]	CP001403	2009 г.
Sulfolobus islandicus	YN15.51	2 812 000	3 318	^[17]	Хромосома CP001404 Плазмида pYN01 CP001405	2009 г.
Sulfolobus islandicus	LAL14 / 1	2 465 177	2 601	^[18]	CP003928	2013
Sulfolobus solfataricus	P2	2 992 245	2 995	^[19]	AE006641	2001 г.
Sulfolobus solfataricus	98/2	2 668 000	2 728	Объединенный институт генома DOE	CP001800	2009 г.
Sulfolobus tokodaii	7	2 694 765	2 826	^[20]	BA000023	2001 г.

Thermoproteales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Caldivirga maquilingensis	IC-167	2 077 000	2,011	Объединенный институт генома DOE	CP000852	2007 г.
Pyrobaculum aerophilum	IM2	2 222 430	2 605	^[21]	AE009441	2002 г.
Pyrobaculum arsenaticum	PZ6, DSM 13514	2 121 000	2,410	Объединенный институт генома DOE	CP000660	2007 г.
Pyrobaculum calidifontis	JCM 11548	2 009 000	2,213	Объединенный институт генома DOE	CP000561	2007 г.
Pyrobaculum islandicum	DSM 4184	1 826 000	2 063	Объединенный институт генома DOE	CP000504	2006 г.
Pyrobaculum sp. 1860 г.				Не опубликовано ^[22]	CP003098	2011 г.
Термопленка Pendens	5 гонконгских крон	1,781,000	1,930	^[23]	Хромосома CP000505 Плазмида pTPEN01 CP000506	2008 г.
Термопротеус нейтрофильный	V24Sta	1,769,000	2,053	Объединенный институт генома DOE	CP001014	2008 г.
Термопротеус тенакс	Kra1	1,841,000	2100	^[24]	FN869859	2011 г.
Thermoproteus uzoniensis	768-20	1 936 000	2,229	^[25]	CP002590	2011 г.
Vulcanisaeta Distributa	DSM 14429	2 374 000	2,592	^[26]	CP002100	2010 г.
Vulcanisaeta moutnovskia	768-28	2 298 000	2393	^[27]	CP002529	2011 г.

Euryarchaeota [ править ]

Археоглоби [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Археоглобус фулгидус	DSM4304	2 178 400	2,407	^[28]	AE000782	1997 г.
Archaeoglobus veneficus	СНП6, ДСМ 11195	1 901 000	2 194	Объединенный институт генома DOE	CP002588	2011 г.
Археоглобус глубокий	Av18, DSM 5631	1 563 000	1 911	^[29]	Хромосома CP001857 Плазмида pArcpr01 CP001858	2010 г.
Ferroglobus placidus	AEDII12DO, DSM 10642	2 196 000	2 622	^[30]	CP001899	2011 г.

Галобактерии [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Halalkalicoccus jeotgali	B3, DSM 18796	3 690 000	3925	^[31]	Хромосома I CP002062 Плазмида 1 CP002063 Плазмида 2 CP002064 Плазмида 3 CP002065 Плазмида 4 CP002066 Плазмида 5 CP002067 Плазмида 6 CP002068	2010 г.
Haloarcula hispanica	CGMCC 1.2049	3 484 000	3,561	^[32]	Хромосома I CP002921 Хромосома II CP002922 Плазмида pHH400 CP002923	2011 г.
Haloarcula marismortui	ATCC 43049	3 131 724	3 131	^[33]	Хромосома I AY596297 Хромосома II AY596298 Плазмида pNG100 AY596290 Плазмида pNG200 AY596291 Плазмида pNG300 AY596292 Плазмида pNG400 AY596293 Плазмида pNG500 AY596294 Плазмида pNG600 AY596295 Плазмида pNG29600	2004 г.
Halobacterium salinarum	R1, DSM 671	2 000 000	2 801	^[34]	Хромосома NC_010364 Плазмида PHS1 NC_010366 Плазмида PHS2 NC_010369 Плазмида PHS3 NC_010368 Плазмида PHS4 NC_010367	2008 г.
Виды Halobacterium	NRC-1	2 014 239	2,058	^[35]	Хромосома NC_002607 Плазмида pNRC100 NC_002607 Плазмида pNRC200 NC_002608	2000 г.
Halobiforma lacisalsi	AJ5, JCM 12983	4 320 000	4682	^[36]	AGFZ00000000	2011 г.
Haloferax volcanii	DS2			^[37]	Хромосома CP001956 Плазмида pHV1 CP001957 Плазмида pHV2 CP001954 Плазмида pHV3 CP001953 Плазмида pHV4 CP001955	2010 г.
Halogeometricum borinquense	PR3, DSM 11551	3 920 000	4 059	^[38]	Хромосома CP001690 Плазмида pHBOR01 CP001691 Плазмида pHBOR02 CP001692 Плазмида pHBOR03 CP001693 Плазмида pHBOR04 CP001694 Плазмида pHBOR05 CP001695	2009 г.
Halomicrobium mukohataei	arg-2, DSM 12286	3,332,000	3 475	^[39]	Хромосома CP001688 Плазмида pHmuk01 CP001689	2009 г.
Halopiger xanaduensis	SH-6	3 668 000	3 685	Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP002839 Плазмида pHALXA01 CP002840 Плазмида pHALXA02 CP002841 Плазмида pHALXA03 CP002842	2011 (Хромосома)
Haloquadratum walsbyi	C23, DSM 16854	3 148 000		^[40]	Хромосома FR746099 Плазмида PL6A FR746101 Плазмида PL6B FR746102 Плазмида PL100 FR746100	2011 г.
Haloquadratum walsbyi	HBSQ001, DSM 16790	3 132 000	2 914	^[41]	Хромосома AM180088 Плазмида PL47 AM180089	2006 г.
Halorhabdus tiamatea	SARL4B	3 840 000	4 034	^[42]	AFNT00000000	2011 г.
Halorhabdus utahensis	AX-2, DSM 12940	3116 Кб	3076	^[43]	CP001687	2009 г.
Halorubrum lacusprofundi	ATCC 49239	4 300 000	3,725	Объединенный институт генома DOE	Хромосома 1 CP001365 Хромосома 2 CP001366 Плазмида pHLAC01 CP001367	2009 (Хромосомы 1 и 2)
Haloterrigena turkmenica	ВКМ Б-1734, ДСМ 5511	5 440 000	5 351	^[44]	Хромосома CP001860 Плазмида pHTUR01 CP001861 Плазмида pHTUR02 CP001862 Плазмида pHTUR03 CP001863 Плазмида pHTUR04 CP001864 Плазмида pHTUR05 CP001865 Плазмида pHTUR06 CP001866	2010 г.
Натриальба азиатская	ATCC 700177			^[45]	Опрос	2004 г.
Натриальба магадии	ATCC 43099	3 751 000	4364	Объединенный институт генома DOE	CP001932	2010 г.
Натрономонас фараонис	DSM2160	2,595,221	2,675	^[46]	Хромосома CR936257 Плазмида PL131 CR936258 Плазмида PL23 CR936259	2005 г.

Метанобактерии [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Methanobacterium sp. АЛ-21		2 583 000		Объединенный институт генома DOE, Университет Иллинойса в Урбана-Шампейн	CP002551	2011 г.
Methanobacterium sp. ЛЕБЕДЬ-1		2 546 000	2,500	Объединенный институт генома DOE, Университет Иллинойса, Урбана-Шампейн	CP002772	2011 г.
Methanobacterium thermoautotrophicum	дельта-Н	1 751 377	1869	^[47]	AE000666	1997 г.
Methanobrevibacter ruminantium	M1	2 937 000	2283	^[48]	CP001719	2010 г.
Метанобревибактер кузнечный	DSM 2375	1 704 000	1,748	Вашингтонский университет	ABYW00000000	2008 г.
Метанобревибактер кузнечный	F1, DSM 2374	1 707 000	1,749	Вашингтонский университет	ABYV00000000	2010 г.
Метанобревибактер кузнечный	PS, ATCC 35061	1 853 000	1841	^[49]	CP000678	2007 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS94A	1,889,000	1 808	^[50]	AELU00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS94B	1,886,000	1,856	^[50]	AELV00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS94C	1 910 000	1812	^[50]	AELW00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS95A	1,992,000	1 961	^[50]	AELX00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS95B	1 972 000	1895	^[50]	AELY00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS95C	1 978 000	1874	^[50]	AELZ00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS95D	2 011 000	1860	^[50]	AEMA00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS96A	1 975 000	1852	^[50]	AEMB00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS96B	1 869 000	1,742	^[50]	AEMC00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS96C	1,818,000	1,764	^[50]	AEMD00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS145A	1,782,000	1,786	^[50]	AEKU00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS145B	1,797,000	1880	^[50]	AELL00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS146A	1,792,000	1823	^[50]	AELM00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS146B	1,794,000	1814	^[50]	AELN00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS146C	1 947 000	2355	^[50]	AELO00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS146D	1,713,000	1,693	^[50]	AELP00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS146E	1 952 000	1887	^[50]	AELQ00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS147A	2 008 000	1 969	^[50]	AELR00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS147B	1 965 000	1 911	^[50]	AELS00000000	2011 г.
Метанобревибактер кузнечный	TS147C	1 973 000	2014	^[50]	AELT00000000	2011 г.
Methanosphaera stadtmanae	DSM 3091	1 767 403	1,534	^[51]	CP000102	2005 г.
Methanothermobacter marburgensis	Марбург DSM 2133	1,634,000	1 806	^[52]	CP001710	2010 г.
Methanothermus fervidus	V24S, DSM 2088	1 243 000	1,361	^[53]	CP002278	2010 г.

Метанококки [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Methanocaldococcus fervens	AG86	1,485,000	1,663	Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP001696 Плазмида pMEFER01 CP001697	2009 (Хромосома)
Methanocaldococcus infernus	МНЕ	1,328,000	1,513	Объединенный институт генома DOE	CP002009	2010 г.
Methanocaldococcus jannaschii	DSM 2661	1,664,970	1,715	^[54]	Хромосома: L77117 Большая плазмида: L77118 Малая плазмида: L77119	1996 г.
Methanocaldococcus vulcanius	M7, DSM 12094	1,746,000	1 808	Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP001787 Плазмида pMETVU01 CP001788 Плазмида pMETVU02 CP001789	2009 г.
Methanocaldococcus sp. FS406-22		1,760,000	1893	Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP001901 Плазмида pFS01 CP001902	2010 (Хромосома)
Methanococcus aeolicus	Нанкай-3	1 569 000	1,554	Объединенный институт генома DOE	CP000743	2007 г.
Methanococcus maripaludis	C5	1,780,000	1896	Объединенный институт генома DOE	CP000609	2007 г.
Methanococcus maripaludis	C6	1,744,000	1874	Объединенный институт генома DOE	CP000867	2007 г.
Methanococcus maripaludis	C7	1,772,000	1,858	Объединенный институт генома DOE	CP000745	2007 г.
Methanococcus maripaludis	S2	1,661,137	1,722	^[55]	NC_005791 (эталонная последовательность NCBI)	2004 г.
Methanococcus maripaludis	X1	1,746,000	1892	^[56]	CP002913	2011 г.
Methanococcus vannielii	SB	1,720,000	1,755	Объединенный институт генома DOE	CP000742	2007 г.
Methanococcus voltae	A3	1 936 000	1,768	Объединенный институт генома DOE	CP002057	2010 г.
Methanothermococcus okinawensis	IH1	1,662,000	1,662	Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP002792 Плазмида pMETOK01 CP002793	2011 (Хромосома)
Метаноторрис igneus	Кол5, ДСМ 5666	1 854 000	1843	Объединенный институт генома DOE	CP002737	2011 г.

Метаномикробия [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Candidatus Methanoregula boonei	6A8	2 542 000	2,518	Объединенный институт генома Министерства энергетики США ^[57]	CP000780	2007 г.
Methanocella sp. Кластер риса I (RC-I)	MRE50	3 179 916	3103	Последовательность генома, ^[58] затем таксономическое положение ^[59]	AM114193	2005 г.
Methanocella paludicola	SANAE	2 957 635	3004	^[60]	AP011532	2011 г.
Methanocella conradii	HZ254	1,316,380	2512	^[61]	CP003243	2012 г.
Methanococcoides burtonii	DSM6242	2,575,032	2 273	^[62]	CP000300	2009 г.
Methanocorpusculum labreanum	Z	1 804 000	1830	^[63]	CP000559	2009 г.
Methanoculleus marisnigri	JR1, DSM 1498	2 478 000	2,560	^[64]	CP000562	2009 г.
Methanohalobium evestigatum	Z-7303	2,406,232	2,254	Объединенный институт генома Министерства энергетики США ^[65]	Хромосома: CP002069 Плазмида pMETEV01: CP002070	2010 (Хромосома)
Methanohalophilus mahii	SLP, DSM 5219	2 012 000	2,095	^[66]	CP001994	2010 г.
Метанопланус петролеариус	SEBR 4847, DSM 11571	2 843 000	2,881	^[67]	CP002117	2011 г.
Methanosalsum zhilinae	WeN5, DSM 4017	2 138 000	2,086		CP002101	2010 г.
Methanosaeta concilii	ГП-6	3 008 000		^[68]	CP002565	2010 г.
Methanosaeta harundinacea	6Ac	2,559,000		^[22]	CP003117	2011 г.
Methanosaeta thermophila	PT	1,879,000	1,785	Объединенный институт генома DOE	CP000477	2006 г.
Methanosarcina acetivorans	C2A	5 751 492	4,540	^[69]	AE010299	2002 г.
Methanosarcina barkeri	Фусаро, DSM 804	4 837 408	3 607	^[70]	Хромосома CP000099 Плазмида 1 CP000098	2006 (Хромосома)
Methanosarcina mazei	Go1	4 096 345	3 371	^[71]	AE008384	2002 г.
Methanosphaerula palustris	E1-9c, DSM 19958	2 922 000	2 859	Объединенный институт генома DOE	CP001338	2008 г.
Methanospirillum hungatei	JF-1	3 544 738	3139	Объединенный институт генома DOE	CP000254	2006 г.

Метанопири [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Methanopyrus kandleri	AV19	1,694,969	1,691	^[72]	AE009439	2002 г.

Термококки [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Pyrococcus abyssi	GE5	1,765,118	1,784	^[73]	NC_000868 (эталонная последовательность NCBI)	2000 г.
Pyrococcus furiosus	DSM 3638	1 908 256	2 065	^[74]	AE009950	1999 г.
Pyrococcus horikoshii	OT3	1,738,505	2,061	^[75]	NC_000961 (эталонная последовательность NCBI)	1998 г.
Pyrococcus sp. NA2		1 861 000	1 984	^[22]	CP002670	2011 г.
Pyrococcus yayanosii	CH1	1,716,000	1 952	^[76]	CP002779	2011 г.
Термококк барофильный	МП, DSM 11836	2 010 000	2 196	^[77]	CP002372	2011 г.
Thermococcus gammatolerans	EJ3	2 045 000	2 206	^[78]	CP001398	2009 г.
Термококк кодакараенсис	KOD1	2 088 737	2 306	^[79]	AP006878	2005 г.
Thermococcus onnurineus	NA1	1 847 000	2,027	^[80]	NC_011529 (эталонная последовательность NCBI)	2008 г.
Термококк сибирский	ММ 739	1 845 000	2,085	^[81]	CP001463	2009 г.
Thermococcus sp. 4557		2 011 000	2 181	^[82]	CP002920	2011 г.
Thermococcus sp. AM4		2 086 000	2,279	^[83]	CP002952	2011 г.

Термоплазмы [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Ферроплазма ацидарманус	Fer1	1 865 000	1,742	^[84]	AABC00000000	2007 г.
Picrophilus torridus	DSM 9790	1,545,895	1,535	^[85]	AE017261	2004 г.
Термоплазма ацидофильная	DSM 1728	1 564 906	1,478	^[86]	NC_002578 (эталонная последовательность NCBI)	2000 г.
Термоплазменный вулканий	GSS1	1 584 804	1,526	^[87]	NC_002689 (эталонная последовательность NCBI)	2000 г.

Неклассифицированные Euryarchaeota [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Aciduliprofundum boonei	T469	1 486 000	1,587	Объединенный институт генома DOE	CP001941	2010 г.

Корархеота [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Candidatus Korarchaeum cryptofilum	OPF8	1 590 000	1,661	^[88]	CP000968	2008 г.

Наноархей [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Nanoarchaeum equitans	Кин4-М	490,885	536	^[89]	AE017199	2003 г.

Таумархеота [ править ]

Cenarchaeales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Кенархей симбиоз	А	2 045 000	2 066	^[90]	DP000238	2006 г.

Nitrosopumilales [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
Candidatus Nitrosoarchaeum limnia	SFB1	1,769,000	2 171	^[91]	AEGP00000000	2011 г.
Nitrosopumilus maritimus	SCM1	1 645 000	1842	^[92]	CP000866	2010 г.

Неклассифицированные археи [ править ]

Разновидность	Напряжение	Пар оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank	Год публикации
галофильный археон sp. DL31				Не опубликовано ^[22]	CP002988	2011 г.

См. Также [ править ]

Геномный проект
Проект микробиома человека
Списки секвенированных геномов

Ссылки [ править ]

^ Булт CJ, белый О, Olsen ГДж, Чжоу л, Флейшман РД, Саттон Г.Г. и др. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Bibcode : 1996Sci ... 273.1058B . DOI : 10.1126 / science.273.5278.1058 . PMID 8688087 . S2CID 41481616 .
^ Марданов А.В., Svetlitchnyi В.А., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (август 2010). «Последовательность генома кренархея Acidilobus saccharovorans поддерживает новый отряд, Acidilobales, и предполагает важную экологическую роль наземных кислых горячих источников» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (16): 5652–7. DOI : 10,1128 / AEM.00599-10 . PMC 2918975 . PMID 20581186 .
^ Каварабаяси Y, Хино Y, Хорикава H, Ямадзаки S, Haikawa Y, Jin-no K и др. (Апрель 1999 г.). «Полная последовательность генома аэробного гипертермофильного кренархея, Aeropyrum pernix K1» . Исследования ДНК . 6 (2): 83–101, 145–52. DOI : 10.1093 / dnares / 6.2.83 . PMID 10382966 .
^ Равин Н.В., Марданов А.В., Белецкий А.В., Кубланов И.В., Колганова Т.В., Лебединский А.В. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома анаэробного, разрушающего белок гипертермофильного кренархея Desulfurococcus kamchatkensis» . Журнал бактериологии . 191 (7): 2371–9. DOI : 10.1128 / JB.01525-08 . PMC 2655497 . PMID 19114480 .
^ Брюггер К., Чен Л., Старк М., Зибат А., Реддер П., Рупп А. и др. (Май 2007 г.). «Геном Hyperthermus butylicus: сероредуцирующий, пептидный ферментирующий нейтрофильный кренархеот, растущий до 108 градусов по Цельсию» . Археи . 2 (2): 127–35. DOI : 10.1155 / 2007/745987 . PMC 2686385 . PMID 17350933 .
^ Подар M, Андерсон I, Макарова KS, Elkins JG, Иванова N, Wall MA, et al. (2008). «Геномный анализ архейной системы Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans» . Геномная биология . 9 (11): R158. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-11-r158 . PMC 2614490 . PMID 19000309 .
^ Goker М, Held В, Лапидус А, М Нолан, весна S, Yasawong М., и др. (Август 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Ignisphaera aggregans (AQ1.S1)» . Стандарты геномных наук . 3 (1): 66–75. DOI : 10.4056 / sigs.1072907 . PMC 3035270 . PMID 21304693 .
^ Андерсон I, Гёкер М, Нолан М, Лукас С, Хэммон Н, Дешпанде С и др. (Июль 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма хемолитоавтотрофа Pyrolobus fumarii (1A)» . Стандарты геномных наук . 4 (3): 381–92. DOI : 10.4056 / sigs.2014648 . PMC 3156397 . PMID 21886865 .
↑ Андерсон I, Вирт Р., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Ченг Дж. Ф. и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus hellenicus P8» . Стандарты геномных наук . 5 (1): 12–20. DOI : 10.4056 / sigs.2054696 . PMC 3236042 . PMID 22180806 .
↑ Андерсон И.Дж., Дхармараджан Л., Родригес Дж., Хупер С., Порат И., Ульрих Л. Е. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus marinus показывает различия в метаболизме серы среди гетеротрофных Crenarchaeota» . BMC Genomics . 10 : 145. DOI : 10.1186 / 1471-2164-10-145 . PMC 2678158 . PMID 19341479 .
↑ Spring S, Rachel R, Lapidus A, Davenport K, Tice H, Copeland A и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Thermosphaera aggregans (M11TL)» . Стандарты геномных наук . 2 (3): 245–59. DOI : 10.4056 / sigs.821804 . PMC 3035292 . PMID 21304709 .
^ Ю XY, Лю Ц., Ван С.Ю., Цзян Ц.И., Шах С.А., Прангишвили Д. и др. (Июль 2011 г.). «Геномный анализ Acidianus hospitalis W1 хозяина для изучения кренархейного вируса и жизненных циклов плазмид» . Экстремофилы . 15 (4): 487–97. DOI : 10.1007 / s00792-011-0379-у . PMC 3119797 . PMID 21607549 .
^ Лю LJ, Ю XY, Чжэн Х, Ван S, Цзян CY, Лю SJ (июль 2011). «Полная последовательность генома Metallosphaera cuprina, археона, окисляющего сульфид металлов, из горячего источника» . Журнал бактериологии . 193 (13): 3387–8. DOI : 10.1128 / JB.05038-11 . PMC 3133273 . PMID 21551305 .
^ Auernik KS, Maezato Y, Blum PH, Келли RM (февраль 2008). «Последовательность генома мобилизующей металлы, чрезвычайно термоацидофильной археи Metallosphaera sedula дает представление о метаболизме, связанном с биовыщелачиванием» . Прикладная и экологическая микробиология . 74 (3): 682–92. DOI : 10,1128 / AEM.02019-07 . PMC 2227735 . PMID 18083856 .
^ Chen L, Brügger K, Skovgaard M, Redder P, She Q, Torarinsson E, et al. (Июль 2005 г.). «Геном Sulfolobus acidocaldarius, модельного организма Crenarchaeota» . Журнал бактериологии . 187 (14): 4992–9. DOI : 10.1128 / JB.187.14.4992-4999.2005 . PMC 1169522 . PMID 15995215 .
^ а б Го Л., Брюггер К., Лю Ц., Шах С.А., Чжэн Х., Чжу Й. и др. (Апрель 2011 г.). «Анализ генома исландских штаммов Sulfolobus islandicus, модельных организмов для генетических исследований и исследований взаимодействия вируса и хозяина» . Журнал бактериологии . 193 (7): 1672–80. DOI : 10.1128 / JB.01487-10 . PMC 3067641 . PMID 21278296 .
^ Б с д е е г Reno М.Л., состоявшемся Н.Л., Поля CJ, Берк П.В., Whitaker RJ (май 2009 г.). «Биогеография пангенома Sulfolobus islandicus» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (21): 8605–10. Bibcode : 2009PNAS..106.8605R . DOI : 10.1073 / pnas.0808945106 . PMC 2689034 . PMID 19435847 .
^ Жобер С, Danioux С, Oberto Дж, Кортес D, Бизе А, Krupovic М., и др. (Апрель 2013). «Геномика и генетика Sulfolobus islandicus LAL14 / 1, модельного гипертермофильного архея» . Открытая биология . 3 (4): 130010. DOI : 10.1098 / rsob.130010 . PMC 3718332 . PMID 23594878 .
↑ She Q, Singh RK, Confalonieri F, Zivanovic Y, Allard G, Awayez MJ и др. (Июль 2001 г.). «Полный геном кренархея Sulfolobus solfataricus P2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (14): 7835–40. Bibcode : 2001PNAS ... 98.7835S . DOI : 10.1073 / pnas.141222098 . PMC 35428 . PMID 11427726 .
^ Kawarabayasi Y, Y Хино, Хорикава Н, Джин-ни К, М Такахаши, Секине М., и др. (Август 2001 г.). «Полная последовательность генома аэробного термоацидофильного кренархея, штамм Sulfolobus tokodaii7» . Исследования ДНК . 8 (4): 123–40. DOI : 10.1093 / dnares / 8.4.123 . PMID 11572479 .
Перейти ↑ Fitz-Gibbon ST, Ladner H, Kim UJ, Stetter KO, Simon MI, Miller JH (январь 2002 г.). «Последовательность генома гипертермофильной кренархеи Pyrobaculum aerophilum» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (2): 984–9. Bibcode : 2002PNAS ... 99..984F . DOI : 10.1073 / pnas.241636498 . PMC 117417 . PMID 11792869 .
^ a b c d "ЗОЛОТО" .
^ Андерсон I, Родригес J, Сусанти D, Порат I, Райх C, Ульрих LE и др. (Апрель 2008 г.). «Последовательность генома Thermofilum pendens показывает исключительную потерю биосинтетических путей без сокращения генома» . Журнал бактериологии . 190 (8): 2957–65. DOI : 10.1128 / JB.01949-07 . PMC 2293246 . PMID 18263724 .
^ Siebers B, Zaparty M, Raddatz G, Tjaden B, Albers SV, Bell SD и др. (2011). «Полная последовательность генома Thermoproteus tenax: физиологически универсального представителя Crenarchaeota» . PLOS ONE . 6 (10): e24222. Bibcode : 2011PLoSO ... 624222S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0024222 . PMC 3189178 . PMID 22003381 .
^ Марданов А.В., Гумеров В.М., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (июнь 2011 г.). «Полная последовательность генома термоацидофильной кренархеи Thermoproteus uzoniensis 768-20» . Журнал бактериологии . 193 (12): 3156–7. DOI : 10.1128 / JB.00409-11 . PMC 3133184 . PMID 21478349 .
^ Мавроматис К., Сикорский Дж, Пабст Э, Тешима Х, Лапидус А, Лукас С. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Vulcanisaeta distributiona (IC-017)» . Стандарты геномных наук . 3 (2): 117–25. DOI : 10.4056 / sigs.1113067 . PMC 3035369 . PMID 21304741 .
^ Гумеров В.М., Марданов А.В., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (май 2011 г.). «Полная последовательность генома штамма" Vulcanisaeta moutnovskia "768-28, нового представителя гипертермофильного кренархейного рода Vulcanisaeta» . Журнал бактериологии . 193 (9): 2355–6. DOI : 10.1128 / JB.00237-11 . PMC 3133093 . PMID 21398550 .
^ Klenk HP, Clayton RA, Tomb JF, White O, Nelson KE, Ketchum KA и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильной, сульфатредуцирующей археи Archaeoglobus fulgidus» . Природа . 390 (6658): 364–70. Bibcode : 1997Natur.390..364K . DOI : 10,1038 / 37052 . PMID 9389475 .
^ фон Ян М., Лапидус А., Дель Рио Т.Г., Коупленд А., Тайс Н., Ченг Дж. Ф. и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Archaeoglobus profundus (AV18)» . Стандарты геномных наук . 2 (3): 327–46. DOI : 10.4056 / sigs.942153 . PMC 3035285 . PMID 21304717 .
^ Андерсон I, Риссо C, Холмс D, Лукас S, Коупленд A, Лапидус A и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Ferroglobus placidus AEDII12DO» . Стандарты геномных наук . 5 (1): 50–60. DOI : 10.4056 / sigs.2225018 . PMC 3236036 . PMID 22180810 .
↑ Roh SW, Nam YD, Nam SH, Choi SH, Park HS, Bae JW (сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Halalkalicoccus jeotgali B3 (T), чрезвычайно галофильного архея» . Журнал бактериологии . 192 (17): 4528–9. DOI : 10.1128 / JB.00663-10 . PMC 2937367 . PMID 20601480 .
^ Лю Х, Ву З, Ли М, Чжан Ф, Чжэн Х, Хан Дж и др. (Ноябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Haloarcula hispanica, модель Haloarchaeon для изучения генетики, метаболизма и взаимодействия вируса с хозяином» . Журнал бактериологии . 193 (21): 6086–7. DOI : 10.1128 / JB.05953-11 . PMC 3194904 . PMID 21994921 .
^ Baliga NS, Bonneau R, Facciotti MT, Pan M, Glusman G, Deutsch EW и др. (Ноябрь 2004 г.). «Последовательность генома Haloarcula marismortui: галофильный архей из Мертвого моря» . Геномные исследования . 14 (11): 2221–34. DOI : 10.1101 / gr.2700304 . PMC 525680 . PMID 15520287 .
^ Pfeiffer F, Schuster SC, Broicher A, Falb M, Palm P, Rodewald K и др. (Апрель 2008 г.). «Эволюция в лаборатории: геном штамма Halobacterium salinarum R1 по сравнению с геномом штамма NRC-1». Геномика . 91 (4): 335–46. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2008.01.001 . PMID 18313895 .
^ Ng WV, Kennedy SP, Mahairas GG, Berquist B, Pan M, Shukla HD, et al. (Октябрь 2000 г.). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (22): 12176–81. Bibcode : 2000PNAS ... 9712176N . DOI : 10.1073 / pnas.190337797 . PMC 17314 . PMID 11016950 .
^ Jiang X, Wang S, Cheng H, Huo Y, Zhang X, Zhu X и др. (Декабрь 2011 г.). «Последовательность генома Halobiforma lacisalsi AJ5, чрезвычайно галофильной археи, несущей ген bop» . Журнал бактериологии . 193 (24): 7023–4. DOI : 10.1128 / JB.06282-11 . PMC 3232858 . PMID 22123770 .
^ Hartman AL, Norais C, Badger JH, Delmas S, Haldenby S, Madupu R и др. (Март 2010 г.). Фридберг I (ред.). «Полная последовательность генома Haloferax volcanii DS2, модельного архея» . PLOS ONE . 5 (3): e9605. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.9605H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0009605 . PMC 2841640 . PMID 20333302 .
^ Malfatti S, Tindall BJ, Schneider S, Fähnrich R, Lapidus A, Labuttii K и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halogeometricum borinquense (PR3)» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 150–9. DOI : 10.4056 / sigs.23264 . PMC 3035229 . PMID 21304651 .
^ Tindall BJ, Schneider S, Lapidus A, Copeland A, Glavina Del Rio T, Nolan M и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halomicrobium mukohataei (arg-2)» . Стандарты геномных наук . 1 (3): 270–7. DOI : 10.4056 / sigs.42644 . PMC 3035239 . PMID 21304667 .
^ Dyall-Smith ML, Pfeiffer F, Klee K, Palm P, Gross K, Schuster SC и др. (2011). «Haloquadratum walsbyi: ограниченное разнообразие в глобальном пруду» . PLOS ONE . 6 (6): e20968. Bibcode : 2011PLoSO ... 620968D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0020968 . PMC 3119063 . PMID 21701686 .
^ Bolhuis Н, Р Палм, Уэнд А, Фальб М, Rampp М, Родригес-Валера Ф, и др. (Июль 2006 г.). «Геном квадратного архея Haloquadratum walsbyi: жизнь на пределе активности воды» . BMC Genomics . 7 : 169. DOI : 10.1186 / 1471-2164-7-169 . PMC 1544339 . PMID 16820047 .
↑ Antunes A, Alam I, Bajic VB, Stingl U (сентябрь 2011 г.). «Последовательность генома Halorhabdus tiamatea, первого архея, изолированного из глубоководного бескислородного соленого озера» . Журнал бактериологии . 193 (17): 4553–4. DOI : 10.1128 / JB.05462-11 . PMC 3165509 . PMID 21705593 .
^ Андерсон I, Тиндалл Б.Дж., Помренке Х., Гёкер М., Лапидус А., Нолан М. и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halorhabdus utahensis (AX-2)» . Стандарты геномных наук . 1 (3): 218–25. DOI : 10.4056 / sigs.31864 . PMC 3035240 . PMID 21304660 .
^ Saunders E, Tindall BJ, Fähnrich R, Lapidus A, Copeland A, Del Rio TG и др. (Февраль 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Haloterrigena turkmenica (4k)» . Стандарты геномных наук . 2 (1): 107–16. DOI : 10.4056 / sigs.681272 . PMC 3035258 . PMID 21304683 .
↑ Goo YA, Roach J, Glusman G, Baliga NS, Deutsch K, Pan M и др. (Январь 2004 г.). «Низкочастотное секвенирование для сравнительной геномики микробов» . BMC Genomics . 5 (1): 3. DOI : 10.1186 / 1471-2164-5-3 . PMC 331400 . PMID 14718067 .
^ Фальб М, Пфайфер Р, Р Палм, Родевальд К, Хикманн В, Tittor Дж, Oesterhelt D (октябрь 2005 г.). «Жизнь с двумя крайностями: выводы из последовательности генома Natronomonas pharaonis» . Геномные исследования . 15 (10): 1336–43. DOI : 10.1101 / gr.3952905 . PMC 1240075 . PMID 16169924 .
^ Smith DR, Doucette-Stamm LA, Deloughery C, Lee H, Dubois J, Aldredge T и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: функциональный анализ и сравнительная геномика» . Журнал бактериологии . 179 (22): 7135–55. DOI : 10.1128 / jb.179.22.7135-7155.1997 . PMC 179657 . PMID 9371463 .
^ Leahy SC, Kelly WJ, Altermann E, Ronimus RS, Yeoman CJ, Pacheco DM и др. (Январь 2010 г.). «Последовательность генома метаногена Methanobrevibacter ruminantium из рубца открывает новые возможности для контроля выбросов метана от жвачных животных» . PLOS ONE . 5 (1): e8926. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.8926L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0008926 . PMC 2812497 . PMID 20126622 .
^ Самуэль Б.С., Хансен Э.Е., Манчестер Дж. К., Коутиньо П. М., Хенриссат Б., Фултон Р. и др. (Июнь 2007 г.). «Геномная и метаболическая адаптация Methanobrevibacter smithii к кишечнику человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (25): 10643–8. Bibcode : 2007PNAS..10410643S . DOI : 10.1073 / pnas.0704189104 . PMC 1890564 . PMID 17563350 .
^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t Hansen EE, Lozupone CA, Rey FE, Wu M, Guruge JL, Narra A, et al. (Март 2011 г.). «Пангеном доминирующего кишечно-ассоциированного архея человека, Methanobrevibacter smithii, изучен на близнецах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 Дополнение 1 (Дополнение 1): 4599–606. Bibcode : 2011PNAS..108.4599H . DOI : 10.1073 / pnas.1000071108 . PMC 3063581 . PMID 21317366 .
^ Фрике WF, Зеедорф Н, Хенне А, Krüer М, Лизеганга Н, Hedderich Р, и др. (Январь 2006 г.). «Последовательность генома Methanosphaera stadtmanae показывает, почему этот кишечник человека ограничен метанолом и H2 для образования метана и синтеза АТФ» . Журнал бактериологии . 188 (2): 642–58. DOI : 10.1128 / JB.188.2.642-658.2006 . PMC 1347301 . PMID 16385054 .
^ Лизеганг Х., Кастер А.К., Визер А, Гоенрих М., Воллхерр А, Зеедорф Х. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Methanothermobacter marburgensis, модельного организма метаноархей» . Журнал бактериологии . 192 (21): 5850–1. DOI : 10.1128 / JB.00844-10 . PMC 2953689 . PMID 20802048 .
^ Андерсон I, Джао О.Д., Мисра М., Чертков О., Нолан М., Лукас С. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanothermus fervidus (V24S)» . Стандарты геномных наук . 3 (3): 315–24. DOI : 10.4056 / sigs.1283367 . PMC 3035299 . PMID 21304736 .
^ Булт CJ, белый О, Olsen ГДж, Чжоу л, Флейшман РД, Саттон Г.Г. и др. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Bibcode : 1996Sci ... 273.1058B . DOI : 10.1126 / science.273.5278.1058 . PMID 8688087 . S2CID 41481616 .
^ Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Й, Бови Д., Чепмен П., Чанг Дж. И др. (Октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически трактуемого гидрогенотрофного метаногена Methanococcus maripaludis» . Журнал бактериологии . 186 (20): 6956–69. DOI : 10.1128 / JB.186.20.6956-6969.2004 . PMC 522202 . PMID 15466049 .
Перейти ↑ Wang X, Greenfield P, Li D, Hendry P, Volk H, Sutherland TD (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома некультивируемого штамма Methanococcus maripaludis, извлеченного в результате метагеномного исследования флюидов нефтяных пластов» . Журнал бактериологии . 193 (19): 5595. DOI : 10,1128 / JB.05835-11 . PMC 3187424 . PMID 21914896 .
^ "Candidatus Methanoregula boonei 6A8". http://genome.jgi-psf.org/metbo/metbo.info.html
^ Erkel C, M Kube, Reinhardt R, Liesack W (июль 2006). «Геном архей кластера I риса - основных продуцентов метана в ризосфере риса». Наука . 313 (5785): 370–2. Bibcode : 2006Sci ... 313..370E . DOI : 10.1126 / science.1127062 . PMID 16857943 . S2CID 42808519 .
^ Sakai S, Imachi H, Ханада S, Ohashi A, Харада H, Kamagata Y (апрель 2008). «Methanocella paludicola gen. Nov., Sp. Nov., Метан-продуцирующий археон, первый изолят линии передачи« Rice Cluster I »и предложение нового архейского отряда Methanocellales ord. Nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Pt 4): 929–36. DOI : 10.1099 / ijs.0.65571-0 . PMID 18398197 .
^ Сакаи С., Такаки Ю., Шимамура С., Секин М., Тадзима Т., Косуги Н. и др. (2011). «Последовательность генома мезофильного гидрогенотрофного метаногена Methanocella paludicola, первого культурного представителя отряда Methanocellales» . PLOS ONE . 6 (7): e22898. Bibcode : 2011PLoSO ... 622898S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0022898 . PMC 3146512 . PMID 21829548 .
^ Люй Z, Lu Y (май 2012). «Полная последовательность генома термофильного метаногена Methanocella conradii HZ254, выделенного из китайской рисовой почвы» . Журнал бактериологии . 194 (9): 2398–9. DOI : 10.1128 / JB.00207-12 . PMC 3347084 . PMID 22493204 .
^ Аллен М.А., Лауро FM, Уильямс Т.Дж., Бург Д., Сиддики К.С., Де Франциски Д. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома психрофильных архей, Methanococcoides burtonii: роль эволюции генома в адаптации к холоду» . Журнал ISME . 3 (9): 1012–35. DOI : 10.1038 / ismej.2009.45 . PMID 19404327 .
^ Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М, Гольцман Э, Лапидус А, Коупленд А, Глава Дель Рио Т и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма Z типа Methanocorpusculum labreanum» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 197–203. DOI : 10.4056 / sigs.35575 . PMC 3035222 . PMID 21304657 .
^ Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М, Лапидус А, Нолан М, Коупленд А, Глава Дель Рио Т и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома Methanoculleus marisnigri Romesser et al. 1981, тип штамма JR1» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 189–96. DOI : 10.4056 / sigs.32535 . PMC 3035220 . PMID 21304656 .
^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2015-06-30 . Проверено 8 марта 2012 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
^ Пружина S, Scheuner С, Лапидус А, Лукас S, Главина Дель Рио Т, Тайс Н, и др. (Декабрь 2010 г.). «Последовательность генома Methanohalophilus mahii SLP (T) выявляет различия в энергетическом метаболизме среди представителей Methanosarcinaceae, населяющих пресноводную и соленую среду» . Археи . 2010 : 690737. дои : 10,1155 / 2010/690737 . PMC 3017947 . PMID 21234345 .
Перейти ↑ Barber RD, Zhang L, Harnack M, Olson MV, Kaul R, Ingram-Smith C, Smith KS (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Methanosaeta concilii, специалиста по уксусному метаногенезу» . Журнал бактериологии . 193 (14): 3668–9. DOI : 10.1128 / JB.05031-11 . PMC 3133334 . PMID 21571998 .
^ Brambilla E, Djao OD, Daligault H, Lapidus A, Lucas S, Hammon N и др. (Октябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanoplanus petrolearius (SEBR 4847)» . Стандарты геномных наук . 3 (2): 203–11. DOI : 10,4056 / sigs.1183143 (неактивный 2021-01-10). PMC 3035365 . PMID 21304750 . CS1 maint: DOI неактивен с января 2021 г. ( ссылка )
^ Галаган JE, Нусбаум С, Рой А, Endrizzi М., Макдональд Р, ФитцХью Вт, и др. (Апрель 2002 г.). «Геном M. acetivorans обнаруживает большое метаболическое и физиологическое разнообразие» . Геномные исследования . 12 (4): 532–42. DOI : 10.1101 / gr.223902 . PMC 187521 . PMID 11932238 .
^ Мейдер Д.Л., Андерсон I, Бреттин Т.С., Брюс Д.К., Гилна П., Хан С.С. и др. (Ноябрь 2006 г.). «Геном Methanosarcina barkeri: сравнительный анализ с Methanosarcina acetivorans и Methanosarcina mazei показывает обширную перестройку в геномах метаносарцина» . Журнал бактериологии . 188 (22): 7922–31. DOI : 10.1128 / JB.00810-06 . PMC 1636319 . PMID 16980466 .
^ Деппенмайер У., Иоганн А., Хартч Т., Меркл Р., Шмитц Р.А., Мартинес-Ариас Р. и др. (Июль 2002 г.). «Геном Methanosarcina mazei: доказательства латерального переноса генов между бактериями и археями». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 4 (4): 453–61. PMID 12125824 .
^ Слесарев А.И., Межевая К.В., Макарова К.С., Полушин Н.Н., Щербинина О.В., Шахова В.В. и др. (Апрель 2002 г.). «Полный геном гипертермофила Methanopyrus kandleri AV19 и монофилия архейных метаногенов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (7): 4644–9. Bibcode : 2002PNAS ... 99.4644S . DOI : 10.1073 / pnas.032671499 . PMC 123701 . PMID 11930014 .
^ Gaspin С, Cavaille Дж, Erauso G, Bachellerie JP (апрель 2000 г.). «Архейские гомологи метилирования эукариот направляют малые ядрышковые РНК: уроки из геномов Pyrococcus». Журнал молекулярной биологии . 297 (4): 895–906. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3593 . PMID 10736225 .
^ Maeder DL, Weiss RB, Dunn DM, Вишневый JL, Гонсалес JM, DiRuggiero J, Робб FT (август 1999). «Расхождение гипертермофильных архей Pyrococcus furiosus и P. horikoshii на основании полных геномных последовательностей» . Генетика . 152 (4): 1299–305. PMC 1460691 . PMID 10430560 .
^ Каварабаяси Y, Савада М, Хорикава Х, Хайкава Y, Хино Y, Ямамото S и др. (Апрель 1998 г.). «Полная последовательность и генная организация генома гипертермофильной архебактерии Pyrococcus horikoshii OT3» . Исследования ДНК . 5 (2): 55–76. DOI : 10.1093 / dnares / 5.2.55 . PMID 9679194 .
^ Июнь X, Lupeng L, Minjuan X, Oger P, Fengping W, Jebbar M, Сян X (август 2011). «Полная последовательность генома облигатного пьезофильного гипертермофильного архея Pyrococcus yayanosii CH1» . Журнал бактериологии . 193 (16): 4297–8. DOI : 10.1128 / JB.05345-11 . PMC 3147706 . PMID 21705594 .
^ Ванье P, Marteinsson VT, Fridjonsson OH, Oger P, Jebbar M (март 2011). «Полная последовательность генома гипертермофильных, пьезофильных, гетеротрофных и карбоксидотрофных архей Thermococcus barophilus MP» . Журнал бактериологии . 193 (6): 1481–2. DOI : 10.1128 / JB.01490-10 . PMC 3067617 . PMID 21217005 .
^ Zivanovic Y, Armengaud J, Lagorce A, Leplat C, Guérin P, Dutertre M и др. (2009). «Геномный анализ и полногеномная протеомика Thermococcus gammatolerans, самого радиоустойчивого организма, известного среди архей» . Геномная биология . 10 (6): R70. DOI : 10.1186 / GB-2009-10-6-r70 . PMC 2718504 . PMID 19558674 .
^ Фукуи Т, Atomi Н, Канеи Т, Matsumi R, S Фудзивара, Imanaka T (март 2005 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного архея Thermococcus kodakaraensis KOD1 и сравнение с геномами Pyrococcus» . Геномные исследования . 15 (3): 352–63. DOI : 10.1101 / gr.3003105 . PMC 551561 . PMID 15710748 .
^ Lee HS, Kang SG, Bae SS, Lim JK, Cho Y, Kim YJ, et al. (Ноябрь 2008 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus onnurineus NA1 показывает смешанный гетеротрофный и карбоксидотрофный метаболизм» . Журнал бактериологии . 190 (22): 7491–9. DOI : 10.1128 / JB.00746-08 . PMC 2576655 . PMID 18790866 .
^ Марданов А.В., Равин Н.В., Svetlitchnyi В.А., Белецкий А. В., Мирошниченко М.Л., Бонч-Осмоловская Е.А., Скрябин К.Г. (июль 2009). «Метаболическая разносторонность и местное происхождение архея Thermococcus sibiricus, выделенного из сибирского нефтяного резервуара, как показывает анализ генома» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (13): 4580–8. DOI : 10,1128 / AEM.00718-09 . PMC 2704819 . PMID 19447963 .
Перейти ↑ Wang X, Gao Z, Xu X, Ruan L (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus sp. Штамма 4557, гипертермофильного архея, изолированного из глубоководного гидротермального источника» . Журнал бактериологии . 193 (19): 5544–5. DOI : 10.1128 / JB.05851-11 . PMC 3187469 . PMID 21914870 .
^ Oger P, Соколова Т., Кожевникова Д.А., Chernyh Н.А., Bartlett DH, Бонч-Осмоловская Е.А., Лебединский А.В. (декабрь 2011). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма AM4 архей Thermococcus sp., Способного к органотрофному росту и росту за счет гидрогеногенного или сульфидогенного окисления монооксида углерода» . Журнал бактериологии . 193 (24): 7019–20. DOI : 10.1128 / JB.06259-11 . PMC 3232831 . PMID 22123768 .
Перейти ↑ Allen EE, Tyson GW, Whitaker RJ, Detter JC, Richardson PM, Banfield JF (февраль 2007 г.). «Динамика генома в естественной популяции архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (6): 1883–8. Bibcode : 2007PNAS..104.1883A . DOI : 10.1073 / pnas.0604851104 . PMC 1794283 . PMID 17267615 .
^ Fütterer O, Ангелов A, Лизеганг H, Gottschalk G, Schleper C, Schepers B и др. (Июнь 2004 г.). «Последовательность генома Picrophilus torridus и ее значение для жизни около pH 0» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (24): 9091–6. Bibcode : 2004PNAS..101.9091F . DOI : 10.1073 / pnas.0401356101 . PMC 428478 . PMID 15184674 .
^ Ruepp A, Graml W, Santos-Martinez ML, Koretke KK, Volker C, Mewes HW и др. (Сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома термоацидофильного поглотителя Thermoplasma acidophilum» . Природа . 407 (6803): 508–13. Bibcode : 2000Natur.407..508R . DOI : 10.1038 / 35035069 . PMID 11029001 .
^ Кавасима Т., Амано Н., Койке Х, Макино С., Хигучи С., Кавасима-Охя Й и др. (Декабрь 2000 г.). «Адаптация архей к более высоким температурам, выявленная геномной последовательностью вулкана Thermoplasma» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (26): 14257–62. Bibcode : 2000PNAS ... 9714257K . DOI : 10.1073 / pnas.97.26.14257 . PMC 18905 . PMID 11121031 .
^ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (Июнь 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (23): 8102–7. Bibcode : 2008PNAS..105.8102E . DOI : 10.1073 / pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID 18535141 .
^ Waters E, Hohn MJ, Ahel I, Graham DE, Adams MD, Barnstead M и др. (Октябрь 2003 г.). «Геном Nanoarchaeum equitans: понимание ранней эволюции архей и производного паразитизма» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (22): 12984–8. Bibcode : 2003PNAS..10012984W . DOI : 10.1073 / pnas.1735403100 . PMC 240731 . PMID 14566062 .
^ Халлам SJ, Константинидис KT, Putnam N, Schleper C, Watanabe Y, Sugahara J, и др. (Ноябрь 2006 г.). «Геномный анализ некультивируемых морских кренархеот Cenarchaeum symbiosum» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (48): 18296–301. Bibcode : 2006PNAS..10318296H . DOI : 10.1073 / pnas.0608549103 . PMC 1643844 . PMID 17114289 .
^ Blainey PC, Мосьер AC, Потанина A, Фрэнсис CA, Quake SR (февраль 2011). «Геном архей, окисляющих аммиак с низкой соленостью, определен одноклеточным и метагеномным анализом» . PLOS ONE . 6 (2): e16626. Bibcode : 2011PLoSO ... 616626B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0016626 . PMC 3043068 . PMID 21364937 .
^ Walker CB, de la Torre JR, Klotz MG, Urakawa H, Pinel N, Arp DJ и др. (Май 2010 г.). «Геном Nitrosopumilus maritimus раскрывает уникальные механизмы нитрификации и автотрофии в глобально распространенных морских кренархиях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (19): 8818–23. Bibcode : 2010PNAS..107.8818W . DOI : 10.1073 / pnas.0913533107 . PMC 2889351 . PMID 20421470 .

Внешние ссылки [ править ]

ЗОЛОТО: База данных Genomes OnLine v 2.0
База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает в себя геномы полностью секвенированных архей и сложный сбор данных, а также инструменты визуализации для анализа

[1] Булт CJ, белый О, Olsen ГДж, Чжоу л, Флейшман РД, Саттон Г.Г. и др. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Bibcode : 1996Sci ... 273.1058B . DOI : 10.1126 / science.273.5278.1058 . PMID 8688087 . S2CID 41481616 .

[2] Марданов А.В., Svetlitchnyi В.А., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (август 2010). «Последовательность генома кренархея Acidilobus saccharovorans поддерживает новый отряд, Acidilobales, и предполагает важную экологическую роль наземных кислых горячих источников» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (16): 5652–7. DOI : 10,1128 / AEM.00599-10 . PMC 2918975 . PMID 20581186 .

[3] Каварабаяси Y, Хино Y, Хорикава H, Ямадзаки S, Haikawa Y, Jin-no K и др. (Апрель 1999 г.). «Полная последовательность генома аэробного гипертермофильного кренархея, Aeropyrum pernix K1» . Исследования ДНК . 6 (2): 83–101, 145–52. DOI : 10.1093 / dnares / 6.2.83 . PMID 10382966 .

[4] Равин Н.В., Марданов А.В., Белецкий А.В., Кубланов И.В., Колганова Т.В., Лебединский А.В. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома анаэробного, разрушающего белок гипертермофильного кренархея Desulfurococcus kamchatkensis» . Журнал бактериологии . 191 (7): 2371–9. DOI : 10.1128 / JB.01525-08 . PMC 2655497 . PMID 19114480 .

[5] Брюггер К., Чен Л., Старк М., Зибат А., Реддер П., Рупп А. и др. (Май 2007 г.). «Геном Hyperthermus butylicus: сероредуцирующий, пептидный ферментирующий нейтрофильный кренархеот, растущий до 108 градусов по Цельсию» . Археи . 2 (2): 127–35. DOI : 10.1155 / 2007/745987 . PMC 2686385 . PMID 17350933 .

[6] Подар M, Андерсон I, Макарова KS, Elkins JG, Иванова N, Wall MA, et al. (2008). «Геномный анализ архейной системы Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans» . Геномная биология . 9 (11): R158. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-11-r158 . PMC 2614490 . PMID 19000309 .

[7] Goker М, Held В, Лапидус А, М Нолан, весна S, Yasawong М., и др. (Август 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Ignisphaera aggregans (AQ1.S1)» . Стандарты геномных наук . 3 (1): 66–75. DOI : 10.4056 / sigs.1072907 . PMC 3035270 . PMID 21304693 .

[8] Андерсон I, Гёкер М, Нолан М, Лукас С, Хэммон Н, Дешпанде С и др. (Июль 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма хемолитоавтотрофа Pyrolobus fumarii (1A)» . Стандарты геномных наук . 4 (3): 381–92. DOI : 10.4056 / sigs.2014648 . PMC 3156397 . PMID 21886865 .

[9] Андерсон I, Вирт Р., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Ченг Дж. Ф. и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus hellenicus P8» . Стандарты геномных наук . 5 (1): 12–20. DOI : 10.4056 / sigs.2054696 . PMC 3236042 . PMID 22180806 .

[10] Андерсон И.Дж., Дхармараджан Л., Родригес Дж., Хупер С., Порат И., Ульрих Л. Е. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus marinus показывает различия в метаболизме серы среди гетеротрофных Crenarchaeota» . BMC Genomics . 10 : 145. DOI : 10.1186 / 1471-2164-10-145 . PMC 2678158 . PMID 19341479 .

[11] Spring S, Rachel R, Lapidus A, Davenport K, Tice H, Copeland A и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Thermosphaera aggregans (M11TL)» . Стандарты геномных наук . 2 (3): 245–59. DOI : 10.4056 / sigs.821804 . PMC 3035292 . PMID 21304709 .

[12] Ю XY, Лю Ц., Ван С.Ю., Цзян Ц.И., Шах С.А., Прангишвили Д. и др. (Июль 2011 г.). «Геномный анализ Acidianus hospitalis W1 хозяина для изучения кренархейного вируса и жизненных циклов плазмид» . Экстремофилы . 15 (4): 487–97. DOI : 10.1007 / s00792-011-0379-у . PMC 3119797 . PMID 21607549 .

[13] Лю LJ, Ю XY, Чжэн Х, Ван S, Цзян CY, Лю SJ (июль 2011). «Полная последовательность генома Metallosphaera cuprina, археона, окисляющего сульфид металлов, из горячего источника» . Журнал бактериологии . 193 (13): 3387–8. DOI : 10.1128 / JB.05038-11 . PMC 3133273 . PMID 21551305 .

[14] Auernik KS, Maezato Y, Blum PH, Келли RM (февраль 2008). «Последовательность генома мобилизующей металлы, чрезвычайно термоацидофильной археи Metallosphaera sedula дает представление о метаболизме, связанном с биовыщелачиванием» . Прикладная и экологическая микробиология . 74 (3): 682–92. DOI : 10,1128 / AEM.02019-07 . PMC 2227735 . PMID 18083856 .

[15] Chen L, Brügger K, Skovgaard M, Redder P, She Q, Torarinsson E, et al. (Июль 2005 г.). «Геном Sulfolobus acidocaldarius, модельного организма Crenarchaeota» . Журнал бактериологии . 187 (14): 4992–9. DOI : 10.1128 / JB.187.14.4992-4999.2005 . PMC 1169522 . PMID 15995215 .

[Guo2011-16] а б Го Л., Брюггер К., Лю Ц., Шах С.А., Чжэн Х., Чжу Й. и др. (Апрель 2011 г.). «Анализ генома исландских штаммов Sulfolobus islandicus, модельных организмов для генетических исследований и исследований взаимодействия вируса и хозяина» . Журнал бактериологии . 193 (7): 1672–80. DOI : 10.1128 / JB.01487-10 . PMC 3067641 . PMID 21278296 .

[Reno2009-17] Б с д е е г Reno М.Л., состоявшемся Н.Л., Поля CJ, Берк П.В., Whitaker RJ (май 2009 г.). «Биогеография пангенома Sulfolobus islandicus» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (21): 8605–10. Bibcode : 2009PNAS..106.8605R . DOI : 10.1073 / pnas.0808945106 . PMC 2689034 . PMID 19435847 .

[18] Жобер С, Danioux С, Oberto Дж, Кортес D, Бизе А, Krupovic М., и др. (Апрель 2013). «Геномика и генетика Sulfolobus islandicus LAL14 / 1, модельного гипертермофильного архея» . Открытая биология . 3 (4): 130010. DOI : 10.1098 / rsob.130010 . PMC 3718332 . PMID 23594878 .

[19] She Q, Singh RK, Confalonieri F, Zivanovic Y, Allard G, Awayez MJ и др. (Июль 2001 г.). «Полный геном кренархея Sulfolobus solfataricus P2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (14): 7835–40. Bibcode : 2001PNAS ... 98.7835S . DOI : 10.1073 / pnas.141222098 . PMC 35428 . PMID 11427726 .

[20] Kawarabayasi Y, Y Хино, Хорикава Н, Джин-ни К, М Такахаши, Секине М., и др. (Август 2001 г.). «Полная последовательность генома аэробного термоацидофильного кренархея, штамм Sulfolobus tokodaii7» . Исследования ДНК . 8 (4): 123–40. DOI : 10.1093 / dnares / 8.4.123 . PMID 11572479 .

[21] Перейти ↑ Fitz-Gibbon ST, Ladner H, Kim UJ, Stetter KO, Simon MI, Miller JH (январь 2002 г.). «Последовательность генома гипертермофильной кренархеи Pyrobaculum aerophilum» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (2): 984–9. Bibcode : 2002PNAS ... 99..984F . DOI : 10.1073 / pnas.241636498 . PMC 117417 . PMID 11792869 .

[GOLD-22] "ЗОЛОТО" .

[23] Андерсон I, Родригес J, Сусанти D, Порат I, Райх C, Ульрих LE и др. (Апрель 2008 г.). «Последовательность генома Thermofilum pendens показывает исключительную потерю биосинтетических путей без сокращения генома» . Журнал бактериологии . 190 (8): 2957–65. DOI : 10.1128 / JB.01949-07 . PMC 2293246 . PMID 18263724 .

[24] Siebers B, Zaparty M, Raddatz G, Tjaden B, Albers SV, Bell SD и др. (2011). «Полная последовательность генома Thermoproteus tenax: физиологически универсального представителя Crenarchaeota» . PLOS ONE . 6 (10): e24222. Bibcode : 2011PLoSO ... 624222S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0024222 . PMC 3189178 . PMID 22003381 .

[25] Марданов А.В., Гумеров В.М., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (июнь 2011 г.). «Полная последовательность генома термоацидофильной кренархеи Thermoproteus uzoniensis 768-20» . Журнал бактериологии . 193 (12): 3156–7. DOI : 10.1128 / JB.00409-11 . PMC 3133184 . PMID 21478349 .

[26] Мавроматис К., Сикорский Дж, Пабст Э, Тешима Х, Лапидус А, Лукас С. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Vulcanisaeta distributiona (IC-017)» . Стандарты геномных наук . 3 (2): 117–25. DOI : 10.4056 / sigs.1113067 . PMC 3035369 . PMID 21304741 .

[27] Гумеров В.М., Марданов А.В., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (май 2011 г.). «Полная последовательность генома штамма" Vulcanisaeta moutnovskia "768-28, нового представителя гипертермофильного кренархейного рода Vulcanisaeta» . Журнал бактериологии . 193 (9): 2355–6. DOI : 10.1128 / JB.00237-11 . PMC 3133093 . PMID 21398550 .

[28] Klenk HP, Clayton RA, Tomb JF, White O, Nelson KE, Ketchum KA и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильной, сульфатредуцирующей археи Archaeoglobus fulgidus» . Природа . 390 (6658): 364–70. Bibcode : 1997Natur.390..364K . DOI : 10,1038 / 37052 . PMID 9389475 .

[29] фон Ян М., Лапидус А., Дель Рио Т.Г., Коупленд А., Тайс Н., Ченг Дж. Ф. и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Archaeoglobus profundus (AV18)» . Стандарты геномных наук . 2 (3): 327–46. DOI : 10.4056 / sigs.942153 . PMC 3035285 . PMID 21304717 .

[30] Андерсон I, Риссо C, Холмс D, Лукас S, Коупленд A, Лапидус A и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Ferroglobus placidus AEDII12DO» . Стандарты геномных наук . 5 (1): 50–60. DOI : 10.4056 / sigs.2225018 . PMC 3236036 . PMID 22180810 .

[31] Roh SW, Nam YD, Nam SH, Choi SH, Park HS, Bae JW (сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Halalkalicoccus jeotgali B3 (T), чрезвычайно галофильного архея» . Журнал бактериологии . 192 (17): 4528–9. DOI : 10.1128 / JB.00663-10 . PMC 2937367 . PMID 20601480 .

[32] Лю Х, Ву З, Ли М, Чжан Ф, Чжэн Х, Хан Дж и др. (Ноябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Haloarcula hispanica, модель Haloarchaeon для изучения генетики, метаболизма и взаимодействия вируса с хозяином» . Журнал бактериологии . 193 (21): 6086–7. DOI : 10.1128 / JB.05953-11 . PMC 3194904 . PMID 21994921 .

[33] Baliga NS, Bonneau R, Facciotti MT, Pan M, Glusman G, Deutsch EW и др. (Ноябрь 2004 г.). «Последовательность генома Haloarcula marismortui: галофильный архей из Мертвого моря» . Геномные исследования . 14 (11): 2221–34. DOI : 10.1101 / gr.2700304 . PMC 525680 . PMID 15520287 .

[34] Pfeiffer F, Schuster SC, Broicher A, Falb M, Palm P, Rodewald K и др. (Апрель 2008 г.). «Эволюция в лаборатории: геном штамма Halobacterium salinarum R1 по сравнению с геномом штамма NRC-1». Геномика . 91 (4): 335–46. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2008.01.001 . PMID 18313895 .

[35] Ng WV, Kennedy SP, Mahairas GG, Berquist B, Pan M, Shukla HD, et al. (Октябрь 2000 г.). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (22): 12176–81. Bibcode : 2000PNAS ... 9712176N . DOI : 10.1073 / pnas.190337797 . PMC 17314 . PMID 11016950 .

[36] Jiang X, Wang S, Cheng H, Huo Y, Zhang X, Zhu X и др. (Декабрь 2011 г.). «Последовательность генома Halobiforma lacisalsi AJ5, чрезвычайно галофильной археи, несущей ген bop» . Журнал бактериологии . 193 (24): 7023–4. DOI : 10.1128 / JB.06282-11 . PMC 3232858 . PMID 22123770 .

[37] Hartman AL, Norais C, Badger JH, Delmas S, Haldenby S, Madupu R и др. (Март 2010 г.). Фридберг I (ред.). «Полная последовательность генома Haloferax volcanii DS2, модельного архея» . PLOS ONE . 5 (3): e9605. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.9605H . DOI : 10.1371 / journal.pone.0009605 . PMC 2841640 . PMID 20333302 .

[38] Malfatti S, Tindall BJ, Schneider S, Fähnrich R, Lapidus A, Labuttii K и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halogeometricum borinquense (PR3)» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 150–9. DOI : 10.4056 / sigs.23264 . PMC 3035229 . PMID 21304651 .

[39] Tindall BJ, Schneider S, Lapidus A, Copeland A, Glavina Del Rio T, Nolan M и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halomicrobium mukohataei (arg-2)» . Стандарты геномных наук . 1 (3): 270–7. DOI : 10.4056 / sigs.42644 . PMC 3035239 . PMID 21304667 .

[40] Dyall-Smith ML, Pfeiffer F, Klee K, Palm P, Gross K, Schuster SC и др. (2011). «Haloquadratum walsbyi: ограниченное разнообразие в глобальном пруду» . PLOS ONE . 6 (6): e20968. Bibcode : 2011PLoSO ... 620968D . DOI : 10.1371 / journal.pone.0020968 . PMC 3119063 . PMID 21701686 .

[41] Bolhuis Н, Р Палм, Уэнд А, Фальб М, Rampp М, Родригес-Валера Ф, и др. (Июль 2006 г.). «Геном квадратного архея Haloquadratum walsbyi: жизнь на пределе активности воды» . BMC Genomics . 7 : 169. DOI : 10.1186 / 1471-2164-7-169 . PMC 1544339 . PMID 16820047 .

[42] Antunes A, Alam I, Bajic VB, Stingl U (сентябрь 2011 г.). «Последовательность генома Halorhabdus tiamatea, первого архея, изолированного из глубоководного бескислородного соленого озера» . Журнал бактериологии . 193 (17): 4553–4. DOI : 10.1128 / JB.05462-11 . PMC 3165509 . PMID 21705593 .

[43] Андерсон I, Тиндалл Б.Дж., Помренке Х., Гёкер М., Лапидус А., Нолан М. и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halorhabdus utahensis (AX-2)» . Стандарты геномных наук . 1 (3): 218–25. DOI : 10.4056 / sigs.31864 . PMC 3035240 . PMID 21304660 .

[44] Saunders E, Tindall BJ, Fähnrich R, Lapidus A, Copeland A, Del Rio TG и др. (Февраль 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Haloterrigena turkmenica (4k)» . Стандарты геномных наук . 2 (1): 107–16. DOI : 10.4056 / sigs.681272 . PMC 3035258 . PMID 21304683 .

[45] Goo YA, Roach J, Glusman G, Baliga NS, Deutsch K, Pan M и др. (Январь 2004 г.). «Низкочастотное секвенирование для сравнительной геномики микробов» . BMC Genomics . 5 (1): 3. DOI : 10.1186 / 1471-2164-5-3 . PMC 331400 . PMID 14718067 .

[46] Фальб М, Пфайфер Р, Р Палм, Родевальд К, Хикманн В, Tittor Дж, Oesterhelt D (октябрь 2005 г.). «Жизнь с двумя крайностями: выводы из последовательности генома Natronomonas pharaonis» . Геномные исследования . 15 (10): 1336–43. DOI : 10.1101 / gr.3952905 . PMC 1240075 . PMID 16169924 .

[47] Smith DR, Doucette-Stamm LA, Deloughery C, Lee H, Dubois J, Aldredge T и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: функциональный анализ и сравнительная геномика» . Журнал бактериологии . 179 (22): 7135–55. DOI : 10.1128 / jb.179.22.7135-7155.1997 . PMC 179657 . PMID 9371463 .

[48] Leahy SC, Kelly WJ, Altermann E, Ronimus RS, Yeoman CJ, Pacheco DM и др. (Январь 2010 г.). «Последовательность генома метаногена Methanobrevibacter ruminantium из рубца открывает новые возможности для контроля выбросов метана от жвачных животных» . PLOS ONE . 5 (1): e8926. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.8926L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0008926 . PMC 2812497 . PMID 20126622 .

[49] Самуэль Б.С., Хансен Э.Е., Манчестер Дж. К., Коутиньо П. М., Хенриссат Б., Фултон Р. и др. (Июнь 2007 г.). «Геномная и метаболическая адаптация Methanobrevibacter smithii к кишечнику человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (25): 10643–8. Bibcode : 2007PNAS..10410643S . DOI : 10.1073 / pnas.0704189104 . PMC 1890564 . PMID 17563350 .

[Hansen2011-50] ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t Hansen EE, Lozupone CA, Rey FE, Wu M, Guruge JL, Narra A, et al. (Март 2011 г.). «Пангеном доминирующего кишечно-ассоциированного архея человека, Methanobrevibacter smithii, изучен на близнецах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 Дополнение 1 (Дополнение 1): 4599–606. Bibcode : 2011PNAS..108.4599H . DOI : 10.1073 / pnas.1000071108 . PMC 3063581 . PMID 21317366 .

[51] Фрике WF, Зеедорф Н, Хенне А, Krüer М, Лизеганга Н, Hedderich Р, и др. (Январь 2006 г.). «Последовательность генома Methanosphaera stadtmanae показывает, почему этот кишечник человека ограничен метанолом и H2 для образования метана и синтеза АТФ» . Журнал бактериологии . 188 (2): 642–58. DOI : 10.1128 / JB.188.2.642-658.2006 . PMC 1347301 . PMID 16385054 .

[52] Лизеганг Х., Кастер А.К., Визер А, Гоенрих М., Воллхерр А, Зеедорф Х. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Methanothermobacter marburgensis, модельного организма метаноархей» . Журнал бактериологии . 192 (21): 5850–1. DOI : 10.1128 / JB.00844-10 . PMC 2953689 . PMID 20802048 .

[53] Андерсон I, Джао О.Д., Мисра М., Чертков О., Нолан М., Лукас С. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanothermus fervidus (V24S)» . Стандарты геномных наук . 3 (3): 315–24. DOI : 10.4056 / sigs.1283367 . PMC 3035299 . PMID 21304736 .

[54] Булт CJ, белый О, Olsen ГДж, Чжоу л, Флейшман РД, Саттон Г.Г. и др. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Bibcode : 1996Sci ... 273.1058B . DOI : 10.1126 / science.273.5278.1058 . PMID 8688087 . S2CID 41481616 .

[55] Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Й, Бови Д., Чепмен П., Чанг Дж. И др. (Октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически трактуемого гидрогенотрофного метаногена Methanococcus maripaludis» . Журнал бактериологии . 186 (20): 6956–69. DOI : 10.1128 / JB.186.20.6956-6969.2004 . PMC 522202 . PMID 15466049 .

[56] Перейти ↑ Wang X, Greenfield P, Li D, Hendry P, Volk H, Sutherland TD (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома некультивируемого штамма Methanococcus maripaludis, извлеченного в результате метагеномного исследования флюидов нефтяных пластов» . Журнал бактериологии . 193 (19): 5595. DOI : 10,1128 / JB.05835-11 . PMC 3187424 . PMID 21914896 .

[57] "Candidatus Methanoregula boonei 6A8". http://genome.jgi-psf.org/metbo/metbo.info.html

[58] Erkel C, M Kube, Reinhardt R, Liesack W (июль 2006). «Геном архей кластера I риса - основных продуцентов метана в ризосфере риса». Наука . 313 (5785): 370–2. Bibcode : 2006Sci ... 313..370E . DOI : 10.1126 / science.1127062 . PMID 16857943 . S2CID 42808519 .

[59] Sakai S, Imachi H, Ханада S, Ohashi A, Харада H, Kamagata Y (апрель 2008). «Methanocella paludicola gen. Nov., Sp. Nov., Метан-продуцирующий археон, первый изолят линии передачи« Rice Cluster I »и предложение нового архейского отряда Methanocellales ord. Nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Pt 4): 929–36. DOI : 10.1099 / ijs.0.65571-0 . PMID 18398197 .

[60] Сакаи С., Такаки Ю., Шимамура С., Секин М., Тадзима Т., Косуги Н. и др. (2011). «Последовательность генома мезофильного гидрогенотрофного метаногена Methanocella paludicola, первого культурного представителя отряда Methanocellales» . PLOS ONE . 6 (7): e22898. Bibcode : 2011PLoSO ... 622898S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0022898 . PMC 3146512 . PMID 21829548 .

[61] Люй Z, Lu Y (май 2012). «Полная последовательность генома термофильного метаногена Methanocella conradii HZ254, выделенного из китайской рисовой почвы» . Журнал бактериологии . 194 (9): 2398–9. DOI : 10.1128 / JB.00207-12 . PMC 3347084 . PMID 22493204 .

[62] Аллен М.А., Лауро FM, Уильямс Т.Дж., Бург Д., Сиддики К.С., Де Франциски Д. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома психрофильных архей, Methanococcoides burtonii: роль эволюции генома в адаптации к холоду» . Журнал ISME . 3 (9): 1012–35. DOI : 10.1038 / ismej.2009.45 . PMID 19404327 .

[63] Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М, Гольцман Э, Лапидус А, Коупленд А, Глава Дель Рио Т и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма Z типа Methanocorpusculum labreanum» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 197–203. DOI : 10.4056 / sigs.35575 . PMC 3035222 . PMID 21304657 .

[64] Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М, Лапидус А, Нолан М, Коупленд А, Глава Дель Рио Т и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома Methanoculleus marisnigri Romesser et al. 1981, тип штамма JR1» . Стандарты геномных наук . 1 (2): 189–96. DOI : 10.4056 / sigs.32535 . PMC 3035220 . PMID 21304656 .

[65] "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2015-06-30 . Проверено 8 марта 2012 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )

[66] Пружина S, Scheuner С, Лапидус А, Лукас S, Главина Дель Рио Т, Тайс Н, и др. (Декабрь 2010 г.). «Последовательность генома Methanohalophilus mahii SLP (T) выявляет различия в энергетическом метаболизме среди представителей Methanosarcinaceae, населяющих пресноводную и соленую среду» . Археи . 2010 : 690737. дои : 10,1155 / 2010/690737 . PMC 3017947 . PMID 21234345 .

[67] Перейти ↑ Barber RD, Zhang L, Harnack M, Olson MV, Kaul R, Ingram-Smith C, Smith KS (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Methanosaeta concilii, специалиста по уксусному метаногенезу» . Журнал бактериологии . 193 (14): 3668–9. DOI : 10.1128 / JB.05031-11 . PMC 3133334 . PMID 21571998 .

[68] Brambilla E, Djao OD, Daligault H, Lapidus A, Lucas S, Hammon N и др. (Октябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanoplanus petrolearius (SEBR 4847)» . Стандарты геномных наук . 3 (2): 203–11. DOI : 10,4056 / sigs.1183143 (неактивный 2021-01-10). PMC 3035365 . PMID 21304750 . CS1 maint: DOI неактивен с января 2021 г. ( ссылка )

[69] Галаган JE, Нусбаум С, Рой А, Endrizzi М., Макдональд Р, ФитцХью Вт, и др. (Апрель 2002 г.). «Геном M. acetivorans обнаруживает большое метаболическое и физиологическое разнообразие» . Геномные исследования . 12 (4): 532–42. DOI : 10.1101 / gr.223902 . PMC 187521 . PMID 11932238 .

[70] Мейдер Д.Л., Андерсон I, Бреттин Т.С., Брюс Д.К., Гилна П., Хан С.С. и др. (Ноябрь 2006 г.). «Геном Methanosarcina barkeri: сравнительный анализ с Methanosarcina acetivorans и Methanosarcina mazei показывает обширную перестройку в геномах метаносарцина» . Журнал бактериологии . 188 (22): 7922–31. DOI : 10.1128 / JB.00810-06 . PMC 1636319 . PMID 16980466 .

[71] Деппенмайер У., Иоганн А., Хартч Т., Меркл Р., Шмитц Р.А., Мартинес-Ариас Р. и др. (Июль 2002 г.). «Геном Methanosarcina mazei: доказательства латерального переноса генов между бактериями и археями». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 4 (4): 453–61. PMID 12125824 .

[72] Слесарев А.И., Межевая К.В., Макарова К.С., Полушин Н.Н., Щербинина О.В., Шахова В.В. и др. (Апрель 2002 г.). «Полный геном гипертермофила Methanopyrus kandleri AV19 и монофилия архейных метаногенов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (7): 4644–9. Bibcode : 2002PNAS ... 99.4644S . DOI : 10.1073 / pnas.032671499 . PMC 123701 . PMID 11930014 .

[73] Gaspin С, Cavaille Дж, Erauso G, Bachellerie JP (апрель 2000 г.). «Архейские гомологи метилирования эукариот направляют малые ядрышковые РНК: уроки из геномов Pyrococcus». Журнал молекулярной биологии . 297 (4): 895–906. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.3593 . PMID 10736225 .

[74] Maeder DL, Weiss RB, Dunn DM, Вишневый JL, Гонсалес JM, DiRuggiero J, Робб FT (август 1999). «Расхождение гипертермофильных архей Pyrococcus furiosus и P. horikoshii на основании полных геномных последовательностей» . Генетика . 152 (4): 1299–305. PMC 1460691 . PMID 10430560 .

[75] Каварабаяси Y, Савада М, Хорикава Х, Хайкава Y, Хино Y, Ямамото S и др. (Апрель 1998 г.). «Полная последовательность и генная организация генома гипертермофильной архебактерии Pyrococcus horikoshii OT3» . Исследования ДНК . 5 (2): 55–76. DOI : 10.1093 / dnares / 5.2.55 . PMID 9679194 .

[76] Июнь X, Lupeng L, Minjuan X, Oger P, Fengping W, Jebbar M, Сян X (август 2011). «Полная последовательность генома облигатного пьезофильного гипертермофильного архея Pyrococcus yayanosii CH1» . Журнал бактериологии . 193 (16): 4297–8. DOI : 10.1128 / JB.05345-11 . PMC 3147706 . PMID 21705594 .

[77] Ванье P, Marteinsson VT, Fridjonsson OH, Oger P, Jebbar M (март 2011). «Полная последовательность генома гипертермофильных, пьезофильных, гетеротрофных и карбоксидотрофных архей Thermococcus barophilus MP» . Журнал бактериологии . 193 (6): 1481–2. DOI : 10.1128 / JB.01490-10 . PMC 3067617 . PMID 21217005 .

[78] Zivanovic Y, Armengaud J, Lagorce A, Leplat C, Guérin P, Dutertre M и др. (2009). «Геномный анализ и полногеномная протеомика Thermococcus gammatolerans, самого радиоустойчивого организма, известного среди архей» . Геномная биология . 10 (6): R70. DOI : 10.1186 / GB-2009-10-6-r70 . PMC 2718504 . PMID 19558674 .

[79] Фукуи Т, Atomi Н, Канеи Т, Matsumi R, S Фудзивара, Imanaka T (март 2005 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного архея Thermococcus kodakaraensis KOD1 и сравнение с геномами Pyrococcus» . Геномные исследования . 15 (3): 352–63. DOI : 10.1101 / gr.3003105 . PMC 551561 . PMID 15710748 .

[80] Lee HS, Kang SG, Bae SS, Lim JK, Cho Y, Kim YJ, et al. (Ноябрь 2008 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus onnurineus NA1 показывает смешанный гетеротрофный и карбоксидотрофный метаболизм» . Журнал бактериологии . 190 (22): 7491–9. DOI : 10.1128 / JB.00746-08 . PMC 2576655 . PMID 18790866 .

[81] Марданов А.В., Равин Н.В., Svetlitchnyi В.А., Белецкий А. В., Мирошниченко М.Л., Бонч-Осмоловская Е.А., Скрябин К.Г. (июль 2009). «Метаболическая разносторонность и местное происхождение архея Thermococcus sibiricus, выделенного из сибирского нефтяного резервуара, как показывает анализ генома» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (13): 4580–8. DOI : 10,1128 / AEM.00718-09 . PMC 2704819 . PMID 19447963 .

[82] Перейти ↑ Wang X, Gao Z, Xu X, Ruan L (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus sp. Штамма 4557, гипертермофильного архея, изолированного из глубоководного гидротермального источника» . Журнал бактериологии . 193 (19): 5544–5. DOI : 10.1128 / JB.05851-11 . PMC 3187469 . PMID 21914870 .

[83] Oger P, Соколова Т., Кожевникова Д.А., Chernyh Н.А., Bartlett DH, Бонч-Осмоловская Е.А., Лебединский А.В. (декабрь 2011). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма AM4 архей Thermococcus sp., Способного к органотрофному росту и росту за счет гидрогеногенного или сульфидогенного окисления монооксида углерода» . Журнал бактериологии . 193 (24): 7019–20. DOI : 10.1128 / JB.06259-11 . PMC 3232831 . PMID 22123768 .

[84] Перейти ↑ Allen EE, Tyson GW, Whitaker RJ, Detter JC, Richardson PM, Banfield JF (февраль 2007 г.). «Динамика генома в естественной популяции архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (6): 1883–8. Bibcode : 2007PNAS..104.1883A . DOI : 10.1073 / pnas.0604851104 . PMC 1794283 . PMID 17267615 .

[85] Fütterer O, Ангелов A, Лизеганг H, Gottschalk G, Schleper C, Schepers B и др. (Июнь 2004 г.). «Последовательность генома Picrophilus torridus и ее значение для жизни около pH 0» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (24): 9091–6. Bibcode : 2004PNAS..101.9091F . DOI : 10.1073 / pnas.0401356101 . PMC 428478 . PMID 15184674 .

[86] Ruepp A, Graml W, Santos-Martinez ML, Koretke KK, Volker C, Mewes HW и др. (Сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома термоацидофильного поглотителя Thermoplasma acidophilum» . Природа . 407 (6803): 508–13. Bibcode : 2000Natur.407..508R . DOI : 10.1038 / 35035069 . PMID 11029001 .

[87] Кавасима Т., Амано Н., Койке Х, Макино С., Хигучи С., Кавасима-Охя Й и др. (Декабрь 2000 г.). «Адаптация архей к более высоким температурам, выявленная геномной последовательностью вулкана Thermoplasma» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (26): 14257–62. Bibcode : 2000PNAS ... 9714257K . DOI : 10.1073 / pnas.97.26.14257 . PMC 18905 . PMID 11121031 .

[88] Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (Июнь 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (23): 8102–7. Bibcode : 2008PNAS..105.8102E . DOI : 10.1073 / pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID 18535141 .

[89] Waters E, Hohn MJ, Ahel I, Graham DE, Adams MD, Barnstead M и др. (Октябрь 2003 г.). «Геном Nanoarchaeum equitans: понимание ранней эволюции архей и производного паразитизма» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (22): 12984–8. Bibcode : 2003PNAS..10012984W . DOI : 10.1073 / pnas.1735403100 . PMC 240731 . PMID 14566062 .

[90] Халлам SJ, Константинидис KT, Putnam N, Schleper C, Watanabe Y, Sugahara J, и др. (Ноябрь 2006 г.). «Геномный анализ некультивируемых морских кренархеот Cenarchaeum symbiosum» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (48): 18296–301. Bibcode : 2006PNAS..10318296H . DOI : 10.1073 / pnas.0608549103 . PMC 1643844 . PMID 17114289 .

[91] Blainey PC, Мосьер AC, Потанина A, Фрэнсис CA, Quake SR (февраль 2011). «Геном архей, окисляющих аммиак с низкой соленостью, определен одноклеточным и метагеномным анализом» . PLOS ONE . 6 (2): e16626. Bibcode : 2011PLoSO ... 616626B . DOI : 10.1371 / journal.pone.0016626 . PMC 3043068 . PMID 21364937 .

[92] Walker CB, de la Torre JR, Klotz MG, Urakawa H, Pinel N, Arp DJ и др. (Май 2010 г.). «Геном Nitrosopumilus maritimus раскрывает уникальные механизмы нитрификации и автотрофии в глобально распространенных морских кренархиях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (19): 8818–23. Bibcode : 2010PNAS..107.8818W . DOI : 10.1073 / pnas.0913533107 . PMC 2889351 . PMID 20421470 .

[1].