Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Saccharomyces cerevisiae был первым эукариотическим организмом, у которого была определена полная последовательность генома.

Этот список «секвенированных» геномов эукариот содержит все эукариоты, которые, как известно, имеют общедоступные полные последовательности ядерных геномов и геномов органелл , которые были секвенированы, собраны, аннотированы и опубликованы; проекты геномов не включены, как и последовательности, состоящие только из органелл.

ДНК была впервые секвенирована в 1977 году. Первым свободноживущим организмом, геном которого был полностью секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae в 1995 году. В 1996 году Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) были первой последовательностью генома эукариот, которая была выпущена, а в 1998 году - первой. Была опубликована последовательность генома многоклеточного эукариота Caenorhabditis elegans .

Протисты [ править ]

Ниже приведены шесть самых ранних секвенированных геномов протистов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов протистов .

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Гиллардия тетаКриптомонадыМодельный организм0,551 МБ
( только нуклеоморфный геном)		465, [1] 513, 598 (UniProt)Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбурга и Университет Британской Колумбии2001 [1]
Клон Plasmodium falciparum
: 3D7		АпикомплексанПатоген человека ( малярия )22.9 Мб5 268 [2]Консорциум проекта "Геном малярии"2002 [2]
Plasmodium yoelii yoelii
Штамм: 17XNL		АпикомплексанВозбудитель грызунов (малярия)23,1 Мб5 878 [3]TIGR и NMRC2002 [3]
Cryptosporidium hominis
Штамм: TU502		АпикомплексанПатоген человека10,4 Мб3,994 [4]Университет Содружества Вирджинии2004 [4]
Cryptosporidium parvum
C- или изолят генотипа 2		АпикомплексанПатоген человека16,5 Мб3 807 [5]UCSF и Университет Миннесоты2004 [5]
Thalassiosira pseudonana
Штамм: CCMP 1335.		ДиатомовыйМодельный организм34,5 Мб11 242 [6]Объединенный институт генома и Вашингтонский университет2004 [6]

Растения [ править ]

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов растений. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов растений .

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество хромосомКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Arabidopsis thaliana
Экотип: Колумбия		Дикая горчица Thale CressМодельный завод135 Мб [7]525 498, [8] 27 400, [9] 31 670 (UniProt)Инициатива по геному арабидопсиса [10]2000 [8]
Cyanidioschyzon merolae
Штамм: 10D		Красные водорослиПростой эукариот16,5 Мб205 331 [11]Токийский университет, университет Рикке, университет Сайтама и университет Кумамото2004 [11]
Oryza sativa
ssp indica		РисКультура и модельный организм420 Мб1232–50 000 [12]Пекинский институт геномики, Чжэцзянский университет и Китайская академия наук2002 [12]
Остреококк ТауриЗеленые водорослиПростой эукариот, небольшой геном12,6 Мб7 969 (UniProt)Laboratoire Arago2006 [13]
Populus trichocarpaТополь бальзам или черный топольСвязывание углерода, модельное дерево, коммерческое использование (древесина) и сравнение с A. thaliana550 Мб1945 555 [14]Международный консорциум по геному тополя2006 [14]

Грибы [ править ]

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов грибов. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов грибов .

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Штамм Saccharomyces cerevisiae
: S288C		СахаромицетыПекарские дрожжи; Модель эукариот12,1 Мб6 294 [15]Международное сотрудничество по секвенированию генома дрожжей [16]1996 [15]
Encephalitozoon cuniculiМикроспоридиумПатоген человека2.9 Мб1,997 [17]Genoscope и Université Blaise Pascal2001 [17]
Schizosaccharomyces pombe
Штамм: 972h-		ШизосахаромицетыМодель эукариот14 Мб4824 [18]Институт Сэнгера и лаборатория Колд-Спринг-Харбор2002 [18]
Neurospora crassaСордариомицетыМодель эукариот40 Мб10 082 [19]Broad Institute , Орегонский университет здоровья и науки , Университет Кентукки и Университет Канзаса2003 [19]
Phanerochaete chrysosporium
Штамм: RP78 Представьте себе!		АгарикомицетыГрибок древесного гниения, использование в микромедиации30 Мб11 777 [20]Объединенный институт генома2004 [20]

Животные [ править ]

Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов животных. Для более полного списка см. Список секвенированных геномов животных .

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Caenorhabditis elegans
Штамм: Bristol N2		НематодаМодельное животное100 Мб19 000 [21]Вашингтонский университет и Институт Сэнгера1998 [21]
Дрозофила меланогастерПлодовая мухаМодельное животное165 Мб13 600 [22]Селера, Калифорнийский университет в Беркли, Медицинский колледж Бейлора, European DGP2000 [22]
Anopheles gambiae
Штамм: PEST		КомарВектор от малярии278 Мб13 683 [23]Celera Genomics и Genoscope2002 [23]
Такифугу рубрипсрыба фугуПозвоночное животное с небольшим геномом390 Мб22–29 000 [24]Международный консорциум генома фугу [25]2002 [26]
Homo sapiensЧеловек3,2 Гб [27]18 826 (консорциум CCDS)Консорциум проекта "Геном человека" и Celera GenomicsПроект 2001 г. [28] [29]
Завершение 2006 г. [30]

См. Также [ править ]

  • Геномный проект , Геном человека
  • Геномная организация
  • История генетики
  • Список секвенированных геномов животных
  • Список секвенированных геномов архей
  • Список секвенированных бактериальных геномов
  • Список секвенированных геномов грибов
  • Список секвенированных геномов растений
  • Список секвенированных пластомов
  • Список секвенированных геномов протистов

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей» . Природа . 410 (6832): 1091–6. Bibcode : 2001Natur.410.1091D . DOI : 10.1038 / 35074092 . PMID  11323671 .
  2. ^ a b Gardner MJ, Hall N, Fung E, et al. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного паразита человека Plasmodium falciparum » . Природа . 419 (6906): 498–511. Bibcode : 2002Natur.419..498G . DOI : 10,1038 / природа01097 . PMC 3836256 . PMID 12368864 .  
  3. ^ a b Карлтон Дж. М., Ангиуоли С. В., Сух BB и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного паразита малярии грызунов Plasmodium yoelii yoelii » . Природа . 419 (6906): 512–9. Bibcode : 2002Natur.419..512C . DOI : 10,1038 / природа01099 . PMID 12368865 . 
  4. ^ a b Xu P, Widmer G, Wang Y, et al. (Октябрь 2004 г.). «Геном Cryptosporidium hominis » . Природа . 431 (7012): 1107–12. Bibcode : 2004Natur.431.1107X . DOI : 10,1038 / природа02977 . PMID 15510150 . 
  5. ^ а б Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С. и др. (Апрель 2004 г.). «Полная последовательность генома апикомплексана, Cryptosporidium parvum ». Наука . 304 (5669): 441–5. Bibcode : 2004Sci ... 304..441A . DOI : 10.1126 / science.1094786 . PMID 15044751 . S2CID 26434820 .  
  6. ^ a b Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука . 306 (5693): 79–86. Bibcode : 2004Sci ... 306 ... 79A . CiteSeerX 10.1.1.690.4884 . DOI : 10.1126 / science.1101156 . PMID 15459382 . S2CID 8593895 .   
  7. ^ https://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/agicomplete.jsp
  8. ^ a b Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana » . Природа . 408 (6814): 796–815. Bibcode : 2000Natur.408..796T . DOI : 10.1038 / 35048692 . PMID 11130711 . 
  9. ^ Запись ансамбля
  10. ^ Инициатива по геному арабидопсиса, заархивированная 07 февраля 2006 г., в Wayback Machine
  11. ^ а б Мацузаки М., Мисуми О, Шин-И Т. и др. (Апрель 2004 г.). «Последовательность генома сверхмалой одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae 10D» . Природа . 428 (6983): 653–7. Bibcode : 2004Natur.428..653M . DOI : 10,1038 / природа02398 . PMID 15071595 . 
  12. ^ а б Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х. и др. (Апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса ( Oryza sativa L. ssp. Japonica )». Наука . 296 (5565): 92–100. Bibcode : 2002Sci ... 296 ... 92G . DOI : 10.1126 / science.1068275 . PMID 11935018 . S2CID 2960202 .  
  13. ^ Derelle E, Ferraz C, Rombauts S и др. (Август 2006 г.). «Анализ генома самого маленького свободноживущего эукариота Ostreococcus tauri выявил множество уникальных особенностей» . PNAS . 103 (31): 11647–52. Bibcode : 2006PNAS..10311647D . DOI : 10.1073 / pnas.0604795103 . PMC 1544224 . PMID 16868079 .  
  14. ^ а б Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)» . Наука . 313 (5793): 1596–604. Bibcode : 2006Sci ... 313.1596T . DOI : 10.1126 / science.1128691 . PMID 16973872 . S2CID 7717980 .  
  15. ^ а б Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Х. и др. (Октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генов». Наука . 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode : 1996Sci ... 274..546G . DOI : 10.1126 / science.274.5287.546 . PMID 8849441 . S2CID 16763139 .  
  16. ^ Международное сотрудничество в геноме дрожжей Секвенирование архивной 2007-09-27 в Wayback Machine
  17. ^ а б Катинка М.Д., Дюпра С., Корнильо Э и др. (Ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и уплотнение генов паразита эукариотов Encephalitozoon cuniculi » . Природа . 414 (6862): 450–3. Bibcode : 2001Natur.414..450K . DOI : 10.1038 / 35106579 . PMID 11719806 . 
  18. ^ a b Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, et al. (Февраль 2002 г.). «Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe » . Природа . 415 (6874): 871–80. DOI : 10.1038 / nature724 . PMID 11859360 . 
  19. ^ а б Галаган Дж. Э., Кальво С. Е., Боркович К. А. и др. (Апрель 2003 г.). «Последовательность генома мицелиального гриба Neurospora crassa » . Природа . 422 (6934): 859–68. Bibcode : 2003Natur.422..859G . DOI : 10,1038 / природа01554 . PMID 12712197 . 
  20. ^ а б Мартинес, Диего; Ларрондо, Луис Ф; Патнэм, Ник; Гелпке, Маартен Д Соллевейн; Хуанг, Кэтрин; Чепмен, Джаррод; Helfenbein, Kevin G; Рамайя, Прити; и другие. (2004). «Последовательность генома гриба Phanerochaete chrysosporium RP78, разрушающего лигноцеллюлозу» . Природа Биотехнологии . 22 (6): 695–700. DOI : 10,1038 / NBT967 . PMID 15122302 . 
  21. ^ a b Консорциум по секвенированию C. elegans (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–8. Bibcode : 1998Sci ... 282.2012. . DOI : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  22. ^ а б Адамс MD, Сельникер С.Е., Холт Р.А. и др. (Март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster ». Наука . 287 (5461): 2185–95. Bibcode : 2000Sci ... 287.2185. . CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2185 . PMID 10731132 .  
  23. ^ a b Холт Р.А., Субраманиан Г.М., Халперн А. и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae ». Наука . 298 (5591): 129–49. Bibcode : 2002Sci ... 298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . DOI : 10.1126 / science.1076181 . PMID 12364791 . S2CID 4512225 .   ЧАС
  24. ^ Международный консорциум генома фугу. Сборка четвертого генома, заархивированная 5 февраля 2012 г. на Wayback Machine
  25. ^ Международный Фугу Геном Consortium архивации 2012-02-05 в Wayback Machine
  26. ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. (Август 2002 г.). «Сборка полногеномного ружья и анализ генома Fugu rubripes ». Наука . 297 (5585): 1301–10. Bibcode : 2002Sci ... 297.1301A . DOI : 10.1126 / science.1072104 . PMID 12142439 . S2CID 10310355 .  
  27. ^ Консорциум по секвенированию генома человека, Международный (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–45. Bibcode : 2004Natur.431..931H . DOI : 10,1038 / природа03001 . PMID 15496913 . 
  28. ^ McPherson JD, Marra M, Hillier L и др. (Февраль 2001 г.). «Физическая карта генома человека» . Природа . 409 (6822): 934–41. Bibcode : 2001Natur.409..934M . DOI : 10.1038 / 35057157 . PMID 11237014 . 
  29. ^ Вентер JC, Адамс MD, Myers EW и др. (Февраль 2001 г.). «Последовательность генома человека» . Наука . 291 (5507): 1304–51. Bibcode : 2001Sci ... 291.1304V . DOI : 10.1126 / science.1058040 . PMID 11181995 . 
  30. ^ Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (Май 2006 г.). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека» . Природа . 441 (7091): 315–21. Bibcode : 2006Natur.441..315G . DOI : 10,1038 / природа04727 . PMID 16710414 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Diark - ресурс для исследования генома эукариот
  • Эукариотические геномы EMBL-EBL
  • Браузер генома UCSC
  • Международный консорциум секвенирования - база данных крупномасштабных проектов секвенирования
  • Ensembl Ensembl Genome Browser (включает в себя проект и низкие геномы покрытия)
  • ЗОЛОТО: База данных Genomes OnLine v 3.0
  • База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает в себя геномы всех полностью секвенированных эукариот, а также сложный сбор данных и инструменты визуализации для анализа
  • База данных генома крысы