Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Случайная амплификация полиморфной ДНК ( RAPD ), произносится как «быстрая» [1], представляет собой тип полимеразной цепной реакции (ПЦР), но сегменты ДНК, которые амплифицируются, являются случайными. [2] Ученый, выполняющий RAPD, создает несколько произвольных коротких праймеров (8–12 нуклеотидов), затем приступает к ПЦР с использованием большой матрицы геномной ДНК, надеясь, что фрагменты будут амплифицироваться. Разбирая полученные закономерности, можно получить полууникальный профиль из реакции RAPD.

Знания последовательности ДНК целевого генома не требуется, поскольку праймеры будут связываться где-то в последовательности, но точно не известно, где именно. Это делает метод популярным для сравнения ДНК биологических систем, которые не привлекали внимание научного сообщества, или в системе, в которой сравнивается относительно небольшое количество последовательностей ДНК (он не подходит для формирования банка данных кДНК). Поскольку он основан на большой неповрежденной матричной последовательности ДНК, он имеет некоторые ограничения при использовании образцов деградированной ДНК. Его разрешающая способность намного ниже, чем у целевых, видоспецифичных методов сравнения ДНК, таких как короткие тандемные повторы . В последние годы RAPD использовался для характеристики и отслеживания филогении различных видов растений и животных.

Введение [ править ]

Маркеры RAPD представляют собой декамерные (длиной 10 нуклеотидов) фрагменты ДНК из ПЦР-амплификации случайных сегментов геномной ДНК с одним праймером с произвольной нуклеотидной последовательностью, которые способны дифференцировать генетически различных индивидуумов, хотя и не обязательно воспроизводимым образом. Он используется для анализа генетического разнообразия человека с использованием случайных праймеров. Из-за проблем с воспроизводимостью экспериментов многие научные журналы больше не принимают эксперименты, основанные только на RAPD. RAPD требует только одного праймера для амплификации.

Как это работает [ править ]

В отличие от традиционного ПЦР-анализа, RAPD не требует каких-либо конкретных знаний о последовательности ДНК целевого организма: идентичные 10-мерные праймеры будут или не будут амплифицировать сегмент ДНК, в зависимости от положений, которые комплементарны последовательности праймеров. Например, фрагмент не образуется, если праймеры отожжены слишком далеко друг от друга или 3'-концы праймеров не обращены друг к другу. Следовательно, если в матричной ДНК произошла мутация на участке, который ранее был комплементарен праймеру, продукт ПЦР не будет продуцироваться, что приведет к другому рисунку амплифицированных сегментов ДНК на геле.

Ограничения [ править ]

  • Почти все маркеры RAPD являются доминантными, т.е. невозможно различить, амплифицирован ли сегмент ДНК из локуса, который является гетерозиготным (1 копия) или гомозиготным (2 копии). Кодоминантные маркеры RAPD, наблюдаемые как сегменты ДНК разного размера, амплифицированные из одного и того же локуса, выявляются очень редко.
  • ПЦР - это ферментативная реакция, поэтому качество и концентрация матричной ДНК, концентрации компонентов ПЦР и условия цикла ПЦР могут сильно повлиять на результат. Таким образом, общеизвестно, что метод RAPD зависит от лаборатории и требует тщательно разработанных лабораторных протоколов для воспроизводимости.
  • Несоответствие между праймером и матрицей может привести к полному отсутствию продукта ПЦР, а также к просто уменьшенному количеству продукта. Таким образом, результаты RAPD может быть трудно интерпретировать, в отличие от традиционного анализа ПЦР.

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ «Случайная амплифицированная полиморфная ДНК (RAPD)» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 10 ноября 2020 .
  2. ^ «рДНК: случайное усиление полиморфной ДНК (RAPD)» . www.rvc.ac.uk . Проверено 3 июня 2016 .

Внешние ссылки [ править ]