Ruegeria

Ruegeria
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Класс:	Alphaproteobacteria
Порядок:	Rhodobacterales
Семья:	Rhodobacteraceae
Род:	Ruegeria Учино и др . 1999 г.
Типовой вид
Ruegeria atlantica (Rüger and Höfle, 1992) Uchino et al . 1999 г.
Виды ^[1]
Ruegeria arenilitoris Park and Yoon 2013 Ruegeria atlantica (Rüger and Höfle, 1992) Uchino et al . 1999 г. Ruegeria conchae Lee et al . 2012 г. Ruegeria denitrificans Arahal et al . 2018 г. Ruegeria faecimaris Oh et al . 2011 г. " Ruegeria haliotis " Cao et al . 2021 г. Ruegeria halocynthiae Kim et al . 2012 г. Ruegeria intermedia Kämpfer et al . 2013 Ruegeria lacuscaerulensis ( Петурсдоттир, Кристьянссон, 1999) Yi et al . 2007 г. Ruegeria litorea (Lucena et al ., 2014), Wirth, Whitman, 2018 г. Ruegeria marina Huo et al . 2011 г. Ruegeria marisrubri Zhang et al . 2017 г. Ruegeria mediterranea (Lucena et al ., 2014), Wirth and Whitman, 2018 г. Ruegeria meonggei Kim et al . 2014 г. Ruegeria meteori (Rüger and Höfle, 1992) Hördt et al . 2020 г. Ruegeria pomeroyi (González et al . 2003) Yi et al . 2007 г. Ruegeria profundi Zhang et al . 2017 г. Ruegeria sediminis Baek et al . 2020 г.
Синонимы
Силицибактер Петурсдоттир и Кристьянссон, 1999 г.

В систематике , Ruegeria является родом из Rhodobacteraceae . ^[1] Этот род ранее был известен как морские Agrobacterium до того, как они были реклассифицированы в 1998 году. Фактически, он носит имя Ханса-Юргена Рюгера, немецкого микробиолога, за его вклад в таксономию морских видов Agrobacterium . ^[2]

Характеристики

Род характеризуется членами, которые: ^[3]

Грамотрицательные (как и все протеобактерии)
яйцевидные до палочковидных клеток 0,6–1,6 × 1,0–4,0 мкм
подвижен полярными жгутиками или неподвижен
неспороверы
аэробный
оксидаза и каталаза положительные
неспособны к фотосинтетическому росту
бактериохлорофилл а отсутствует
мажорный хинон - убихинон 10
мол.% G + C ДНК составляет 55–59
член семейства Rhodobacteraceae , которое фенотипически, метаболически, экологически разнообразно и определено на основе данных последовательностей 16S

Филогенетически он очень близок к роду Silicibacter , но эти два вида остаются отдельными видами из-за фенотипических различий - два вида, для которых это проблематично, - это Ruegeria lacuscaerulensis и Ruegeria pomeroyi . ^[4]^[5]

Из этого рода исключены два вида: Marinovum algicola (Ruegeria algicola) и Thalassobius gelatinovorus (Ruegeria gelatinovora). ^[6]^{[и ссылки в нем]}

Малые некодирующие РНК

Было показано, что в бактериях, подверженных хроническому ограничению питательных веществ, присутствует большое количество бактериальных малых РНК . В Ruegeria pomeroyi анализ Секвенирование РНК идентифицировали 99 предполагаемых sRNAs. ^[7] Механизмы регуляции бактериальных мРНК обычно основаны на прямом взаимодействии РНК-РНК с целевой мРНК. ^[8] Целевые группы генов, определенные Rivers et al. были гены, участвующие в транспорте, гены, опосредующие межклеточные взаимодействия, передачу сигналов и регуляцию транскрипции.

использованная литература

^ a b "Запись LPSN для Ругерии " . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 24 апреля 2014 года .
^ Uchino Y, Хирата А, Ёкота А, Сугияма J (1998). «Реклассификация морских видов Agrobacterium : предложения Stappia stellulata gen. Nov., Comb . Nov., Stappia aggregata sp. Nov., Nom . Rev. , Ruegeria atlantica gen. Nov., Comb . Nov., Ruegeria gelatinovora comb. Nov. ., Ruegeria algicola comb. Nov. И Ahrensia kieliense gen. Nov., Sp. Nov., Nom. Rev " . J Gen Appl Microbiol . 44 (3): 201–210. DOI : 10,2323 / jgam.44.201 . PMID 12501429 .
^ Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Протеобактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2С (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. С. 1388 . ISBN 978-0-387-24145-6. Британская библиотека № GBA561951.
^ YI (H.), LIM (YW) и CHUN (J.): Таксономическая оценка родов Ruegeria и Silicibacter: предложение о переносе рода Silicibacter Petursdottir and Kristjansson 1999 в род Ruegeria Uchino et al. 1999. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 815-819.
^ Muramatsu (Ю.), Uchino (Ю.), Касаи (Х.), Сузуки (К.) и Накагава (Ю.): Ruegeria Mobilis зр. nov., член группы Alphaproteobacteria, выделенной в Японии и Палау. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 1304-1309.
^ Запись Ruegeria в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 .
^ Риверс, Адам Р .; Бернс, Эндрю С .; Чан, Леонг-Кит; Моран, Мэри Энн (2016-01-01). «Экспериментальная идентификация малых некодирующих РНК в модельной морской бактерии Ruegeria pomeroyi DSS-3» . Границы микробиологии . 7 : 380. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.00380 . ISSN 1664-302X . PMC 4809877 . PMID 27065955 .
^ Готтесман, Сьюзен; Сторц, Гизела (01.12.2011). «Бактериальные регуляторы малых РНК: универсальные роли и быстро меняющиеся вариации» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 3 (12): а003798. DOI : 10.1101 / cshperspect.a003798 . ISSN 1943-0264 . PMC 3225950 . PMID 20980440 .

дальнейшее чтение

Научные журналы

Мартенс Т., Хайдорн Т., Пукал Р., Саймон М., Тиндалл Б.Дж., Бринхофф Т. (2006). "Реклассификация Roseobacter gallaeciensis Ruiz-Ponte et al. 1998 как Phaeobacter gallaeciensis gen. Nov., Comb. Nov., Описание Phaeobacter ignens sp. Nov., Продуцирующих антибиотики членов клады Roseobacter, реклассификация Ruegeria etgicola (Lafay et al. al. 1995) Uchino et al., 1998 как Marinovum algicola gen. nov., comb. nov., и исправленные описания родов Roseobacter, Ruegeria и Leisingera " . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 56 (Pt 6): 1293–1304. DOI : 10.1099 / ijs.0.63724-0 . PMID 16738106 .

Научные книги

Гаррити GM, Холт JG (2001). «Таксономическое описание архей и бактерий». В DR Boone, RW Castenholz (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии Том 1: Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag. С. 155–166 . ISBN 978-0-387-98771-2.

Научные базы данных

Ссылки PubMed для Ruegeria
Ссылки PubMed Central для Ruegeria
Ссылки Google Scholar для Ruegeria

внешние ссылки

Страница таксономии NCBI для Ruegeria
Поиск по страницам таксономии Tree of Life для Ruegeria
Поиск Species2000 страница для Ruegeria
Страница MicrobeWiki для Ruegeria
Страница LPSN для Ruegeria

Эта статья о Rhodobacterales является незавершенной . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[LPSN-1] "Запись LPSN для Ругерии " . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 24 апреля 2014 года .

[Uchino-2] Uchino Y, Хирата А, Ёкота А, Сугияма J (1998). «Реклассификация морских видов Agrobacterium : предложения Stappia stellulata gen. Nov., Comb . Nov., Stappia aggregata sp. Nov., Nom . Rev. , Ruegeria atlantica gen. Nov., Comb . Nov., Ruegeria gelatinovora comb. Nov. ., Ruegeria algicola comb. Nov. И Ahrensia kieliense gen. Nov., Sp. Nov., Nom. Rev " . J Gen Appl Microbiol . 44 (3): 201–210. DOI : 10,2323 / jgam.44.201 . PMID 12501429 .

[3] Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Протеобактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2С (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. С. 1388 . ISBN 978-0-387-24145-6. Британская библиотека № GBA561951.

[4] YI (H.), LIM (YW) и CHUN (J.): Таксономическая оценка родов Ruegeria и Silicibacter: предложение о переносе рода Silicibacter Petursdottir and Kristjansson 1999 в род Ruegeria Uchino et al. 1999. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 815-819.

[5] Muramatsu (Ю.), Uchino (Ю.), Касаи (Х.), Сузуки (К.) и Накагава (Ю.): Ruegeria Mobilis зр. nov., член группы Alphaproteobacteria, выделенной в Японии и Палау. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 1304-1309.

[6] Запись Ruegeria в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 .

[7] Риверс, Адам Р .; Бернс, Эндрю С .; Чан, Леонг-Кит; Моран, Мэри Энн (2016-01-01). «Экспериментальная идентификация малых некодирующих РНК в модельной морской бактерии Ruegeria pomeroyi DSS-3» . Границы микробиологии . 7 : 380. DOI : 10,3389 / fmicb.2016.00380 . ISSN 1664-302X . PMC 4809877 . PMID 27065955 .

[8] Готтесман, Сьюзен; Сторц, Гизела (01.12.2011). «Бактериальные регуляторы малых РНК: универсальные роли и быстро меняющиеся вариации» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии . 3 (12): а003798. DOI : 10.1101 / cshperspect.a003798 . ISSN 1943-0264 . PMC 3225950 . PMID 20980440 .

[1]