Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Вирус Саппоро
Просвечивающая электронная микрофотография вирусов Саппоро
Просвечивающая электронная микрофотография вирусов Саппоро
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство :Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Пикорнавиралес
Семья:Caliciviridae
Род:Саповирус
Разновидность:
Вирус Саппоро

Саповирус - это генетически разнообразный род одноцепочечных РНК с положительным смыслом , без оболочки вирусов семейства Caliciviridae . [1] [2] Вместе с норовирусом саповирусы являются наиболее частой причиной острого гастроэнтерита (обычно называемого «желудочным гриппом», хотя он не связан с гриппом ) у людей и других животных. [3] Это монотипный таксон , содержащий только один вид - вирус Саппоро . [4]

Естественными хозяевами вируса являются люди и свиньи. Вирус передается при оральном / фекальном контакте . Саповирус чаще всего встречается у детей и младенцев и поэтому часто распространяется в яслях и детских садах; однако он был обнаружен в учреждениях длительного ухода. [5] Это могло быть связано с отсутствием мер личной гигиены и санитарии. Симптомы чаще всего включают диарею и рвоту. [6] Саповирус был первоначально обнаружен во время вспышки гастроэнтерита в детском доме в Саппоро , Япония, в 1977 г. [7]

Маршрут передачи и восприимчивость хоста [ править ]

Саповирус распространяется фекально-оральным путем. Инфицированные люди выделяют больше частиц / грамм фекалий или рвоты. Частицы инфицированного человека остаются жизнеспособными в течение многих лет, а инфекционная доза может составлять всего 10 частиц.

Загрязнение рабочих поверхностей, рук и т. Д. Может вызвать огромное количество новых инфекций. Заражение может произойти при вдыхании частиц, например, когда частицы распыляются при рвоте инфицированных или когда унитаз смывается после рвоты инфицированного человека. Другие формы передачи включают чрезмерное обращение с продуктами питания инфицированным человеком (чаще всего это происходит в ресторане), потребление моллюсков, обитавших в водах, загрязненных инфицированными фекалиями, и употребление загрязненной воды. [8]

Симптомы [ править ]

После инкубационного периода продолжительностью 1–4 дня начинают появляться признаки болезни. Симптомы саповируса очень похожи на симптомы норовируса. Наиболее частые симптомы - рвота и диарея; однако могут возникнуть дополнительные симптомы. К ним относятся: озноб, тошнота, головная боль, спазмы в животе и миалгия - лихорадка возникает очень редко. Хотя у пациентов чаще всего появляются симптомы после 1–4-дневного инкубационного периода, были случаи, когда у человека не было симптомов. Хотя у человека нет симптомов, он все же способен распространять вирус обычным путем, орально-фекальным путем. [3]

Профилактика [ править ]

Общая санитарная гигиена - важнейший метод профилактики саповирусов. Это можно сделать, тщательно вымыв руки после посещения туалета и перед едой / приготовлением пищи. Загрязненные поверхности следует очищать дезинфицирующим средством или растворами, содержащими отбеливатель. Другие профилактические меры включают избегание контактов и обмен напитками / едой с инфицированными людьми.

В настройках больницы [ править ]

  • Пострадавшие пациенты должны быть изолированы, а инфицированные сотрудники отстранены от работы.
  • Машины для мытья посуды должны быть осведомлены и обучены, чтобы они могли работать с осторожностью.
  • Если произойдет серьезная вспышка болезни, «может потребоваться закрыть палаты для новых госпитализаций».
  • «Передвижение персонала из пораженных в здоровые палаты должно быть запрещено - групповые занятия прекращены, а посещения детьми не поощряются». [8]

Лечение [ править ]

Специальных лекарств для людей, инфицированных саповирусом, не существует. Саповирус нельзя лечить антибиотиками, потому что это не бактериальная инфекция. Лечение включает поддержку симптомов, например, регидратацию человека. [8]

Классификация вирусов [ править ]

Структура и геном [ править ]

Саповирус представляет собой одноцепочечный РНК-вирус без оболочки, имеющий положительный смысл, размером около 7,7 килобайт. Вирус имеет поли (А) хвост с 3'-конца, но не 5'-концевую часть. Саповирус имеет икосаэдрическую структуру, содержащую 180 субъединиц (Т = 3). Диаметр капсида составляет 27-40 нм. [9] Как и у других калицивирусов, капсид саповируса имеет круглые зазубрины на своей поверхности. Однако морфология поверхности «Звезды Давида» отличает его от других калицивирусов. [3]

Геном саповируса организован в две (возможно, три) хорошо известные открытые рамки считывания (ORF). ORF1 кодирует неструктурные белки и VP1, основной белок капсида. VP1 имеет два стандартных домена: оболочку (S) и выступающую (P). Функция белка S состоит в том, чтобы «формировать каркас вокруг нуклеиновой кислоты», тогда как белок P играет важную роль в образовании «гомодимера с рецепторами». [10] ORF2 кодирует минорные структурные полипротеины VP2. Хотя были предсказания относительно третьей ORF (ORF3), нет никаких доказательств того, какова ее функция. [3]

Уже был проанализирован и идентифицирован как минимум 21 полный геном саповирусов, все из которых можно разделить на пять категорий (GI-GV), которые в дальнейшем можно разделить на различные генетические кластеры. Четыре из пяти групп (GI, GII, GIV, GV) могут инфицировать людей, и эти четыре группы соответствуют четырем антигенно различающимся штаммам саповирусов: Саппоро, Хьюстон, Лондон и Стокгольм. [8] Хотя существует как минимум 21 генотип этого вируса, новые продолжают регистрироваться в Америке, Азии и Европе. [11]

РодСтруктураСимметрияКапсидГеномное расположениеГеномная сегментация
СаповирусИкосаэдрТ = 3Без оболочкиЛинейныйОдночастный

Лабораторная диагностика [ править ]

Методы обнаружения нуклеиновых кислот [ править ]

ПЦР с обратной транскрипцией ( ОТ-ПЦР ) - наиболее часто используемый инструмент обнаружения саповирусов из-за его широкой реактивности, чувствительности, скорости и специфичности. Из-за разнообразия саповирусов были разработаны сотни праймеров для специфической нацеливания и амплификации РНК-зависимой РНК-полимеразы. Это может быть использовано для «частичной характеристики саповируса и исследования сходства обнаруженного саповируса». [3]

Обнаружение вирусных частиц [ править ]

«Саповирусы морфологически отличаются от других возбудителей гастроэнтерита (например, норовируса, ротавируса, астровируса или аденовируса) по типичной морфологии поверхности« Звезды Давида »под электронным микроскопом. Однако это имеет низкую чувствительность по сравнению с методами обнаружения нуклеиновых кислот». [3]

Методы обнаружения антигенов [ править ]

Иммуноферментный анализ ( ELISA ) использовался для обнаружения саповируса человека в клинических образцах. Хотя ELISA можно использовать для обнаружения антигенов саповируса человека, он обычно не используется. Разнообразие множества штаммов саповирусов затрудняет обнаружение широкого спектра антигенов, которые могут присутствовать - поскольку существует так много возможных антигенов, ELISA не так точен или чувствителен, как методы обнаружения нуклеиновых кислот. [3]

Цикл репликации [ править ]

Точный цикл репликации саповируса не определен; однако считается, что он имеет такой же или аналогичный цикл цитоплазматической репликации, что и другие калицивирусы. Цикл цитоплазматической репликации следующий:

  1. Проникновение в клетку-хозяин достигается за счет прикрепления к рецепторам хозяина, которые опосредуют эндоцитоз вируса в клетке-хозяине.
  2. Удаление оболочки и высвобождение вирусной геномной РНК в цитоплазму.
  3. VPg удаляется из вирусной РНК, которая затем транслируется в процессированный полипротеин ORF1 с получением белков репликации.
  4. Репликация происходит на вирусных фабриках. Геном дцРНК синтезируется из геномной оцРНК (+).
  5. Геном дцРНК транскрибируется / реплицируется, тем самым обеспечивая вирусные мРНК / новые геномы оцРНК (+).
  6. Субгеномная трансляция РНК дает белок капсида и VP2.
  7. Сборка новых вирусных частиц и высвобождение путем лизиса клеток » [9].

История [ править ]

С помощью электронной микроскопии саповирус был впервые обнаружен в образцах диарейного стула из Соединенного Королевства в 1977 году и вскоре был известен как возбудитель гастроэнтерита. В то время как вирус был впервые обнаружен в Великобритании, «прототип штамма рода Sapovirus был получен во время другой вспышки в Саппоро, Япония, в 1982 году». [3] Первый полный геном саповируса был интерпретирован из манчестерского штамма в Соединенном Королевстве в 1993 году. Раньше саповирусы назывались «саповирусы»; однако в 2002 г. они были заменены на вирус вида Sapporo, род Sapovirus , в семействе Caliciviridae . "В настоящее время семейство Caliciviridae состоит из пяти установленных родов,Саповирус, норовирус, лаговирус, везивирус и небовирус » [3]

Вспышки [ править ]

Декабрь 2013 г. [ править ]

Один положительный результат на саповирусную инфекцию был подтвержден в больнице Гисборн в Новой Зеландии. Два дополнительных случая были обнаружены у сотрудников, а еще пять пациентов были изолированы. Персонал больницы принял меры предосторожности, используя средства индивидуальной защиты при входе в палаты. [7]

Июнь 2007 г. [ править ]

У 55 преподавателей колледжа в округе Тайбэй была диагностирована саповирусная инфекция.

Учреждения длительного ухода за 2002–2009 гг. [ Править ]

"Используя данные департаментов общественного здравоохранения Орегона и Миннесоты, исследователи расследовали 2161 вспышку гастроэнтерита в период с 2002 по 2009 год. Из них 142 вспышки (7 процентов) оказались отрицательными по норовирусу, а 93 из них были дополнительно протестированы на другие желудочно-кишечные вирусы. включая саповирус, астровирус, аденовирус и ротавирус. Саповирус был выявлен в 21 вспышке (23 процента), причем 66 процентов из них произошли в учреждениях длительного ухода. Почти половина этих случаев произошла только в 2007 году ». Исследователи также объясняют, что, хотя доля саповирусов, встречающихся в учреждениях долгосрочного ухода, высока, это, вероятно, является артефактом юридически обязательной отчетности о вспышках. [5]

Сопутствующие заболевания [ править ]

Норовирус чаще всего ассоциируется с саповирусом. Геномы норовируса и саповируса очень тесно связаны, различие между ними может быть сделано только из различий в их стратегии кодирования и рамках считывания. Норовирусы (наряду с саповирусами) являются наиболее частой причиной гастроэнтерита и поэтому проявляют одинаковые симптомы. [12]

Астровирус , как и саповирус, вызывает гастроэнтерит у детей и пожилых людей, особенно у лиц с ослабленным иммунитетом. В то время как саповирус имеет две ОРС, астровирус имеет три, а также 6 рекомбинантных штаммов. Астровирусы реплицируются в цитоплазме и легко размножаются в желудочно-кишечном тракте. [8]

Ротавирус , как норовирус, астровирус и саповирус, вызывает гастроэнтерит. Однако ротавирус гораздо более смертоносен, вызывая 37% случаев смерти детей от диареи и 215 000 случаев смерти во всем мире. [13]

Вирусы животных [ править ]

Саповирусы были обнаружены у летучих мышей , калифорнийских морских львов , собак , свиней и норок . [14] [15]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Vinjé, J; Estes, MK; Эстевес, П; Грин, Кентукки; Катаяма, К. Ноулз, штат Нью-Джерси; L'Homme, Y; Мартелла, V; Vennema, H; Белый, PA; Консорциум отчетов ICTV (ноябрь 2019 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Caliciviridae " . Журнал общей вирусологии . 100 (11): 1469–1470. DOI : 10,1099 / jgv.0.001332 . PMC  7011698 . PMID  31573467 .
  2. ^ "Отчет ICTV Caliciviridae" .
  3. ^ a b c d e f g h я Ока, Томоитиро; Ван, Цюхун; Катаяма, Кадзухико; Саиф, Линда Дж. (1 января 2015 г.). «Комплексный обзор саповирусов человека» . Обзоры клинической микробиологии . 28 (1): 32–53. DOI : 10.1128 / CMR.00011-14 . ISSN 0893-8512 . PMC 4284302 . PMID 25567221 .   
  4. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2018b» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2019 . Дата обращения 1 мая 2019 .
  5. ^ a b Lee, Lore E .; Cebelinski, Elizabeth A .; Фуллер, Кэндис; Кин, Уильям Э .; Смит, Кирк; Винже, Ян; Бессер, Джон М. (2012). «Вспышки саповируса в учреждениях долгосрочного ухода, Орегон и Миннесота, США, 2002–2009» . Возникающие инфекционные заболевания . 18 (5): 873–876. DOI : 10.3201 / eid1805.111843 . PMC 3358050 . PMID 22516204 .  
  6. ^ "Страница вирусов" . web.stanford.edu . Проверено 5 ноября 2017 года .
  7. ^ a b "ProMED-mail" . www.promedmail.org . Проверено 2 ноября 2017 года .
  8. ^ a b c d e Барер, Майк (17 января 2011 г.). «Калицивирусы и астровирусы». В Гринвуде, Дэвид (ред.). Медицинская микробиология: руководство по микробным инфекциям: патогенез, иммунитет, лабораторная диагностика и контроль . С. 579–586.
  9. ^ a b «Вирусная зона» . ExPASy . Проверено 15 июня 2015 года .
  10. ↑ Миядзаки, Наоюки; Тейлор, Дэвид В .; Hansman, Grant S .; Мурата, Кадзуёси (1 марта 2016 г.). "Антигенный и крио-электронный анализ структуры капсида химерного саповируса" . Журнал вирусологии . 90 (5): 2664–2675. DOI : 10,1128 / JVI.02916-15 . ISSN 0022-538X . PMC 4810723 . PMID 26699644 .   
  11. ^ Tsinda, Эммануэль Kagning; Маласао, Рунгнапа; Фурусэ, Юки; Гилман, Роберт Х .; Лю, Сяофан; Апаза, Соня; Эспетия, Сьюзен; Кама, Виталиано; Оситани, Хитоши (26 октября 2017 г.). «Полные кодирующие последовательности генома необычных штаммов саповируса GII.8, идентифицированные в образцах диареи, собранных у перуанских детей» . Анонсы генома . 5 (43): e01137–17. DOI : 10,1128 / genomeA.01137-17 . ISSN 2169-8287 . PMC 5658493 . PMID 29074655 .   
  12. ^ Farkas, T .; Чжун, ВМ; Jing, Y .; Хуанг, П. В.; Espinosa, SM; Martinez, N .; Морроу, Алабама; Руис-Паласиос, GM; Пикеринг, LK (1 июля 2004 г.). «Генетическое разнообразие саповирусов». Архив вирусологии . 149 (7): 1309–1323. DOI : 10.1007 / s00705-004-0296-9 . ISSN 0304-8608 . PMID 15221533 . S2CID 35990669 .   
  13. ^ Тейт, Жаклин Э .; Бертон, Энтони Х .; Боски-Пинто, Синтия; Parashar, Umesh D .; Глобальная сеть эпиднадзора за ротавирусами, координируемая Всемирной организацией здравоохранения (1 мая 2016 г.). «Глобальные, региональные и национальные оценки детской смертности от ротавирусов» . Клинические инфекционные болезни . 62 Приложение 2: S96 – S105. DOI : 10,1093 / CID / civ1013 . ISSN 1537-6591 . PMID 27059362 .  
  14. ↑ Meng XJ (январь 2012 г.). «Новые и вновь появляющиеся вирусы свиней». Трансграничные и новые болезни . 59 : 85–102. DOI : 10.1111 / j.1865-1682.2011.01291.x . PMID 22225855 . 
  15. ^ Tse H, Chan WM, Li KS, Lau SK, Woo PC, Yuen KY (2012) Открытие и геномная характеристика нового саповируса летучих мышей с необычными геномными особенностями и филогенетическим положением. PLoS One 7 (4): e34987.

Внешние ссылки [ править ]

  • Отчет ICTV: Caliciviridae
  • Вирусная зона : Саповирус