Simple Modular Architecture Research Tool ( SMART ) - это биологическая база данных, которая используется для идентификации и анализа белковых доменов в белковых последовательностях. [1] [2] SMART использует модели Маркова со скрытым профилем, построенные на основе нескольких выравниваний последовательностей, для обнаружения белковых доменов в белковых последовательностях. Самый последний выпуск SMART содержит 1204 модели предметной области. [3] Данные SMART использовались при создании коллекции базы данных сохраненных доменов, а также распространяются как часть базы данных InterPro . [4] База данных размещена наЕвропейская лаборатория молекулярной биологии в Гейдельберге.
Содержание | |
---|---|
Описание | Схема идентификации для белковых доменов . |
Типы данных захвачены | Белковые домены |
Организмы | все |
Контакт | |
Исследовательский центр | Европейская лаборатория молекулярной биологии |
Первичное цитирование | PMID 18978020 |
Доступ | |
Веб-сайт | http://smart.embl-heidelberg.de |
Разнообразный | |
Лицензия | Бесплатно для ученых, но не для коммерческих пользователей |
Версия | 7 |
Политика курирования | да |
Рекомендации
- ^ Шульц Дж., Милпец Ф., Борк П., Понтинг С.П. (май 1998 г.). «SMART, простой инструмент исследования модульной архитектуры: определение доменов сигнализации» (PDF) . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 95 (11): 5857–64. Bibcode : 1998PNAS ... 95.5857S . DOI : 10.1073 / pnas.95.11.5857 . PMC 34487 . PMID 9600884 .
- ^ Letunic I, Doerks T, Bork P (январь 2009 г.). «SMART 6: последние обновления и новые разработки» . Nucleic Acids Res . 37 (Выпуск базы данных): D229–32. DOI : 10.1093 / NAR / gkn808 . PMC 2686533 . PMID 18978020 .
- ^ Летунич, Ивица; Доеркс, Тобиас; Борк, Пер (январь 2015 г.). «SMART: последние обновления, новые разработки и статус в 2015 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (выпуск базы данных): D257–260. DOI : 10.1093 / NAR / gku949 . ISSN 1362-4962 . PMC 4384020 . PMID 25300481 .
- ^ Малдер Н.Дж., Апвейлер Р., Аттвуд Т.К. и др. (Сентябрь 2002 г.). «InterPro: интегрированный ресурс документации по семействам, доменам и функциональным сайтам белков» . Краткий. Биоинформатика . 3 (3): 225–35. DOI : 10.1093 / нагрудник / 3.3.225 . PMID 12230031 .
Внешние ссылки
- SMART веб-сайт