Для управления роботами стохастическое моделирование дорожной карты [1] основано на вероятностных методах дорожной карты [2] (PRM), разработанных для планирования движения робота .
Основная идея этих методов состоит в том, чтобы уловить связность геометрически сложного многомерного пространства путем построения графа локальных путей, соединяющих точки, случайно выбранные из этого пространства. Дорожная карта G = (V,E) представляет собой ориентированный граф. Каждая вершина v представляет собой случайно выбранную конформацию в C. Каждое (направленное) ребро от вершины v i до вершины v j несет вес P ij , который представляет вероятность того, что молекула перейдет в конформацию v j , учитывая, что в данный момент она находится в v i . Вероятность Pij равна 0, если нет ребра от vi до vj . В противном случае это зависит от разницы энергий между конформациями.
Стохастическое моделирование дорожной карты используется для изучения кинетики молекулярного движения путем одновременного изучения нескольких путей в дорожной карте. Свойства ансамбля молекулярного движения (например, вероятность сворачивания (P Fold ), время выхода при связывании лиганд-белок) эффективно и точно вычисляются с помощью стохастического моделирования. Значения P Fold вычисляются с использованием первого этапа анализа теории цепей Маркова .