Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Strand Life Sciences Pvt. ООО
Strandlogo.png
ТипЧастный
ПромышленностьПрограммное обеспечение
Науки о жизни
Здравоохранение
Основан2000 г.
Штаб-квартираБангалор , Карнатака , Индия
Ключевые людиВиджай Чандру , генеральный директор
Рамеш Харихаран, технический директор
Кас Субраманян, CSO
ПродуктыStrandAdvantage
Strand NGS
Heptox
Avadis
Веб-сайтwww.strandls.com

Strand Life Sciences , ранее Strand Genomics , является Бангалор , Индия -На в силикомарганца технологии компании. Strand специализируется на интеллектуальном анализе данных , прогнозном моделировании , вычислительной химии , разработке программного обеспечения , биоинформатике и исследовательской биологии для разработки программного обеспечения и услуг для исследований в области наук о жизни. Strand также предлагает индивидуальные решения на основе своей интеллектуальной собственности. В августе 2007 г. Strand и Agilent Technologies, Inc. заключили соглашение, в соответствии с которым Strand разрабатывает и поддерживает GeneSpring от Agilent [1]программное обеспечение, которое Agilent получила в результате приобретения Silicon Genetics в августе 2004 года. [2] В октябре 2010 года Strand и Agilent продлили соглашение [3] для Strand о расширении области применения GeneSpring Agilent во многих областях наук о жизни.

История [ править ]

Strand Life Sciences была основана в октябре 2000 года профессорами Виджаем Чандру , Рамешем Харихараном, Свами Манохаром и В. Винаем. Он был зарегистрирован как Strand Genomics, но позже был переименован в Strand Life Sciences, поскольку он имел дело с различными другими аспектами наук о жизни. В августе 2007 года Strand и Agilent Technologies, Inc. заключили соглашение, в соответствии с которым Strand разрабатывает и поддерживает программное обеспечение Agilent GeneSpring [4], которое Agilent получила в результате приобретения Silicon Genetics в августе 2004 года. [5] В октябре 2010 года Strand и Agilent продлили соглашение. [6] для Стрэнда, чтобы расширить сферу применения GeneSpring Agilent во многих областях наук о жизни.

Программное обеспечение [ править ]

Strand NGS (ранее Avadis NGS) [ править ]

Strand NGS - это программная платформа для анализа данных секвенирования нового поколения . Он может импортировать необработанные последовательности чтения с платформ секвенирования, таких как Illumina , Ion Torrent , PacBio , ABI и 454 Life Sciences, и поддерживает фрагментные, односторонние, парные, спаренные, направленные типы библиотек с одним / парным концом. В инструмент можно импортировать необработанные считывания в форматах FASTA, FASTQ, SAM, BAM, невыровненных BAM, BED, данных подсчета, VCF, VAL или Eland. Кроме того, выполните выравнивание разделенного чтения для обнаружения длинных InDel и перемещений .

Strand NGS также позволяет пользователям выполнять контроль качества импортируемых данных и фильтровать считывания перед выполнением основного анализа. Версия 2.6 инструмента поддерживает шесть типов экспериментов: ChIP-Seq , RNA-Seq , малая РНК , Methyl-Seq, MeDIP-Seq и DNA-Seq. Ген , транскрипт , SNP , гомология , онтология генов (GO) и другие аннотации, необходимые для анализа, можно загрузить непосредственно с веб-сайта Strand NGS .

Рабочий процесс анализа ЧИП-Seq позволяет пользователям идентифицировать обогащенные регионы с использованием трех различных алгоритмов обнаружения пиков - окно простого скользящего на основе подхода, MACS и ПИКС. В зависимости от плана эксперимента эти области могут быть сайтами связывания факторов транскрипции, сайтами метилирования и т. Д. Мотивы, присутствующие в идентифицированных сайтах связывания, могут быть обнаружены с использованием параллельной реализации алгоритма GADEM. Списки сущностей, содержащие гены по соседству с областями связывания, могут быть созданы и использованы в анализе пути анализа пополнения набора генов (GSEA) нижестоящей генной онтологии .
Эксперимент рабочий процесс Секвенирование РНК позволяет пользователям измерять уровни экспрессии известных генов и транскриптов. Это также позволяет открывать новые экзоны, гены и сплайсинговые соединения. Browser Геном в Strand NGS позволяет пользователям проверять предсказания, позволяя просматривать результаты в контексте аннотаций из нескольких источников , таких как NCBI , в браузере УСК генома и Ensembl . Статистические тесты, специально разработанные для обработки данных на основе подсчета, могут использоваться для дифференциальной экспрессии генов и анализа альтернативного сплайсинга. Специальная визуализация «Gene View» представляет консолидированную информацию о гене и помогает в проверке прогнозов.
Эксперимент рабочего процесса ДНК-Seq содержит ссылки для SNP и вариации структурных алгоритмов обнаружения. На этапе прогнозирования SNP обнаруживаются гомозиготные и гетерозиготные SNP и определяются совпадения с предоставленными аннотациями dbSNP. Далее анализируются SNP, попадающие в генные области, и описывается их влияние на транскрипты (аналогично веб-сервису Ensembl SNP Effect Prediction). В структурных вариациях алгоритмов анализа идентификация гомозиготные и гетерозиготные вставок , инверсии и транслокации события. Кроме того, вариации числа копий могут быть обнаружены с использованием пар опухоль-нормальная.

Инструменты визуализации , а именно Genome Browser, Gene View и Variant Support View , являются ключевым аспектом программного обеспечения. Другие визуализации, доступные с помощью этого инструмента, - это диаграмма рассеяния , диаграмма MvA, диаграмма профиля, гистограмма , тепловая карта , диаграмма ящиков и усов и диаграмма Венна . С помощью визуализации пользователи могут наглядно увидеть статистические тенденции в данных.

Браузер генома в Strand NGS - это интерфейс для визуализации данных, результатов и аннотаций, связанных с геномом, в одном месте. Данные аннотаций, такие как цитобанды , гены, транскрипты и т. Д., А также результаты анализов, такие как области пиков, SNP, слияния генов и т. Д., Могут быть наложены друг на друга. Пользователи могут перетаскивать данные в браузер, а также выполнять поисковые операции. Для навигации в браузере Genome пользователи могут прокручивать, панорамировать и масштабировать. Пользователи также могут раскрашивать, фильтровать и маркировать интересующие точки данных.
Gene View используется для визуализации отдельных генов и их транскриптов. Пользователи могут видеть покрытие чтения для известных, а также новых разделов экзонов.

Strand NGS также обеспечивает доступ к базам данных специфических для организмов взаимодействий, содержащим отношения между белками, небольшими молекулами, ферментами, комплексами, биологическими процессами, молекулярными функциями и семействами генов. Два миллиона взаимодействия , присутствующие в этих базах данных также может быть увеличена за счет импорта путей в формате GPML ( WikiPathways ), формат XML ( BioCyc ), BioPAX формате из Reactome, Cancer Cell , карт и т.д. списков генов , порожденных этапов анализа могут быть использованы в качестве отправная точка для многих операций анализа пути.

GeneSpring [ править ]

GeneSpring GX (начиная с версии 9.0.0), GeneSpring Workgroup (начиная с версии 7.0.0) и Mass Profiler Pro разрабатываются отделом исследований и разработок Strand в Бангалоре.

Авадис [ править ]

Avadis - это комплексная платформа для интеллектуального анализа и визуализации данных. Он сочетает в себе возможности масштабируемых алгоритмов и динамической интерактивной визуализации. Платформа была адаптирована для различных научных областей, таких как экспрессия генов , секвенирование следующего поколения , доклинические исследования, химия и здравоохранение.

Sarchitect [ править ]

Sarchitect - это платформа для моделирования и прогнозирования свойств молекул in silico, связанных с лекарствами .

ArrayAssist [ править ]

ArrayAssist был разработан для Stratagene, Inc. на основе платформы Avadis. Производство было остановлено после того, как Stratagene была приобретена Agilent Technologies, Inc. в 2007 году.

Похвалы [ править ]

  • Стрэнд является отвлекающим маневром «Частной компании Азии 100» в 2005 [7] и 2010 годах. [8]
  • Deloitte Fast 50 в Индии и Fast 500 в Азии в 2009 и 2010 годах.
  • Strand Life Sciences названы как "NASSCOM ИТ Новатор 2006" по NASSCOM . [9] Это одна из семи индийских компаний, признанных NASSCOM новаторами ИТ в 2007 году.
  • Strand Life Sciences названа Всемирным экономическим форумом «Пионером технологий 2007 года» . [10]
  • Strand получил награду Frost & Sullivan «За выдающиеся достижения в области технологий 2005» [11] за свою технологическую платформу Avadis.
  • 2003 Стрэнд был номинирован Всемирным экономическим форумом в качестве пионера технологий в 2002 году.
  • Журнал Genome Technology Magazine включил Strand в пятерку самых важных компаний в категории «Компания года 2002».

Ссылки [ править ]

  1. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2007/20aug-ca07049.html
  2. ^ http://www.biodevicesbiz.com/newsArticle.asp?nId=84896&cId=275
  3. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2010/04oct-ca10065.html
  4. ^ «Agilent - Agilent Technologies и Strand Life Sciences объявляют о соглашении о разработке GeneSpring» . agilent.com . 5 января 2017 . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  5. ^ «Agilent Technologies для приобретения Silicon Genetics, ведущего поставщика информатики в области наук о жизни» . biodevicesbiz.com . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  6. ^ «Agilent - Agilent Technologies и Strand объединяются для разработки интегрированных программных систем для биологии» . agilent.com . 4 октября 2010 . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  7. ^ "Indecomm Global Services - партнерство @ работа" (PDF) . indecommglobal.com . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  8. ^ "www.herring100.com" . herring100.com . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  9. ^ http://www.nasscom.in/Nasscom/templates/NormalPage.aspx?id=50719
  10. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинального 23 октября 2008 года . Источник +23 декабря 2008 . CS1 maint: не рекомендуется параметр ( ссылка ) CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  11. ^ "Strand Genomics уходит с наградой Frost & Sullivan за выдающиеся достижения в области технологий за свою платформу avadis" . frost.com . Проверено 22 февраля 2017 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )

Внешние ссылки [ править ]

  • Strand Life Sciences