Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Координаты : 37.4787 ° N 122.1507 ° W37 ° 28′43 ″ с.ш. 122 ° 09′03 ″ з.д. /  / 37.4787; -122.1507 (headquarters)

Pacific Biosciences of California, Inc.
ТипОбщественные
NASDAQ :  компонент PACB
Russell 2000
ПромышленностьБиотехнологии
Основан2004 г. (2004)
Штаб-квартира
Менло-Парк, Калифорния
,
Соединенные Штаты
Ключевые люди
  • Кристиан Генри, генеральный директор и президент
  • Джон Ф. Миллиган, доктор философии. Председатель правления
ДоходУвеличивать90,9 миллиона долларов США (2019 год) [1]
Количество работников
400
Интернет сайтpacificbiosciences .com

Pacific Biosciences of California, Inc. - американская биотехнологическая компания, основанная в 2004 году, которая разрабатывает и производит системы для секвенирования генов и некоторых новых биологических наблюдений в реальном времени. [2] [3] [ неудавшаяся проверка ] PacBio описывает свою платформу как секвенирование одиночных молекул в реальном времени (SMRT), основанное на свойствах волноводов с нулевой модой .

История [ править ]

Компания была основана на основе исследований, проведенных в Корнельском университете, которые объединили обработку полупроводников и фотонику с биотехнологическими исследованиями. [2] Трое аспирантов в лаборатории профессора Ватта Уэбба - Джонас Корлах - и Гарольда Крейгхеда - Стив Тернер и Матье Фоке - стали первыми сотрудниками.

Он начинался под названием Nanofluidics, Inc. Компания привлекла почти 400000000 долларов США за шесть раундов преимущественно венчурного финансирования , что сделало ее одним из самых капитализированных стартапов в 2010 году, что привело к их публичному размещению в октябре того же года. [4] Среди основных инвесторов были Mohr Davidow Ventures, Kleiner, Perkins, Caufield & Byers , Alloy Ventures и Wellcome Trust . [2]

Первый коммерческий продукт компании, PacBio RS, был продан ограниченному кругу клиентов в 2010 году и был коммерчески выпущен в начале 2011 года. [5] [6] Последующая версия секвенсора под названием PacBio RS II была выпущена в апреле 2013 года. . [7] 25 сентября 2013 года было объявлено о партнерстве между Pacific Biosciences и Roche Diagnostics для разработки продуктов для диагностики in vitro с использованием этой технологии, при этом компания Roche предоставила в рамках сделки 75 000 000 долларов США . [8] [9] В 2015 году компания выпустила новый инструмент для секвенирования под названием Sequel System, производительность которого примерно в 7 раз выше, чем у PacBio RS II. [10]Затем, в апреле 2019 года, компания запустила систему Sequel II с дальнейшим 8-кратным увеличением пропускной способности. [11] В октябре 2020 года компания объявила о выпуске Sequel IIe, который добавил бортовое вычисление консенсуса в инструмент для секвенирования, чтобы полученные последовательности ДНК уже корректировались на точность. [12]

Лидерство [ править ]

В 2004 году постоянный предприниматель Kleiner Perkin Хью Мартин стал генеральным директором. 6 января 2012 года член правления Майкл Хункапиллер, доктор философии, принял на себя роль генерального директора. [13] Хункапиллер ушел на пенсию в сентябре 2020 года, и его заменил председатель правления Кристиан Генри. [14] Генри был бывшим исполнительным вице-президентом и главным коммерческим директором Illumina, прежде чем войти в совет директоров PacBio в июле 2018 года. [15]

Публикация [ править ]

В ходе первичного публичного размещения 27 октября 2010 г. Pacific Biosciences продала 12 500 000 акций по цене 16 долларов за акцию и привлекла около 200 миллионов долларов. Акции торгуются на NASDAQ под символом PACB. [16]

Иллюмина [ править ]

1 ноября 2018 года Illumina согласилась приобрести PacBio за 1,2 миллиарда долларов США наличными. Ожидается, что сделка будет закрыта в четвертом квартале 2019 года, [17] однако сделка была отменена после объявления 2 января 2020 года. Illumina также согласилась выплатить Pacific Biosciences сбор за расторжение в размере 98 миллионов долларов США плюс ранее согласованные платежи за продление сделки в размере 22 миллиона долларов США в феврале и 6 миллионов долларов США в марте 2020 года. [18]

Признания [ править ]

Компания получила премию «Пионер технологий» Всемирного экономического форума в 2009 году. [2] [19]

В 2010 году журнал The Scientist назвал компанию и ее первый продукт главными инновациями года в области наук о жизни [20], а в 2010 году компания получила награду за передовые технологии секвенирования от Национального института исследования генома человека . [21] Журнал Technology Review включил их в список 50 самых инновационных компаний за 2010 и 2011 годы. [22] Основатель и технический директор доктор Стивен Тернер был удостоен награды Фонда Юинга Марион Кауфмана за выдающийся постдокторантский предприниматель 2010 года. работать в компании. [23]

Продукты [ править ]

Инструменты секвенирования [ править ]

Секвенсор PacBio RSII
Секвенсор сиквелов Pacific Biosciences

Первый научный прибор компании, названный «PacBio RS», был выпущен для ограниченного числа одиннадцати клиентов в конце 2010 года. [24] Поставщик секвенирования GATC Biotech был выбран Pacific Biosciences в качестве своего первого европейского поставщика услуг в конце 2010 года. [25] ] Продукт был коммерчески выпущен в начале 2011 года. [6] Новая версия секвенсора под названием «PacBio RS II» была выпущена в апреле 2013 года; он производил более длинные считывания последовательностей и предлагал более высокую пропускную способность, чем исходный инструмент RS. [7] Инструмент RS будет официально поддерживаться до конца 2021 года. [26]

В сентябре 2015 года компания выпустила новый инструмент для секвенирования, Sequel System. Секвенсор имеет увеличенную емкость с 1 миллионом волноводов с нулевой модой по сравнению с 150 000 в PacBio RS II, и он составляет примерно одну треть размера и половину цены PacBio RS II. [27]

В апреле 2019 года компания выпустила обновленную систему Sequel II с поддержкой новой ячейки SMRT с восемью миллионами ZMW [28], увеличив ожидаемую пропускную способность на одну ячейку SMRT в восемь раз. [11] [29]

В октябре 2020 года компания анонсировала систему Sequel IIe, которая добавляет дополнительные вычислительные мощности к системе Sequel II. Благодаря этому вычислению все считывания ДНК, производимые системой, автоматически корректируются на точность.

Реагенты и клетки SMRT [ править ]

Дополнительная информация: секвенирование одной молекулы в реальном времени

Чтобы использовать любой из этих инструментов, клиенты также должны приобрести пакеты с реагентами для подготовки ДНК и секвенирования, а также небольшие расходные материалы, называемые «SMRT Cells». Ячейки для секвенсора RS имеют площадь чуть меньше одного сантиметра и содержат десятки тысяч нулевых волноводов . Ячейки для секвенсора Sequel имеют площадь около 2,5 см и содержат один миллион волноводов с нулевой модой, тогда как ячейки для секвенсора Sequel II содержат восемь миллионов волноводов с нулевой модой. Ячейки для секвенсора RS продаются упаковками по восемь штук. Ячейки для секвенсоров Sequel или Sequel II продаются упаковками по четыре штуки.

19 сентября 2018 года PacBio выпустила программное обеспечение Sequel 6.0 и химию 3.0. Производительность библиотек с большими вставками и ДНК с высокой молекулярной массой отличается от библиотек с более короткими вставками длиной менее ~ 15 000 оснований. Для больших шаблонов средняя длина чтения составляет до 30 000 оснований. Для библиотек с более короткими вставками средняя длина считывания составляет до 100 000 оснований при считывании одной и той же молекулы в круге. Последние библиотеки с более короткими вставками затем дают до 50 миллиардов оснований из одной ячейки SMRT®. [30]

1 октября 2019 года PacBio выпустила программное обеспечение 8.0 и химию 2.0 для Sequel II. Для более крупных шаблонов, читаемых как «непрерывные длинные чтения», в примере человеческой библиотеки длина чтения N50 составила 52 456, а выход на ячейку составил 182 ГБ. [31] Для библиотек ниже ~ 20 000 оснований при циклическом консенсусном секвенировании выход на ячейку составляет 450 ГБ или около 30 ГБ считываний с поправкой на HiFi. [32]

Программное обеспечение и приложения [ править ]

Их продукт биоинформатики вторичного анализа для RS, названный «Анализ SMRT», был открытым исходным кодом . [33] Для системы Sequel программное обеспечение вторичного анализа было преобразовано в приложение «SMRT Link». В 2013 году компания выпустила новые инструменты биоинформатики для автоматической сборки генома (HGAP) и доводки до 99,999% точности (Quiver). [34] [35] [36]

Ключевые публикации [ править ]

Перед первым коммерческим выпуском своего секвенатора ученые опубликовали в январе 2009 года первые данные о последовательности, полученные в результате секвенирования одной молекулы в реальном времени, в журнале Science . [37] Затем, в апреле 2010 года, ученые опубликовали в Nature статью, в которой показали, что они использовали волноводы с нулевой модой для наблюдения за трансляцией рибосом в реальном времени. [38]

Демонстрируя ценность бактериального секвенирования, ученые из Pacific Biosciences и других организаций опубликовали в январе 2011 года статью в Медицинском журнале Новой Англии, демонстрирующую происхождение вспышки холеры на Гаити в 2010 году . [39] В августе 2011 года ученые Pacific Biosciences и сотрудники других организаций опубликовали статью в Медицинском журнале Новой Англии, в которой описывается классификация штамма E. coli, вызвавшего вирулентную вспышку 2011 года в Германии, ответственного за сотни случаев гемолитико-уремической инфекции. синдром . [40] Этот документ показал, что штамм E. coli, вызвавший вспышку, приобрелШига-токсин - фаг, кодирующий латеральный перенос гена . В июле 2012 года в рецензируемых журналах было опубликовано несколько статей, демонстрирующих методы автоматизации обработки генома бактерий с использованием секвенирования одной молекулы в реальном времени. [41] [42] [43] В 2013 году ученые подсчитали, что большая часть бактериальных и архейных геномов может быть полностью секвенирована и собрана для закрытия с помощью длинных считываний PacBio. [44]

Несколько статей, опубликованных исследователями из Pacific Biosciences, продемонстрировали, что инструмент для секвенирования можно использовать для сбора данных о метилировании, повреждении ДНК и другой эпигенетической информации. [45] [46] [47] [48] [49] Полимераза, которая выполняет реакцию секвенирования в волноводах с нулевой модой, производит кинетические данные, которые можно использовать для различения основных модификаций. [50] В октябре 2012 года ученые использовали SMRT-секвенирование для создания метиломов шести бактерий, сообщив о своих результатах в статье Nucleic Acids Research. [49]

С увеличением длины считывания и пропускной способности исследования на млекопитающих с использованием продукта увеличились. В апреле 2012 года ученые из Pacific Biosciences, Калифорнийского университета и других институтов использовали секвенирование SMRT, чтобы доказать обоснованность активации внутренних тандемных дупликационных мутаций в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе. [51] Их результаты были опубликованы в журнале Nature. [52] В августе 2012 года ученые из Института Броуда опубликовали статью, в которой сообщалось о результатах своей оценки секвенатора Pacific Biosciences для обнаружения и обнаружения SNP. [53] Ученые сообщили в Genome Researchв октябре 2012 года использование платформы PacBio для секвенирования полной экспансии повтора в гене FMR1 , ответственном за синдром ломкой Х-хромосомы . [54]

В статье, опубликованной в декабре 2012 года, впервые было продемонстрировано, как генерировать данные о последовательностях с помощью секвенатора PacBio без подготовки библиотеки. [55]

В 2013 году ученые опубликовали статьи, демонстрирующие использование секвенирования PacBio для анализа транскриптомов , показывающие, что при долгом чтении удалось полностью захватить полные изоформы. [56] [57]

Внешние ссылки [ править ]

  • Вебсайт компании
  • Профиль Wall Street Journal
  • Бизнес-данные для Pacific Biosciences:
    • Google Финансы
    • Yahoo! Финансы
    • Документы SEC

Ссылки [ править ]

  1. ^ https://www.pacb.com/press_releases/pacific-biosciences-announces-fourth-quarter-and-annual-2019-financial-results/
  2. ^ а б в г bloomberg.com https://www.bloomberg.com/businessweek/globalbiz/content/dec2009/gb2009123_706120.htm . Отсутствует или пусто |title=( справка ) [ постоянная мертвая ссылка ]
  3. ^ Brakmann, Susanne (5 апреля 2010). «Рибосома в действии» . Природа . 464 (7291): 987–988. DOI : 10.1038 / 464987a . PMID 20393548 . S2CID 1742990 .  
  4. ^ Остин, Коллин DeBaise И Скотт (9 марта 2010). «Оценка перспективных молодых фирм» - через www.wsj.com.
  5. ^ «PacBio раскрывает системные спецификации бета-версии для RS; говорится, что коммерческий релиз запланирован на первую половину 2011 года» . GenomeWeb .
  6. ^ a b «PacBio поставляет первые две коммерческие системы; количество заказов увеличилось до 44» . GenomeWeb .
  7. ^ a b «Новые продукты: RS II от PacBio; Запонки» . GenomeWeb .
  8. ^ «Pacific Biosciences, чтобы сотрудничать с Roche по продуктам для диагностики in vitro» . Архивировано из оригинала сен 25, 2013.
  9. ^ Speights, Keith (25 сентября 2013). «Ракеты Pacific Biosciences на сделке по диагностике Рош» . Пестрый дурак .
  10. ^ "PacBio запускает высокопроизводительную и недорогую систему секвенирования одной молекулы" . GenomeWeb .
  11. ^ a b «Pacific Biosciences запускает новую систему Sequel II, в которой в ~ 8 раз больше данных, полученных при секвенировании ДНК» (пресс-релиз). Тихоокеанские биологические науки. 24 апреля 2019 года. Архивировано 4 января 2020 года . Проверено 4 января 2020 г. - через GlobeNewswire.
  12. ^ «Pacific Biosciences запускает систему Sequel IIe для ускорения внедрения новой системы высокоточного секвенирования HiFi» . biospace.com .
  13. ^ «Майкл Hunkapiller В, Хью Мартин Ушел в качестве генерального директора Тихоокеанского Biosciences» . 6 января 2012 . Проверено 10 августа 2020 года .
  14. ^ "Pacific Biosciences называет Кристиана Генри президентом и генеральным директором" . 7 августа 2020 . Проверено 10 августа 2020 года .
  15. ^ «Люди в новостях: Кристиан Генри, Майк Ханкапиллер, Карен Тай Ко, Майкл Вунацос, другие» . 6 марта 2020 . Проверено 10 августа 2020 года .
  16. ^ "Профиль IPO Pacific Biosciences of California (PACB)" . 30 октября 2010 года Архивировано из оригинального 30 октября 2010 года.
  17. ↑ Фарр, Кристина (1 ноября 2018 г.). «Гигант по секвенированию ДНК Illumina только что купил своего конкурента Pac Bio за 1,2 миллиарда долларов - вот почему» . CNBC. Архивировано 14 июля 2019 года.
  18. ^ «Illumina отказывается от сделки на 1,2 миллиарда долларов, чтобы купить конкурента Pacific Biosciences» . CNBC. 2 января, 2020. архивации с оригинала на 3 января 2020 года . Проверено 3 января 2020 года .
  19. ^ Ким, Райан; Писатель, Chronicle Staff (4 декабря 2009 г.). «Всемирный экономический форум чествует технарей из района Залива» . SFGate .
  20. ^ «Десять лучших инноваций 2010» . Журнал Scientist Magazine® .
  21. ^ «Информационная панель: компании на волне генома» . 5 апреля 2010 г. - на сайте www.reuters.com.
  22. ^ Обзор, MIT Technology. "Тихоокеанские биологические науки" . MIT Technology Review .
  23. ^ «Два постдокторских предпринимателя признаны за выдающиеся достижения» (пресс-релиз). Филадельфия: Фонд Юинга Марион Кауфман. 12 марта 2010 года Архивировано из оригинала июн 21, 2010.
  24. ^ «PacBio называет первые 10 заказчиков одномолекулярного секвенсора на сумму 695 000 долларов; первые поставки намечены на второй квартал» . GenomeWeb .
  25. ^ «GATC Biotech станет первым европейским поставщиком услуг для PacBio RS» . GenomeWeb .
  26. ^ «PacBio планирует обновления сиквела, закроет RSII в 2021 году» . GenomeWeb .
  27. ^ http://www.pacb.com/blog/introduction-the-sequel-system-the-scalable-platform-for-smrt-sequencing/ [ самостоятельно опубликованный источник ]
  28. ^ "Био-IT Мир" . bio-itworld.com .
  29. ^ http://investor.pacificbiosciences.com/static-files/e53d5ef9-02cd-42ab-9d86-3037ad9deaec
  30. ^ "JK объявляет о запуске новой химии (выпуск Sequel System 6.0) в следующем месяце - 2-кратное увеличение пропускной способности = до 20 Гб / ячейка SMRT и средняя длина чтения до 30 КБ # PBUGMpic.twitter.com / eF8wy2mlVa" . 19 сентября 2018.
  31. ^ "pic.twitter.com/PVelpLc24c" . 25 сентября 2019.
  32. ↑ Ларреа, Энди (25 сентября 2019 г.). "JK: Yowza! Эта новая химия 2.0 в сиквеле II генерирует МНОГО 15kb #HiFireads. # PBUGMpic.twitter.com / Dzjoxbna8y" .
  33. ↑ Pacific Biosciences (23 февраля 2015 г.) «Анализ» [ источник, опубликованный самостоятельно ]
  34. ^ "Новые продукты: Анализ SMRT 1.4 PacBio" . GenomeWeb .
  35. ^ "Завершение геномов с HGAP" . 6 мая 2013 года.
  36. ^ Чин, Чен-Шань; Александр, Дэвид Х .; Маркс, Патрик; Кламмер, Аарон А .; Дрейк, Джеймс; Хайнер, Шерил; Клам, Алисия; Коупленд, Алекс; Хаддлстон, Джон; Эйхлер, Эван Э .; Тернер, Стивен У .; Корлач, Йонас (5 июня 2013 г.). «Негибридные, готовые сборки микробного генома на основе данных секвенирования SMRT» . Природные методы . 10 (6): 563–569. DOI : 10.1038 / nmeth.2474 . PMID 23644548 . S2CID 205421576 .  
  37. ^ Ид, Джон; Фер, Адриан; Грей, Джереми; Луонг, Кхай; Лайл, Джон; Отто, Джефф; Пелузо, Пол; Ранг, Дэвид; Байбаян, Примо; Беттман, Брэд; Бибилло, Аркадиуш; Бьёрнсон, Кейт; Чаудхури, Бидхан; Христиане, Фредерик; Цицерон, Рональд; Кларк, Соня; Далал, Равиндра; де Винтер, Алекс; Диксон, Джон; Фоке, Матье; Гертнер, Альфред; Харденбол, Пол; Хайнер, Шерил; Хестер, Кевин; Холден, Дэвид; Кирнс, Грегори; Конг, Сянсю; Кузе, Рональд; Лакруа, Ив; Лин, Стивен; Лундквист, Пол; Ма, Конгконг; Маркс, Патрик; Максхэм, Марк; Мерфи, Девон; Парк, Инсил; Фам, Тханг; Филлипс, Майкл; Рой, Джой; Себра, Роберт; Шен, Джин; Соренсон, Джон; Томаней, Остин; Трэверс, Кевин; Трулсон, Марк; Вицели, Джон; Вегенер, Джеффри; Ву, Рассвет; Ян, Алисия; Заккарин, Денис; Чжао, Питер; Чжун, Франк; Корлах, Йонас; Тернер, Стивен (2 января 2009 г.).«Секвенирование ДНК в режиме реального времени из одиночных молекул полимеразы» . Наука . 323 (5910): 133–138. Bibcode : 2009Sci ... 323..133E . DOI : 10.1126 / science.1162986 . PMID  19023044 . S2CID  54488479 .
  38. ^ Уэмура, Сотаро; Эйткен, Колин Эчеверрия; Корлах, Йонас; Flusberg, Benjamin A .; Тернер, Стивен У .; Пуглиси, Джозеф Д. (5 апреля 2010 г.). «Транзит тРНК в реальном времени по одиночным транслирующим рибосомам при разрешении кодонов» . Природа . 464 (7291): 1012–1017. Bibcode : 2010Natur.464.1012U . DOI : 10,1038 / природа08925 . PMC 4466108 . PMID 20393556 .  
  39. ^ Чин, Чен-Шань; Соренсон, Джон; Харрис, Джейсон Б.; Робинс, Уильям П .; Charles, Richelle C .; Жан-Шарль, Роджер Р .; Буллард, Джеймс; Webster, Dale R .; Касарскис, Андрей; Пелузо, Пол; Paxinos, Ellen E .; Ямаичи, Йошихару; Колдервуд, Стивен Б.; Мекаланос, Джон Дж .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (6 января 2011 г.). "Происхождение штамма вспышки холеры в Гаити" . Медицинский журнал Новой Англии . 364 (1): 33–42. DOI : 10.1056 / NEJMoa1012928 . PMC 3030187 . PMID 21142692 .  
  40. ^ Rasko, David A .; Webster, Dale R .; Сахл, Джейсон У .; Башир Али; Бойзен, Надя; Шойц, Флемминг; Paxinos, Ellen E .; Себра, Роберт; Чин, Чен-Шань; Илиопулос, Димитрис; Кламмер, Аарон; Пелузо, Пол; Ли, Лоуренс; Кислюк, Андрей О .; Буллард, Джеймс; Касарскис, Андрей; Ванга, Сюзанна; Ид, Джон; Ранг, Дэвид; Редман, Юлия С .; Steyert, Susan R .; Фримодт-Мёллер, Якоб; Струве, Карстен; Петерсен, Андреас М .; Krogfelt, Karen A .; Натаро, Джеймс П .; Schadt, Eric E .; Уолдор, Мэтью К. (25 августа 2011 г.). «Происхождение штамма E. coli, вызвавшего вспышку гемолитико-уремического синдрома в Германии» . Медицинский журнал Новой Англии . 365 (8): 709–717. DOI : 10.1056 / NEJMoa1106920 . ЧВК 3168948 . PMID  21793740 .
  41. ^ Рибейро, Филипе Дж .; Пшибыльский, Дариуш; Инь, Шуанье; Шарп, Тед; Гнерре, Санте; Abouelleil, Amr; Берлин, Аарон М .; Монмайор, Анна; Shea, Terrance P .; Уокер, Брюс Дж .; Янг, Сара К .; Расс, Карстен; Нусбаум, Чад; МакКаллум, Иэн; Джефф, Дэвид Б. (1 ноября 2012 г.). «Готовые бактериальные геномы из данных о последовательности ружья» . Геномные исследования . 22 (11): 2270–2277. DOI : 10.1101 / gr.141515.112 . PMC 3483556 . PMID 22829535 .  
  42. ^ Башир, Али; Кламмер, Аарон А .; Робинс, Уильям П .; Чин, Чен-Шань; Вебстер, Дейл; Паксинос, Эллен; Хсу, Дэвид; Эшби, Мередит; Ван, Сусана; Пелузо, Пол; Себра, Роберт; Соренсон, Джон; Буллард, Джеймс; Йен, Джеки; Валдовино, Мари; Моллова Эмилия; Луонг, Кхай; Лин, Стивен; ЛаМэй, Брианна; Джоши, Амрута; Роу, Лори; Фрейс, Майкл; Tarr, Cheryl L .; Turnsek, Maryann; Davis, Brigid M .; Касарскис, Андрей; Мекаланос, Джон Дж .; Уолдор, Мэтью К .; Шадт, Эрик Э. (5 июля 2012 г.). «Гибридный подход к автоматизированной отделке бактериальных геномов» . Природа Биотехнологии . 30 (7): 701–707. DOI : 10.1038 / nbt.2288 . PMC 3731737 . PMID 22750883  .
  43. ↑ Корень, Сергей; Schatz, Майкл С .; Валенц, Брайан П .; Мартин, Джеффри; Ховард, Джейсон Т .; Ганапати, Ганешкумар; Ван, Чжун; Rasko, David A .; Маккомби, У. Ричард; Джарвис, Эрих Д .; Филлиппи, Адам М. (5 июля 2012 г.). «Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo последовательностей одиночных молекул» . Природа Биотехнологии . 30 (7): 693–700. DOI : 10.1038 / nbt.2280 . PMC 3707490 . PMID 22750884 .  
  44. ↑ Корень, Сергей; Harhay, Грегори П .; Смит, Тимоти П.Л.; Боно, Джеймс Л .; Harhay, Dayna M .; Макви, Скотт Д .; Радуне, Диана; Бергман, Николас Х .; Филлиппи, Адам М. (13 сентября 2013 г.). «Снижение сложности сборки микробных геномов с помощью секвенирования одной молекулы» . Геномная биология . 14 (9): R101. arXiv : 1304,3752 . Bibcode : 2013arXiv1304.3752K . DOI : 10.1186 / GB-2013-14-9-R101 . PMC 4053942 . PMID 24034426 .  
  45. ^ Кларк, Тайсон А .; Слюна, Кристи Э .; Тернер, Стивен У .; Корлач, Йонас (20 декабря 2011 г.). «Прямое обнаружение и секвенирование оснований поврежденной ДНК» . Целостность генома . 2 (1): 10. DOI : 10,1186 / 2041-9414-2-10 . PMC 3264494 . PMID 22185597 .  
  46. ^ Кларк, Тайсон А .; Мюррей, Иэн А .; Морган, Ричард Д .; Кислюк, Андрей О .; Слюна, Кристи Э .; Бойтано, Мэтью; Фоменков, Алексей; Робертс, Ричард Дж .; Корлач, Йонас (1 февраля 2012 г.). «Характеристика специфичности ДНК-метилтрансферазы с использованием одномолекулярного секвенирования ДНК в реальном времени» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (4): e29. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1146 . PMC 3287169 . PMID 22156058 .  
  47. ^ Сун, Чун-Сяо; Кларк, Тайсон А .; Лу, Син-Ю; Кислюк Андрей; Дай, Цин; Тернер, Стивен У .; Он, Чуан; Корлач, Йонас (5 января 2012 г.). «Чувствительное и специфическое секвенирование одной молекулы 5-гидроксиметилцитозина» . Природные методы . 9 (1): 75–77. DOI : 10.1038 / nmeth.1779 . PMC 3646335 . PMID 22101853 .  
  48. ^ "Pacific Biosciences Team демонстрирует метод прямого обнаружения метилирования во время SMRT-секвенирования" . GenomeWeb .
  49. ^ a b Мюррей, Иэн А .; Кларк, Тайсон А .; Морган, Ричард Д .; Бойтано, Мэтью; Антон, Брайан П .; Луонг, Кхай; Фоменков, Алексей; Тернер, Стивен У .; Корлах, Йонас; Робертс, Ричард Дж. (1 декабря 2012 г.). «Метиломы шести бактерий» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (22): 11450–11462. DOI : 10.1093 / NAR / gks891 . PMC 3526280 . PMID 23034806 - через Acade.oup.com .  
  50. ^ "PacBio, U Чикаго Разработка методики секвенирования гидроксиметилирования одной молекулы" . GenomeWeb .
  51. ^ "Исследователи подтверждают домен киназы FLT3 как цель острого миелоидного лейкоза" . 16 апреля 2012 г.
  52. ^ Смит, Кэтрин С .; Ван, Ци; Чин, Чен-Шань; Салерно, Сара; Дэймон, Лорен Э .; Левис, Марк Дж .; Perl, Александр Е .; Трэверс, Кевин Дж .; Ван, Сусана; Хант, Джереми П .; Зарринкар, Патрик П .; Schadt, Eric E .; Касарскис, Андрей; Куриян, Джон; Шах, Нил П. (5 мая 2012 г.). «Валидация мутаций ITD в FLT3 в качестве терапевтической мишени при остром миелоидном лейкозе человека» . Природа . 485 (7397): 260–263. Bibcode : 2012Natur.485..260S . DOI : 10.1038 / nature11016 . PMC 3390926 . PMID 22504184 .  
  53. ^ Карнейро, Маурисио О .; Расс, Карстен; Росс, Майкл Дж .; Габриэль, Стейси Б.; Нусбаум, Чад; ДеПристо, Марк А. (5 августа 2012 г.). «Технология секвенирования Pacific biosciences для генотипирования и обнаружения вариаций в человеческих данных» . BMC Genomics . 13 (1): 375. DOI : 10.1186 / 1471-2164-13-375 . PMC 3443046 . PMID 22863213 .  
  54. ^ Лумис, Эрик У .; Eid, John S .; Пелузо, Пол; Инь, июнь; Хики, Люк; Ранг, Дэвид; Маккалмон, Сара; Hagerman, Randi J .; Тассоне, Флора; Хагерман, Пол Дж. (11 октября 2012 г.). «Секвенирование несеквенируемых: аллели расширенных CGG-повторов гена ломкой Х» . Геномные исследования . 23 (1): 121–128. DOI : 10.1101 / gr.141705.112 . PMC 3530672 . PMID 23064752 - через genome.cshlp.org.  
  55. ^ «Биотехнологии (декабрь 2012)« Прямое секвенирование малых геномов на Pacific Biosciences RS без подготовки библиотеки » » . Архивировано из оригинала на 3 сен 2017.
  56. ^ Шарон, Дональд; Тилгнер, Хаген; Груберт, Фабиан; Снайдер, Майкл (5 ноября 2013 г.). "Одномолекулярный длинный обзор человеческого транскриптома" . Природа Биотехнологии . 31 (11): 1009–1014. DOI : 10.1038 / nbt.2705 . PMC 4075632 . PMID 24108091 .  
  57. ^ Труды Национальной академии ученых США (26 ноября 2013 г.) «Характеристика транскриптома ESC человека с помощью гибридного секвенирования»