Язык разметки системной биологии ( SBML ) — это формат представления, основанный на XML , для передачи и хранения вычислительных моделей биологических процессов. [1] Это бесплатный и открытый стандарт с широкой поддержкой программного обеспечения и сообществом пользователей и разработчиков. SBML может представлять множество различных классов биологических явлений , включая метаболические сети , клеточные сигнальные пути, регуляторные сети , инфекционные заболевания и многие другие. [2] [3] [4]Сегодня он был предложен в качестве стандарта для представления вычислительных моделей в системной биологии. [4]
В конце 1999 - начале 2000 года при финансовой поддержке Японской корпорации науки и технологий (JST) Хироаки Китано и Джон С. Дойл собрали небольшую группу исследователей для работы над улучшением инфраструктуры программного обеспечения для вычислительного моделирования в системной биологии . Хамид Болури был лидером группы разработчиков, в которую входили Эндрю Финни, Герберт Сауро и Майкл Хука. [5] Болури определил потребность в структуре, обеспечивающей взаимодействие и совместное использование различных программных систем моделирования для биологии, существовавших в конце 1990-х годов, и организовал неофициальный семинар в декабре 1999 года в Калифорнийском технологическом институте.обсудить дело. На этом семинаре присутствовали группы, ответственные за разработку DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim и The Virtual Cell. Отдельно, ранее в 1999 году, некоторые члены этих групп также обсуждали создание переносимого формата файлов для моделей метаболических сетей в группе BioThermoKinetics (BTK). [6] [7] Те же группы, которые посетили первый семинар Калифорнийского технологического института, снова встретились 28–29 апреля 2000 г. на первом из недавно созданной серии встреч под названием « Семинар по программным платформам для системной биологии» . [8] Во время второго семинара стало ясно, что общий формат представления моделибыл необходим для обеспечения обмена моделями между программными инструментами в рамках любой функционирующей инфраструктуры взаимодействия, и участники семинара решили, что формат должен быть закодирован в XML .
Команда Caltech ERATO разработала предложение для этого формата на основе XML и разослала проект определения участникам 2-го семинара по программным платформам для системной биологии в августе 2000 г. Этот проект широко обсуждался в списках рассылки и во время 2-го семинара по программному обеспечению. Платформы для системной биологии [9] , состоявшейся в Токио , Япония, в ноябре 2000 г. в качестве вспомогательного семинара конференции ICSB 2000. После дальнейших пересмотров, обсуждений и программных реализаций группа Калифорнийского технологического института выпустила спецификацию для SBML уровня 1, версия 1 в марте 2001 года.
SBML Level 2 был задуман на 5-м семинаре по программным платформам для системной биологии, состоявшемся в июле 2002 года в Университете Хартфордшира , Великобритания. [10] К этому времени было задействовано гораздо больше людей, чем первоначальная группа сотрудников SBML, и продолжающаяся эволюция SBML стала более масштабной работой сообщества, и многие новые инструменты были улучшены для поддержки SBML. Участники семинара 2002 года коллективно решили пересмотреть форму SBML на уровне 2. Первый проект спецификации уровня 2 версии 1 был выпущен в августе 2002 года, а окончательный набор функций был завершен в мае 2003 года на 7-м семинаре по программному обеспечению. Платформы для системной биологии в Ft. Лодердейл , Флорида.
Следующая итерация SBML заняла два года, отчасти потому, что разработчикам программного обеспечения потребовалось время, чтобы освоить и понять более крупный и сложный уровень 2 SBML. Неизбежное обнаружение ограничений и ошибок привело к разработке версии 2 SBML уровня 2, выпущенной в сентябре 2006 г. К этому времени команда редакторов SBML (которые согласовывают предложения об изменениях и пишут согласованный окончательный документ спецификации) изменилась и теперь состоит из Эндрю Финни, Майкла Хуки и Николя Ле Новера.