T-REX ( веб- сайт ) (Реконструкция дерева и ретикулограммы) [1] [2] — это свободно доступный веб -сервер , разработанный на кафедре компьютерных наук Университета Квебека в Монреале и предназначенный для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев . и филогенетические сети . Веб-сервер T-REX [1] [2] позволяет пользователям выполнять несколько популярных методов филогенетического анализа, а также некоторые новые филогенетические приложения для вывода, рисования и проверки филогенетических деревьев и сетей.
Доступны следующие методы вывода и проверки филогенетических деревьев с использованием расстояний: объединение соседей (NJ), крупномасштабное объединение соседей NINJA , BioNJ , UNJ, ADDTREE, MW, FITCH и реконструкция кругового порядка. Для максимальной экономии: DNAPARS, PROTPARS, PARS и DOLLOP, все они из пакета PHYLIP , а для максимальной вероятности: PhyML, [3] RAxML, [4] DNAML, DNAMLK, PROML и PROMLK, четыре последних метода из пакета PHYLIP .
Входные данные могут быть в трех следующих форматах: формат Newick , формат PHYLIP и формат FASTA . Все графические результаты, предоставляемые сервером T-REX, могут быть сохранены в формате SVG (Scalable Vector Graphics), а затем открыты и изменены (например, подготовлены для публикации или презентации) в предпочитаемом пользователем графическом редакторе.
Разработано приложение для рисования филогенетических деревьев, позволяющее сохранять их в формате Newick .
Доступны следующие методы реконструкции филогенетических деревьев по матрице расстояний, содержащей пропущенные значения, т. е. неполные матрицы: метод треугольников по Guénoche and Leclerc (2001), затем ультраметрическая процедура для оценки пропущенных значений по Landry, Lapointe and Kirsch (1996). NJ, аддитивная процедура для оценки пропущенных значений Landry, Lapointe and Kirsch (1996), за которой следует NJ, и модифицированный взвешенный метод наименьших квадратов (MW*) Makarenkov and Lapointe (2004). Метод MW* присваивает вес 1 существующим записям, вес 0,5 оценочным записям и вес 0, когда оценка записи была невозможна. Моделирование, описанное в (Макаренков и Лапойнт, 2004), показало, что метод MW* явно превосходит методы Треугольников, Ультраметрический и Аддитивный методы.
Полные и частичные методы обнаружения и проверки горизонтального переноса генов включены в сервер T-REX. Программа HGT-Detection [5] направлена на определение оптимального, т.е. минимально затратного, сценария горизонтального переноса генов при постепенном примирении заданных видов и генных деревьев.