ВикиПроект Генетика | (Класс B, средний уровень) |
---|---|
WikiProject Molecular Biology / Молекулярная и клеточная биология | (Класс B, средний уровень) |
---|---|
Disambig
Следует ли мне разместить здесь ссылку "не запутаться"? Этот пост может ввести в заблуждение относительно de novo варианта известного гена. Poeticfeelings ( разговор ) 17:20, 10 июня 2019 (UTC)
- @ Poeticfeelings : Вы имеете в виду мутации внутри популяции, вызывающие новые полиморфизмы, или открытие новых последовательностей генов путем секвенирования генома / транскриптома? Должен признаться, я не очень часто сталкиваюсь с термином «вариант de novo», но это может быть только я. Т.Шафи (Evo & Evo), доклад 12:13, 2 июля 2019 г. (UTC)
- Я думаю, здесь может быть полезно устранение неоднозначности. В клинической генетике практикующие врачи действительно говорят о мутациях de novo или вариантах de novo. - 19:56, 10 июля 2019 г. (UTC)
{{u|Mark viking}} {Talk}
- Ах, это имеет смысл, например, при генетическом заболевании в результате мутации зародышевой линии, а не по наследству. Есть ли раздел в уже существующей статье, на который можно было бы указать с помощью шаблона «не путать»? В настоящее время мутация De novo перенаправляется на Mutation # By_inheritance , но я чувствую, что это не совсем имеет смысла без указанной клинической значимости. Возможно, Germline_mutation # When_Mutagenesis_Occurs будет иметь больше смысла, хотя его нужно немного обновить, поскольку термин de novo muation просто появляется в начале, но ссылается на страницу мутации без него. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 00:13, 11 июля 2019 г. (UTC)
- Правильно, клинический de novo означает мутацию зародышевой линии. Я согласен с тем, что Germline_mutation - лучшая цель для мутации De novo . В моем понимании отведение немного яснее, чем раздел When_Mutagenesis_Occurs, и в последнем предложении упоминается клиническая значимость. В качестве быстрого определения этого термина может быть достаточно хорошо, но согласитесь, de novo также следует объяснять в тексте статьи. Идентификация клинической концепции de novo с мутацией зародышевой линии является обычным явлением, но это немного ложь, поскольку генетические тесты обычно проводятся на крови или слюне, а мутация в половых клетках просто предполагается. Проблематично, когда встречается мозаицизм . - 00:38, 11 июля 2019 г. (UTC)
{{u|Mark viking}} {Talk}
- Правильно, клинический de novo означает мутацию зародышевой линии. Я согласен с тем, что Germline_mutation - лучшая цель для мутации De novo . В моем понимании отведение немного яснее, чем раздел When_Mutagenesis_Occurs, и в последнем предложении упоминается клиническая значимость. В качестве быстрого определения этого термина может быть достаточно хорошо, но согласитесь, de novo также следует объяснять в тексте статьи. Идентификация клинической концепции de novo с мутацией зародышевой линии является обычным явлением, но это немного ложь, поскольку генетические тесты обычно проводятся на крови или слюне, а мутация в половых клетках просто предполагается. Проблематично, когда встречается мозаицизм . - 00:38, 11 июля 2019 г. (UTC)
- Ах, это имеет смысл, например, при генетическом заболевании в результате мутации зародышевой линии, а не по наследству. Есть ли раздел в уже существующей статье, на который можно было бы указать с помощью шаблона «не путать»? В настоящее время мутация De novo перенаправляется на Mutation # By_inheritance , но я чувствую, что это не совсем имеет смысла без указанной клинической значимости. Возможно, Germline_mutation # When_Mutagenesis_Occurs будет иметь больше смысла, хотя его нужно немного обновить, поскольку термин de novo muation просто появляется в начале, но ссылается на страницу мутации без него. Т.Шафи (Evo & Evo) выступление 00:13, 11 июля 2019 г. (UTC)
бесплатное использование создание вне вики
Согласно объяснению в Template: Did_you_know_nominations / De_novo_gene_birth эта статья была создана по адресу https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1008160 в соответствии с CC BY 4.0. - валери ( разговор ) 15:00, 10 июля 2019 г. (UTC)
Хорошая статья?
Думаю, это может быть хорошая статья 2001: EE0: 4141: 1832: 45DD: 112C: 3480: 9942 ( обсуждение ) 00:12, 12 июля 2019 г. (UTC)
Все еще слишком технический
Ведущему нужно четкое определение того, как действует ген de novo. 72.141.106.240 ( разговорное ) 15:12, 12 июля 2019 (UTC)
NPOV опасения
@ Joannamasel : очень ценится внимательное отношение к статье, но некоторые из внесенных ею правок, похоже, нарушают критерии NPOV Википедии. Д-р Мазел сама является создателем и основным сторонником модели предварительной адаптации и внесла некоторые правки, в которых эта модель представлена как факт, а не мнение. Основное различие между преадаптационной моделями и моделями протогена имеет по существу философский характер: модель преадаптации предполагает бинарный геном, состоящий исключительно из генных и негенных последовательностей, в то время как модель протогена предполагает, что геном является континуумом, причем ORF, находящиеся в спектре от негенных до генных. В литературе продолжаются дискуссии относительно этих двух моделей. Это правило обсуждения обсуждаемых тем в Википедии:
- Избегайте констатации серьезно оспариваемых утверждений как фактов. Если разные надежные источники делают противоречивые утверждения по какому-либо вопросу, рассматривайте эти утверждения как мнения, а не факты, и не представляйте их как прямые утверждения.
Хотя я не являюсь опытным википедистом, я стараюсь интерпретировать эти рекомендации и помочь сделать статью максимально полезной и сбалансированной. Поэтому я переписал некоторые из этих правок, чтобы включить противоположные точки зрения и лучше указать на отсутствие консенсуса по этим вопросам. В соответствии с руководящими принципами NPOV, я обычно избегал удаления правок и вместо этого изменял их или создавал на их основе; чтобы избежать нарушения политики WP: OR, я придерживался утверждений, которые напрямую поддерживаются данными ссылками. Если третья сторона с большим опытом работы с Википедией захочет подтвердить, что эти изменения были внесены правильно, это будет приветствоваться. - Предыдущий неподписанный комментарий добавлен Jogmiez ( обсуждение • вклад ) 17:28, 23 июля 2019 г. (UTC)
- Примечание: правки, упомянутые в приведенном выше комментарии, - это набор различий 1 (автор Joannamasel ) и набор изменений 2 (автор Jogmiez ). Я принимал участие в написании этой статьи в PLOS Genetics (в качестве редактора обработки), поэтому я буду избегать редактирования любых спорных формулировок, чтобы предотвратить любое возможное восприятие того, что PLOS пытается контролировать контент. Однако я могу помочь с общей ясностью, основываясь на достигнутом здесь консенсусе. T.Shafee (Evo и Evo) Обсуждение 2:45, 24 июля 2019 (UTC) - Исправленная на комментарий ниже. T.Shafee (Evo & Evo) выступление 03:02, 27 июля 2019 (UTC)
- Думаю, вы имели в виду набор различий 1 и набор различий 2 . Адриан Дж. Хантер ( обсуждение • вклад ) 11:34, 26 июля 2019 (UTC)
- Надеюсь, у нас будет возможность обменяться мнениями между двумя учеными, которые активно работают в этой области, и в результате текст будет как можно более нейтральным и гораздо более нейтральным, чем любая из сторон могла бы добиться в одиночку. Я думаю, что этот процесс может быть википедией в лучшем виде! Я согласен с тем, что везде, где есть разногласия в основной литературе, лучше всего высказать обе стороны, так что давайте действительно продолжим этот принцип. В некоторых случаях осторожного цитирования может быть достаточно, чтобы одно мнение утверждалось как большинство, а другое - как значительное меньшинство - мы увидим, но в любом случае обе стороны. Академические и личные поездки ограничивают мою способность вносить эти правки прямо сейчас, я попробую, но не уверен, насколько далеко я заеду, если я замолчу после этого, я в конце концов вернусь к этому. Джоаннамасель ( разговор ) 19:51, 25 июля 2019 (UTC)
Удален текст
Ниже приведен текст, который я удалил из статьи, потому что он был в неправильном разделе / месте, но это хорошая информация, и я добавлю эту информацию позже в правильном месте по мере переформатирования страницы.
текст из раздела распространенных выражений
Большинство негенных ORF, которые транслируются, по-видимому, эволюционируют нейтрально. Обе модели преадаптации и протогена предсказывают, однако, что экспрессия негенных ORF может иногда обеспечивать адаптивное преимущество для клетки. Дифференциальная трансляция протогенов в стрессовых условиях, а также обогащение рядом с протогенами сайтов связывания транскрипционных факторов, участвующих в регуляции стрессового ответа, поддерживают адаптивный потенциал протогенов. Кроме того, известно, что новые функциональные белки могут быть экспериментально получены из случайных аминокислотных последовательностей. Случайные последовательности обычно хорошо переносятся in vivo; многие из них легко образуют вторичные структуры, и даже сильно неупорядоченные белки могут играть важную биологическую роль. Повсеместный характер трансляции предполагает, что новые протогены возникают часто, обычно возвращаясь в негенное состояние. В популяциях диких S. paradoxus некоторые ORF с преувеличенными геноподобными особенностями обнаруживаются среди пула транслированных межгенных полипептидов. Неясно, сохраняются ли предпочтительно такие ORF.
текст из раздела истории
Несмотря на недавнюю эволюцию, все пять генов кажутся фиксированными у D. melanogaster , и наличие паралогичных некодирующих последовательностей, которые отсутствуют у близких родственников, предполагает, что четыре из пяти генов могли возникнуть в результате недавнего события внутрихромосомной дупликации. Интересно, что все пять преимущественно экспрессируются в семенниках самцов мух. Три гена, для которых существуют полные ORF как у D. melanogaster, так и у D. simulans, продемонстрировали свидетельства быстрой эволюции и положительного отбора. Это согласуется с недавним появлением этих генов, поскольку для молодых новых генов типично адаптивная эволюция, но также затрудняет полную уверенность в том, что кандидаты кодируют действительно функциональные продукты. Последующее исследование с использованием методов, аналогичных Levine et al. а библиотека экспрессируемых тегов последовательностей, полученная из семенников D. yakuba, идентифицировала семь генов, полученных из шести уникальных событий рождения гена de novo у D. yakuba и / или близкородственного D. erecta.
Другим хорошо охарактеризованным примером дрожжей является MDF1 , который как подавляет эффективность спаривания, так и способствует вегетативному росту, а также замысловато регулируется консервативной антисмысловой ORF. [1] [2]
Arich7 ( разговор ) 22:05, 5 апреля 2021 (UTC)
- ^ Ли Д., Дун И, Цзян И, Цзян Х, Цай Дж, Ван В. (апрель 2010 г.). «Ген, возникший de novo, подавляет путь спаривания у почкующихся дрожжей и подавляется белком, кодируемым его антисмысловой цепью» . Клеточные исследования . 20 (4): 408–20. DOI : 10.1038 / cr.2010.31 . PMID 20195295 .
- ^ Ли Д., Янь З., Лу Л., Цзян Х., Ван В. (декабрь 2014 г.). «Плейотропия гена MDF1, возникшего de novo» . Научные отчеты . 4 : 7280. Bibcode : 2014NatSR ... 4E7280L . DOI : 10.1038 / srep07280 . PMC 4250933 . PMID 25452167 .