Tinker , стилизованный под TINKER , представляет собой компьютерное программное приложение для моделирования молекулярной динамики с полным и общим пакетом для молекулярной механики и молекулярной динамики , с некоторыми особенностями для биополимеров . Ядром пакета является модульный набор вызываемых подпрограмм, которые позволяют манипулировать координатами и оценивать потенциальную энергию и производные с помощью простых средств.
Автор (ы) оригинала | Джей Пондер, Пенгю Рен, Жан-Филипп Пикемаль |
---|---|
Разработчики) | Лаборатория Джея Пондера, химический факультет Вашингтонского университета в Сент-Луисе ; Pengyu Ren Lab, Департамент биомедицинской инженерии, Техасский университет в Остине ; Жан-Филип Пикемаль, Университет Сорбонны , |
Первый выпуск | 8 сентября 2004 г . |
Стабильный выпуск | 8.1.2 / 17 февраля 2017 г . |
Написано в | Fortran 95 , CUDA , OpenMP и параллельный MPI |
Операционная система | Windows , OS X , Linux , Unix |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярная динамика |
Лицензия | Проприетарное бесплатное ПО [1] |
Веб-сайт | tinkertools |
Tinker работает в Windows , OS X , Linux и Unix . Исходный код доступен бесплатно по ограниченной лицензии. Код написан в портативном FORTRAN 77 , FORTRAN 95 или CUDA с общими расширениями, и некоторые C .
Основными разработчиками являются: 1) лаборатория Джея Пондера на химическом факультете Вашингтонского университета в Сент-Луисе , Сент-Луис , Миссури . Заведующий лабораторией Пондер - профессор химии (основное назначение), биохимии и молекулярной биофизики, а также биомедицинской инженерии; 2) лаборатория Pengyu Ren на факультете биомедицинской инженерии Техасского университета в Остине , Остин , Техас . Заведующий лабораторией Рен - профессор биомедицинской инженерии; 3) Исследовательская группа Жана-Филипа Пикемаля в Лаборатории химии Теорика, факультет химии, Университет Сорбонны , Париж . Руководитель исследовательской группы Пикемал - профессор теоретической химии.
Функции
Пакет Tinker основан на 3 кодах: i) канонический Tinker (версия 8.); ii) пакет Tinker-OpenMM для использования Tinker с GPus ; iii) пакет Tinker-HP для массово-параллельных приложений MPI на CPus и GPU . Компания Tinker-HP получила премию Атоса-Джозефа Фурье 2018 года в области высокопроизводительных вычислений.
Предоставляются программы для выполнения многих функций, в том числе:
- минимизация энергии по декартовым координатам , крутильным углам или твердым телам с помощью сопряженного градиента, переменной метрики или усеченного метода Ньютона
- молекулярная, стохастическая динамика и динамика твердого тела с периодическими границами и контролем температуры и давления
- вибрационный анализ в нормальном режиме
- дистанционная геометрия, включая эффективную случайную попарную метризацию
- построение структур белков и нуклеиновых кислот из последовательности
- имитация отжига с различными протоколами охлаждения
- анализ и разбивка одноточечных потенциальных энергий
- проверка аналитических производных стандартных и определяемых пользователем потенциалов
- расположение переходного состояния между двумя минимумами
- поиск поверхности с полной энергией с помощью метода сканирования конформации
- расчет свободной энергии с помощью возмущения свободной энергии или анализа взвешенной гистограммы
- подгонка параметров межмолекулярного потенциала к структурным и термодинамическим данным
- глобальная оптимизация с помощью сглаживания энергетической поверхности, включая метод потенциального сглаживания и поиска (PSS)
Смотрите также
- Список программ для молекулярного моделирования методом Монте-Карло
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Молекулярная динамика
- Молекулярная геометрия
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Сравнение реализаций силового поля
- Складной @ дома
Рекомендации
- Лагардер, Луи; Веселый, Люк-Анри; Липпарини, Филиппо; Авиат, Феликс; Штамм, Бенджамин; Цзин, Чжифэн Ф .; Харгер, Мэтью; Торабифард, Хеди; Сиснерос, Андрес; Шнидерс, Майкл; Греш, Ноад; Мадай, Ивон; Рен, Пэнъю; Подумай, Джей; Пикемаль, Жан-Филипп (2018). "Tinker-HP: Пакет массовой параллельной молекулярной динамики для многомасштабного моделирования больших сложных систем с расширенными точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями" . Химическая наука . 9 (4): 956–972. DOI : 10.1039 / C7SC04531J . PMC 5909332 . PMID 29732110 .
- Харгер, Мэтью; Ли, Даниэль; Ван, Чжи; Далби, Кевин; Лагардер, Луи; Пикемаль, Жан-Филипп; Думай, Джей У .; Рен, Пэнъю (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах» . Журнал вычислительной химии . 38 (23): 2047–2055. DOI : 10.1002 / jcc.24853 . PMC 5539969 . PMID 28600826 .
- Рен, Пэнъю; Вдумайтесь, Джей У. (2003). "Поляризуемая атомная многополюсная модель воды для моделирования молекулярной механики". Журнал физической химии B . 107 (24): 5933–5947. DOI : 10.1021 / jp027815 + .
- Pappu, Rohit V .; Hart, Reece K .; Вдумайтесь, Джей У. (1998). «Анализ и применение методов сглаживания потенциальной энергии и поиска для глобальной оптимизации». Журнал физической химии B . 102 (48): 9725. DOI : 10.1021 / jp982255t .
- Конг, Йонг; Вдумайтесь, Джей У. (1997). «Расчет поля реакции из-за смещенных от центра точечных мультиполей». Журнал химической физики . 107 (2): 481. Bibcode : 1997JChPh.107..481K . DOI : 10.1063 / 1.474409 .
- Дудек, Майкл Дж .; Вдумайтесь, Джей У. (1995). «Точное моделирование внутримолекулярной электростатической энергии белков». Журнал вычислительной химии . 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823 . DOI : 10.1002 / jcc.540160702 .
- Kundrot, Craig E .; Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1991). «Алгоритмы расчета исключенного объема и его производных как функции молекулярной конформации и их использование для минимизации энергии». Журнал вычислительной химии . 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419 . DOI : 10.1002 / jcc.540120314 .
- Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1987). «Эффективный ньютоноподобный метод молекулярной механики минимизации энергии больших молекул». Журнал вычислительной химии . 8 (7): 1016. DOI : 10.1002 / jcc.540080710 .
Лицензия
- ^ Лицензия мастера
Внешние ссылки
- Официальный веб-сайт
- Тинкер в Твиттере