Toponomics дисциплина в системной биологии , молекулярной клеточной биологии и гистологии в отношении изучения toponome организмов. [1] [2] Это область исследований, целью которой является декодирование полного топонома здоровья и болезней (проект по человеческому топоному) [3], что является следующей большой проблемой в биотехнологии человека после расшифровки генома человека. [3] [4]
Toponome представляет собой пространственный сетевой код белков и других биомолекул в морфологический интактных клетках и тканях. [2] [5]
Пространственная организация биомолекул в клетках выявляется непосредственно с помощью циклерной микроскопии изображений с неограниченным по параметрам и размерам функциональным разрешением. Результирующие топономные структуры имеют иерархическую организацию и могут быть описаны трехсимвольным кодом. [1] [5] [6] [7]
Этимология
Термины « топоном» и « топономика» были введены в 2003 году Вальтером Шубертом на основе наблюдений с помощью циклических микроскопов с визуализацией изображений (ICM) . [1]
Toponome происходит от древнегреческих существительных topos (τόπος, «место, положение») и « nomos » (νόμος, «закон»). Следовательно, топономика - это описательный термин, относящийся к тому факту, что пространственная сеть биомолекул в клетках следует топологическим правилам, позволяющим координировать действия. [1]
Рекомендации
- ^ а б в г Шуберт, W (2003). Топологическая протеомика, топономика, MELK-Technology . Достижения в области биохимической инженерии / биотехнологии . 83 . С. 189–209. DOI : 10.1007 / 3-540-36459-5_8 . ISBN 978-3-540-00546-9. PMID 12934931 .
- ^ а б Шуберт, W (2013). «Топономика». «Топономика» у Дубицкого, Волькенхауэра, Чо, Йокота. Энциклопедия системной биологии . Springer Нью-Йорк. С. 2191–2212. DOI : 10.1007 / 978-1-4419-9863-7_631 . ISBN 978-1-4419-9862-0.
- ^ а б Коттингем, Кэти (май 2008 г.). "Human Toponome Project | Human Proteinpedia открыта для (бесплатного) бизнеса" . Журнал протеомных исследований . 7 (5): 1806. DOI : 10.1021 / pr083701k .
- ^ Abott, A (12 октября 2006 г.). « « Отображение единства »(выделение исследования со ссылкой на Шуберта и др., 2006 г.)» . Природа . 443 (7112): 608–609. Bibcode : 2006Natur.443..608. . DOI : 10.1038 / 443608a .
- ^ а б Шуберт, Вальтер; Боннекох, Бернд; Поммер, Ансгар Дж; Филипсен, Ларс; Бёкельманн, Райк; Малых, Янина; Голлник, Харальд; Фриденбергер, Мануэла; Боде, Маркус; Платье, Андреас В.М. (1 октября 2006 г.). «Анализ топологии и функции протеома с помощью автоматизированной многомерной флуоресцентной микроскопии». Природа Биотехнологии . 24 (10): 1270–1278. DOI : 10.1038 / nbt1250 . PMID 17013374 . S2CID 30436820 .
- ^ Шуберт, Вальтер (июнь 2007 г.). «Трехсимвольный код для организованных протеомов, основанный на циклической визуализации расположения белков» . Цитометрии Часть A . 71A (6): 352–360. DOI : 10.1002 / cyto.a.20281 . PMID 17326231 . S2CID 3132423 .
- ^ Шуберт, В. «Прямая пространственная визуализация случайно больших супермолекул с использованием неограниченной TIS-микроскопии с циклической визуализацией» (PDF) . Международная конференция по микроскопии 2013 . Проверено 23 сентября 2013 .