 | Эта статья требует дополнительных ссылок для проверки . ( сентябрь 2014 г. ) ( Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения ) |
Трансмембранный домен , как правило , обозначает трансмембранный сегмент одной альфа - спирали в виде трансмембранного белка . [1] В более широком смысле, трансмембранный домен - это любой мембранный домен белка .
Идентификация трансмембранных спиралей [ править ]
Трансмембранные спирали видны в структурах мембранных белков, определяемых дифракцией рентгеновских лучей . Их также можно предсказать на основе шкал гидрофобности . Поскольку внутренняя часть бислоя и внутренняя часть большинства белков известной структуры являются гидрофобными , предполагается, что от аминокислот, которые покрывают мембрану, требуется, чтобы они также были гидрофобными. Однако мембранные насосы и ионные каналы также содержат многочисленные заряженные и полярные остатки внутри неполярных трансмембранных сегментов.
Использование анализа гидрофобности для предсказания трансмембранных спиралей позволяет, в свою очередь, предсказывать «трансмембранную топологию» белка; то есть предсказание того, какие ее части выступают в клетку, какие выступают наружу и сколько раз белковая цепь пересекает мембрану.
Трансмембранные спирали также можно идентифицировать in silico с помощью биоинформатического инструмента TMHMM . [2]
Примеры [ править ]
- Тетраспанины имеют 4 консервативных трансмембранных домена.
- Белки o ( mlo ) локуса плесени имеют 7 консервативных трансмембранных доменов, которые кодируют альфа-спирали. [3]
Ссылки [ править ]
- ^ Хейли Дж. Шарп; Тим Дж. Стивенс; Шон Манро (9 июля 2010 г.). «Всестороннее сравнение трансмембранных доменов выявляет специфические свойства органелл» . Cell . 142 (1): 158–169. DOI : 10.1016 / j.cell.2010.05.037 . PMC 2928124 . PMID 20603021 .
- ^ Крог, Андерс; Ларссон, Бьорн; фон Хейне, Гуннар; Зоннхаммер, Эрик Л.Л. «Прогнозирование топологии трансмембранного белка с помощью скрытой модели Маркова: приложение для полных геномов11 Под редакцией Ф. Коэна» . Журнал молекулярной биологии . 305 (3): 567–580. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.4315 .
- ^ Devoto, Алессандра; Хартманн, Х. Андреас; Пиффанелли, Пьетро; Эллиотт, Кэндис; Симмонс, Карл; Тарамино, Грациана; Го, Черн-Синг; Коэн, Фред Э .; Emerson, Brent C .; Шульце-Леферт, Пауль; Панструга, Ральф (январь 2003 г.). "Молекулярная филогения и эволюция семи трансмембранного семейства MLO растений" . Журнал молекулярной эволюции . 56 (1): 77–88. DOI : 10.1007 / s00239-002-2382-5 . ISSN 0022-2844 .
