Он был младшим братом Ричарда Аллейна , родившегося в Дитчите , Сомерсет , в 1613–1614 годах. Как и во всей этой семье, он получил первое образование под руководством собственного отца. Он поступил в Оксфордский университет и, как и Ричард, поступил в Сент-Олбан-Холл . Он получил степени бакалавра и магистра. По окончании университета он стал частным капелланом в «благородном доме» (лорд Дигби?) в Лондоне.
В начале Первой гражданской войны в Англии Аллейн жил в Ильчестере , «консультируясь с великими офицерами». За письма к ним он «был объявлен кавалерами предателем в трех торговых городах». Он, в свою очередь, считал их предателями королевства. Его неоднократно грабили и жестоко обращались. Побеги на волосок от его жизни запомнились надолго.
Переехав в Бристоль , Аллейн подвергся там жестокому обращению. В «Комиссию» 1650 года он внесен как «Уильям Аллен, ученый, ортодоксальный, способный богослов, нынешний президент». В 1653 году он получил такое же обозначение. Когда был принят Акт о единообразии , викарий Бландфорда не колебался. Прихожане относились к нему с величайшим почтением, и он «горячо любил» их. Но он «свободно оставил свой заработок» и «служил нескольким людям частным образом». Через несколько лет после изгнания он снова поселился в Бристоле, где продолжал свое служение со все возрастающим признанием. Оттуда он отправился в Йовил , в свое родное графство Сомерсет. Там он умер в октябре 1677 года в возрасте 63 лет.
Аллейн опубликовал две книги о Тысячелетии , а после его смерти были напечатаны Шесть бесед о неисследимых богатствах Христа .