Образует муниципальное образование Кардоникское сельское поселение как единственный населённый пункт в его составе[6].
Станица Кардоникская расположена в 6 км к востоку от районного центра станицы Зеленчукской. Через Кардоникскую протекают две реки — Аксаут и её правый приток река Кардоник, одноимённая с названием станицы. Основная часть поселения расположена в междуречье Аксаута и Кардоника, крупный микрорайон находится на левом берегу Аксаута, на восточном берегу Кардоника — лишь одна улица. Несколько западнее окраин станицы на север параллельно Аксауту течёт Маруха. Севернее Кардоникской, сливаясь вместе, Аксаут и Маруха образуют Малый Зеленчук (междуречье рек недалеко от их слияния носит название «урочище Клин»).
Юго-западнее, южнее, юго-восточнее и восточнее станицы располагаются гидротехнические сооружения Зеленчукской ГЭС-ГАЭС, по которым осуществляется переброска вод Большого Зеленчука, Марухи и Аксаута в Кубань. Это туннель от реки Хуса-Кардоникской до Марухи, гидроузел на Марухе, туннель до Аксаута, гидроузел на Аксауте, канал Аксаут—Кардоник, дюкер через Кардоник, канал, дюкер и ещё один канал перед бассейном суточного регулирования, расположенным на плато на левом берегу Кубани к востоку от Кардоникской.
Станица находится в низменной котловине. Определённое повышение рельефа имеется западнее, по направлению к Зеленчукской, стоящей в долине Большого Зеленчука. На востоке относительно плавное, с перепадами, повышение рельефа (балка Барановская, урочище Цецарское) переходит в вышеупомянутое плато, достаточно резко, в том числе со скалистыми участками, обрывающееся над долиной Кубани. На юго-западе, юге и юго-востоке котловина ограничивается умеренно лесистыми предгорьями, которые разделяют речные долины Хуса-Кардоникской и Большого Зеленчука, Марухи, Аксаута, Кардоника. Преобладающая растительность в предгорьях — ольха и берёза. Ближайшие крупные вершины указанных предгорий: в междуречье Марухи и Хуса-Кардоникской — бугор Романов (1054,1) и возвышающаяся над урочищем Башлык гора 1089,5 м; в междуречье Марухи и Аксаута — гора Шахан (1158,9 м); в междуречье Аксаута и Кардоника — вершина 1126,3 м.
Северо-западнее и северо-восточнее долину Малого Зеленчука обжимают, образуя северную границу котловины, безлесные участки Скалистого хребта. Ближайшие к станице склоны хребта на левом берегу Марухи в районе её слияния с Аксаутом именуются урочищем Камышовым. На северо-востоке от Кардоникской несколько более низких отрогов Скалистого хребта образуют урочище Гора Длинная (1055,1 м), бугор Острый (1029,8 м), гора Чирячек (1239 м) и гора Бикет (1116,1 м), над которыми господствует гора Джангур (1560,2 м) — наивысшая точка хребта между долинами Малого Зеленчука и Кубани.