Концлагерь представлял собой систему, состоящую из центрального лагеря и 49 филиалов, разбросанных по всей территории бывшей Австрии (Остмарка).
Самые известные филиалы Маутхаузена: Гузен (самый большой близнец, находился в пяти километрах от центрального лагеря, известен также как Маутхаузен-Гузен (нем. Mauthausen-Gusen); Эбензе; Мельк.
Заключённые лагеря сформировали Интернациональный подпольный комитет, который успешно проявил себя в последние дни существования лагеря[1].
7 августа 1938 года заключённые из концентрационного лагеря Дахау были отправлены на строительство нового лагеря в город Маутхаузен близ Линца в Австрии. Расположение лагеря было выбрано исходя из близости к транспортному узлу Линца и малой заселённости места.
Концлагерь Маутхаузен был определён как штрафной лагерь в системе концлагерей Германии и изначально использовался как место заключения тех уголовных преступников, которые считались неисправимыми, но с 8 мая 1939 он был определён также и как место содержания особо опасных для режима политических заключённых.
Лагерь с самого начала создавался как германский государственный объект, основан он был частной компанией в виде хозяйственного предприятия. Владельцем каменоломен в районе Маутхаузена (каменоломни Марбахер-Брух и Беттельберг) была компания DEST (акроним полного наименования Deutsche Erd- und Steinwerke GmbH), во главе которой находился Освальд Поль, который был также крупным чином в СС. Компания, выкупив каменоломни у городских властей Вены, начала строительство лагеря Маутхаузен. Гранит, который добывался в каменоломнях, ранее использовался только для мощения улиц Вены и других австрийских городов. Однако архитектурная концепция перестройки многих городов Германии требовала значительных количеств гранита. С осени 1938 года DEST также приступила к добыче гранита в карьерах Гузена, открыв там сеть концлагерей — филиалов Маутхаузена. Средства для строительства лагеря собирались из различных источников, среди которых были коммерческие кредиты от Дрезднер-Банка и пражского Эскомпте-Банка, так называемый Фонд Рейнхардта (который представлял средства, конфискованные у жертв концентрационных лагерей), а также германского Красного Креста. Глава компании DEST и нескольких других компаний Освальд Поль, как крупный чиновник СС, руководил и был распорядителем финансов в различных нацистских организациях, кроме того, был директором германского Красного Креста. В 1938 году он перевёл 8 миллионов рейхсмарок из суммы членских взносов Красного Креста на один из счетов СС, которые затем были пожертвованы в DEST в 1939.