Медицинский факультет Императорского Дерптского университета — один из факультетов открытого в 1802 году Императорского Дерптского университета.
По Уставу университета 1802 года медицинский факультет был открыт в составе четырёх кафедр и одной прозектуры:
В 1802 году на факультете обучались шесть человек (Шервинский, Шульц, Бахман, Коссар, Петерсон, Шётлер), а занятия вели два профессора: Мартин Эрнст Стикс и Даниил Георг Балк.
В 1804 году К. Ф. Дейч основал университетскую поликлинику и ввёл поликлиническое преподавание. В период 1804—1806 годов были открыты терапевтическая, хирургическая и акушерская клиники; в них в 1807 году лечились около 100 человек. Таким образом из шести кафедр три были практическими и три теоретическими.
В 1819 году при факультете был создан институт для казённокоштных студентов (до 40 человек), назначением которого была подготовка военных врачей.
С 1828 года (по 1839) при Дерптском университете действовал Профессорский институт, где в числе прочих преподавались медицинские науки. В составе первой группы в нём учились: П. Корнух-Троцкий (физиология), Г. Сокольский (патология и терапия), Н. Пирогов (повивальное искусство и хирургия), Н. Скандовский (терапия, клиника и патология), Ф. Иноземцев (хирургия и анатомия), А. Филомафитский (физиология и анатомия), Шрамков (анатомия и фармакология); во второй группе — И. Варвинский (терапия).