Виленский Свято-Духов монастырь (лит. Vilniaus Šventos Dvasios vienuolynas) — единственный мужской монастырь Виленской и Литовской епархии Русской православной церкви в городе Вильнюсе в Литве.
Свято-Троицкое братство ещё в 1588 году получило от константинопольского патриарха Иеремии II права ставропигии (что означало непосредственное подчинение константинопольскому патриарху, независимость от местной церковной власти и особые привилегии). Эти права перешли к Свято-Духову монастырю. Монастырский общежительный устав был принят в 1614 году. Первым настоятелем стал архимандрит Леонтий Карпович. Его преемником был архиепископ Полоцкий Мелетий Смотрицкий. В 1629—1633 годах наместником монастыря был Иосиф (Бобрикович), впоследствии епископ Мстиславский и Могилевский. При Свято-Духовом монастыре действовало братское училище — коллегия. Она состояла из пяти классов. В ней преподавались те же предметы, что и в виленской иезуитской академии. Первым ректором братского училища был первый настоятель Свято-Духова монастыря Леонтий Карпович. Здесь преподавал известный Кирилл Лукарис, ставший впоследствии константинопольским патриархом.
Типография при монастыре прекратила деятельность в 1648 году. После пожара 1749 года, когда пострадали здания коллегии, прекратилась и деятельность учебного заведения.
Из стен Свято-Духова монастыря выходили православные епископы Литвы и Белоруссии, выдающиеся церковные деятели. После раздела Речи Посполитой Свято-Духов монастырь и храм перешли в ведение управляющих Минской епархии. В 1797 году Свято-Духов монастырь был возведён во второй класс. Стараниями архимандрита Иоиля Котовича монастырь в 1833 году был возведён в первоклассный с ежегодным финансированием из казны в 4176 рублей[1]. После восстановления в 1840 году православной Виленской и Литовской епархии и переводом епископской резиденции в 1845 году в Вильну настоятелями монастыря становятся Виленские архипастыри; непосредственное руководство братией осуществляли их наместники. Первым таким настоятелем был архиепископ, затем митрополит Иосиф (Семашко) (похоронен в Свято-Духовской церкви). При Иосифе (Семашко) в обители жили пятеро монашествующих. При архимандрите Платоне (Городецком), в 1838—1839 годах служившем в Костроме, в монастыре поселилось несколько иноков костромских монастырей. В 1840 году насчитывалось пятнадцать человек[1], сейчас — двенадцать[2].
В 1960 году по решению местных властей был закрыт Виленский женский Марие-Магдалининский монастырь, а его постройки конфискованы. Игумения и 27 сестёр монастыря были размещены в одном из корпусов Свято-Духова монастыря.
В 2015 году сёстры Марие-Магдалининского монастыря были переведены в помещения, расположенные при храме святого Александра Невского в Вильнюсе[3].