Согласно летописным свидетельствам, история рода этой фамилии восходит к XVII веку и начинается от крестившегося в 1654 году, с именем Павла, еврея Шафира[1][2][3].
Сын родоначальника Павел Павлович был переводчиком Посольского приказа, а внук Пётр Павлович Шафиров — известный государственный деятель в первой четверти XVIII века, которому в 1710 году было пожаловано императором Петром I Великим баронское достоинство, снятое им же 15 февраля 1723 года, но вновь возвращенное Екатериной I в феврале 1726 года[1][4]. Тётка Петра Павловича была замужем за крещёным евреем Веселовским[3].
Его единственный сын — Исай[5]. Внуки Петра Павловича умерли, не оставив потомства и с их кончиной угас и баронский род Шафировых[1][2].