Разряд был образован на базе колонии енисейских казаков, которые достигли средней Лены и принялись собирать ясак с местных жителей. Административным центром разряда стал основанный Петром Бекетовым в 1632 году Ленский острог (впоследствии Якутск). Ленский разряд стал плацдармом для освоения Россией территорий Дальнего Востока. Семён Дежнёв осваивает Чукотку, Владимир Атласов — Камчатку.
В 1665 году толпа вольницы, предводительствуемая Никитой Черниговским, убила в Киренске якутского воеводу Лаврентия Обухова. Боясь наказания, Черниговский с некоторыми из своей шайки бежал на Амур и поселился в Албазине, который после разгрома Степанова был пуст, как почти и все русские остроги, основанные по Амуру Хабаровым и Степановым. Албазин был тогда главным пунктом на Амуре[1].
Воеводство в период своего наибольшего расширения охватывало бассейн реки Лены, включало в себя побережье Охотского моря, Чукотский полуостров, Камчатку и, временно, Забайкалье[3]. Северной границей было Студёное море, южной — Становой хребет, поскольку экспедиция в Приамурье Пояркова (1643—1646) не достигла поставленных целей.
Главой разряда был назначаемый из центра воевода, который осуществлял свою власть через приказчиков и якутских казаков, которые сидели по острогам и совершали исследовательские, завоевательные или карательные экспедиции небольшими ватагами во главе с пятидесятниками. Духовная власть осуществлялась через религию. В административном центре разряда имелись деревянные православные храмы и Спасский мужской монастырь[4].