Enter the Matrix — первая видеоигра, основанная на киновселенной «Матрица». Игра разработана Shiny Entertainment и выпущена Atari и Warner Bros. Interactive Entertainment в 2003 году для PlayStation 2, Xbox, Nintendo GameCube и Windows.
Действие игры протекает одновременно с сюжетом фильмов «Матрица: Перезагрузка» и «Аниматрица», начинаясь по хронологии сразу после фильма «Последний полёт Осириса».
Игра начинается с того, что капитан корабля «Логос» Ниобе и её первый помощник по прозвищу Призрак получают сообщение, оставленное экипажем погибшего корабля «Осирис». Выйдя из Матрицы, они выясняют, что в сообщении говорится о том, что машины начали рыть туннели к подземному городу людей Зиону. Теперь Ниобе и Призраку необходимо собрать капитанов остальных кораблей для того, чтобы вернуть их в Зион для организации обороны.
Во время встречи капитанов здание, в котором происходит встреча, атакована агентами Матрицы. Ниобе и Призрак помогают остальным бежать, после чего находят Мастера ключей, программу, которая может получить доступ к любому месту Матрицы. Он даёт им ключ, который предназначался Нео. Однако ключ выкрадывают приспешники Меровингена, старейшей программы Матрицы. Меровинген уничтожает его, и Мастер ключей понимает, что для ключа Избранного ещё не настало время.
Ниобе вызывается разыскать и вернуть возглавляемый Морфеусом «Навуходоносор», единственный корабль, который ещё не вернулся в Зион. Обнаружив в Матрице членов команды «Навуходоносора», напарники помогают им покинуть Матрицу, а после соглашаются поучаствовать в операции по уничтожению электростанции.
Некоторое время спустя, уже находясь в реальном мире, «Логос» принимает звонок от Серафа: Пифия просит встречи с Ниобе и Призраком. Напарники вновь подключаются к Матрице. Дальнейшее продвижение по сюжету зависит от того, сумеет ли игрок победить Серафа в поединке. Если это удастся, то после разговора Ниобе и Призрака с Пифией появляется агент Смит и с помощью своих копий преследует напарников. Если же игрок проигрывает Серафу в поединке, уровни с уходом от погони в лице копий Смита будут пропущены.