Берёт начало на Ижорской возвышенности из родника у деревни Скворицы Гатчинского района. Протекает по Приневской низине по территории Гатчинского, Тосненского районов Ленинградской области и Колпинского района Санкт-Петербурга. Река относится к водоемам второй категории водопользования[3], то есть объект культурно-бытового назначения.
Название — от финно-угорской народности ижора[4], раньше населявшей эти места. Также есть версия происхождения гидронима от фин. Inkeri — «извилистая», преобразовавшегося в древнерусское «Ижера»[5].
В XIII—XV веках земли в бассейне Ижоры входили в состав Ижорского погоста Водской пятины Новгородской республики.
15 июля 1240 года со сравнительно небольшой дружиной новгородцев и ладожан Александр Невский застал врасплох шведов, когда они при устье Ижоры остановились лагерем для отдыха, и нанёс им полное поражение.[источник не указан 120 дней]
В 1500 году по данным Писцовой книги на Ижоре располагалось 62 селения. В начале XVII века земли захвачены Швецией, на картах которой Ижора обозначалась как Ingris (Ischora)[6]. Возвращены России в ходе Северной войны 1700—1721 годов.
В начале XVIII века на Ижоре были сооружены многочисленные плотины, собиравшие воду для «пильных мельниц», положивших начало Ижорским заводам и современному Колпино (сохранились каменная плотина начала XIX века. В начале XIX века очень сильно изменились гидротехнические сооружения на реке в Колпино. Произведены работы по углублению и очистке дна Ижоры, поперёк реки построена новая большая плотина (фактически — дамба с водопропускной системой в центре), прорыт левобережный Полукруглый канал и новый — Прямой (строительство завершилось в 1809 году, ныне Комсомольский) с плотиной в конце, для отвода избыточных паводковых вод.[источник не указан 120 дней]