28S рибосомная РНК является структурной рибосомной РНК (рРНК) большой субъединицы (LSU) эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одним из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда и название 25S – 28S рРНК . [1]
В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне, это эукариотический ядерный гомолог прокариотической 23S и митохондриальной 16S рибосомной РНК. [2] [3] [4]
Использование в филогении
Гены, кодирующие 28S рРНК, называют 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев , например, у простейших , [5] грибов , [6] насекомых , [7] тихоходок , [8] и позвоночных . [9] [10]
Состав
28S рРНК обычно имеет длину 4000-5000 нуклеотидов. [11]
Некоторые эукариоты расщепляют 28S рРНК на две части перед сборкой обеих в рибосому, явление, названное «скрытым разрывом». [11]
Базы данных
Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для целей сравнения :
Рекомендации
- ^ Лодиш, Харви Ф .; Дарнелл, Джеймс Э. (1995-01-01). Молекулярная клеточная биология . Книги Scientific American. ISBN 978-0-7167-2380-6. OCLC 30783343 .
- ^ Eperon, IC; Андерсон, С .; Нирлих, Д.П. (1980-07-31). «Отличительная последовательность генов митохондриальных рибосомных РНК человека». Природа . 286 (5772): 460–467. DOI : 10.1038 / 286460a0 . PMID 6157106 .
- ^ Дорис, Стивен М .; Smith, Deborah R .; Beamesderfer, Julia N .; Рафаэль, Бенджамин Дж .; Натансон, Джудит А .; Герби, Сьюзан А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и доменно-специфические последовательности в 23S – 28S рибосомной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики» . РНК . 21 (10): 1719–1730. DOI : 10,1261 / rna.051144.115 .
- ^ Лафонтен, DLJ; Толлервей, Д. (2001). «Функция и синтез рибосом». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 2 (7): 514–520. DOI : 10.1038 / 35080045 . hdl : 1842/729 . PMID 11433365 .
- ^ Baroin, A .; Perasso, R .; Qu, LH; Brugerolle, G .; Bachellerie, JP; Адуте, А. (1988-05-01). «Частичная филогения одноклеточных эукариот на основе быстрого секвенирования части 28S рибосомной РНК» . Труды Национальной академии наук . 85 (10): 3474–3478. DOI : 10.1073 / pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMC 280234 . PMID 3368456 .
- ^ Джеймс, Тимоти Й .; Кауфф, Франк; Schoch, Conrad L .; Матени, П. Брэндон; Хофштеттер, Валери; Кокс, Саймон Дж .; Селио, Гейл; Гейдан, Сесиль; Фрейкер, Эмили (2006). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении с шестью генами». Природа . 443 (7113): 818–822. DOI : 10,1038 / природа05110 . PMID 17051209 .
- ^ Уайтинг, Майкл Ф .; Карпентер, Джеймс С.; Уиллер, Квентин Д.; Уилер, Уорд К. (1 марта 1997 г.). "Проблема Strepsiptera: филогения порядков голометаболических насекомых, полученных на основе последовательностей и морфологии рибосомных ДНК 18S и 28S". Систематическая биология . 46 (1): 1–68. DOI : 10.1093 / sysbio / 46.1.1 . ISSN 1063-5157 . PMID 11975347 .
- ^ Йоргенсен, Аслак; Faurby, Søren; Hansen, Jesper G .; Мёбьерг, Надя; Кристенсен, Райнхардт М. (01.03.2010). «Молекулярная филогения Arthrotardigrada (Tardigrada)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (3): 1006–1015. DOI : 10.1016 / j.ympev.2009.10.006 . PMID 19822216 .
- ^ Ле, Хок Лан Ван; Лекуантр, Гийом; Перассо, Роланд (1993-03-01). «Филогения на основе 28S рРНК гнатостомов: первые шаги в анализе конфликта и соответствия с морфологически обоснованными кладограммами». Молекулярная филогенетика и эволюция . 2 (1): 31–51. DOI : 10.1006 / mpev.1993.1005 . PMID 8081546 .
- ^ Маллатт, Джон; Салливан, Джек (декабрь 1998 г.). «Последовательности 28S и 18S рДНК поддерживают монофилию миног и миксин» . Молекулярная биология и эволюция . 15 (12): 1706–1718. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID 9866205 .
- ^ а б Нацидис, Пасхалис; Schiffer, Philipp H .; Сальвадор-Мартинес, Ирепан; Телфорд, Максимилиан Дж. (Декабрь 2019 г.). «Вычислительное открытие скрытых разрывов в 28S рибосомных РНК у эукариот и последствий для чисел целостности РНК» . Научные отчеты . 9 (1): 19477. DOI : 10.1038 / s41598-019-55573-1 .
- ^ «Проект базы данных рибосом» . RDP, выпуск 11, обновление 5 . 30 сентября 2016 . Проверено 31 декабря 2016 .
- ^ Olsen, GJ; Overbeek, R .; Larsen, N .; Марш, TL; McCaughey, MJ; Maciukenas, MA; Kuan, W.-M .; Macke, TJ; Син, Ю. (1992-05-11). "Проект базы данных рибосом" . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (доп.): 2199–2200. DOI : 10.1093 / NAR / 20.suppl.2199 . ISSN 0305-1048 . PMC 333993 . PMID 1598241 .
- ^ Коул, Джеймс Р .; Ван, Цюн; Fish, Jordan A .; Чай, Бенли; МакГаррелл, Донна М .; Солнце, Янни; Браун, К. Титус; Поррас-Альфаро, Андреа; Куске, Шерил Р. (01.01.2014). «Проект базы данных рибосом: данные и инструменты для высокопроизводительного анализа рРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (D1): D633 – D642. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMC 3965039 . PMID 24288368 .
- ^ Quast, C .; Pruesse, E .; Yilmaz, P .; Gerken, J .; Schweer, T .; Ярза, П .; Peplies, J .; Глокнер, ФО (01.01.2013). «Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (D1): D590 – D596. DOI : 10.1093 / NAR / gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMC 3531112 . PMID 23193283 .