Фактор рибозилирования АДФ

Связанный с мембраной АДФ-фактор рибозилирования протеин 2 ( мышь ARL2 , красный), комплекс с дельта- фосфодиэстеразой (желтый) (1 кг ) Синие точки показывают углеводородную границу липидного бислоя

Идентификаторы

Условное обозначение

Арф

Pfam

ИнтерПро

УМНЫЙ

PROSITE

SCOP2

1 час / SCOPe / SUPFAM

OPM суперсемейство

Белок OPM

CDD

Мембранома

Доступные белковые структуры:
Pfam	структуры / ECOD
PDB	RCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsum	краткое изложение структуры

Распределение ARF в живом макрофаге с выделением аппарата Гольджи .

Факторы АДФ рибозилирования ( ARFs ) являются членами семейства ARF ГТФ-связывающих белков этих Ras суперсемейства . Белки семейства ARF повсеместно встречаются в эукариотических клетках, и шесть высококонсервативных членов этого семейства были идентифицированы в клетках млекопитающих. Хотя ARF растворимы, они обычно связываются с мембранами из -за миристоилирования N-конца . Они функционируют как регуляторы везикулярного движения и ремоделирования актина .

GTP-связывающие белки малого фактора рибозилирования АДФ (Arf) являются основными регуляторами биогенеза везикул во внутриклеточном движении. ^[1]Они являются членами-основателями растущего семейства, которое включает Arl (Arf-подобные), Arp (Arf-связанные белки) и отдаленно связанные белки Sar (связанные с секрецией и связанные с Ras). Белки Arf циклируют между неактивными GDP-связанными и активными GTP-связанными формами, которые избирательно связываются с эффекторами. Классический структурный переключатель GDP / GTP характеризуется конформационными изменениями в так называемых регионах переключателя 1 и переключателя 2, которые прочно связываются с гамма-фосфатом GTP, но плохо или совсем не связываются с нуклеотидом GDP. Структурные исследования Arf1 и Arf6 показали, что, хотя эти белки имеют конформационные изменения переключателя 1 и 2, они отличаются от других небольших GTP-связывающих белков тем, что они используют дополнительный уникальный переключатель для передачи структурной информации с одной стороны белка на другой.

Структурные циклы GDP / GTP Arf1 и Arf6 человека характеризуются уникальным конформационным изменением, которое затрагивает цепи бета2бета3, соединяющие переключатель 1 и переключатель 2 (межпереключатель), а также амфипатический спиральный N-конец. В GDP-связанных Arf1 и Arf6 межпереключатель втягивается и образует карман, с которым связывается N-концевая спираль, последняя служит молекулярной засовкой для поддержания неактивной конформации. В GTP-связанной форме этих белков межпереключатель претерпевает сдвиг регистра с двумя остатками, который подтягивает переключатель 1 и переключатель 2 вверх, восстанавливая активную конформацию, которая может связывать GTP. В этой конформации межпереключатель выступает из белка и вытесняет N-концевую защелку, закрывая его связывающий карман.

Регуляторные белки [ править ]

ARF регулярно связываются с двумя типами белков: теми, которые участвуют в катализе обмена GTP / GDP, и теми, которые выполняют другие функции. ARF действуют как регуляторная субъединица, которая контролирует сборку оболочки в белке оболочки I (COPI) и везикулах, покрытых клатрином.

Белки обмена GTP / GDP [ править ]

ARF связывается с двумя формами нуклеотида гуанозина, гуанозинтрифосфатом (GTP) и дифосфатом гуанозина (GDP). Форма молекулы ARF зависит от формы, с которой она связана, что позволяет ей выполнять регуляторные функции. ARF требует помощи других белков для переключения между связыванием с GTP и GDP. Белки, активирующие ГТФазу (GAP), заставляют ARF гидролизовать связанный GTP до GDP, а факторы обмена гуаниновых нуклеотидов заставляют ARF принимать новую молекулу GTP вместо связанного GDP.

Другие белки [ править ]

Другие белки взаимодействуют с ARF в зависимости от того, связан ли он с GTP или GDP. Активная форма, ARF * GTP, связывается с белками оболочки везикул и адаптерами, включая белок оболочки I ( COPI ) и различные фосфолипиды. Известно, что неактивная форма связывается только с классом трансмембранных белков. Различные типы ARF специфически связывают разные виды эффекторных белков.

Филогения [ править ]

В настоящее время известно 6 белков ARF млекопитающих, которые делятся на три класса ARF:

класс 1: ARF1 , ARF2 , ARF3
класс 2: ARF4 , ARF5
класс 3: ARF6 . (См. Также ARF6 )

Структура [ править ]

ARF представляют собой небольшие белки размером примерно 20 кДа . Они содержат две области переключения, которые меняют относительное положение между циклами связывания GDP / GTP. ARFs часто миристоилированы в своей N-концевой области, что способствует их мембранной ассоциации.

Примеры [ править ]

Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

ARF1 ARF3 ARF4 ARF5 ARF6 ARFRP1
ARL1 ARL2 ARL2L1 ARL3 ARL4A ARL4C ARL4D ARL5 ARL5A ARL5B
ARL10 ARL11 ARL13A ARL13B ARL14 ARL15 ARL16 ARL17
ARL6 ARL7 ARL8A ARL8B ARL9
MGC57346
SAR1A SAR1B SAR1P3 SARA1 TRIM23

См. Также [ править ]

Брефельдин А

Ссылки [ править ]

^ Pasqualato S, Рено л, Cherfils J (2002). «Белки Arf, Arl, Arp и Sar: семейство GTP-связывающих белков со структурным устройством для связи« вперед-назад »» . EMBO Reports . 3 (11): 1035–1041. DOI : 10.1093 / embo-reports / kvf221 . PMC 1307594 . PMID 12429613 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Дональдсон Дж. Дж., Хонда А (2005 г.). «Локализация и функция GTPases семейства Arf». Труды биохимического общества . 33 (4): 639–642. DOI : 10.1042 / BST0330639 . PMID 16042562 .
Nie Z, Hirsch DS, Randazzo PA (2003). «Арф и его множество взаимодействующих». Текущее мнение в клеточной биологии . 15 (4): 396–404. DOI : 10.1016 / S0955-0674 (03) 00071-1 . PMID 12892779 .
Амор Дж. К., Харрисон Д. Х., Кан Р. А., Риндж Д. (1994). «Структура человеческого фактора ADP-рибозилирования 1 в комплексе с GDP». Природа . 372 (6507): 704–708. DOI : 10.1038 / 372704a0 . PMID 7990966 . S2CID 4362056 .
Мосс Дж., Воган М.; Воан (1995). «Структура и функция белков ARF: активаторы токсина холеры и важнейшие компоненты процессов внутриклеточного везикулярного транспорта» . Журнал биологической химии . 270 (21): 12327–12330. DOI : 10.1074 / jbc.270.21.12327 . PMID 7759471 .
Боман А.Л., Кан Р.А.; Кан (1995). «Арф белки: Мембрана ГИБДД?». Направления биохимических наук . 20 (4): 147–150. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (00) 88991-4 . PMID 7770914 .
Кан Р.А., Керн Ф.Г., Кларк Дж., Гельманн Е.П., Рулка С. (1991). «Человеческие факторы ADP-рибозилирования. Функционально консервативное семейство GTP-связывающих белков». Журнал биологической химии . 266 (4): 2606–2614. PMID 1899243 .

Внешние ссылки [ править ]

Ресурсный мотив Eukaryotic Linear Motif, класс TRG_Cilium_Arf4_1

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR006689

[PUB00009830-1] Pasqualato S, Рено л, Cherfils J (2002). «Белки Arf, Arl, Arp и Sar: семейство GTP-связывающих белков со структурным устройством для связи« вперед-назад »» . EMBO Reports . 3 (11): 1035–1041. DOI : 10.1093 / embo-reports / kvf221 . PMC 1307594 . PMID 12429613 .

[1]