Водные

Aquificae фила представляет собой разнообразный набор бактерий , которые живут в тяжелых экологических условиях. ^{[1] [2]} Название «Aquificae» было дано этому типу на основе раннего рода, идентифицированного в этой группе, Aquifex («производитель воды»), который способен производить воду путем окисления водорода. ^[3] Их находили в источниках, бассейнах и океанах. Они автотрофы и являются основными фиксаторами углерода в своей среде. Эти бактерии представляют собой грамотрицательные , неспорообразующие палочки . ^[4] Это настоящие бактерии ( домен Bacteria) в отличие от других обитателей экстремальных сред, архей .

Таксономия [ править ]

Aquificae в настоящее время насчитывает 15 родов и 42 официально опубликованных вида. ^[5] Тип включает один класс и два порядка. ^{[6] [7]} Aquificales состоит из семейств Aquificaceae и Hydrogenothermaceae , а Desulfurobacteriaceae - единственное семейство внутри Desulfobacteriales. Thermosulfidibacter takaii не относится к семейству внутри филума на основании его филогенетической отличимости от обоих отрядов. ^[8] В настоящее время он классифицируется как член Aquificales, но имеет большее физиологическое сходство с Desulfobacteriaceae.

Молекулярные сигнатуры и филогенетическая позиция [ править ]

Сравнительные геномные исследования выявили несколько консервативных сигнатурных инделей (CSI), которые специфичны для всех видов, принадлежащих к типу Aquificae, и предоставляют потенциальные молекулярные маркеры. ^[7] Отряд Aquificales можно отличить от Desulfobacteriales по нескольким CSI для разных белков, специфичных для каждой группы. Дополнительные CSI были обнаружены на уровне семейства, и их можно использовать для отделения Aquificae и Hydrogenothermaceae от всех других бактерий. ^[7] Параллельно с наблюдаемым распределением CSI, отряды в Aquificae также физиологически отличаются друг от друга. Члены Desulfurobacteriales - строгие анаэробы.которые окисляют исключительно водород для получения энергии, тогда как те, что принадлежат к Aquificales, являются микроаэрофильными и способны окислять другие соединения (такие как сера или тиосульфат) в дополнение к водороду. ^{[9] [10] [11]}

Также было идентифицировано несколько CSI, которые специфичны для видов из Aquificae и предоставляют потенциальные молекулярные маркеры для этого типа. ^[1] Кроме того, вставка из 51 аминокислоты была идентифицирована в препротеин-транслоказе SecA, которая является общей для различных представителей Aquificae, а также двух видов Thermotoga . В деревьях генов 16S рРНК виды Aquificae ветвятся в непосредственной близости от филума Thermotogae (другого типа, включающего гипертермофильные организмы), вблизи точки ветвления архей и бактерий. ^{[12] [10]} Однако тесная связь Aquificae с Thermotogae и глубокое ветвление Aquificae не подтверждается некоторыми филогенетическими исследованиями, основанными на других последовательностях генов / белков ^{[13] [14] [15] [16],} а также CSI в нескольких высококонсервативные опероны универсальных белков 16S-23S-5S. ^[17] В отличие от очень высокого содержания G + C в их рРНК (т.е. более 62%), которое требуется для стабильности их вторичных структур при высоких температурах роста, ^[18]вывод о том, что Aquificae не представляет собой клон с глубокими ветвями, также независимо строго подтверждается CSI в ряде важных белков (а именно, Hsp70, Hsp60, RpoB, RpoB и AlaRS), которые поддерживают его расположение в непосредственной близости от филума. Протеобактерии, особенно эпсилонпротеобактерии . ^[17] Специфическая связь Aquificae с Proteobacteria поддерживается двухкомпонентным CSI в неорганической пирофосфатазе , которая уникально встречается у видов из этих двух типов. ^[17] Кавалье-Смит также предположил, что Aquificae тесно связаны с Proteobacteria. ^[19] В отличие от вышеупомянутых анализов, основанных на нескольких инделах или на отдельных генах, анализы информационных генов, которые, как оказалось, реже передавались к линии Aquifex, чем неинформационные гены, чаще всего помещали Aquificales ближе к Thermotogales. ^[20] Эти авторы объясняют часто наблюдаемое группирование Aquificae с Epsilonproteobacteria как результат частого горизонтального переноса генов из-за общих экологических ниш.

Наряду с Thermotogae, Aquificae являются термофильными эубактериями. ^[2]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) ^[5] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) ^[21], а филогения основана на версии 123 LTP на основе 16S рРНК от The All -Проект "Живое дерево видов" ^{[22] [23]}

Примечание:
♠ Штамм обнаружен в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не включен в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)

Таксономия [ править ]

• Род Thermosulfidibacter Nunoura et al. 2008 г.
  • Виды Thermosulfidibacter takaii Nunoura et al. 2008 г.
• Заказать Desulfurobacteriales Gupta & Lali 2014
  • Семейство Desulfurobacteriaceae L'Haridon et al. 2006 г.
    • Род Balnearium Takai et al. 2003 г.
      • Вид Balnearium lithotrophicum Takai et al. 2003 г.
    • Род Desulfurobacterium L'Haridon et al. 1998 исправить. L'Haridon et al. 2006 г.
      • Вид " D. crinifex " ♠ Alain et al. 2003 г.
      • Виды D. atlanticum L'Haridon et al. 2006 г.
      • Виды D. pacificum L'Haridon et al. 2006 г.
      • Виды D. thermolithotrophum L'Haridon et al. 1998 г. (тип sp.)
    • Род Phorcysia Pérez-Rodríguez et al. 2012 г.
      • Виды Phorcysia thermohydrogeniphila Pérez-Rodríguez et al. 2012 г.
    • Род Thermovibrio Huber et al. 2002 г.
      • Виды T. Ammonificans Vetriani et al. 2004 г.
      • Виды T. guaymasensis L' Haridon et al. 2006 г.
      • Виды T. ruber Huber et al. 2002 (тип sp.)
• Заказ Aquificales Reysenbach 2002 исправлен. Гупта и Лали 2014
  • Семья Aquificaceae Reysenbach 2002
    • Род Aquifex Huber and Stetter 1992 г.
      • Виды A. pyrophilus Huber, Stetter 1992 (тип sp.)
      • Вид " A. aeolicus " ♠ Huber and Stetter 2001
    • Род Hydrogenivirga Nakagawa et al. 2004 г.
      • Виды H. calditorris Nakagawa et al. 2004 (тип sp.)
      • Виды H. okinawensis Nunoura et al. 2008 г.
    • Род Hydrogenobacter Kawasumi et al. 1984
      • Виды H. Hydrogenophilus (Крюков и др., 1984) Stöhr et al. 2001 г.
      • Виды H. subterraneus Takai et al. 2001 г.
      • Виды H. thermophilus Kawasumi et al. 1984 (тип sp.)
    • Род Hydrogenobaculum Stöhr et al. 2001 г.
      • Виды Hydrogenobaculum acidophilum (Shima, Suzuki, 1993) Stöhr et al. 2001 г.
    • Род Thermocrinis Huber et al. 1999 г.
      • Виды T. albus Eder and Huber 2002 г.
      • Виды T. jamiesonii Dodsworth et al. 2015 г.
      • Виды T. minervae Huber et al. 1999 г.
      • Виды T. ruber Huber et al. 1999 (тип sp.)
  • Семейство Hydrogenothermaceae Eder and Huber 2003 г.
    • Род Hydrogenothermus Stöhr et al. 2001 г.
      • Виды Hydrogenothermus marinus Stöhr et al. 2001 г.
    • Род Persephonella Götz et al. 2002 г.
      • Виды P. Hydrogeniphila Nakagawa et al. 2003 г.
      • Виды P. marina Götz et al. 2002 (тип sp.)
      • Виды P. guaymasensis Götz et al. 2002 г.
    • Род Sulfurihydrogenibium Takai et al. 2003 исправление. О'Нил и др. 2008 г.
      • Виды S. azorense Aguiar et al. 2004 исправление. Накагава и др. 2005 г.
      • Виды S. kristjanssonii Flores et al. 2008 г.
      • Виды S. rodmanii O'Neill et al. 2008 г.
      • Виды S. subterraneum Takai et al. 2003 исправление. Накагава и др. 2005 (тип sp.)
      • Виды S. yellowstonense Nakagawa et al. 2005 г.
    • Род Venenivibrio Hetzer et al. 2008 г.
      • Виды Venenivibrio stagnispumantis Hetzer et al. 2008 г.

Ссылки [ править ]