Эпсилон сигнала инкапсидации РНК HBV птиц (эпсилон AHBV [1] ) представляет собой структуру РНК , которая, как показано, облегчает инкапсидацию прегеномной РНК, необходимой для репликации вируса . Существует два основных класса сигналов инкапсидации у вирусов гепатита В птиц - вирус гепатита В уток (DHBV) и вирус гепатита В цапли (HHBV). DHBV используется в качестве модели для понимания вируса гепатита B человека . Хотя исследования показали, что эпсилон HHBV имеет меньше спариваний в верхней части стебля, чем DHBV, это спаривание не является абсолютно необходимым для инфекции DHBV у уток. [2]
Эпсилон DHBV состоит из стволовой структуры, утолщения и апикальной петли (рис. 1). Структуру РНК определяли химическим зондированием, ЯМР-анализом и мутагенезом . [3]
Эпсилон HHBV также состоит из стволовой структуры, выпуклости и апикальной петли (рис. 2). Структура РНК была определена химическим зондированием и мутагенезом. Однако у него меньше спариваний оснований в верхней ножке, чем у DHBV-эпсилон. [4]
Недавний ЯМР-анализ эпсилона HHBV и DHBV показал, что апикальная петля ограничена стабильной, хорошо структурированной тетрапетлей UGUU . [5]
В базе данных Rfam одна ковариационная модель (поле AHBV_epsilon справа) лучше всего различает истинные экземпляры элемента в базах данных последовательностей и фон. Диаграмма вторичной структуры представляет собой созданное компьютером представление структуры с высококонсервативными основаниями, показанными красным. Он включает в себя основные элементы, показанные на рисунках 1 и 2. [ нужна ссылка ]